Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384921.1
Sequence Length
2648 nt
GC Content
0.5706
AGACACGGACUUGGGAAUGUUUUGAAACAACAGGAACGACAUCACCCUAGGUUUGUGUUUUCAAGCCAGAUAUUCCGGCGUGGAUGCUAAGAAUUCUUACAUGGGCAAGUAUUAAUAUUUGAAUGCAGCCGUGAUUGAGGUGGAGGUGGAGACAAAAGGCGUGCGUCCCUAGAACAUGUUUUGUCCCCACUGCCGGAGGGAAUAUUCUGUGUCAGCUAUCGCACGCACCCUUUCCCUCCAUGUGAGUGGACUCCACACUCUAAGCAAGGCGCUCUGGACUGCAAACUCAGCUUGUGCCUCUCUCCAGCCCUGUGGCCUCGCUGGACAAUUUUUCUAAUCUCUUUGGAGCUGAUCUUCAUGUUGAAAAAGGACAAGUCCCAUCUUCAGAUCAACACCUGUCCCAGCGCUGCCAUUUUGCCAAGGCUCCUCCUUGGAGUGUUUGUAAGGCACUUUUGCCACGAAGUAACCCAGCCACCAGCCUCAGUGGAACCUCCAAGCCUAAUUCUGGAGGAGACUUUAACUCGGUGACCAAAAGCCAGCCCCACUGUGAGUUGAACUCUUUCGUGUUGACCGGCCACUCUCCGUGCUCUGGAUGAUGUCGGAACACGACCUGGCCGAUGUGGUUCAGAUUGCAGUGGAAGACCUGAGCCCUGACCACCCAGUUGUUUUGGAGAAUCAUGUAGUGACAGAUGAAGACGAACCUGCUUUGAAACGCCAGCGACUAGAAAUCAAUUGCCAGGAUCCAUCUAUAAAGUCAUUCCUGUAUUCCAUCAACCAGACAAUCUGCUUGCGGUUGGAUAGCAUUGAAGCCAAAUUGCAAGCCCUGGAGGCUACUUGUAAAUCCUUAGAAGAAAAGCUGGAUCUGGUCACGAACAAGCAGCACAGCCCCAUCCAGGUCCCCAUGGUGGCCGGCUCCCCUCUCGGGGCAACCCAGACGUGCAACAAAGUGCGAUGCGCUGUGCCUGGGCGUCGGCAGAACACCAUUGUGGUGAAGGUGCCGGGCCAAGAAGACAGCCACCACGAGGACGGGGAGAGCGGCUCGGAGGCCAGCGACUCUGUGUCCAGCUGUGGGCAGGCGGGCAGUCAGAGCAUCGGGAGCAACGUCACGCUCAUCACCCUGAACUCGGAAGAGGACUACCCCAAUGGCACCUGGCUGGGCGACGAGAACAACCCCGAGAUGCGGGUACGCUGCGCCAUCAUCCCCUCCGACAUGCUGCACAUCAGCACCAACUGCCGCACGGCCGAGAAGAUGGCGCUCACGCUGCUGGACUACCUCUUCCACCGCGAGGUGCAGGCUGUGUCCAACCUCUCGGGGCAGGGCAAGCACGGGAAGAAGCAGCUGGACCCGCUCACCAUCUACGGCAUCCGGUGUCACCUUUUCUAUAAAUUUGGCAUCACAGAAUCCGACUGGUACCGAAUCAAGCAGAGCAUCGACUCCAAGUGCCGCACGGCGUGGCGGCGCAAGCAGCGGGGCCAGAGCCUGGCGGUCAAGAGCUUCUCGCGGAGAACGCCCAACUCGUCCUCCUACUGCCCUUCAGAGCCGAUGAUGAGCACCCCACCUCCUGCCAGCGAGCUCCCGCAGCCACAGCCGCAGCCGCAGGCCCUGCACUACGCGCUGGCCAACGCACAGCAGGUGCAGAUCCACCAGAUCGGAGAAGACGGACAGGUGCAAGUAGGACACCUCCACAUCGCCCAGGUGCCGCAGGGGGAGCAAGUCCAGAUCACGCAGGACAGCGAGGGCAACCUCCAGAUCCAUCACGUGGGGCAGGACGGUCAGGUGCUGCAGGGUGCACAGCUGAUCGCCGUGGCCUCCUCGGACCCCGCGGCGGCGGGCGUGGAUGGGUCGCCACUCCAGGGCAGCGACAUCCAGGUUCAGUACGUGCAGCUGGCGCCAGUGAGUGACCACACGGCCGGGGCACAGACGGCCGAAGCCCUGCAGCCCACGCUACAGCCGGAGAUGCAGCUCGAGCACGGGGCCAUCCAGAUUCAGUGAGCGGUGCCCAUGGCACCAGGAGCCCCUCGCCGGCUCCGCCUACGGCCCGGCCCCCACGCGCCCUGCUCUCACGGCCUCGGCACAGGCAGCGGCUGCACGUGUUCUGCUGAAGUGCGUCUGAAGGCCGCUGCCUCCGCGGGGAACAGCAUCCUAUCAACUGAAAGAGCAGCCGCCGCCGCCCCCAGCCGGAGACCCCUUUCGUUUGAGUCCUGCUGUUGGUGUCGGAGCACGAGGGGAGGCACGGUGCGGAGAGCGUCGCAUAUGCGCGGGAAAUCAAGAACUAUGAUAUUUUUCUGUUUAAACAGCUUUUUUUAAUUUGCUAUGGUGUUUAUAACAAAAAAGAAAAUUUGAAAAAAAAAAUCCCAGGGGAGUAGCAGGAGCCCUUUGCUGUGUGCUCUGUCCAGUGUCAUGAGACGGGAGCCCUUUGCUGUGUGCUCUGUCCAGUGUCAUGAGACGGGAGCCCUUUGCUGUGUGCUCUGUCCAGUGUCAUGAGACGGGAGCCCUUUGCUGUGUGCUCUGUCCAGUGUCAUGAGGCAGGUGUUUGCAAAGCCAGCUCUCGGUUCCGAUGGGGUAUUGCUGACCUACUUUUCUAGGGGAAAUGCUCUUAAACACUGUAAUUAUGCAUUUCUAAUGAAAUAAAAUGUAUUUAUGACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-970.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1020.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 770.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((.((((((((......)))....)))))...)))))))))))))).................(((((((((((.......((((((((((....(((((........)))))..)))))..))))).((.(((((.(((((((.(.((.(.......).)).).))))))).))))).))((((((((.....(((((..((....)))))))....))))))))....(((((.......)))))...((.(((.(((((.((((((.......((....)).......(((..((.(((((((((((........((((((.....))))))......((((...))))...(((((.((...(((....)))....)).)))))..((((((((((.((((.((.(((((.....))))).)).))))((((....))))(((((.........((((........))))..((((((..........))))))(((.((((((((((((...............))))..)))))))).))))))))((((..((((.(((.((.((((((((..((((.((((.(((((((.(((.....(((((.(((....(((.(.....))))....))))))))))))))))..(((((...((.(.(((((((((((.....((.(((((.((((..................))))..).)))).))))))).....))))))).))..))))).(((.((((...)))).)))(((((((((.....(((.((((((((((..((((((..((((.(((.(((....))).)))...))))...(((.(((........((......))((((.((((((..(((((((((((...(((....((((((......((.((((........(.((((((.((((((((.(((.((((((...(((((...)))))....))))))))).........(((.(((((.(((((.((((.((((((....)))).))..)))).)))))...)))))...))))))))..))).)))))).)........)))))).....))))))....)))...)).)))))...)))).)))))).)))).))).)))....((((((((.(((....))).((((((((.((.(..(((...(((.(((.............))).))))))..).)).)))))))).........(((((.((..(((.((((....)))).)))..)))))))...))))))))))))))..))..((((((..(..((((((.(((...........)))..))))))..)..))))))....)))))))).)))....))))))))))).))))))))..)))))))).)).....)))))))..))))))))))))))...))))))))))).)).))))))))).))))).))).))((((.(((.......))).))))...((((((((.(((((((.....((((((..((((((((((.....((((((.(.((....(((((....)).))).(((((((....((((((....)).)))).)))))))...((((...(((.......)))...))))......((.(((((...........))))))))).).))))))..((((..........))))...((((....)))).....((((...))))))))))).)))..))))))((((((((((((((....(((((((.(((((((...((((((((.(((((((.((((((.((.(((.......))).))..)))))).))))..((((((((((((..(((.(((.(((....)))(((..((((.(((..(((....))))))..))))..)))...((((((((.((((..((.....((((((.................((((((...)))))).((((((.......))))))(((...)))..))))))....))..)))))))).)))).....))).)))..)))))))))))).((....))((((.(((....)))))))))).))))))))(((((((.....((((.((((((.(...(((..((........)))))....).)))))).))))....))))))).((((....))))..)))))))))))))).((((.((.((((...(.(.(((((.............(((.(((((.((((((((((.(.................).)))))).))))...))))).)))............)))).).).)...)).)).)).))))))))))))))))))((.((.((((((.((((((((.(........).))))...)).)).)))))).))))((((.((((((....(((.(((((..(((.(((..(((((.(((.(........).))))))))..))).)))..))))))))...))))))...))))))))))).)).)))))).......((((......))))((((((((...................)))))))).............))))))))).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((((((((((.((((({({......}}}....)))))...))))))))))))))|{{{.....(((.((((.((((,.((((.......,{|||(((((,{..(((((........))))).})))))..,}}},.((.(((((.((((({,.(((((..,,....},.))))))))))).))))).))((((((((.....(((((..((....)))))))....)))))))).,{,(((((.......)))))...,,,.((((((((...((((....((((({{((((..((((.((((((((((.((((((((..(......(((((.....)))))|,((((({....{.{({....(((....}}}..}},,}}}}))}.,..{||{{({,{,{(((({...((((.((.(((((.....))))).)).))))((((....}))).,...({..((((((((...(((...|{((..((((((..........))))))....,{{{{{{{((((........||.,..||||}|,||}}}|}}((((((((.(((.,,{(({,,,(,(((((({(((((((.(((((((..{{.....}),))))))).))))))}..))),})),.|,,((((((.(((((,.{((.(((({{{((({(,{,((.(.(((((((((((.....((.(((((.((((.......,......,...))))..),}))).))))))).....)))))),,)).,)))}}.,,,},}}}},,|{{(((((((((((({(,{(,.{,...,}}},,))),,||(,{{{.{({{.(((.(({....))).)))...,|||({,,{(({,.........,|,,,..,)),...,}))))}}|,|,,})}{(({{,(((((({{(,(((,...))},|,{((((......})))}.{{|{((((,,{{,(((.{(((((...(((({...)))))....))))))))).,,...,}}))},||,|},|||{|}||||.{|||||{{{{|,,,.,,..))))})))))}}})))))))))},)))..}}))).)).))))((((........)))}....,},},)}).))))))))..,..,,}},..))|...}))})))).,}}..,.....((((((((.((({,,.,|,.((((((((.((.{..(((...(((.(({.............})).))))))..).)).))))))))...,.}}}}(((((.((..(((.((((....)))).)))..)))))))...))))))))..|)))..)).}}}}}||,,||.,((((((..((((.((.{((.(((((((,((((((,..{{(,,...,,}{{||},}}}.,,,..{{{{{{((({..,|,.,,..,..|||..,.,.}}}...||(({|{.{{((,{{{(|((|,..{{.(({((((,.,.{,||||||||...{,({|||||,|{|||...}}.,..{{((({.(({{.(((.....)))}}..)}.))))))........}}}),))}})}|.))})}))).))....))})},))))}.))).(((((((....((((((....)).)))).))))))).,},})))).))))),..,..||,.,|{{{{.....,|.}}}}))),,.,}),},,))))))).)))))))))..)))))).,,..}}.)..)))))))).)}((((((.,.{((({...))))).}.))).))))))).)))).)))).))))))))))..((((((.((((((({..({(((((({(((((((,((({((,((,(((,{,...,|}|,||..}}}}}}.}}||.,{{{{||{{||||.,{{{,|||.|||,,}.)}|((((({{{{.,,,.,|||,,..}|}}}}..}})).,))}...((((((((.((((..((.{...((((((...,.........}...((((((...)))))).((((((.......))))))(((...)))..))))))...,))..)))))))).)))),,|}|},,,|||,,|||||}}||||,{{{..,.))},||}||,....))))))))))}}}))}))),,{,{{,.,,,.{{,,,{||,||.|}.}||}|||}|||,..{{|{,||,,.,..|}},,,.,,)},}}}})))),,}|||,.}}.)},)}})))),),)))))))))))))))))))))).,)))).)))))))..{{{,...{{....,,}}|||}}...((((((((((((((({.((.,..((({...))))..,.)).,))})}))))))}...((((((..(((,..,(.(((((.((((((....,((,(((((..(((.(((..(((((((((.{...((...(.((((((((..(((.(((..(((((((((,(......,.).))))))))..))).)))..)))}}}))).}...))...).))))))))..))).)))..))))))}},..))))))...))))).,,))))..))))))...)))).((((......))))((((((((...................))))))))..,}}},,,.....,.,},,,,....
Back