Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386679.1
Sequence Length
1517 nt
GC Content
0.4258
AGUCUACGCCUGUGGAGCCGAUACUCAGCCCUCUGCGACCAUGGCUGUGCUGGCGGCACUUCUGCGCAGCGGCGCCCGCAGCCGCAGCCCCCUGCUCCGGAGGCUGGUGCAGGAAAUAAGAUAUGUGGAACGGAGUUAUGUAUCAAAACCCACUUUGAAGGAAGUGGUCAUAGUAAGUGCUACAAGAACACCCAUUGGAUCUUUUUUAGGCAGCCUUUCCUUGCUGCCAGCCACUAAGCUUGGUUCCAUUGCAAUUCAGGGAGCCAUUGAAAAGGCAGGGAUUCCAAAAGAAGAAGUGAAAGAAGCAUACAUGGGUAAUGUUCUACAAGGAGGUGAAGGACAAGCUCCUACAAGGCUUACCUAUUUCUACUCCAUGUACCACCAUAAACAAAGUUUGUGCUUCAGGAAUGAAAGCCAUCAUGAUGGCCUCUCAAAGUCUUAUGUGUGGACAUCAGGAUGUGAUGGUGGCAGGUGGGAUGGAGAGCAUGUCCAAUGUUCCAUAUGUAAUGAACAGAGGAUCAACACCAUAUGGUGGGGUAAAGCUUGAAGAUUUGAUUGUAAAAGACGGGCUAACUGAUGUCUACAAUAAAAUUCAUAUGGGCAGCUGUGCUGAGAAUACAGCAAAGAAGCUGAAUAUUGCACGAAAUGAACAGGACGCUUAUGCUAUUAAUUCUUAUACCAGAAGUAAAGCAGCAUGGGAAGCUGGGAAAUUUGGAAAUGAAGUUAUUCCUGUCACAGUUACAGUAAAAGGUCAACCAGAUGUAGUGGUGAAAGAAGAUGAAGAAUAUAAACGUGUUGAUUUUAGCAAAGUUCCAAAGCUGAAGACAGUUUUCCAGAAAGAAAAUGGCACAGUAACAGCUGCCAAUGCCAGUACACUGAAUGAUGGAGCAGCUGCUCUGGUUCUCAUGACGGCAGAUGCAGCGAAGAGGCUCAAUGUUACACCACUGGCAAGAAUAGUAGCAUUUGCUGACGCUGCUGUAGAACCUAUUGAUUUUCCAAUUGCUCCUGUAUAUGCUGCAUCUAUGGUUCUUAAAGAUGUGGGAUUGAAAAAAGAAGAUAUUGCAAUGUGGGAAGUAAAUGAAGCCUUUAGUCUGGUUGUACUAGCAAACAUUAAAAUGUUGGAGAUUGAUCCCCAAAAAGUGAAUAUCAAUGGAGGAGCUGUUUCUCUGGGACAUCCAAUUGGGAUGUCUGGAGCCAGGAUUGUUGGUCAUUUGACUCAUGCCUUGAAGCAAGGAGAAUACGGUCUUGCCAGUAUUUGCAAUGGAGGAGGAGGUGCUUCUGCCAUGCUAAUUCAGAAGCUGUAGACAACCUCUGCUAUUUAAGGAGACAACCCUAUGUGACCAGAAGGCCUGCUGUAAUCAGUGUGACUACUGUGGGUCAGCUUAUAUUCAGAUAAGCUGUUUCAUUUUUUAUUAUUUUCUAUGUUAACUUUUAAAAAUCAAAAUGAUGAAAUCCCAAAACAUUUUGAAAUUAAAAAUAAAUUUCUUCUUCUGCUUUUUUCUUGGUAACCUUGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-446.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -476.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 353.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((..(((((((((((((..((((((((((......((((((((((.(((.......((((....)))))))))).))))))).(((((.((((...)))).)))))...........)))))..)).)))..))))).....(((((((....)))))))...((((....)))).((((...((....)).)))).....((((((........))))))(((......))).)))))))).))..(((((((.((((..(((((((((((.........(((((((((...(((((...(((((((((((((((....(((((.(........).))))).((((..((((((.((((((.(((((.(.(((((((..((((...))))((((((....)).))))((((.(((((.((.(.((........)).).)).))))).))))..))))))).).))))).))))))....((((..(((((..........)))))..))))...((((....))))))))))..))))..(((((.((((((.....(((.....))).....)))))).)))))......(((..((.(((((......))))).))..))))))))))))...((((...(((....((((((((.(((.((((......)))).)))...))))))))...)))....))))((((.........)))).((((((((((((((...(((((...(((.((((.((((....................(((.(((((....)))))..)))..(((((((....)))))))............(((((..((....)))))))..)))).)))))))......(((((((((.((((((((((....(((((((.((((((((.........(((((((....((....))....))))))))))))).)))))))))))))))((((.(((((((((((((........((.((((((((...........)))))))).)).................))))).)))))))).)))).((((........))))...((((((..........))))))..((((((...((.....))...)))))))))).)))))))))((((((((((((.....))))))).....)))))....((((((((..........(((((((((((((....(((((.(((......(((.(((.((((((((......))))).)))))).)))....)))))))).....))).))))..))))))............))))))))..)))))))))))))...))))))....(((((.((((((((......)))))))).))))).............))))))...))))).....((((((((.((......))...))))))))............))))))))))))))))))))..))))..)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((..(((((((((((((..(({,(((((,,.,{{,((((((((({,(((,....,,((((.,.,)}))))))))}})))))).(((((.((((...)))).)))))..........,}))),.,)),)))..))))).....(((((((....)))))))...{{({..,.}))}.{{{{.,.,{....)).))}}.....((((((........)))))){((......))).)))))))).))..(((((((.((((..(((((((((((........,(((((((((...(((((,,,((({(((|{{{{,,,,...(((((.(........).))))).,,(({{((((((.{(((((.(((((.{.(((((((,,((,..,,}))){(((((....))}},}}((((.(((((.((.(.({........}}.}.)).))))).)))),.))))))).).))))).))))))....((((..(((((.{{.....}})))))..)))}...((((....)))))))))),})))}..{((((.((((({..,(((({.....},,.}))))))))).})))),.....(((((((((((((......{(((......)))}{{{.{(((..(((((.((((.{...((((((((.(({.((((......)))).}}}...))))))))..||||,{{,{{{{{{,..,,|,,,}.}))),,||,|,,||{{{,.....,,|{,.||{,.},},.}})))}.......,............).)))).))))).)))}.}}},.{((((((....))))))}({{.........)}},.)))),,))))))))..}}.,{(((((((((..{{.(((((((((.((((((((((....(((((((.{{(((((({...,,,..,((((({....,{,,..,}...,)))))}))))))).}})))))))))))))((({.(((((((((((((...,.,..((.((((((((.{{.....}}.)))))))).))............,....))))).)))))))).}))).((((........)))}...{{{||{,,{{,....,))))||..({{{{{,..{{.....}}...})))}})))).)))))))))}}{.((((((((.....)))))))),}(({{(((..,.((((((((.,,.......(((((((((((((.,..(((((.(((....,.{{{.(({{((({((((,.....))))).)))))).,)).,.,))))))))..,..))).)))).,))))))............))))))))....)))))).,..)))))))},}}...|((({.((((((((......)))))))).})))}.......}}}}.}))))))...}}}}},....((((((((.({......)}...))))))))...,........))))))))))))))))))))..))))..)))))))..
Back