Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386685.1
Sequence Length
1631 nt
GC Content
0.4372
AGUCUACGCCUGUGGAGCCGAUACUCAGCCCUCUGCGACCAUGGCUGUGCUGGCGGCACUUCUGCGCAGCGGCGCCCGCAGCCGCAGCCCCCUGCUCCGGAGGCUGGUGCAGCUUGCAGGGCACAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGAAGGCCAACGCAGGAGGAUCGCUUGAGCCCAGGAGUUUGAGACCAGCUUGGAAAUAAGAUAUGUGGAACGGAGUUAUGUAUCAAAACCCACUUUGAAGGAAGUGGUCAUAGUAAGUGCUACAAGAACACCCAUUGGAUCUUUUUUAGGCAGCCUUUCCUUGCUGCCAGCCACUAAGCUUGGUUCCAUUGCAAUUCAGGGAGCCAUUGAAAAGGCAGGGAUUCCAAAAGAAGAAGUGAAAGAAGCAUACAUGGGUAAUGUUCUACAAGGAGGUGAAGGACAAGCUCCUACAAGGCAGGCAGUAUUGGGUGCAGGCUUACCUAUUUCUACUCCAUGUACCACCAUAAACAAAGUUUGUGCUUCAGGAAUGAAAGCCAUCAUGAUGGCCUCUCAAAGUCUUAUGUGUGGACAUCAGGAUGUGAUGGUGGCAGGUGGGAUGGAGAGCAUGUCCAAUGUUCCAUAUGUAAUGAACAGAGGAUCAACACCAUAUGGUGGGGUAAAGCUUGAAGAUUUGAUUGUAAAAGACGGGCUAACUGAUGUCUACAAUAAAAUUCAUAUGGGCAGCUGUGCUGAGAAUACAGCAAAGAAGCUGAAUAUUGCACGAAAUGAACAGGACGCUUAUGCUAUUAAUUCUUAUACCAGAAGUAAAGCAGCAUGGGAAGCUGGGAAAUUUGGAAAUGAAGUUAUUCCUGUCACAGUUACAGUAAAAGGUCAACCAGAUGUAGUGGUGAAAGAAGAUGAAGAAUAUAAACGUGUUGAUUUUAGCAAAGUUCCAAAGCUGAAGACAGUUUUCCAGAAAGAAAAUGGCACAGUAACAGCUGCCAAUGCCAGUACACUGAAUGAUGGAGCAGCUGCUCUGGUUCUCAUGACGGCAGAUGCAGCGAAGAGGCUCAAUGUUACACCACUGGCAAGAAUAGUAGCAUUUGCUGACGCUGCUGUAGAACCUAUUGAUUUUCCAAUUGCUCCUGUAUAUGCUGCAUCUAUGGUUCUUAAAGAUGUGGGAUUGAAAAAAGAAGAUAUUGCAAUGUGGGAAGUAAAUGAAGCCUUUAGUCUGGUUGUACUAGCAAACAUUAAAAUGUUGGAGAUUGAUCCCCAAAAAGUGAAUAUCAAUGGAGGAGCUGUUUCUCUGGGACAUCCAAUUGGGAUGUCUGGAGCCAGGAUUGUUGGUCAUUUGACUCAUGCCUUGAAGCAAGGAGAAUACGGUCUUGCCAGUAUUUGCAAUGGAGGAGGAGGUGCUUCUGCCAUGCUAAUUCAGAAGCUGUAGACAACCUCUGCUAUUUAAGGAGACAACCCUAUGUGACCAGAAGGCCUGCUGUAAUCAGUGUGACUACUGUGGGUCAGCUUAUAUUCAGAUAAGCUGUUUCAUUUUUUAUUAUUUUCUAUGUUAACUUUUAAAAAUCAAAAUGAUGAAAUCCCAAAACAUUUUGAAAUUAAAAAUAAAUUUCUUCUUCUGCUUUUUUCUUGGUAACCUUGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-482.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -516.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 433.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((..(((((((((..((((.(..(((.((((((..((((((((((.(((.......((((....)))))))))).))))))).((((((((((((((((((((((...((.((((......))))..)))))))...))))).)))))))........))))).)).))))..)))..)..))))..((((((((..(((......(((((((((.......))))))))).....(((((((....)))))))...((((....)))).........))))))).)))).....((((((........))))))(((......)))))))))))).))..(((((((.((((..(((((((((((.........(((((((((...(((((...(((((((.((((.......(((((.(........).)))))....(((((((.(((((((...(((((((((((.((((((.(((((.(.(((((((..((((...))))((((((....)).))))((((.(((((.((.(.((........)).).)).))))).))))..))))))).).))))).))))))....((((..(((((..........)))))..))))...((((....)))))))).)))))))..(((((.((((((.....(((.....))).....)))))).)))))......(((((((((((((.......(((......)))((((.((((..(((((.((((.(...((((((((.(((.((((......)))).)))...)))))))).(((((.((.....((((.........))))..)).)))))...........(((.(((.......))))))....................).)))).))))).)))).)))).(((((((....)))))))(((.........)))..)))).)))))))))....)))))))..........(((((((((.((((((((((....(((((((.((((((((.........(((((((....((....))....))))))))))))).)))))))))))))))((((.(((((((((((((........((.((((((((...........)))))))).)).................))))).)))))))).)))).((((........))))...((((((..........))))))..((((((...((.....))...)))))))))).)))))))))((((((((((((.....))))))).....)))))....((((((((..........(((((((((((((....(((((.(((......(((.(((.((((((((......))))).)))))).)))....)))))))).....))).))))..))))))............))))))))...))))))).....(((((....)))))((((.((((((((......)))))))).))))........)))).)))))))...))))).....((((((((.((......))...))))))))............))))))))))))))))))))..))))..)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((..(((((((((,..((((((((((((((....,(((((((((((,((,...,{{(((,{{{.|||||,||,}|||}|||,.,,,}}|{|||{{||{|||||,|}}}||}|||{...,.{||,,..)))))),..,))))),),}}}},.})}}}.)))))))))...)),,))).{{{{{.{{{.,.}}},,,}}}}}......(((((((((.......})))))))).....(((((((....)))))))...{{({....}})}.{{{{.,.,|,...)}.)))}.....((((((........)))))),{{......)))))))))))).))..(((((((.((((..(((((((((((........,(((((((((...(((((,,,(({{(({|{{{{||||...(((((.(........).)))))....{((({(({(({{{{{.,.(((((((((((.{(((((.(((((.(.(((((((,,(({..,,})))((((((....)))}}))((((.(((((.((.(.((........)).}.)).))))).))))..))))))).).))))).))))))....((((..(((((.{{.....}})))))..)))}...((((....))))))))}}})))))..(((((.((((({..,(((({.....,,}.}))))))))).})))),.....(((((((((((((......{(((......)))|{{{.((((..(((((.((((.{...((((((((.(({.((((......}))).,}}...)))))))}.,||||,{{,{{{{{{,..,,|,,,,.}))),,||,|,,||{{{......,,||,.|||..},},.}})))}....................).)))).))))).)))).}}},.{((((((....))))))}({{.........))),.)))),,))))))))..})))|||||{{{{,..{,.(((((((((.((((((((((....(((((((.{{(((((({...,,,..,((((({....,{,,..,}...,)))))}))))))).}})))))))))))))((({.(((((((((((((,..,.,..((.((((((((.{{.....}}.)))))))).))............,....))))).)))))))).}))).((((........)))}...{{{||{,,{{,....,))))||..({{{{{,..{{.....}}...})))}})))).)))))))))||(.((((((((.....)))))))).}{{||(({..,.{(((((((.,{.......((((({(((((((.,..(((((,{({.,..|,{{|.(({{((({((((,.....))))).)))))).,)}.,.,))))))))..,..))).)))).,))))))............)))))))}...,)))))),|,.|||}}})}},),,.|{(({.((((((((......)))))))).})))}....,,,|}}},}}))))}...}}}}},,...((((((((.({......)}...))))))))...,........))))))))))))))))))))..))))..)))))))..
Back