Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386436.1
Sequence Length
2323 nt
GC Content
0.4804
CUUCUUCCGCUGGAGGUAGUCAACCCCUGUACGCGGUUUCCUUCUCCUGCUCUCCUGCUUAUAGAACAAUUGUUCCUCCAGAACAAUUCCUCUCAGCCAUAGUGGCUCUGCUCCCACCAGAUGAUCUCUCAGCUCAUCCUGGUGACUUGCAGGGGUACAGGUCUGCCGGCUAUGUUGCCCAGGCUGGCCUCAAACUCCUGGCUUCAAUGAUCCUCUCAUCUUAGCCUCUUGAGUACUGGGACUAUAAGUGCCCACUGCCACGCCUGGCUGGUUAGGCUACUUUUCUGUGGAUCACAGCCCAUCAUCCACCAAUGCCUUGCCAACAACUGUAAAUGUCUCAUCCCUGAAUCCUGGAACUGAUAACAGCUCUGCCAGGUCUUCAGGUAAGGAGAGCAGGCCAACAGUCUGACUUCCAAGAUAAAUCUGCAGCAGGUGUUCAUCAGAACAGACACCAUGGCAGAGCAUGAUUACCAUGAAGACUAUGGGUUCAGCAGUUUCAAUGACAGCAGCCAGGAGGAGCAUCAAGACUUCCUGCAGUUCAGCAAGGUCUUUCUGCCCUGCAUGUACCUGGUGGUGUUUGUCUGUGGUCUGGUGGGGAACUCUCUGGUGCUGGUCAUAUCCAUCUUCUACCAUAAGUUGCAGAGCCUGACGGAUGUGUUCCUGGUGAACCUACCCCUGGCUGACCUGGUGUUUGUCUGCACUCUGCCCUUCUGGGCCUAUGCAGGCAUCCAUGAAUGGGUGUUUGGCCAGGUCAUGUGCAAGAGCCUACUGGGCAUCUACACUAUUAACUUCUACACGUCCAUGCUCAUCCUCACCUGCAUCACUGUGGAUCGUUUCAUUGUAGUGGUUAAGGCCACCAAGGCCUACAACCAGCAAGCCAAGAGGAUGACCUGGGGCAAGGUCACCAGCUUGCUCAUCUGGGUGAUAUCCCUGCUGGUUUCCUUGCCCCAAAUUAUCUAUGGCAAUGUCUUUAAUCUCGACAAGCUCAUAUGUGGUUACCAUGACGAGGCAAUUUCCACUGUGGUUCUUGCCACCCAGAUGACACUGGGGUUCUUCUUGCCACUGCUCACCAUGAUUGUCUGCUAUUCAGUCAUAAUCAAAACACUGCUUCAUGCUGGAGGCUUCCAGAAGCACAGAUCUCUAAAGAUCAUCUUCCUGGUGAUGGCUGUGUUCCUGCUGACCCAGAUGCCCUUCAACCUCAUGAAGUUCAUCCGCAGCACACACUGGGAAUACUAUGCCAUGACCAGCUUUCACUACACCAUCAUGGUGACAGAGGCCAUCGCAUACCUGAGGGCCUGCCUUAACCCUGUGCUCUAUGCCUUUGUCAGCCUGAAGUUUCGAAAGAACUUCUGGAAACUUGUGAAGGACAUUGGUUGCCUCCCUUACCUUGGGGUCUCACAUCAAUGGAAAUCUUCUGAGGACAAUUCCAAGACUUUUUCUGCCUCCCACAAUGUGGAGGCCACCAGCAUGUUCCAGUUAUAGGCCUUGCCAGGGUUUCGAGAAGCUGCUCUGGAAUUUGCAAGUCAUGGCUGUGCCCUCUUGAUGUGGUGAGGCAGGCUUUGUUUAUAGCUUGCGCAUUCUCAUGGAGAAGUUAUCAGACACUCUGGCUGGUUUGGAAUGCUUCUUCUCAGGCAUGAACAUGUACUGUUCUCUUCUUGAACACUCAUGCUGAAAGCCCAAGUAGGGGGUCUAAAAUUUUUAAGGACUUUCCUUCCUCCAUCUCCAAGAAUGCUGAAACCAAGGGGGAUGACAUGUGACUCCUAUGAUCUCAGGUUCUCCUUGAUUGGGACUGGGGCUGAAGGUUGAAGAGGUGAGCACGGCCAACAAAGCUGUUGAUGGUAGGUGGCACACUGGGUGCCCAAGCUCAGAAGGCUCUUCUGACUACUGGGCAAAGAGUGUAGAUCAGAGCAGCAGUGAAAACAAGUGCUGGCACCACCAGGCACCUCACAGAAAUGAGAUCAGGCUCUGCCUCACCUUGGGGCUUGACUUUUGUAUAGGUAGAUGUUCAGAUUGCUUUGAUUAAUCCAGAAUAACUAGCACCAGGGACUAUGAAUGGGCAAAACUGAAUUAUAAGAGGCUGAUAAUUCCAGUGGUCCAUGGAAUGCUUGAAAAAUGUGCAAAACAGCGUUUAAGACUGUAAUGAAUCUAAGCAGCAUUUCUGAAGUGGACUCUUUGGUGGCUUUGCAUUUUAAAAAUGAAAUUUUCCAAUGUCUGCCACACAAACGUAUGUAAAUGUAUAUACCCACACACAUACACACAUAUGUCAUAUAUUACUAGCAUAUGAGUUUCAUAGCUAAGAAAUAAAACUGUUAAAGUCUCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-799.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -838.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 524.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((..((((((((...((((.((.((.....(((((((((((.((((((((((((((...(((..((((((((.....))))))))..))).)))....(((.((((((...((((((((((.((...)).)))).))))))....)))))).)))(((((.((((((......)))..))).)))))...((((..((((...((((.....))))...))))....))))..(((((((...))).))))..((((....))))((((.((((.........((((((...........))))))....)))).))))(((........)))......((((((.(((((..(((....))).....)))))..))))))..)))))))))))......((((........))))...(((.((.((((...(((.((((.((((((((........((.(((...(((((.....)))))..))))).(((.....)))....(((((((((.(((..(((((((..(((......))))))))))..)))))).......))))))))))))))))))))))))).)).)))..((((((((((((((...........(((((((((((((..(((((((((.(((.....))).((((....))))......((.(((((((((((((((((((((((((....)))).....((((((((((....))))))))))(((..((((((......((((.(((((((..(((((.....(((.((((((.((..((((............)))).))))))))..)))....)))))(((((.(((((.....)))))..)))))....((((...((((((..((((((((((..((((((((((((....)))))).......))))))..))))))))))..)))))).))))..((((.........)))).)))))...))))))..))))))..)))....((((.((((.(.((((((((((((......))))).........(((..(((((((((((((((.........))))))).........((((...((((((((.((((((((((((....(((((....)))))..))))(((((.(((((.((((((((((((.(...((((..(((((......)))))..)))).))))).......))))))))...))))).)))))(((((((...((((...))))(((((((((....(((((..(((((.....)))))....))))).....)))))))))..((.(((((((.....))))))).))......))))))).(((((((((...((((......))))...)).)))))))((((...(((..(((....))).)))...))))..............)))))))).))))))))...))))..((((((..((((((((.((((..((((.(((((((((.(((((((((.((((.(((((.((......)).).)))))))).))......))))))).)))))...)))).)))).)).)).)))))))).))))))..((((((......))))))(((((.....)))))...((((.(((..(((.(((...(((((((...(((((((..........(((((...)))))....(((((((..................)))))))......)))))))......(((((.....)))))))))).))..))))))..))).)))))))))))).)))(((((....))))).))))))).).)))).))))((((((((.(((((((...)))))))))..)))))).)))))))))).)))).(((((.(.......).)))))....))))))))).((((......)))).)))))))))((((((...))))))..))))....))).))))))(((((.(((((.......)))))..)))))))))))))))))))....))).)))...))))).......)).)).))))..))))))))((((((((((((((.(.........((..(((((......).))))..))........)))))))))....))))))...((((((((...(((((..((((......))))..)))))..))))).)))((((((((...(((((............))))).))))))))..........((((.(((((...))))))))))))).....(((.....))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{,.,((((((((,,,((((,((,{{{{,.,((({{,,{{{{.((((({((((((((...(((..((((((((.....))))))))..))).|||,,..(((,({((((...((((((((((.((...)).))))}})))))....)))))},}}}(((((.((((((......)))..))).)))))...((((..((((...((((.....))))...))))....))))..{((((({...})).)))}..||||....))))||{{.{(((.....,,..((((((....,,,,,,,|}||}|.,..||}}.|}}},,..,,,,...,||......((((((.(((((..(((....))).....)))))..))))))..}})))))))}|,.....||{|,..,,,,.}))}...{({,{{.{{(({,,(({.{{{,,{{{|||||{{|||||.|||{({...(((((.....)))))..}}}||.{{{.....|||{||,{(((({(((.(((..(((((((..(((......))))))))))..)))))).,.....)))))))}))))))))))))))))),)),)},..((((((((((((((......,{{{{(((({((.(((((,,(((((((((.(({...,.}|}.((((....}}}}..,{{.{{.((((((({{((((((((((((((((....)))).....{{{(((((({....}))))))}}}|{{|||{{{.{.{.((((((((.(((((((((({,,((((((((..((....{.((.((((((,(((({{(({((,,,,,(((((....))))}||},}{((((.(((((.....)))))..))))}||,.((((...((((((..((((((((((..((((((,,{{{{....}}}})).......))))))..))))))))))..)))))).))))..((((.........)))),{.((((((((.((..(((((((...((((.(((((..((((((((((..((((.{.(((((.(((.(.......}.))).)).))).,.((((((,,,{.....)))},))}}}}}....((((...((((((((.(((((((((({(....(((((....)))))..}}}}(((((.(((((.((((((((((((.{...((((..(((((......)))))..)))).)))))}......})))))))...))))).)))))(((((((...,((,...,|}|(((((((((.,,.(((((..(((((.....)))))....)))))...,,))))))))),.|{.((((((({....))))))).))......))))))).(((((((((...((((......))))...)).)))))))((((...(((..(((....))).)))...)))),||.|,........)))))))).))))))))...))))....(((...))).))))..))))}}}))))..))))).))))..))))))).....((((((((..........(((((((........)))))))(((((((..((((((.,...,{(({{.,|||}||||||{(((...((((....{{{{{(((((....,...(((((.......))))).))))))))))))))}})},.|||{{,,,.........{((({...}))))}}}}}.)))))))))))))......)))))))))).))))))))}},||..{{((((((,{{{{{{{.....)))),,)))}))),})))},..)})))))))).)).,.....))..)))))))))))))(((((.....)))))...)))))).))))))))}}})}..}}))}),.}))))))))),)))},(((((.(.......).)))))}}..)))))))))}{(({......)))).)))))))))|(((({...}))))}..))))}.}),.}}))})))||,((,((,,,.,,}},.,,,,,..}}}}.))))))))))))))....},},))),..,||||,,{{||.||.}},)}))}})))}))))||||||((((((({,(......,,.({..(((((......).))))..})........))))))))).,..)}|||}..,((((((((...(((((..((((......))))..)))))..))))).))}{(((((((...(((((..........,.))))).))))))))....,,,,.,((((.(((((...)))))))))}),),,,..,,|.....)),.}},,..
Back