Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384740.1
Sequence Length
2233 nt
GC Content
0.6037
GAUCCUCCCGGCCCAGGCCGAGCUGCCCACGCUGCUGCCCGGGGCUCGGUGCCCGGCGCGGCCUCUGCCGGCUCCGGCGGGCGCGGGACUGCGAGGGUGCUGUGGGCCCAGAAGCGCCCAUGCCUGAGAGCGUCCAGGACCAGGCAGAGCUGGGCCUUAAGGGCCCUUGGACCAGUGUCUGUCUGCAGGGAGCCCCCGGUAGCCACUCGGAUCAGCCCGAGGGAAGAUUCUGGACGAGACCGUGGCCGUCCCCCGGGUGGCCCAUGGACAGCAGCAGGGGCUCCCAGGAGUGGCCAGGCCCUGCCCGCCCACCAUGCUGCAGUGUAGACCCGCACAGGAGUUCAGCUUCGGGCCCCGGGCCUUGAAGGACGCUCUGGUCUCCACUGACGCAGCCCUGCAGCAGCUGUAUGUGUCCGCCUUCUCCCCUGCCGAGCGGCUCUUCCUGGCCGAGGCCUACAACCCGCAGAGGACGCUCUUCUGCACCCUGCUCAUCCGCACGGGCUUCGACUGGCUCCUGAGCCGACCCGAGGCUCCCGAGGACUUCCAGACCUUCCACGCCUCCCUGCAGCACCGGAAGCCCCGCCUGGCUCGGAAGCACAUCUACCUACAGCCGAUAGACCUGAGCGAGGAGCCGGUGGGAAGCUCCCUGCUGCACCAGCUGUGCAGCUGCACAGAGGCCUUCUUCCUGGGCCUGCGCGUCAAGUGCCUGCCGUCGGUGGCAGCCGCGUCCAUCCGCUGCUCCUCGCGGCCCAGCCGGGACUCUGACAGGCUCCAGCUCCACACAGACGGCAUCCUGUCCUUCUUGAAGAACAACAAGCCAGGGGACGCGCUGUGUGUGCUGGGCCUCACACUGUCUGACCUGUACCCCCAUGAGGCCUGGAGCUUCACCUUCAGCAAGUUCCUUCCAGGGCACGAAGUGGGCGUCUGCAGCUUCGCCCGGUUCUCAGGGGAAUUCCCGAAGUCGGGGCCCAGCGCCCCUGAUCUGGCCCUGGUAGAGGCAGCAGCAGACGGCCCCGAGGCCCCCCUGCAGGACAGGGGCUGGGCCCUGUGCUUCAGUGCCCUGGGGAUGGUUCAGUGCUGCAAGGUCACGUGCCACGAGCUCUGCCACCUUCUGGGCCUGGGGAACUGCCGCUGGCUCCGCUGCCUCAUGCAGGGUGCGCUCAGCCUGGACGAGGCCCUGCGGCGGCCCCUGGACCUCUGUCCCAUCUGCCUGAGGAAGCUGCAGCAUGUCCUGGGUUUCAGGCUCAUCGAGAGGUACCAGAAUGUGAAAGUACAGAGGAGCUGGCCCCUGACUCUGGCCACGCUUUGGCCCCCUUGCCCUGUGUGUAGCCUCGUGGCUGUGCCUGUGGACACCUCGUCUCCAAGCCUGGCACACAGCCACCCCUUGGUCACAGCAGUGAGACCCCAGGAAGAGCUGCACAGGGUCCUUGGCCGUGGAGCAGCCUCUACAACUGUAAGCUCAGGCUCCGCAGGGUGUGUCCUCGGCGUGUGCAGGGUUGCUGUCACAGGGGUGCCACGCCGGGCCCCUAAAGCACCAGCCCCCUUGCCUGGGUUCUUCCUUUAUGUUUUCAUUAGGUAAGAUCUACAUAAUAGAAAAUUCACCAUUUUGACAUGAACCAUUCAAUGGCAUUUACUACCUUCAAAAUGUUGUACGGCCACCACUUCUACAGCCUAUCAGCCGCCACUCCCACUGCCCUGGCCCAGACCCUGACAACACGAAUCUGCUUUCUGUCUCCAUGGAUUUGCCGGUUCUGGAUCUCUCAUUGGAGCGCAUUCACACAGCAUGCAGCCCUUUGUGUCUGGUUCUUUUACUUGGUGCGGCAUUUCCGAGGCUCGCCCAUGCUGUGGCACAGGCCAGUGCAACAUUCCAUUUUACGGCCAAUAUAUAUAUAUGUAUAUUACAUGCCAUUGUAUGGAUAUGUGGUUUGUUUUUCCAUUUGUCAGUUGAUGAACACUUUGUUUCCAGUUUUUGGCCGUUGUGAACAGUGCUACAAACAGCUGUGUGGAAGUUUUUGCUUGAAUAUCUGUUUUCAUUUCUUGAGUAUACACCUAGGAGUGAAACUGUAGCAUCCUAUGGUAGUUCUUUUUUUAUUUUAAAAUGGAGUCUCGCCCCGUUGCUCAGGCUGAGUGUAGUGGUGCGAUCUUGGCUCACCGCAACCUCUGCCUCCUGGUUCAAGCAGUUCUCUUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGAUUACAGGCGUGCGCCACCAAAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-927.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -963.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 797.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........(((.((.(((.......(((.((((((....((((((..(((((((.((.((((......)))).)).)))))))((((((((((((.(((.(((((((.(((.(((((((....((((((.((((((((((.((((((.(((((((...(((((.((((..((((.((((..((((.(((....))).))))((.(((((......))))))).)))).)))).))))...((((((((..((((((((((((.(((((((((((((((.((.(((....)))..)).))))))..........(((..(((((.(((((......(((((....(((((((((...)))).)))))...)))))))))).)))))..)))((((((((...((((.........(((.....(((((....((((((((((((((.((((((((.......((((((((...))))))))....(((......))).)))))))).((((.(((((((((.......)))))...))))...))))....((((.(((((..(((((((..(((.((((((((.(((((....((.((((((.(.......).))))..)).))...)))))))))))..))))).)))))))....((((((....))))))((((((.......))))))((((.....))))..((((.(((.((.(((.(((......))).)))))))))))).(((...((((..((..((((.(((((..(((((((.((...(((((..(((.(((.....))).))).)))))....))))))))).)))))))))..))..))))...))).........))))).))))(((........)))....(((..((((((((((((.((((((..........)))))).)))....(((....)))((((((((((((((..(((((((.(((.(((((...)).)))....((((..((((....))))...)))).))))))))))))))))))).))))).)))))))))))).((((((.(((((..(((.((((.((((((((..(((((((.....((((..((((....(((...((((((((.(((((.(.((((.((....)).)))).).)))))...)))).)))).((((((((((.........(((((((...(((.(((......)))))))))))))......)))))).))))..((((....))))..((((((((((.........))))).))))))))))))..)))).))).)))).)))))))))))))))..((((.....))))(((((..((((.....))))...)))))...))))).))).))))))))))))))))).))))).....))).((((((((((...(((....))).)))...)))))))(((......)))))))...))))))))))))))).))..)).))))).)))))........((....)).(((......))).(((((((..(((....))).))).))))((((.....)))).....((.((((((((..((((((((...))))..))))......)))))))).)).))))))))..........((......)).............)))))))))))).((.((...(((.(((......))))))...)).)).)))))))))))))))))))))).))).)))).....(((((((((((((((...(((((..((.((.......)).)))))))....).)))).))..))))))))((((......))))...((((((((((((((((((((((((....)))))))..(((((....)))))((((.((((.........)))).)))).......(((((...)))))........))))))....((((.(((((((((((((..((((..((((....))))..)))))))))(((((((((.(.((....))).)))))))))..)))))))).........))))...........))))))))))).(((((((..((((((...))))))..).)).))))))).))))))).))).)))).(((....)))....))))))))........))))))...)))))))))......))).)).))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,,{(((,(,.(((,{{{.{,{{{.((((({||,.{((((,.,|,||||{|{{||{{{...,,,)))).})|)))))|}{(((((((((((.{((.(((((((.(((.(((((((....((((((.((((((((((.((((((.(((((((...(((((....(((..,({(.(((.,,((,((((((({{{{{{,{{{.(((((.....,|}|||||......|{{{..{|{.{((((((((({{.,,||}||||||||||.,.{{,{|,|||||||||((({((((,.{((({{,({,,{|....,.,{{{|({((((,,,...|||}.|{|||.,,{{..|||||{,,||||||.{{{(({{((.,,(({|,{{{{((((((((,,{(({,((((((({({{,{{,.(({....,....{,,,,|{|||{,...,,|||{(((({,,.......((((((((...)))))))).{{{(((......))).)))|||||.{{((,{.,,{||||,....{{|||,,..{{({.{,..,)).}}}}....)))))..(((((((..((,{((((((((.(((((....((.((((((,,.......).))))..)).))...)))))))))))..)))}).)))))))...,|{||||}}}})),)))((((((.......))))))((((.....))))}}||||}}||}||.|||}|}|}}}..,,))|}}}}}},)}))},{{{..|((((..{(..((((.(((((..(((((((.((,{.(((({..(({,(((.....}},,))).,))))}},}))))))))).)))))))))..}}..)))},..,}),.,,,.,,|}||||,|||||{|,.{{{{{(((({.|.,(({(((((((((((((.((((((..........)))))).)))...{(((....)))((((((((((((((,.{((((((.(((.((({{...,}.))).,,.((((..((((....))))...)))).))})))))))))))))))).))))).))))))))))}..))..|..))))).))))}.,}},}}}},)}})}},}}},}}}}).)))))))))}..)))}})}})))))),}})){{{|,|{{||||{{||.|,|{|.||{|||,||||{||||.((((.{(((((((((,..,..,..(((({{|,.,{{{,(((,...,,)))})}}}))))}..,,.,}))))).))))....{(,...{{{{{.{(((((((((.........))))).)))),((({.....(((({{{{{|{(({|{{(((((((((((.{((((,{{...)),)})).....)))}},,)))))).{{{,((((,(|...,))}}}})},)))..)}))))))))))))....))))((((((....))))))..}}))).,,)}}))))))))))))).))}))..))),.)})))||||||,{{{...{(((({.(|.....)}))))))...))}.))))}}}}}})).)))).(((((((..(((....))).))).)))){{||.....}})}.....,,.((((((((.,(({,{{{{...})))..,,,,......}))))))),||,|,|||}.,..,,,,,...)},...}}),})},..)}).,..)))))))))))).{({{(...(((.(((......))))))...}}.)).)))))))))))))))))))))).))).))))...,.(((((({{({(((({...((({(.,{{,(,.......)).}))))))....}.)))).)}.,}}))))))((({.,,,,.)))),..{{{{((({{{((((((((((((({....})))))},.(((((,...)))))(({{.((((.........})}}.}}}}.,,,|..{|{|{...,}}}}.,},...,))))))}.,.|,,,,{(((((({,((((.,{(||..((((....))))..))),))))|(((((((((.(.({....))).))))))))),.})))))}}.....|||{||,|....,|,,...,))))}))))},|{|||{{},|||||{,,,,||}}|,.|,)),))},}}}.))))))).))}.)))).|((....)))....)))))))),..}}},}}))),),,.,)))))))).,....))).}).))).......
Back