Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001384928.1
Sequence Length
2735 nt
GC Content
0.5850
AGUCUCGCUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGACUCGCGGGCUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGUUGGGAUUACAAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGCAUAAUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCGCCAUGUUGGCCAGGCUGGUCGCGAACCCUUUACCUCAGGUGUUCCGCCCGCCUUGGCCUCCCACAGGGCUGAGAUUACAGGCGUGAUCCACCGUGCCCGGCCGCCAUCACUUAUUUAUAUUAUGUGUUACCUAUAGGACUUAUCUAAGACCAUAAUCACUGCCGCGUGUGCUAAGUCCCGCGCGCGUGCACUCAGGCCCCUCUGGAUAGACACUGGGGACCCCUGACCACUUAUGUCAGGGAAAACGCCACCAAGCGCUCCGGAACCUCAGGGCAGGACCCGCCGCAGCAGCAGGUGACCAAAAGCCAGCCCCACUGUGAGUUGAACUCUUUCGUGUUGACCGGCCACUCUCCGUGCUCUGGAUGAUGUCGGAACACGACCUGGCCGAUGUGGUUCAGAUUGCAGUGGAAGACCUGAGCCCUGACCACCCAGGUACAGAGCUGUGGGACAUUGUUUUGGAGAAUCAUGUAGUGACAGAUGAAGACGAACCUGCUUUGAAACGCCAGCGACUAGAAAUCAAUUGCCAGGAUCCAUCUAUAAAGUCAUUCCUGUAUUCCAUCAACCAGACAAUCUGCUUGCGGUUGGAUAGCAUUGAAGCCAAAUUGCAAGCCCUGGAGGCUACUUGUAAAUCCUUAGAAGAAAAGCUGGAUCUGGUCACGAACAAGCAGCACAGCCCCAUCCAGGUCCCCAUGGUGGCCGGCUCCCCUCUCGGGGCAACCCAGACGUGCAACAAAGUGCGAUGCGUCGUCCCCCAGACUACAGUAAUACUCAACAAUGAUCGGCAGAACGCCAUUGUAGCCAAGAUGGAAGACCCCUUGAGCAACAGGGCACCGGAUUCCCUGGAAAAUGUCAUUAGCAACGCUGUGCCUGGGCGUCGGCAGAACACCAUUGUGGUGAAGGUGCCGGGCCAAGAAGACAGCCACCACGAGGACGGGGAGAGCGGCUCGGAGGCCAGCGACUCUGUGUCCAGCUGUGGGCAGGCGGGCAGUCAGAGCAUCGGGAGCAACGUCACGCUCAUCACCCUGAACUCGGAAGAGGACUACCCCAAUGGCACCUGGCUGGGCGACGAGAACAACCCCGAGAUGCGGGUACGCUGCGCCAUCAUCCCCUCCGACAUGCUGCACAUCAGCACCAACUGCCGCACGGCCGAGAAGAUGGCGCUCACGCUGCUGGACUACCUCUUCCACCGCGAGGUGCAGGCUGUGUCCAACCUCUCGGGGCAGGGCAAGCACGGGAAGAAGCAGCUGGACCCGCUCACCAUCUACGGCAUCCGGUGUCACCUUUUCUAUAAAUUUGGCAUCACAGAAUCCGACUGGUACCGAAUCAAGCAGAGCAUCGACUCCAAGUGCCGCACGGCGUGGCGGCGCAAGCAGCGGGGCCAGAGCCUGGCGGUCAAGAGCUUCUCGCGGAGAACGCCCAACUCGUCCUCCUACUGCCCUUCAGAGCCGAUGAUGAGCACCCCACCUCCUGCCAGCGAGCUCCCGCAGCCACAGCCGCAGCCGCAGGCCCUGCACUACGCGCUGGCCAACGCACAGCAGGUGCAGAUCCACCAGAUCGGAGAAGACGGACAGGUGCAAGUAAUCCCACAGGGACACCUCCACAUCGCCCAGGUGCCGCAGGGGGAGCAAGUCCAGAUCACGCAGGACAGCGAGGGCAACCUCCAGAUCCAUCACGUGGGGCAGGACGGUCAGGUGCUGCAGGGUGCACAGCUGAUCGCCGUGGCCUCCUCGGACCCCGCGGCGGCGGGCGUGGAUGGGUCGCCACUCCAGGGCAGCGACAUCCAGGUUCAGUACGUGCAGCUGGCGCCAGUGAGUGACCACACGGCCGGGGCACAGACGGCCGAAGCCCUGCAGCCCACGCUACAGCCGGAGAUGCAGCUCGAGCACGGGGCCAUCCAGAUUCAGUGAGCGGUGCCCAUGGCACCAGGAGCCCCUCGCCGGCUCCGCCUACGGCCCGGCCCCCACGCGCCCUGCUCUCACGGCCUCGGCACAGGCAGCGGCUGCACGUGUUCUGCUGAAGUGCGUCUGAAGGCCGCUGCCUCCGCGGGGAACAGCAUCCUAUCAACUGAAAGAGCAGCCGCCGCCGCCCCCAGCCGGAGACCCCUUUCGUUUGAGUCCUGCUGUUGGUGUCGGAGCACGAGGGGAGGCACGGUGCGGAGAGCGUCGCAUAUGCGCGGGAAAUCAAGAACUAUGAUAUUUUUCUGUUUAAACAGCUUUUUUUAAUUUGCUAUGGUGUUUAUAACAAAAAAGAAAAUUUGAAAAAAAAAAUCCCAGGGGAGUAGCAGGAGCCCUUUGCUGUGUGCUCUGUCCAGUGUCAUGAGACGGGAGCCCUUUGCUGUGUGCUCUGUCCAGUGUCAUGAGACGGGAGCCCUUUGCUGUGUGCUCUGUCCAGUGUCAUGAGACGGGAGCCCUUUGCUGUGUGCUCUGUCCAGUGUCAUGAGGCAGGUGUUUGCAAAGCCAGCUCUCGGUUCCGAUGGGGUAUUGCUGACCUACUUUUCUAGGGGAAAUGCUCUUAAACACUGUAAUUAUGCAUUUCUAAUGAAAUAAAAUGUAUUUAUGACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1023.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1075.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 882.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((......(((.((((((((((((.((((.((((((......((((((((.((.((.((.(((.((.((((.((((..(((((.((((.....((((((....)))))).....))))(((.((......))..))).....(((.((((...)))).)))((((((((((((.....((((((((.((.((.(((((((.......))).)))))))).))).)))))........((.((.((((((....))))))))))(((((((((((...(((((((((....((((.((((((.((((.((....((((((((.....((((.(((((((((((........)))))))))..((((((((((..((......))..))))..(((((((.......)))))))......((((...(((.((..(((((.((((.((((...((((((....)).)))).........(((.....))).((((...))))..(((((((..(((((...((((((.....)))).)).)))))))))))))))).))..)).))))).)).))).))))....))))))..((((((.....))).))).)).))))......))))))))...)).)))))))))).))))....(((((((...((...(((..((((...........))))(((((.....((....))....)))))............((((...)))).((((((((((............)).))))))))(((((((((((..(((.(((....))).)))....((((...(((.(........).)))..))))((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((.........(((((......)))))...((((((((.((((................((((((..((......)).)))))).((((((..((....)).)))).))..(((((.........))))).....(((((((......(((((..((.(((.((((((...(((((...)))))....))))))))).))...))))).....((((..(((((.(((((...((...((...(((((((((((((..(((....)))..)))))..)))))..)))...))..))...)))))....)))))..)))).....((......))))))))).))))..)))))))).......)))))))).).)))...)))).))))))))...........(((((.....)))))....(((((.(((((((........)))......((((((((....))((((((.(......((((..(((.(((((.........))))).)))..)))))))))))))))))(((((..((((.((.(((.(((((((.(((((((..(((.....)))..)))))))......((((((((((.............(((......)))....(((.((.(((((((((.(((..(((.((..(((..(((..(((.(((...(.(((((((...))))).)).)..((((((.((((.(((.....)))))..)).)))))).)))))).)))..))).))..)))..))).))))).))))..)).)))((..(((((((....((((((....)).)))).)))))))..))))))).)))))......(((..((((.......((((...)))))))))))..........))))))).)))))))))..))))).........((((.(.((((....))))).).)))....)))).)))))...((((((.((.((((...)))))).))))))(((((((..((....))..))))))))).)))).))))))))..)))..)))))))).))).))..))))))).....((((.....)))).))))))))).....))))).))))))....)).)))))))))).(((....)))......)))))..).))).)))).))))).))...)).))))))))))((((((...)))))).((((((.......))))))(((........))).....)))))))))).))).)))))).))))))((((((((((..((((.(((....)))..)))).....))))))))))(((....))).((((((((((((..(((......)))...(((.((((..((((.(((.....(((......)))))).))))..)))).))).((((..(((.(((((((..((((((.((.((((.(((((((((((.............(((.(((((.((((((((((.(.................).)))))).))))...))))).)))............)))).(((.((.((((.((((.....))).).)))))).))).))).)))).).)))..)).))))))..))))).)).))).))))...((..(((((((.((((((....(((.(((((..(((.(((..(((((.(((.(........).))))))))..))).)))..))))))))...))))))...)))))))..)).)))))))...))))).((((......))))((((((((...................))))))))....(((((.....)))))..)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((.{((,((((.((((((((((((.((((.((((((......((((((((.({..((((.,((.((.((((.((((..(((((.(({{..,,.((((((....)))))).....})))({{.((......))..))).....{{{.({{,...,}}).)}}((((((((((((..,..((((((((.((.((.(((((((.......))).)))))))).)))}})))).,,....,||.((.((((((....))))))))}}(((((((((((...(((((((({...{(((((,(((...,,({{{...,.},}}})})))))}}...(((((((((((........}))))))).)))....{{((((..((......))..)))).,(((((((.......)))))))....,{{......||(,..(((..(({......}))..))).}}}.((((((..(((((.....((.(((((((.((((.,,{,.((((((((,(((.,,{(({{,,({((((((((((((((.(((((((..{{.....}).))))))).)))))))..))),))),.,.,{{{(((.((((({.{{{{|||{|||.|,|({,,({{((({{({{((,({(((..(,{((((((((((.....((.(((((.((((....,.,,......,...))))..),}))).)))}))).....)))))),,}|,.|||{{{{..{{{{,...,..((((((((((((....,.......))}}})))))))),||||,((((,(((.(({....})).)))....((((..{((({..,,,..,..,||||.||||{{{{||||||..,}},}})}))||)|||{(({{{{.((({...|,|,,,{{(((......))))}.}}|}}}|||,.||}}},..}|||.....,,.....||,..({{.....)}),}|}}}|||{,|,,||,,..}|{||||.},..})))),.|,,|,}}}})})),.,}}}}}....})}.,,|}||}}||}(((.{(((((...(((({...}))))....)))))}))}.......,.||{.{{{({.(((((.((((.((((((....)))).))..)))).)))))..,||}}}.,.)}}|}},,||}}}.}}.}}||((({........)))}....,},},}}).))}}}))){.|,.{{{{..{((({{{{||.,{(({((|{{{.....{((({{{{,{{{||,.,|||((((({((.((..,,(((,..(({{(,..,,|.|||,,...|||{||||||{{|.},.|||||}||,,,.{{{({(((,,..|,{((({(,({....}|||{.,|{{.{||||.....,,,,)))}},))}..))}||}}}}}||||}}|||||{,,||,,.||,|||.((((((,.((,(((...{{(,{,....{(((({.|||,..{...,|,.,||||.}}}}}}...,.,}}|....}}).)}..}}||||,.|||||||||||||,..||.(({(((({.,.{|||{|||||,..{,(|||||}{||{{|...}}.,..{(((({.{{{{.(((.....)))})..)}.)))))),.......)))),)},})}},))))}})}.}},...))})},)}})}.))),||||{{{..,,((((((....)).)))).)))))}),},}},)),.)))))}..},.||,..||||,..,,..{(((...))))}}}))),...})))))))))))))..))))}}}|..((((.{......,.)))).|,((((....))))....,,..))))))))))).))..)))))..))))))..(((((.((((((.,((((((((..((....))..))))))))|,((((.((((((.((.(((.,....,))).))..)))))).)))).,,.....)))))))))))))))))))).....))))))))))))....))},))))))))).{((....)))...}}.)))))..).))).)))).)),)).....})))}}))))))))((((((...)))))).((((((.......))))))(((...}}...))).....)))))))))).))).)))))).)))))||(((((((((,{((((,(((....))).,))))..,..)))))))))}|(({{,||||.||{{,||||.{{,,,{{,.,{.||}||{{|,(((,(({{({((,({{,.{..{{{..,.,.},,}}}.)))).,,|||{,},,}}}},})))).))),|||||}}|||||||,{((....}}|((((({((((.......)))}..,})))}||.....(({((((((({(((({.((.,..((({...))))..,.)).,))}}}))))))}...{{((((,,((({.,{{.(((((.{{{{((....,{(|(((((..(((.(((..(((((((((.(...((...|.((((((((..{((.(((..((({{{(((,(......,.).))))))))..))).)))..)))}}}})).|...))...).))))))))..))).)))..))))))}},..))))))...)))))}}})))},,))))))..,)))).((((......)))){{{{{|||,,,,...,..,,,......||||||}}...,,,,{,,,,,,}}),},,)))..
Back