Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001385211.1
Sequence Length
2798 nt
GC Content
0.4825
AUUUUGGAGUCUUCCCUAAGGAUCCUCUACCGGCUUUUCGAGUCAGUGCUGCCGCCGCUGCCCGCGGCUUUGCAGAGCAGGAUGAAUGUGAUAGACCACGUGCGGGACAUGGCGGCCGCGGGGCUGCACUCCAACGUGCGGCUCCUCAGCAGCUUGUUACUUACAAUGAGUAAUAACAACCCUGAGUUAUUCUCCCCACCUCAGAAGUACCAGCUUUUGGUGUAUCAUGCAGAUUCUCUCUUUCAUGAUAAGGAAUAUCGGAAUGCUGUGAGUAAGUAUACCAUGGCUUUACAGCAGAAGAAAGCGCUAAGUAAAACUUCAAAAGUGAGACCUUCAACUGGAAAUUCUGCAUCUACUCCACAAAGUCAGUGUCUUCCAUCUGAAAUUGAAGUGAAAUACAAAAUGGCUGAAUGUUAUACAAUGCUAAAACAAGAUAAAGAUGCCAUUGCUAUACUUGAUGGGAUCCCUUCAAGACAAAGAACUCCCAAAAUAAACAUGAUGCUGGCAAACCUGUACAAGAAGGCUGGUCAGGAGCGCCCUUCAGUCACCAGCUAUAAGGAGGUGCUGAGGCAGUGCCCAUUAGCCCUUGAUGCCAUUCUAGGCUUGUUGUCCCUUUCUGUAAAAGGGGCAGAGGUGGCAUCCAUGACAAUGAAUGUGAUCCAAACCGUGCCUAACUUGGACUGGCUCUCUGUGUGGAUCAAAGCGUAUGCUUUUGUGCACACUGGUGACAACUCAAGAGCAAUCAGUACCAUCUGUUCACUAGAGAAAAAAUCCUUAUUGCGAGAUAACGUGGACCUAUUGGGAAGCUUGGCAGAUCUGUACUUCAGAGCUGGAGACAAUAAAAACUCUGUCCUCAAGUUUGAACAGGCACAGAUGUUGGAUCCUUAUCUGAUAAAAGGAAUGGAUGUAUAUGGCUACCUACUGGCACGAGAAGGGCGGCUAGAGGAUGUUGAGAACCUUGGAUGCCGCCUUUUCAAUAUCUCUGAUCAGCAUGCAGAACCGUGGGUGGUUUCUGGCUGUCACAGCUUCUAUAGCAAACGCUACUCCCGGGCCCUCUAUUUAGGAGCCAAGGCCAUUCAGCUGAACAGUAAUAGUGUUCAAGCUCUGCUACUUAAGGGAGCAGCACUUAGGAACAUGGGCAGAGUCCAAGAAGCAAUAAUCCACUUUCGGGAGGCCAUACGGCUCGCACCUUGUCGCUUAGAUUGUUAUGAAGGCAGAGAACAGAAAUAUGAAGAUGGAAUUGCUUUGCUGAGGAACGCACUGGCUAAUCAGAGUGACUGUGUCCUGCAUCGGAUCCUAGGAGAUUUCCUUGUAGCUGUCAAUGAGUAUCAGGAGGCAAUGGACCAGUAUAGUAUAGCACUAAGUUUGGACCCCAAUGACCAGAAGUCUCUAGAGGGGAUGCAGAAGAUGGAGAAGGAGGAGAGUCCCACGGAUGCCACUCAGGAGGAGGAUGUGGACGACAUGGAAGGGAGUGGGGAAGAAGGGGACCUGGAGGGCAGCGACAGUGAGGCGGCCCAGUGGGCUGACCAGGAGCAGUGGUUCGGCAUGCAGUGAGGGGGCGGCAGCUCCAUGGCCGCAGUGGCCUGCCCUGCUCUGAGCACUUCCGUGGACUGAAGGAACCGUAGGAGCCUGCUCUCAGAAGGACAAUGAUUCAGCAUGUGAUUGCAGCAGGGGUCUCUGCCCCCUCGCUCCCAAUUCCUAGUCGUGACUUCAUUUCUAAAACAGAGCCUGACCAACCUUCCAUGUAUCUCCAUCCUCCCCUGCUCCAGCCAGGGAGGACUGAGGGAGUGCCCCGAGACCCACGCACAUGUUGGGGCUUCUGGGCCAAGAGUACUUUUUAUAUAACUAAUUUCUAAAUCCAAAAGCUCAAGGAAUAGACAGUGUUCUGUGACAUGGAUUGGUUUGAAGGAGUUACCCACCAUCCCAGCACGAUAAUGUCAUCUCCCAAGUUGGAUGGCAGCACGAUCUGGCCCUAGGGAGCUUCCUGUUCCCAGAAGUCAUUGUCCUGGGCUAUCCAGAUGUCCCUAGUAAAUCUUGCUUCCUUCUGCAAUGUUAGUAAUGCCUUAAGCUGACAGUUGCUAUUUUGCAGAACAGUUUUCCUCUUUGCUUAGCUAGUAACUUGCCUCUGAGCCUGGGCUGAUCUGAGAAACAGGUGUGACAAGAGCAUGAACCAGAGGUGCACCUGGGGCAGUUCCCUAAUAAAACUGGUUUGUACAGUCAUGGUGUUGGGGUGAUCAGAAUGGAAGCCCUUUUCAAAAUAGACUCUUAGUAUUUUUGUCUUAUUCGCAAUGCAUUGAUUCAGCCCCAGAAUUAUUUGCCAGAAAUAGACUUUCUUCCCCUGGUGUUGGGAGCCAGGAGGGUUGGAAAGCUCAGGAACCCUGAGCUGGUUCAUCUGUUUGCAUAUUGGGUAGGUUAAUUUCCCUGGAGCCUGAGAGUCUUUGGCCAGAUUUCAGCUGCGUCUGCCUGGCUCUUUUGCUGCAGCUGUGAGAUUGGGGUCUGGUUCCAGCAGUCUGUCACUGGUCAGCCUGAGUAUCACACCCUGAGCUCUGGGGCUGGGAGUUUCUUCCCACACCCUCUCCCUUGUGCCUUAAGUUGCGAUGGCUCUGAGUAUACAAUUAAUCGGAGGUGAGGGGUGGGUGUCACAGCUAAUCCCAAAUUCAAAAAUUAGUCCAAGGUGCUGCAAAAUAUAAAUUUGAUGUCAGUAGAAAGUCGUAUCCUAAAAUGUAAAAACUGUAAGUGUACAGUAGUUAAUGAGCUCAGAACAUCUGAUAACUGCAAUUUAAAAUGGGCAAAAAGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-921.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -970.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 821.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............(((((((((((((((.((((((((..(((((((.((.(((((((.(((((((.((((....)))).......(((((......)))))))))).))))))))).))((((((((((......))))))))))(((((...(((((((((.(((((((.((((((........)))))))))......((((((((((..((((((((.(((..(((((((...(((..(((.(((((.....))))))))((((((((...(((........)))))))))))((((....((((((((...))))....))))....))))....)))...))))))).))).))).)))))..))).))....))))).)))))))))....))))....))))).((((.((......)).)))).........(((((..(((...(((((.((....)).))))).........((((((......((((.((((.((((.......((((..(((((((..((.((((.((((((.((((..((...))..))))))))))..)))))))))))))))))..((((.(((((((.((((((((((((.....)))))))))).(((.((((.(((....))).)))).))).....)).)))).....))).))))((((((.((((((....(.((((((((((((((((....))).))...)))))))).....))))....))))))))))))...........)))).)).)).))))......))))))))).)))))...))).)))).))))))))))).......(((((((((((((....)))...)).))))).)))))))))))).((......))....(((....(((((((..((((((((((((((((((((((..((((.(......).))))....))))))))))..................(((((.(((.(((((((....(((((((.((((((.....)))....(..((((((((.(((.......((((((((.(((.((.((((((((........(((((((((..(((((.((....)))))))..)))..))))))((.(((((..................(((((((((.((((....))))(((((((.((..((((((((........(((((((..(((...(((....)))...))))))))))((((.....(((((((((.(((((.((((((...(((((((...((((.(((((((((((((..(((.......)))..)))).((((.(((.((((..((((.....))))...))))...))).)).)).)))))))))..)))))))))))....((.(((((((((.(((((((..((.((.....((((.((((((((.(((..((((((((((..((.(((..((((..(((..(((((((.((.........)).)))).((..((((((((.......))).)))))..))(((((((((((((..(((((...((.(((((.((.((((((.((..(((((.((((.(((..........)))..))))..)))))..)).)))...........))).)).))))).)).)))))..)))))))))))))......)))..)))....))))..((((.....))))))).))...)))))))))).))).))))))))))))...)).)).))))((((....(((..((((.(.((((((.((....)))))(((((((((((((((((((((.(((((................(((..........)))))))).))))))))(((.(.(((..((((.....((......))))))..)))))))(((..((((((((........)))))))).....)))))))))..((((((.....)))))))))))))...)))).))))..)))....)))).........))).))))))))).)).(((((((..........))))))).((((......)))).)))))).....))))).)))))))))......))))..(((....)))))))))))..))))))))).((((((.(((((((((........(((((((....((((((((..((((.......)))).....))))))))......((((.((.((............((((.............))))..........)).)).)))).)))))))...(((((.....)))))..(((((((((((((((.......)))))).)))..))))))((((((...))))))))))))))))).))))......(((...........))).....)))))))))))))).))....)))))))).))..)))))))))))..(((.(((.(((((.(((.(((.((((..((((..........))))))))))).))).)))))..))))))...))).))))))))..)..(((((.(((((.((.....(((............)))(((((.((......)).))))))).))))))))))))).)))))))...)))..............)))).))).)))))..........))).)))))))))..))))))))))..............((((....))))(((((((......(((((...))))))))))))..........))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,{{{,,,...,{{,((((((((({{{,({(((((,..|||||,|.((.(((((((.(((((((.((((....}))).......(((((......)))))))))).))))))))).))((((((((((......))))))))))(((({...(((((((((,,..||||}|||||{....}}}}}|||||}||.,{{.{((,(((((((..((({((((.(((..(((((((.{,{,,..{((.{((((.....))))}))}((((((((({.,,,......,.)))))))))))((((....(((({{({...})))....))))....))))...,))),..))))))).})).))).}}))|,,|||.}},,,..}})}.,}))}})})....}),...,|||}},.,,,,.,,,,.,{{......,......,,,((({{..{((,,.(((((.((....)).))))).........((((((......((((.((((.((((....,,.((((..(((((((..((.((((.((((((.((((..((...))..))))))))))..)))))))))))))))))..(((,.,,{{|||...{(((((((((.....)))))))))}.(((.((((.(((....))).)))).)))}...,}|.|}},,...||||{||||((({{({((({((.{{{({,,,,|||||{||,|||,}.,||}.,,.,.}}))))),..,,}),)},..|}}}}}}})})}}...........}))).)).}}.))))......))))))}}}.})))),.})))}))))}}))),)))})).,}}}..{(((((((((({,....,},..})).))))).)))))))))))}{{{......})}...{{{|...{((((((..((((((((({((((((((((((..((((.(......}.))))....))))))))))}....,,,,{{,..,.,.{((((,(((.{{{{{||,,|.{((((({.{{||{{....,|||....|}}|((((((({(((,......|||{|{{..{{{.,,.{((((((({{.......||||||||}|{({({.{{...})})}}}},.}||.||},},|(({({,{|}}},.,..,,.....,,,{{{{{{{||,{(((....)))|(((((({{((..((((((((,.......(((((((..{{,...({{....)))...})})))))))((((,,...(((((((((.(((((.((((((.,,(((((((...((((.(((((((((((((..(((.......)))..)))).((((.(((.((((..((((.....))))...))))...))).)).)).)))))))))..)))))))))))....((.(((((((((.(((((((..((,{(.....((((.((((((((.(((..((((((((((..((.(((..{,,{.{((,.,(((({{{.(({{{...,.{||{||||.,,}}||||,||{.,.{{..|}},,}}}).,))(((((((((((((.,(((((...((.(((((.((.((((((.((..(((((.((((.(((..........)))..))))..)))))..)).)))...........))).)).))))).)).))))},,)))))))))))))......))),.)))}}..)))),.,|||.....,,,.))).))...)))))))))).))).)))))))))))).,,},.}}.))))((((....(((..((((.(.((((((,{{....)}}))(((((((((({({,({{,..,.,.......,.,..,,,,,.,{,(({,..,,{{{.(,,(((((...,,,)))}),.}.}|},}||||,,,.,|{||||.,||.,}|..|||{,.|{.,..{{{{{{{{.....,,,))))))))...}}.}})))}}}..((((((.....)))))))))))))...)))).))))..)))....)))).........))}.))))))))).)}.(((((((..........))))))).{(((......)))}.)))))}...},))))).))))))))).....,))))..{{{...,))}))))))))..))))))))),,,{{{(,{(({{((((.{,....,||(((({.,,,|||{{{{{..{{{|,,.....)))),,..,)))))))),|,||,{{{{|{{.||,,..,,}...,,((((.....,.......)}}}..,,.,,...}},}}})}}}.)))}}}),.,|{{{{,,..,}}}}}}.{{((({{((((((((.......)))))).)))..))}}||((((((...))))))))}}}}}}}}}.}}}|,.....(((,{{{....,,.}))|,,,|})})))))})}}}||||||,||}||||||,|,,,||}}}||}}},..|||.|||.|||{|.{{{,|||,||||..{{{{,,,.,,....))))))))))).)}}.}}})}..}))))),,,})),))))))}}..,..{((((.(((((.(({{{,,({{....,..||...})|(((((.{{......}}.))))))).))))))))))})).})))))},..)}}.........,,,..)))}.))),))))}..........})}.)))))))))..)))))))))).....,,,,...((((((....)))))|{{{{{....,,(((((...))))),,}))})..........}})},,,,....
Back