Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386615.1
Sequence Length
4875 nt
GC Content
0.4987
GAGCAGACACCCAGCGCUGCCGGAACUCGGGGCGCGCAUCCCGCAAGUCGGAACCCGGCGGAUCGGAUCCCGCAGAUCGGAGACGGGGCCUGGAGGGUGGCAGCACGCAAAGGGUGUCCCUGUCCCUCAAGGGGUCAUGGCCUCCAUGUUGCUCGCCCAGCGCCUGGCCUGCAGCUUCCAGCACAGCUACCGCCUGCUGGUGCCUGGAUCCAGACACAUUAGUCAAGCUGCAGCCAAAGUCGACGUUGAAUUUGAUUAUGAUGGGCCUCUGAUGAAGACGGAAGUCCCAGGGCCUAGAUCUCAGGAGUUAAUGAAACAGCUGAAUAUAAUUCAGAAUGCAGAGGCUGUGCAUUUUUUCUGCAAUUACGAAGAGAGCCGAGGCAAUUACCUGGUUGAUGUGGACGGCAACCGAAUGCUGGAUCUUUAUUCCCAGAUCUCCUCUGUCCCCAUAGAGAUGGUGGUCUCACUAUGCGCUGCCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGGACUCAAGUGAUCCUCCCACCUUGGCCUCCCAAAGUGCUAGGAUUUCAGGUUACAGCCACCCCGCCCUGCUGAAACUCAUCCAACAGCCUCAAAAUGCGAGCAUGUUUGUCAACAGACCCGCCCUCGGAAUCCUGCCUCCGGAGAACUUUGUGGAGAAGCUCCGGCAGUCCUUGCUCUCGGUGGCUCCCAAAGGGAUGUCCCAGCUCAUCACCAUGGCCUGCGGCUCCUGCUCCAAUGAAAACGCCUUAAAGACCAUCUUCAUGUGGUACCGGAGCAAGGAAAGAGGGCAGAGGGGCUUCUCCCAGGAGGAGCUGGAGACGUGCAUGAUUAACCAGGCCCCUGGCUGCCCCGACUACAGCAUCCUCUCCUUCAUGGGCGCGUUCCAUGGGAGGACCAUGGGUUGCUUAGCGACCACGCACUCUAAAGCCAUUCACAAGAUCGACAUCCCUUCCUUUGACUGGCCCAUCGCACCGUUCCCACGGCUGAAAUACCCUCUGGAAGAGUUUGUGAAAGAGAACCAACAGGAGGAGGCCCGCUGUCUGGAAGAGGUGGAGGAUCUGAUUGUGAAAUAUCGGAAAAAGAAGAAGACGGUGGCCGGGAUCAUCGUGGAGCCCAUCCAGUCCGAGGGUGGAGACAACCACGCAUCCGAUGACUUCUUUCGGAAGCUGAGAGACAUCGCCAGGAAGCAUGGCUGCGCCUUCUUGGUGGACGAGGUCCAGACCGGAGGAGGCUGCACGGGCAAGUUCUGGGCCCAUGAGCACUGGGGCCUGGAUGACCCAGCAGACGUGAUGACCUUCAGCAAGAAGAUGAUGACUGGGGGCUUCUUCCACAAGGAGGAGUUCAGGCCUAAUGCUCCCUACCGGAUCUUCAACACCUGGCUGGGGGACCCGUCCAAGAACCUGUUGCUGGCUGAGGUCAUCAACAUCAUCAAGCGGGAGGACCUGCUAAAUAAUGCAGCCCAUGCCGGGAAGGCCCUGCUCACAGGACUGCUGGACCUCCAGGCCCGGUACCCCCAGUUCAUCAGCAGGGUGAGAGGACGAGGCACCUUUUGCUCCUUCGAUACUCCCGAUGAUUCCAUACGGAAUAAGCUCAUUUUAAUUGCCAGAAACAAAGGUGUGGUGUUGGGUGGCUGUGGUGACAAAUCCAUUCGUUUCCGUCCCACGCUGGUCUUCAGGGAUCACCACGCUCACCUGUUCCUCAAUAUUUUCAGUGACAUCUUAGCAGACUUCAAGUAAAGAAGCCAUUUCCACUACAGUGAGAAAGCCCGGAUCCCAACAGUUGUCAAAUUGAUUAGUUUGCCUAAUUCAUGUUUUCACUUAAAAGUAUCAGAGGUGAAUGCACAGUGAAGGGUGAUUUGUGGGGAGGGAGCAUUUUUGGUGGUCUUGGGGGAGGGGAGGGGAGGGAAGGGCUGGUGUUGAUUUUCCUCCCUGCAGAGCCAAUGGUGCACAUUGGUUUAAGCCCAGAGAUCCUGCUUGAGCCCUGGACUCAUCUUGGGAAGGGCCAUGGGAGGUCCUGGCUAGAGUUCUGCCCAACCUUGACCAACCCCAGCAAUUUUUCCAAAAGCCAGUCAAGGGCAUUACAUUUGUUCCUGGGACUGGCAGCUGGGCCUCCUGGGUGCCAGUCCAUCUCAAGUGCCAUAUUCUGUGAUCACGGAUGUUGGCUCCCCCUCGCCCUAUGCAAGCAAACACACUCUCACCUCCUCUCCCAGCCUCCCGGAGCUCUGAGCACGCCCCACGCAUGGUGCAGGAGGGACUGGACAGAUCUGAGGAAGGCCGUAAAAUGGGGACAGGAGGAUUCAGCUCAGGAGUAAGGGAAGAGGUCCUCUGGCCCCCUGAAGAUGAGAAUCACCCCUCUCAGUGCACCUGGGGAUCCCCCUAAACUGUGAAUUCUGCCCUGGACAGGGCUUUGCCCUUGGAGGAUCCCCAGGUGGCCUUACCCGUGAUUCUUACUCGGCAUCCUCCAUUCCCCAAACUCCCUCCUCCCUGUUAAAUGUCAACCUAGACCUGGACCUGGGUGGGAGGAAACUGUAGCCUGAGUGUCCACAGGGACACACGUGAGCCACAGGGCUAGAAGCACAGGCCCGUCACCCCAGGAGGAAAAGCCCAGGGUCUGGGGCAGCAGAGCCAUCGCAUCAUGUUUCCCAGGGCAACUUGAGGUCUGACUUUUGGCUCCCUCGCCCUAAGAGGCUCUUCCUCUCUUUUGCUCAUCCACCUUCACACCACUUGUGAGCUGACCCCCAGGAACAGCUUGGCUGUUCCACCAGAGCAGAGGGAAUCAUUGCUGGACUGGAUUUCUUCUGGAGGGAAGCACCAUGAAUUAAAGGUGCCAGAGCUCCAUGCAUGGAAAAGUGGCCUGUUGGUUCAACGUGGUUUCCUUGUACUUGAUCCUCCUGAAAUGAGAGAUUUUCCUGAGAUGACUGAGUAUGGAGAUUACCAGGCAGAUGAUACCGAAAUGCUUAAAGGGGCUGUGGCUGAGGCUGUAGCAUCUCUGCUGGAGGUGAGACACUCUGGGAACUGAUUUGACCUCGAAUGCUCCUAAAAGAGAACUUGAUAGCCUGACAGCAGAGAAGUAUUAUUUGGUGGGGAGUCUGAGAAAGCCUGGCUUGUAUUAUCUGUCCAAAAGGAAGCCUCUUCAUCUCCCGGUGCCUUGGUUGACUAUUUUGGAAAUAGGCAUAUCAAGGUUCCUGAUUCAGCACUUUGCUCUUUUAAUAACAAAUCGUCCAAAGAUCUCAAAGUAAGGGUUUUUUUUUUUAGCUUCCACUCUUCCGCAGACUUGGUCAUCGACCUAUUUUUGUUGAAGAAUGAAAGGCAAUGACAAGUUUAACAUAUACAAAUUCGUGAAUUCUUGUUCAUUUUGCAUUCCUGCAGUCAGUGCUAAUCCGUCGUUCUUAAUCAGGAGUUCUGCCAGGUUUAAGGUCACCUGCACUCCCAGCCAAGUGGUGAUGUAUGCCUCCCACUCUCUGCAAGGUUUUCCUCAUUUUUAUAUUCAUUUAUUCAUCAUUCAUUCAUUCACCUAACUUUCAUUAAAUAGCUGCACCAUCCCAGGCCCUGUGCGGAGCAUCGGGAAUACAAAGAUGAGAUAAAACAUUGUCCCUGCCCCCGGGGGCUCACAUGCCACUGGAAACAACAGACUCUUAAACUAACAAUUCAAGCAGGCGCCAAGUGCUAUGACAGAGGUGUGAAUAAAAGCAUCAGGAAAUCGGAUGGAGAACCACCAUUCACCCAAGGGUCAGAGGAGGUUUCAAAGAAAAGGUGUCAUUGGAGCAGUGUUUUGCAGAAUGAGCCAGAGUUCACCAAGCAGGCAAGGCAAGGAAGGGUGUUGCAGAGAGGGAACAGCAUAUGCAAAGGCGUAUCAGUUCAUGGCAUCACAUCUUUCACUGGGGAAGCCAGUUUCCACAGGCAGCAUCCCAAGGUUCAAUAAGGCCUUAUUUAACAAGCAAGCAAAAUGCAAACCAAACCAUUAUUCAUUUAUUGGCUUAAGUAUGCUUUCUCCUGAAAACUUUAGCAUUGGGUGCAAAUAUUCAGUAUGGUUCUCGGAGUCCAAAGGGUUUUAAGCCAGGGCACAACCAGAAAAGUGGCUCUCUUUGGUAGGGAGAGGGGCUCCAAUAUUUCGUUCUCUCCCCAUGGGGCACUGACAGAGAAAUGAAAUAGUUUUAUCUGGAAAAUUCCAGAGCUAUUAUUUACUCCUUACCAAGGGAAGUUACUUCUUGUAAAAACUUUUAAGCCAUUUAUCAACAAGUUCUUGUUGACUCAGGGCAUAAUGAGUUCCUGAGACAUGCUCUUUUGGGGGCUGGGGCUUUAGCUAGAAGAAUUUCAAGGAAAAGAAUUCUCAGCAGAGCUCAAGAUUGUAGAAACUCAGCAGAAGCUGGUAAAAACAUGGGGAGCCCGGAGGACAGGCUGCUGUCCAGGGCAGAGGCCAUGAAGAAGUGCUUCCGUGGCCGACAGUCUGGAAAUGAAUCCAUCAUACAUUAGUGCCAUAGAGUUUAGUAACCGUCCAGCAAGUGUCAUCACUUUUACAGAAAACAAGGUCCAGUAAUAGCAAGUCUUAGUACAUCCUCACUUUUAUUAUAAAUGGGUGUUUUUUCAUAAUUUUUACUGACGCUCAGUAACCAUGCAAAAUUGUGUAUAGCAUUAAUGUAUCUACAUACCUACACCUAUCUAUAUAUAAGCUCAUGGUAGAAAACCAUAGCUAAGUAGCAUCGCAGACUUAAGCGUACAAAGUGAUCUUGUUCACAAGUAAUCUGUUGACAGUGCCAAUAAAUGAUAAAAAAAAAAUUAACAUGUCACAAUGUAACGGAUGACCAUAUGCACAAUUCCAUGAAUUAAAUCUGUUUCCUGUGUUAGUCAGUAUUCUUAAAUAAAAUUUAUAAUUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1657.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1746.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 1308.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((((((((((.(((.....))))))))((.....))..(((((...)))))(((((.((((.....)))).(((((..(((((((.(((((((((((.(...(((((((((((........))))).)))..))).).)))))).)))))(((((.((((.((((((((((((((((((........))).))).)))))....(((......))).)))))))))))..(((.(((((......((((....((((((.(((.....(((....))).)))))))))))))((((..(((.....)))..))))...((((((((((((((.......)))))....)))).))))).......((((.(((......)))))))))))).)))((((......))))((((((........)))))).((((((....))))))((((((....)))))))))))..))))))).)))))......((((((....(.((((((..(((.((((....)))).)))..)))))).).((((((.....((((((((((((((...((......(((((((.(((...(((((((((((((....)))..(((((.(((...((((((((((((..((((.....))))))))))..(.(((((((((.((((((((.....((((((........)))).)).((((((((((..(((((((((((((...((((((..(((((.(((((....((((((((((..((((..(.((((((((((((((((((.((......)))))))................)))))))..)))))))..........))))))))((((((((((((.(((((((.....))))))).)))...(((....)))............(((((((((((..((((.(((((...(((.((((.....((((((....)))).))......(((((....(.((((........)))))....))))).))))....))).))))).))))...)))))...)))))).(((((..............))))).(((((((..(((((.(((((.(((.(((.(((((((.((....(((.((.(((..(((..((((((((...))))))))..)))...))).)).))))).)))))))....(((((...)))))))).))).).)))).)))))....)))))))))))))))).....(((((((((.(..(((((((...((((((((((((((((.(.......(((.(((((((((((((....)))))).....)))).....(((((..((((...........))))..))))).))))))........).))))))...)))))))))).(((.((..((((((....))))))..)).)))........(((.....)))((((....)))).)))))))..)))))))))))))))).((((((((((.(.(((((((((((........)))))))).))).).....((((((((.((((.(((((.....((...........))..........(((.(((.(.(((((((((((((((((..........((((((.((((((.(.(((((.((((((...(((((.((((((...((((.(((((((.((((((((.((((((((((............((..(((((((....))).))))))..((...))..(((((....)))))...)))))).))))...)))...)))))..)))))))..))))...............))))))..)))))((((((((....(((((.((...(((((((.(((((((((((..((((...(((((.......(((...((.(((((((((.....)))))))))..))...)))....((((((.(((((.((((....(((((((((....((((.((((.(((.(((....))).))).....))))...))))....))))))))).....)))).))))).....(((((......(((((((((.(((((...))))).)))))))))....)))))((((...(((((....)))))...))))................))))))))))).))))..))))))))))).((((((((((..((((..((..(((..((((...))).)..)))..))..)))))))).)).))))........((((.(.(((((((((..(((........)))..)).))))))).)))))((((.(.((((((((((.......((..(((((((((((((.((......(((((....(((((....))))))))))....)).)))))))))))))..)).....)))))))))))))))..)))))))..)))))))))))))))))))))......(((......)))..))))).).))))))))))))(((.(((((.((((((....)))))).)).).)).)))(((((.........))))))))))).((((((((.(((....(((((((((((((..((((((.....(((.(...((((((....)))).)).))))....)))))).)).))))))(((((.....))))).....((((((.................)))))).)))))...((((((((...)))))))).......(((((((((((............)))))))))))(((((((.(((..((((((((.((.((((....((((....))))....)))))).))))))))..))).)))))))...)))..)))))))).((((((((.((....((((.(((.((((((((((((..(((..(((((.((.........((((....)))).((((..(((((....(((((.(((((((.((((...))))((((((..((...((((((.((((((((((....((((((..(((((((((((.((((.((((((..........(((((...((((......((((...........(((....)))))))))))...)))))((.((((((((((.((((((...)))))).)).)))))))).)).(((((...((((((.(((((..((........))..)))))...))))))..)))))..........((((.((.(((((.(((((...((((...))))....))))).))))).))..))))(((((((((....((............)).....)))).))))).))).))))))).))))).))).)))....))))))....))))))........)))).))))))....)).)))))))).))))).)))))..))))))))))))))))..)))..))....................))))).))))).)))))))...))))))))))..)))))))).))).)))).)))))))).)))))))))))).......)))))(((((....)))))((((....))))(((......))))))))........(((((((...........((...(((((((...))))).))...))(((((........)))))........((((((.......))))))....))))))).)))))))))).......)))))))))))))))))).)..)))))).....))))))).))))).))..))))))))...((((((((((((.......((((.(.((((((....))))))).))))...)))..)))))))))(((((.....)))))......))))))..))).((((((......)))))).........(((.......)))........................((((((((.((.((((((((.((.((((.....((((((((....))))))))..)))).))))))...)))).)))))))))))))))...((.(((..(((((((.((((((((((((((.((....))..((((((((((((((((....))).......)))).)))))))))......((((((....))))))...........)))))))))))))).)))))))))).))...((((((((.(((.....(((((((....))))))).....))).))).)))))....)))))))))).))).)))))))(((((((.(((.((.((((((.........)))))))))))))))))).........))...))))))).....)))........)))).((((...((((((....)))))).))))...((((((((((.....))).))))))).......((((......))))....((.(((......))).))...)))))))))))).(((((....))))).............))))).(((((((.((((...((......)).)))))))))))...))))))))).)))........(((((((((.(((.(((((((...(((((((((((......((((....)))).....................((((.(((((.....)))))))))..(((....(((........))))))...((((......))))..((.((((((((.(((((.((.....((.(((........))).)))).)))..)))))))))).))..))))))))))).))))..........)))..))).))..)))))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({((((((((.(((((((((...(((.((((.(,{.{{{{|,..({(((...|||}},,.{|}|,{{},,..,,})})}}|}}},)))).)))..))))))}..))...))))))|({({.{{{,...)))}.||{||.{{|||||||}},},,{(((({,.((({{((((((((((((((((((........)))}})),})))}....(((......))).))))))))))).{((({{.,,,....}}||}|..,.((((((.(((.....(((....))).))))))))}{{{{{((((((((...,,..,.,((((({...}))))},,(((({{{,...}}},,,,|||||}|,....,|,|||,{(((.,(({,....}||||||{,{{,{{,((({{......})))|{{|||.,,,}.},))}}},.((((((....))))))((((((....)))))),}}}}}})|,))}},|)}}}}}}}}}|||||,},..{.((((((..(((.((((....)))).)))..)))))).).(((..,.|}}.,,,,{{.(((((((...{{......(((((((,{((...((((((((({(((....)))..(((((.(({{(((({{((((((((,,(({({,((({|,{||||,}|.{,(((((((({.((((((((.....((({{{.,......}}}}.}}.{{({((((((..{((((((((((({..,((((((..{((((.((({{..((((.....(((((({{,...(((((.((((((((((((....))))))).(((((((((.(((........(((..{{{{(((((((((((...((.(((((({{,....{({.(((,,{(((((.....)))))||{|||...|||}},,))).,,,...{(((((({,.....{{{(((((.,..((((((.(((((({.((.((((,({{{.{|||{.|.....,(((((....(.((((........)))))..,.))))).},.}.}}})),.)))),.))))}}}).((((((........)))))}............}||||}||(((({,,((({(((({(({{({.,{{,{,|}||||......|||,{|.{{({,(({..((((((((...)))))))),,))},{,}}}.}}.))),{(((((((((({((((((...))))}.,))})))))))),})),||{{..,.,,},})))){{({{{{{{{(((((((((.(..(((((((..,((((((((((((((((.{.{.,...(((.(((((((((((((....)))))).....)))).....(((((..((((...........))))..))))).))))))........}.)))))),..}))))))))).|.,.....((((((....)))))).....,,}|,,{||..{{{,,,..}))((((....)))).)))))))..})))))))))|}}...,,,.}}}}|||,|,|||||{{((((,,,,,,..}}})))))})))}},...}))}})}}}|||||....))},,..,}}},}.......)))))...)))))).}.)))))))))))))){.((((((..........((((((.((((((.(.(((({.(((((((((((.(..(((({(((.((((.(((((((.((((((((.(((((((((({{,,.....,..((..(((((((....))).))))}}..{{...,}..{{{{{....}}))),..))))))},)))...))),..}))))..)))))))..)))).......}}})))).)))))))},|}|(((((((((....(((((.((...(((((((,(((((((((((..((((...(((((...,...{{{...((.(((((((((.....)))))))))..))..,)})..,.((((((.(((((.((((....(((((((((....((((.((((.,((,{{(....}}),),,.,,..))))...))))....))))))))).,...)))).)))))....,(((((......(((((((((.(((((...))))).)))))))))....)))))|(((,,.(((((....))))),,.}))|........|||....,)})))}})))).))))..))))))))))).((((((((((..((((..((..(((,.{(({...})).},.)))..))..)))))))).))},)))........((((.{,{(((((({{..(((.,,.....)))..))}})))))),}))))|{(,.(.((((((((((.......((..(((((((((((((.((......(((((....(((((....))))))))))..,.)).)))))))))))))..)).....))))))))))})))),.)))))))..)))))))))))))))))}}}}......{{{......))),,))))).).)))))))))))){((.(((((.((((((....)))))).}}.}.)).))}(((((.........))))))))))).},))))))...))....)))).))))))))}).))),...}}})))))))))((((....)))).((((........)))))))))))))).{((((.....)))))}}}))))))..)))).{(((((.....)))))},((((((...((((((((...)))))))).......(((((((((((.,,....,,..,)))))))))))(((((((.(((..((((((({.((.((((....((((....))))....)))))).})))))))..))).)))))))......|{||{({|......)}}.|||{((((((((((((.((((((((((((..(((..(((((.({.........((({....)))).((((..(((((.,,.(((((.(((((((.((((...))))((((((..{,...((((((.(({{((((((....((((((..(((((((((((.((((.((({{{......,{{,(((((..{((((,{{,,,(((({..........,,,....)}))))),}}},..}}}}}((.((((((((((.((((({...}))))).)).)))))))).)).|,...,,,({{{{|,|{{{{..,,........},..}}}||,,,}}}}}}..)))))}},.......||||,|{.(((((.(((((..,((((...)))).,..))))).))))).}}..}}||(((((((((..,.,(,...........)),.,..))))}}))),.))).))))))).))))).)))},)).,..))))))....)))))).......,)))}.))))))....},.)))))))),})))).))))),,)))))))))}))))))..)))..)}.,,...}})))))))).,,,.))})}..,.(((((..(((((..((.((({.....,,{,({,,.......((((((((..((.(({..((({...,,..{{{{........},)))))))}))}}((((.(((......))).))))........,.....................))))).)))..))))})))).)))))))))))).......)))))))},,((((((.......))))))......)))))))))))))))).......}))))))))))))))))).)..})))))...,,)))})))}})))).))..))))))))..||{{(((((((((.,,,,,.((((.(.((((((....))))))).)))).,,}},..})})))))),(((({{{,.},,,))))).)))))))|}}}),((((((......)))))).........{,,.{{,...})).........,,.,,......,,.||((({(({,{{.{(((({{{.||,{{{{..,,,{{{|||||,...}}))))))..)))),))))))...,})),))))}}}})))))))...,|.{{{.,(((((((.((((((((((((((.((,...}}..{(((((((((((((((....))).......)))))}}))))))|,,....((((((....))))))}}},,......)))))))))))))).))))))))}).)}...{{{{{{{{.(((.....(((((((....)))))))...,.))).}},.})))),,}}))))))))))}))),)))))))(((((((.(((.(,{(((((({........))))))))))))))))))....,,|.,},...)))))))..))})),...|||||}}}}.((((...((((((....)))))).))))...((((((((((.....)))}})))))).,,,,,,{(((..,,..}})},||{.,.,,.((({,{{{..(({..,,,.||{|||.{{{{,(({{{.||,,,{{{{.,..(((({{{(({.(((,,,(,(((({,.,{.,,,,,|,.}}},,}},|||...|)))))),}.,,,.......{((((((...})))))|..{{{,..|||{(({{{{{{.|,..,{({{.....,,...,}}}..,}},}}}},}},((((.(((((.....)))))))))..,,,|,...||}})))}..)),}},...|,||}}}}}}),,}..|}}|,,||,||}||,||},......{,.,..........,,.,|||,.,,,.,))),}}))))}))..)))))))}}}|,}}})}......,}}))),}))),)},.}}}}}},..............}}},,,,}}}..
Back