Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386437.1
Sequence Length
2274 nt
GC Content
0.4802
CUUCUUCCGCUGGAGGUAGUCAACCCCUGUACGCGGUUUCCUUCUCCUGCUCUCCUGCUUAUAGAACAAUUGUUCCUCCAGAACAAUUCCUCUCAGCCAUAGUGGCUCUGCUCCCACCAGAUGAUCUCUCAGCUCAUCCUGGUGACUUGCAGGGGUACAGGUCUGCCGGCUAUGUUGCCCAGGCUGGCCUCAAACUCCUGGCUUCAAUGAUCCUCUCAUCUUAGCCUCUUGAGUACUGGGACUAUAAGUGCCCACUGCCACGCCUGGCUGGUUAGGCUACUUUUCUGUGGAUCACAGCCCAUCAUCCACCAAUGCCUUGCCAACAACUGUAAAUGUCUCAUCCCUGAAUCCUGGAACUGAUAACAGCUCUGCCAGGUCUUCAGGUGUUCAUCAGAACAGACACCAUGGCAGAGCAUGAUUACCAUGAAGACUAUGGGUUCAGCAGUUUCAAUGACAGCAGCCAGGAGGAGCAUCAAGACUUCCUGCAGUUCAGCAAGGUCUUUCUGCCCUGCAUGUACCUGGUGGUGUUUGUCUGUGGUCUGGUGGGGAACUCUCUGGUGCUGGUCAUAUCCAUCUUCUACCAUAAGUUGCAGAGCCUGACGGAUGUGUUCCUGGUGAACCUACCCCUGGCUGACCUGGUGUUUGUCUGCACUCUGCCCUUCUGGGCCUAUGCAGGCAUCCAUGAAUGGGUGUUUGGCCAGGUCAUGUGCAAGAGCCUACUGGGCAUCUACACUAUUAACUUCUACACGUCCAUGCUCAUCCUCACCUGCAUCACUGUGGAUCGUUUCAUUGUAGUGGUUAAGGCCACCAAGGCCUACAACCAGCAAGCCAAGAGGAUGACCUGGGGCAAGGUCACCAGCUUGCUCAUCUGGGUGAUAUCCCUGCUGGUUUCCUUGCCCCAAAUUAUCUAUGGCAAUGUCUUUAAUCUCGACAAGCUCAUAUGUGGUUACCAUGACGAGGCAAUUUCCACUGUGGUUCUUGCCACCCAGAUGACACUGGGGUUCUUCUUGCCACUGCUCACCAUGAUUGUCUGCUAUUCAGUCAUAAUCAAAACACUGCUUCAUGCUGGAGGCUUCCAGAAGCACAGAUCUCUAAAGAUCAUCUUCCUGGUGAUGGCUGUGUUCCUGCUGACCCAGAUGCCCUUCAACCUCAUGAAGUUCAUCCGCAGCACACACUGGGAAUACUAUGCCAUGACCAGCUUUCACUACACCAUCAUGGUGACAGAGGCCAUCGCAUACCUGAGGGCCUGCCUUAACCCUGUGCUCUAUGCCUUUGUCAGCCUGAAGUUUCGAAAGAACUUCUGGAAACUUGUGAAGGACAUUGGUUGCCUCCCUUACCUUGGGGUCUCACAUCAAUGGAAAUCUUCUGAGGACAAUUCCAAGACUUUUUCUGCCUCCCACAAUGUGGAGGCCACCAGCAUGUUCCAGUUAUAGGCCUUGCCAGGGUUUCGAGAAGCUGCUCUGGAAUUUGCAAGUCAUGGCUGUGCCCUCUUGAUGUGGUGAGGCAGGCUUUGUUUAUAGCUUGCGCAUUCUCAUGGAGAAGUUAUCAGACACUCUGGCUGGUUUGGAAUGCUUCUUCUCAGGCAUGAACAUGUACUGUUCUCUUCUUGAACACUCAUGCUGAAAGCCCAAGUAGGGGGUCUAAAAUUUUUAAGGACUUUCCUUCCUCCAUCUCCAAGAAUGCUGAAACCAAGGGGGAUGACAUGUGACUCCUAUGAUCUCAGGUUCUCCUUGAUUGGGACUGGGGCUGAAGGUUGAAGAGGUGAGCACGGCCAACAAAGCUGUUGAUGGUAGGUGGCACACUGGGUGCCCAAGCUCAGAAGGCUCUUCUGACUACUGGGCAAAGAGUGUAGAUCAGAGCAGCAGUGAAAACAAGUGCUGGCACCACCAGGCACCUCACAGAAAUGAGAUCAGGCUCUGCCUCACCUUGGGGCUUGACUUUUGUAUAGGUAGAUGUUCAGAUUGCUUUGAUUAAUCCAGAAUAACUAGCACCAGGGACUAUGAAUGGGCAAAACUGAAUUAUAAGAGGCUGAUAAUUCCAGUGGUCCAUGGAAUGCUUGAAAAAUGUGCAAAACAGCGUUUAAGACUGUAAUGAAUCUAAGCAGCAUUUCUGAAGUGGACUCUUUGGUGGCUUUGCAUUUUAAAAAUGAAAUUUUCCAAUGUCUGCCACACAAACGUAUGUAAAUGUAUAUACCCACACACAUACACACAUAUGUCAUAUAUUACUAGCAUAUGAGUUUCAUAGCUAAGAAAUAAAACUGUUAAAGUCUCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-782.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -822.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 512.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((....((.(((((.((..(((((......).))))..))))))).))....(((((((.(((..((((((((.....))))))))..)))((((((..(((((.((((...((((((((((.((...)).)))).))))))....))))(((((((((((.((((((......)))..))).)))))...((((..((((...((((.....))))...))))....)))).............))))))...)))))...)))))).((((((.....(((((((((((((.(((((((((((((((..(((((((....(((((((...((((.....((...((((((...........((((((((((((..((...(((((....))))))).))).))))))))).(((...(((((.....)))))..)))((.(((.....))).))..))))))..)).....))))....)))))))..)))))))......((((.(((..((((....))))..)))..).))).)))))).....((((((((((((((...........(((((((((((((..(((((((((.(((.....))).((((....))))......((.(((((((((((((((((((((((((....)))).....((((((((((....))))))))))(((..((((((......((((.(((((((..(((((.....(((.((((((.((..((((............)))).))))))))..)))....)))))(((((.(((((.....)))))..)))))....((((...((((((..((((((((((..((((((((((((....)))))).......))))))..))))))))))..)))))).))))..((((.........)))).)))))...))))))..))))))..)))....((((.((((.(.((((((((((((......))))).........(((..(((((((((((((((.........))))))).........((((...((((((((.((((((((((((....(((((....)))))..))))(((((.(((((.((((((((((((.(...((((..(((((......)))))..)))).))))).......))))))))...))))).)))))(((((((...((((...))))(((((((((....(((((..(((((.....)))))....))))).....)))))))))..((.(((((((.....))))))).))......))))))).(((((((((...((((......))))...)).)))))))((((...(((..(((....))).)))...))))..............)))))))).))))))))...))))..((((((..((((((((.((((..((((.(((((((((.(((((((((.((((.(((((.((......)).).)))))))).))......))))))).)))))...)))).)))).)).)).)))))))).))))))..((((((......))))))(((((.....)))))...((((.(((..(((.(((...(((((((...(((((((..........(((((...)))))....(((((((..................)))))))......)))))))......(((((.....)))))))))).))..))))))..))).)))))))))))).)))(((((....))))).))))))).).)))).))))((((((((.(((((((...)))))))))..)))))).)))))))))).)))).(((((.(.......).)))))....))))))))).((((......)))).)))))))))((((((...))))))..))))....))).))))))(((((.(((((.......)))))..)))))))))))))))))))..))).))))))......(((((((.((...)).)))))))..))))))))))))).))))))........((..(((((......).))))..))....))))))).......))))((((..((((((((((...(((((..((((......))))..)))))..)))))....((((((((...(((((............))))).))))))))....((((.(((((.(((((...)))))))).)).)))).......)))))..))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,{.,{,((.((((({(({{((((,{,,,,.|{||},..,,,},}}.}}....{{||,||,|{{..((((((((.....))))))))..},|{(((((..((({(,{(((...((((((((((.((...)).))))}})))))....))))||||,|{((((.((((((......)))..))).))))}...{(((..((((...((((.....))))...))))....))))..{((((({...})).)))}..))))}...))))})}||,}}}}}},,|{{{||||{{{{{.(((((((((((((((..(((,,((,..,,,,,||....{,,,,....,|||..,,((({,(((....,,((((((((((((.,{,...(((((....))))))}.))).))))))))).{{{...(((((.....)))))..))},))))}}}}..(((({({{((((((((.(((..(((((({..(((......))))))))))..)))))).......)))))),.))}})))}.}}))).)))))),,...((((((((((((((......,{{{{(((({((.(((((,,(((((((((.(({...,.}|}.((((....}}}}..,{{.{{.((((((({{((((((((((((((((....)))).....{{{(((((({....}))))))}}}|{{|||{{{.{.{.((((((((.(((((((((({,,((((((((..((....{.((.((((((,(((({{(({((,,,,,(((((....))))}||},}{((((.(((((.....)))))..))))}||,.((((...((((((..((((((((((..((((((,,{{{{....}}}})).......))))))..))))))))))..)))))).))))..((((.........)))),{.((((((((.((..(((((((...((((.(((((..((((((((((..((((.{.(((((.(((.(.......}.))).)).))).,.((((((,,,{.....)))},))}}}}}....((((...((((((((.(((((((((({(....(((((....)))))..}}}}(((((.(((((.((((((((((((.{...((((..(((((......)))))..)))).)))))}......})))))))...))))).)))))(((((((...,((,...,|}|(((((((((.,,.(((((..(((((.....)))))....)))))...,,))))))))),.|{.((((((({....))))))).))......))))))).(((((((((...((((......))))...)).)))))))((((...(((..(((....))).)))...)))),||.|,........)))))))).))))))))...))))....(((...))).))))..))))}}}))))..))))).))))..))))))).....((((((((..........(((((((........)))))))(((((((..((((((.,...,{(({{.,|||}||||||{(((...((((....{{{{{(((((....,...(((((.......))))).))))))))))))))}})},.|||{{,,,.........{((({...}))))}}}}}.)))))))))))))......)))))))))).))))))))}},||..{{((((((,{{{{{{{.....)))),,)))}))),})))},..)})))))))).)).,.....))..)))))))))))))(((((.....)))))...)))))).))))))))}}})}..}}))}),.}))))))))),)))},(((((.(.......).)))))}}..)))))))))}{(({......)))).)))))))))|(((({...}))))}..))))}.}),.}}))})))||,((,((,,,.,,}},.,,,,,..}}}}.))))))))))))))..})),}))))).....,(((((((.{(...}}.))))))).,))|||||||||||{{({{{,....,,,.{,..{{{{{.,,...).}}}}..,}....,,,})))}}}}}}.,,,)||||,,,{((((((((...(((((..((((......))))..)))))..))))).))}{(((((((...(((((..........,.))))).))))))))....,,,,.,((((.(((((...))))))))),),}}},..,,|..,,.)),.)}},..
Back