Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386686.1
Sequence Length
1636 nt
GC Content
0.4279
AGUCUACGCCUGUGGAGCCGAUACUCAGCCCUCUGCGACCAUGGCUGUGCUGGCGGCACUUCUGCGCAGCGGCGCCCGCAGCCGCAGCCCCCUGCUCCGGAGGCUGGUGCAGCGCAGCUCCCACUUAUGAGUGAGAACAUAAGCUGUUUGGUGUUUCCAUUCCUGAGUUACUUCACUUAGAAUAAUAGUCUCCAAUUCCAUCCAGGUUGCAGAAAUAAGAUAUGUGGAACGGAGUUAUGUAUCAAAACCCACUUUGAAGGAAGUGGUCAUAGUAAGUGCUACAAGAACACCCAUUGGAUCUUUUUUAGGCAGCCUUUCCUUGCUGCCAGCCACUAAGCUUGGUUCCAUUGCAAUUCAGGGAGCCAUUGAAAAGGCAGGGAUUCCAAAAGAAGAAGUGAAAGAAGCAUACAUGGGUAAUGUUCUACAAGGAGGUGAAGGACAAGCUCCUACAAGGCAGGCAGUAUUGGGUGCAGGCUUACCUAUUUCUACUCCAUGUACCACCAUAAACAAAGUUUGUGCUUCAGGAAUGAAAGCCAUCAUGAUGGCCUCUCAAAGUCUUAUGUGUGGACAUCAGGAUGUGAUGGUGGCAGGUGGGAUGGAGAGCAUGUCCAAUGUUCCAUAUGUAAUGAACAGAGGAUCAACACCAUAUGGUGGGGUAAAGCUUGAAGAUUUGAUUGUAAAAGACGGGCUAACUGAUGUCUACAAUAAAAUUCAUAUGGGCAGCUGUGCUGAGAAUACAGCAAAGAAGCUGAAUAUUGCACGAAAUGAACAGGACGCUUAUGCUAUUAAUUCUUAUACCAGAAGUAAAGCAGCAUGGGAAGCUGGGAAAUUUGGAAAUGAAGUUAUUCCUGUCACAGUUACAGUAAAAGGUCAACCAGAUGUAGUGGUGAAAGAAGAUGAAGAAUAUAAACGUGUUGAUUUUAGCAAAGUUCCAAAGCUGAAGACAGUUUUCCAGAAAGAAAAUGGCACAGUAACAGCUGCCAAUGCCAGUACACUGAAUGAUGGAGCAGCUGCUCUGGUUCUCAUGACGGCAGAUGCAGCGAAGAGGCUCAAUGUUACACCACUGGCAAGAAUAGUAGCAUUUGCUGACGCUGCUGUAGAACCUAUUGAUUUUCCAAUUGCUCCUGUAUAUGCUGCAUCUAUGGUUCUUAAAGAUGUGGGAUUGAAAAAAGAAGAUAUUGCAAUGUGGGAAGUAAAUGAAGCCUUUAGUCUGGUUGUACUAGCAAACAUUAAAAUGUUGGAGAUUGAUCCCCAAAAAGUGAAUAUCAAUGGAGGAGCUGUUUCUCUGGGACAUCCAAUUGGGAUGUCUGGAGCCAGGAUUGUUGGUCAUUUGACUCAUGCCUUGAAGCAAGGAGAAUACGGUCUUGCCAGUAUUUGCAAUGGAGGAGGAGGUGCUUCUGCCAUGCUAAUUCAGAAGCUGUAGACAACCUCUGCUAUUUAAGGAGACAACCCUAUGUGACCAGAAGGCCUGCUGUAAUCAGUGUGACUACUGUGGGUCAGCUUAUAUUCAGAUAAGCUGUUUCAUUUUUUAUUAUUUUCUAUGUUAACUUUUAAAAAUCAAAAUGAUGAAAUCCCAAAACAUUUUGAAAUUAAAAAUAAAUUUCUUCUUCUGCUUUUUUCUUGGUAACCUUGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-477.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -511.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 408.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((..(((((((((((((((((((.((((.((.((.((((((((((.(((.......((((....)))))))))).)))))))...)).)))))))))))).(((((...(.((.((((....)))).)).)....))))).(((.....)))...((((((......)))))).............((((((.((((.((..(........)..)).))))..))))))..))))).....(((((((....)))))))...((((....)))).((((...((....)).)))).....((((((........))))))(((......))).)))))))).))..(((((((.((((..(((((((((((.........(((((((((...(((((...(((((((.((((.......(((((.(........).)))))....(((((((.(((((((...(((((((((((.((((((.(((((.(.(((((((..((((...))))((((((....)).))))((((.(((((.((.(.((........)).).)).))))).))))..))))))).).))))).))))))....((((..(((((..........)))))..))))...((((....)))))))).)))))))..(((((.((((((.....(((.....))).....)))))).)))))......(((((((((((((.......(((......)))((((.((((..(((((.((((.(...((((((((.(((.((((......)))).)))...)))))))).(((((.((.....((((.........))))..)).)))))...........(((.(((.......))))))....................).)))).))))).)))).)))).(((((((....)))))))(((.........)))..)))).)))))))))....)))))))..........(((((((((.((((((((((....(((((((.((((((((.........(((((((....((....))....))))))))))))).)))))))))))))))((((.(((((((((((((........((.((((((((...........)))))))).)).................))))).)))))))).)))).((((........))))...((((((..........))))))..((((((...((.....))...)))))))))).)))))))))((((((((((((.....))))))).....)))))....((((((((..........(((((((((((((....(((((.(((......(((.(((.((((((((......))))).)))))).)))....)))))))).....))).))))..))))))............))))))))...))))))).....(((((....)))))((((.((((((((......)))))))).))))........)))).)))))))...))))).....((((((((.((......))...))))))))............))))))))))))))))))))..))))..)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((..((((((((({,{{.((({{{((((.((.((.((((((((({,(((,....,,((((.,.,)})))}}))),,))))))...)).)))))))))))},{((((..,{.((.((((....)))).)}.}....))))}.,(({{{{,.,|,{.((((((......)))))),,,..,,,.,,{{,,((((,({{{.{(,.{........}..}},)))),.)))))),,}},,,.....(((((((....)))))))...{{((....)})).,,||,}}||....}|.,,,,.....((((((........)))))){((......)))})))))))).))..(((((((.((((..(((((((((((........,(((((((((...(((((,,,(({{(({|{{{{||||...(((((.(........).)))))....{((({(({(({{{{{.,.(((((((((((.{(((((.(((((.(.(((((((,,(({..,,})))((((((....)))}}))((((.(((((.((.(.((........)).}.)).))))).))))..))))))).).))))).))))))....((((..(((((.{{.....}})))))..)))}...((((....))))))))}}})))))..(((((.((((({..,(((({.....,,}.}))))))))).})))),.....(((((((((((((......{(((......)))|{{{.((((..(((((.((((.{...((((((((.(({.((((......}))).,}}...))))))}}.,||||,{{,{{{{{{,..,,|,,,,.}))),,||,|,,||{{{......,,||,.|||..},},.}})))}....................).)))).))))).)))).}}},.{((((((....))))))}({{.........))),.)))),,))))))))..})))|||||{{{{,..{,.(((((((((.((((((((((....(((((((.{{(((((({...,,,..,((((({....,{,,..,}...,)))))}))))))).}})))))))))))))((({.(((((((((((((,..,.,..((.((((((((.{{.....}}.)))))))).))............,....))))).)))))))).}))).((((........)))}...{{{||{,,{{,....,))))||..({{{{{,..{{.....}}...})))}})))).)))))))))||(.((((((((.....)))))))).}{{||(({..,.{(((((((.,{.......((((({(((((((.,..(((((,{({.,..|,{{|.(({{((({((((,.....))))).)))))).,)}.,.,))))))))..,..))).)))).,))))))............)))))))}...,)))))),|,.|||}}})}},),,.|{(({.((((((((......)))))))).})))}....,,,|}}},}}))))}...}}}}},,...((((((((.({......)}...))))))))...,........))))))))))))))))))))..))))..)))))))..
Back