Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001386689.1
Sequence Length
1523 nt
GC Content
0.4143
AGGACAGUCACGCGACGGGUUCUGGUCCAAAAACCGCCUAAGUGCUCCGAUAACACCCAGGGACUCGCCUAUUUUUACAGCGCGUUUCUACUUCCAAGGAAAUAAGAUAUGUGGAACGGAGUUAUGUAUCAAAACCCACUUUGAAGGAAGUGGUCAUAGUAAGUGCUACAAGAACACCCAUUGGAUCUUUUUUAGGCAGCCUUUCCUUGCUGCCAGCCACUAAGCUUGGUUCCAUUGCAAUUCAGGGAGCCAUUGAAAAGGCAGGGAUUCCAAAAGAAGAAGUGAAAGAAGCAUACAUGGGUAAUGUUCUACAAGGAGGUGAAGGACAAGCUCCUACAAGGCAGGCAGUAUUGGGUGCAGGCUUACCUAUUUCUACUCCAUGUACCACCAUAAACAAAGUUUGUGCUUCAGGAAUGAAAGCCAUCAUGAUGGCCUCUCAAAGUCUUAUGUGUGGACAUCAGGAUGUGAUGGUGGCAGGUGGGAUGGAGAGCAUGUCCAAUGUUCCAUAUGUAAUGAACAGAGGAUCAACACCAUAUGGUGGGGUAAAGCUUGAAGAUUUGAUUGUAAAAGACGGGCUAACUGAUGUCUACAAUAAAAUUCAUAUGGGCAGCUGUGCUGAGAAUACAGCAAAGAAGCUGAAUAUUGCACGAAAUGAACAGGACGCUUAUGCUAUUAAUUCUUAUACCAGAAGUAAAGCAGCAUGGGAAGCUGGGAAAUUUGGAAAUGAAGUUAUUCCUGUCACAGUUACAGUAAAAGGUCAACCAGAUGUAGUGGUGAAAGAAGAUGAAGAAUAUAAACGUGUUGAUUUUAGCAAAGUUCCAAAGCUGAAGACAGUUUUCCAGAAAGAAAAUGGCACAGUAACAGCUGCCAAUGCCAGUACACUGAAUGAUGGAGCAGCUGCUCUGGUUCUCAUGACGGCAGAUGCAGCGAAGAGGCUCAAUGUUACACCACUGGCAAGAAUAGUAGCAUUUGCUGACGCUGCUGUAGAACCUAUUGAUUUUCCAAUUGCUCCUGUAUAUGCUGCAUCUAUGGUUCUUAAAGAUGUGGGAUUGAAAAAAGAAGAUAUUGCAAUGUGGGAAGUAAAUGAAGCCUUUAGUCUGGUUGUACUAGCAAACAUUAAAAUGUUGGAGAUUGAUCCCCAAAAAGUGAAUAUCAAUGGAGGAGCUGUUUCUCUGGGACAUCCAAUUGGGAUGUCUGGAGCCAGGAUUGUUGGUCAUUUGACUCAUGCCUUGAAGCAAGGAGAAUACGGUCUUGCCAGUAUUUGCAAUGGAGGAGGAGGUGCUUCUGCCAUGCUAAUUCAGAAGCUGUAGACAACCUCUGCUAUUUAAGGAGACAACCCUAUGUGACCAGAAGGCCUGCUGUAAUCAGUGUGACUACUGUGGGUCAGCUUAUAUUCAGAUAAGCUGUUUCAUUUUUUAUUAUUUUCUAUGUUAACUUUUAAAAAUCAAAAUGAUGAAAUCCCAAAACAUUUUGAAAUUAAAAAUAAAUUUCUUCUUCUGCUUUUUUCUUGGUAACCUUGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-423.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -454.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 343.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((....)))..)))))(((......)))((.((((((.(((.....(((((((..(((.((((........(((((((((((........))))))..(((((((((.......))))))))).....(((((((....))))))).........)))))...(((((((((((((..((((((...((((((........)))))).(((........(((((((.(((.....)))))))))).......))).((....))............))))))..))...))))))...)))))...(((((.(........).))))).......))))))).)))))))(((((((((((.((((((.(((((.(.(((((((..((((...))))((((((....)).))))((((.(((((.((.(.((........)).).)).))))).))))..))))))).).))))).))))))....((((..(((((..........)))))..))))...((((....)))))))).)))))))..(((((.((((((.....(((.....))).....)))))).)))))....((..((..(((((........((((......))))......)))))...))..))))))))))).))............(((((((((.(((((((...(((((..(((((.....((((.........)))).((((((((((((((...(((((...(((.((((.((((....................(((.(((((....)))))..)))..(((((((....)))))))............(((((..((....)))))))..)))).)))))))......(((((((((.((((((((((....(((((((.((((((((.........(((((((....((....))....))))))))))))).)))))))))))))))((((.(((((((((((((........((.((((((((...........)))))))).)).................))))).)))))))).)))).((((........))))...((((((..........))))))..((((((...((.....))...)))))))))).)))))))))((((((((((((.....))))))).....)))))....((((((((..........(((((((((((((....(((((.(((......(((.(((.((((((((......))))).)))))).)))....)))))))).....))).))))..))))))............))))))))..)))))))))))))...))))))....(((((.((((((((......)))))))).))))).((((((((((((.....((((...)))).....))))))))))))))))).........((((((.......)))))))))))))))))))))).)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((.(((....)))..)))))(({......}))((.((((((.(((.....(((((((..(((.((((.{{{,...((({(((((((,,,,,...,}}},,..{{{{(((({.......}}})))))).....(((((((....)))))))...,,{,..}}))),..((((((((((({(..(((((({{.((((((........)))))).(((........(((((((.(((.....}}}))))))).,,....))).||,...))..........,,})))))}},)..})))))}..,)))))...(((((.(........).)))))..,}}}.))))))).)))))))(((((((((((.((((((.(((((.(.(((((((..(({...,})))((((((....))))}))((((.(((((.((.(.((........)).}.)).))))).))))..))))))).).))))).))))))....((((..(((((.{{.....}})))))..)))}...((((....))))))))}}})))))..(((((.((((({..,(((({.....,,}.}))))))))).}))))....((..((.,(((((,{....,.((((......)))).,}.},))})}...))..)}))))))))).)).......,,...(((((((((.(((((((...((((({.((((({{{..((({,{{|,,.,,}}}}.((((((((((((((...,{(((,..(((.((((.((((.........,............,.|{||,.,||||||,..,|,..,{{||||,,..))))}||{......,,,..(((({,,({....))))))}.,)))).)))))))..,},,(((((((((.((((((((((....(((((((.{{(((((({...,,,..,((((({....,{,,..,}...,)))))}))))))).}})))))))))))))((({.(((((((((((((...,.,..((.((((((((.{{.....}}.)))))))).))............,....))))).)))))))).}))).{(((........)))}...{{{||{,,{{,....,))))||..({{{{{,..{{.....}}...})))}})))).))))))))){(({((((((((.....)))))))},},,}|||{....((((((((.,{.......(((((((((((((.,..(((((,(((.,..|.{{{.(({{((({((((,.....))))).)))))).,)).,.,))))))))..,..))).)))).,))))))............))))))))..}})))))))))))...))))))....{{{{{.((((((((......)))))))).))))),|||{{{{|||||,,,..{{{...,||||...,,||||||}||}},,}}))...,}}}}}||..||,}},....,,}))))}},)))))))))))}})))).....,,...
Back