Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387012.1
Sequence Length
4639 nt
GC Content
0.4106
GAAAUGAGCAACCUGAAUUACUCGGAGGAGAAAGGCAGGAGAGAUAGAGGCAGCAGAAGCCAGGGCAGCUGAAAGACAGAGACCUUCAGUCUGAACCAACAACAAGCAAAGUUAAAUUAUGGAUAUCCAAGGGAGUCUAUAGAAGGUCCAUGCAAGACAUUUUGACUACUUGUCUGAACUAGAUAUCCCUUGAAUGUGCACACAAAAAGUGAAUGGGUCAUUUGAUAAGCAUGGAGAGAAAAUUUAUGUCCUUGCAACCAUCCAUCUCCGUAUCAGAAAUGGAACCAAAUGGCACCUUCAGCAAUAACAACAGCAGGAACUGCACAAUUGAAAACUUCAAGAGAGAAUUUUUCCCAAUUGUAUAUCUGAUAAUAUUUUUCUGGGGAGUCUUGGGAAAUGGGUUGUCCAUAUAUGUUUUCCUGCAGCCUUAUAAGAAGUCCACAUCUGUGAACGUUUUCAUGCUAAAUCUGGCCAUUUCAGAUCUCCUGUUCAUAAGCACGCUUCCCUUCAGGGCUGACUAUUAUCUUAGAGGCUCCAAUUGGAUAUUUGGAGACCUGGCCUGCAGGAUUAUGUCUUAUUCCUUGUAUGUCAACAUGUACAGCAGUAUUUAUUUCCUGACCGUGCUGAGUGUUGUGCGUUUCCUGGCAAUGGUUCACCCCUUUCGGCUUCUGCAUGUCACCAGCAUCAGGAGUGCCUGGAUCCUCUGUGGGAUCAUAUGGAUCCUUAUCAUGGCUUCCUCAAUAAUGCUCCUGGACAGUGGCUCUGAGCAGAACGGCAGUGUCACAUCAUGCUUAGAGCUGAAUCUCUAUAAAAUUGCUAAGCUGCAGACCAUGAACUAUAUUGCCUUGGUGGUGGGCUGCCUGCUGCCAUUUUUCACACUCAGCAUCUGUUAUCUGCUGAUCAUUCGGGUUCUGUUAAAAGUGGAGGUCCCAGAAUCGGGGCUGCGGGUUUCUCACAGGAAGGCACUGACCACCAUCAUCAUCACCUUGAUCAUCUUCUUCUUGUGUUUCCUGCCCUAUCACACACUGAGGACCGUCCACUUGACGACAUGGAAAGUGGGUUUAUGCAAAGACAGACUGCAUAAAGCUUUGGUUAUCACACUGGCCUUGGCAGCAGCCAAUGCCUGCUUCAAUCCUCUGCUCUAUUACUUUGCUGGGGAGAAUUUUAAGGACAGACUAAAGUCUGCACUCAGAAAAGGCCAUCCACAGAAGGCAAAGACAAAGUGUGUUUUCCCUGUUAGUGUGUGGUUGAGAAAGGAAACAAGAGUAUAAGGAGCUCUUAGAUGAGACCUGUUCUUGUAUCCUUGUGUCCAUCUUCAUUCACUCAUAGUCUCCAAAUGACUUUGUAUUUACAUCACUCCCAACAAAUGUUGAUUCUUAAUAUUUAGUUGACCAUUACUUUUGUUAAUAAGACCUACUUCAAAAAUUUUAUUCAGUGUAUUUUCAGUUGUUGAGUCUUAAUGAGGGAUACAGGAGGAAAAAUCCCUACUAGAGUCCUGUGGGCUGAAAUAUCAGACUGGGAAAAAAUGCAAAGCACAUUGGAUCCUACUUUUCUUCAGAUAUUGAACCAGAUCUCUGGCCCAUCAGGCUUUCUAAAUUCUUCAAAAGAGCCACAACUUCCCCAGCUUCUCCAGCUCCCCUGUCCUCUUCAAUCCCUUGAGAUAUAGCCAACUAACGACGCUACUGGAAGCCCCAGAGCAGAAAAGAAGCACAUCCUAAGAUUCAGGGAAAGACUAACUGUGAAAAGGAAGGCUGUCCUAUAACAAAGCAGCAUCAAGUCCCAAGUAAGGACAGUGAGAGAAAAGGGGGAGAAGGAUUGGAGCAAAAGAGAACUGGCAAUAAGUAGGGGAAGGAAGAAUUUCAUUUUGCAUUGGGAGAGAGGUUCUAACACACUGAAGGCAACCCUAUUUCUACUGUUUCUCUCUUGCCAGGGUAUUAGGAAGGACAGGAAAAGUAGGAGGAGGAUCUGGGGCAUUGCCCUAGGAAAUGAAAGAAUUGUGUAUAGAAUGGAAGGGGGAUCAUCAAGGACAUGUAUCUCAAAUUUUCUUUGAGAUGCAGGUUAGUUGACCUUGCUGCAGUUCUCCUUCCCAUUAAUUCAUUGGGAUGGAAGCCAAAAAUAAAAGAGGUGCCUCUGAGGAUUAGGGUUGAGCACUCAAGGGAAAGAUGGAGUAGAGGGCAAAUAGCAAAAGUUGUUGCACUCCUGAAAUUCUAUUAACAUUUCCGCAGAAGAUGAGUAGGGAGAUGCUGCCUUCCCUUUUGAGAUAGUGUAGAAAAACACUAGAUAGUGUGAGAGGUUCCUUUCUGUCCACUGAAACAAGGCUAAGGAUACUACCAACUACUAUCACCAUGACCAUUGUACUGACAACAAUUGAAUGCAGUCUCCCUGCAGGGCAGAUUAUGCCAGGCACUUUACAUUUGUUGAUCCCAUUUGACAUUCACACCAAAGCUCUGAGUUCCAUUUUACAGCUGAAGAAAUUGAAGCUUAGAGAAAUUAAGAAGCUUGUUUAAGUUUACACAGCUAGUAAGAGUUUUAAAAAUCUCUGUGCAGAAGUGUUGGCUGGGUGCUCUCCCCACCACUACCCUUGUAAACUUCCAGGAAGAUUGGUUGAAAGUCUGAAUAAAAGCUGUCCUUUCCUACCAAUUUCCUCCCCCUCCUCACUCUCACAAGAAAACCAAAAGUUUCUCUUCAGAGUUGUUGACUCAUAGUACAGUAAAGGGUGGAGGUGAUAUGGCAUUCUGAAAGUAGGGAGGGACUAAGUCAGUCAUCAUACUAAACAAAAAUCCCAGUACCCUUUCCUUAUUUAGCUACCAGAAUGAUGACAGACAGACUCAAACCCUGUCAAGACAGGACCCUGGAGGAUCCUCCUAUGGGGAAACUGCAUAAUCUGAAAAAAAGGCUGACAGAUACAAAUAGUUGAGGAUCCUUCAACACAAAAGCUGCGUGUCUGCCCUAUUACUCACCUGACGAUGAAGCCCACAAUGCAACAAAUCCCUUCCACUCACAGCAUUUGGUCAACCUGUCAGAGCCUCAUUCUUAAUUAUGAAAAGUAGUCAAUGAACACAAUACAUUUGAGGGAAAGGCCGUAACAUGAAAGGCACCAACAAAUAAAUGUGAGAGUAGAUAGAGACCUUUUGAGUAUAAAAGAUCCUCCAAAAUAAGAGAUUAAACCAAGAUAGAGGAAAACACAGUAGCUGGGAAACAAGGAAUCCAACGCAGGAGAAAGUGAAGAGAAUUCCCAGGAUGUUGGUGUGUAGCAGGCUUAGAAAGCAAGUCAUUCAUGUUGGAGCAGGACUCUUAAAGGACUCUAGGAGAGAUGUCUCCCAGAAAAAGAAGAAAUUAAUUGAUUCAUACACAUUGAGAGGGAUUUAGAUUUCUCUUGCAGAGAUUGAGAUAAACUAGUCGUAAAUACAUAGAAAAAUAAGCAAGUAAAAACGCAAUACAGUUUUUAAGUGCUAGAGGAAAAGAAACUUUUGUAUUAGAGAGGAAAUAUAACCACAGUACACUACAUGGCUCAGCUGUGAAUAAUAUUUACAUAGAGGAUAAUGUGAAUAUAAUAGUCUCCCAUUAUCUGUGGUUUUGCUUUCUGCAGUUCAGUUACAGCCAGCCAGUCUGAAAAUAUUAAAUGGAAAAUUCCAGAAAUAAUUCUUAAGUUUUAAAACAUGUGCUGUUUUGAGUAGCAUGUUGAAAUCUCGCACUAUCACCCUCCACCCAUGUUCUGGGCAGGGCAAAGUGGGAUGGUGUGAGAUUUCUCCAGUGGAUCCACAAUGUAUAUGCUACCCACCCAUGAGUCACUUAGUCAUCAUCCAGUUGCUCAGAUCAACUGUUGUGGUAUAACAGUGCUUGUGUUAAAGUCACUCUUAUUUUACUUACUAAUGUCCCCAAAGCAUAAGAGUAGUGAUGCUGGCAAAUAAGAUACACCAAAGAGAAGCUGUAAAGUGCUUCCUCUAACAGAAAAUGUGAAAGUUCUUGACUUAAUAAGGAAAGAAAAAAAACACAUGCUGAAGUUGCUAAGAUCUACAGUAAGAACAAAUCCAUCUGUAAAAUUGUGAAGAAGGCAAAAGAAAUUUGUGCUAGUUUUGCUGUUGCACCACAAGCUGCAAAAAUUAUUUAUUACACCCCACGGUGUGUGAUAAACACUUAGUUAAGAUGAAAAGGUAUUAAAUUUGUGGGUGGAAGACAUGAACAGAAAUGUGUUCCAAUUGACAGCAAUCGGGUUUGGUACUAUUUGGGUUUGGUGCUAUUCGUAUUCAGGGUCUUGGAAUGCAACUCCCACAGAUAAGGGGGUGCUGCUGGAGUGAAAUACUGUGAUAUAACCUUUUUUUCAGGAAAUGAAGGGAGAAGAUGUGUACGUGUGUGGGAGAGGUAUAAGAGACCUAGGUUGCCAUAUUCUAUCACAGAAAAUGCAUAAUAACUAAAUCUGGAAAAUGAUGAAUAGCUGUACAACCAUAUUAUUUAGCAAUAGGAGGUAAAUACAGGUAGAAGCAGAAGAAAGAAUGGGCAGGGGUUACCUCUAUGGAGAAGCUGGGGUGGGAGGAUAGGGUGGGGACUUAUUUUACGAACUGUGUAAUUGCCUAACUUGUGAAUAUGUAUUUCUGAAGUAAAAUAAAAAUUAAGUUAAAAUUAAAUUUUAAAAUUCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1289.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1378.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 1067.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(.(((((((((..((.(((....))).))..))))((((.((((((.....(((((..((((((((...((((.((.....)).))))............)))............((.((((.(((((((((((......(((.((.(((((............))))).)).))))))).))))))).)))).))(((.....)))...((((((..((((((.((.((............((((.(((((...((((((.(((((.((...(((((((((.(((((.....((((((((((((....(((((((((((((((((((((.(((......))).)))))..))))))......((((((...(((((.(((...))).)))))...))))))..((((((((......(((((((....(((((.......(((((((((......))...((((((.....)))))).....))))))).....))))).....))))))).(((......)))(((((((((........)))))).)))(((.(((((((.((.....)).))).)))).)))))))))))..))))).......)))))...(((((((((((............((((((((((((....(((((((((..(((((((...(((((.(((((.(((.((((((..((((....)))).)))))).......)))))))).....)))))....))))..(((((((((((((..(((...)))...)).)))))))))))...............))).)))))).)))...))))))))..)))).((((((((((...))))))))))......))))))))))).)))))).)))))))))))..)))))))))..(((((((((((((((.....(((..(((((.....((((((((((...(((.........(((......))))))...))))))))))...))))))))........))).))))).)))))))...)).)))))..))))))...))))).))))............)).)).))))))...))))))((((....)))).))))))))))...))))))))))......))))).)...((((((((((..(((((....))))).(((((((((..((....(((((.((((((..(((.(((.(((.......(((.(((.((((.((((...(((.(((((.(((((((((((((......))).)...))))))))).))))).)))...)))).)))).)))....(((((.((.((((((((((..........(((((((((((((...))))))))).))))........(((((................))))).......(((((.(..((((((((...((.(((.....((((((............))))))...))).)).....))))))))....).)))))....))))))))))))..))))).(((((((((((((......((..((((....))))..))...((((((..............))))))....((.((((((((((((((...((((((((((((((..((((((.(.......((.....((((((((.((((.....)))))))................((..((..((((....((((((((((((...((((((((((.((((.....((((((.((..((((.......)))).(((((((...((((((((..(((((((...........(((.......))).(((((((((((((((((.((((.(...).)))))))))))).................(((.((((((((.(((((.((((.((.........)).)))).))))).)))))))).)))..(((((((...)))))))..............((((...(((((..((((((((((.((((.....((((((((((.....))))))))))(((((....))))).......(((.(((.(((((.........))))).))))))...........(((((((((.((((..(((....)))...))))..(((((((((((((.(((.((((.((((....)))))))).))).....))))))))....)))))...........((((((((..(((((.(((..........((((((......))))))(((((((((..((..(((((...(((...........))).)))))..))..))..))))))).........(((((.......))))).))).)))))))))))))..((((.....)))))))))))))...)))).))))))).)))..))))))))).....((((((((((.(((((.........))))).).)))))))))........((((((....))))))...(((((....(((.((((((.(((((((((((((..(((.(((.((((.......))))))).)))..)))))......)))..)))))..)))))).))).......)))))))))))))).))))))).)))))))).....)))))))((((((((.....)))).))))..)))))))).....)))).))))....(((((..(((((((.(((((((((..((((((((((((((..............................))).))).)))))......)))..))))))...((((..(((.((.....(((((....)))))....((((((((((((((((..(....(((((...(((.......))).)).)))...)..))))..)))))))))))).......)))))..)))).))).)))))))))))).........((.......))........))))))..))))))...))))))..))))))..)).((((.((((...(((((......((((((............((((((((....((..((((((((((.(((((((((......((((...............((((((....)))))).(((((.........................)))))...))))....(((((((.((.....(((......))).....)).......)))))))..))))))))).).((..((((...))))..))..)))))))))..))....))))))))....(((.(((((....))))).)))..............)))))))))))......(((((((((....)))))))))...)))).))))........))))).................((((..(((((((........)))))))..)))).(((((((((...(((((......)))))..........(((((((((((.((((((...))))))....((((((((((........))))))))))..(((((((((.((((((((((...(((.....)))((((((((.(((.(.....).)))....((((...((((....))))..))))...........((((((((.....))))))))(((((((((.((((((((((((((((.((((...(((.((((...)))))))...)).))))))))))))))))))....(((....))).....)))))))))((((((((((((.((((..((((((((...((((.(((((((((((((((...))))))))((((......)))).(((((((((((....((....)).....))).))))))))..)))).)))))))....))).......((((((((........)))).))))..(((...(((((....(((((..(((...)))..)))))......))))).))).....((((((...(((((...((.....))...)))))...((((.......))))......((((((((.((..(((....)))..)).))).))))).....((((((((((((...)).))))))))))..))))))...)))))..)))).....))))))))))))..))).))))).((..((((((((((..(((...((((((((..(((((((........)))))))))))).)))....)))))))))))))..))))))))))))))))).))))....))))...))))))).......))))))))).))...).)))))))))))((((.....((((((.((((((.......))))...)).)))))).....))))....................(((......((.....((.(((((..(((...(((((....)))))..)))...))))).))....))......)))..))))))))).........)))))))))))))).))))))).))))))))))).......))).))).)))..))))))...))))).....)).)))))).)))...........................))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{.(((({((((..((.(((....))).))..))))((((.((((((.{...(((((.,((((((((({,,(........,)))})}}},.................}},......((.((((.((((((((((((,{{{,(((.,,.,((({.....,,}....)))})}))..,))))).))))))).)))).))(((.....)))...{(((((..((((((.((.((............((((.(((((...((((((.(((((.((...(((((((((.(((((.....((((((((((((...,(((((((((({((((((((({.(((......))}.}))}|.|}))))}{{,,..{{{{{{.,.{{{({|{{|...)))|)))}|,,,}}}})).,|||((((..{{{{((((((,,...,(({((.,,{...,|||{||,,.,,...||...{((((|.....}))))}.,,{{|,,,,,|{|...,))),....,))))}}),{{{......)))(((((((((........)))))).)))|||.|||||||..|},,..,,.,,,.{|||{||,.,,)))))}}))))}......,))))).,.(((((((((((............((((((((((((....{,,((((((..(((((((...(((((.(((((.(((.((((((..((((....)))).)))))).......)))))))).....)))))....)))).,(((((((((((((..(({...)))...)).))))))))))),..............))).)))))).}},...))))))},,})))).((((((((((...))))))))))......))))))))))).)))))).)))))))))))..)))))))))..(((((((((((((((....{(((,.{{(((.....((((((((((...(((........,{{{......))))))...))))))))))...))))))))........))).))))).)))))))...)).)))))..))))))...))))).))))............)).)).))))))...)))))}((((....)))).})))))))))..,))))))))))......))))).}...((((((((((,.(((((....))))).{{(((((((..{{.{{.(((((.((((((..(((.((({({({{.(((((((.(((.((((.((((,..(((.(((((.((((((((({{(({,....)))}....))))))))).))))).))).},)))).)))).)))((((.......)))}.{({....,,,...((((((,{(((((((((...})))))))).||||{,.,......|,}}}}}},,{,....,...........,.,..,|,},,.,,,,(((((,.(..((({..((((((((...{{.{{,....)))))..{{(((.((((((((((({....}})},.{((((...{{((,...,..))))...))))}.,..,,{(({{...,}}},((((....)))))))).))))||}}}},.}))))))).}))).,))))))}.((((((((((((((...((((((((((((((..((((({(({...{{(....,,......(((.((((.....)))))))......,..,....,|||....}}}))))}..((((((((((((...((((((((((.((((.....((((((.{{..((((.......)))).(((((((...((((((((..(((((((.,,........{{{.,,....}}}.((((((((,((((((((.((((.,...,,)))}))))))))..,.,............(((.{(((((((.{((((.((({.((.......,.)).}))).))))}.)))))))}.))).,(((((((...))))))),...,.......,}{{({...(((((..((((((((((.((({{,,.{((((((((((.....))))))))))|{||{....}}}},.,,,...{{{.(((.(((((.........))))).)))})}...........(((((((((,((((..{{{....}}}...)))}.,(((((((((((((,{(({(({{{((((....)))))))).}})})...))))))))....))))).|,.....,,.((((((((,.,((((.(((......,...((((((......))))))(((((((({..((..(((((,,,((,.......,,..)),.)))))..))..},,},)))))).........,((((.....,,)))},.))).)))))))))))))..((((.....)))))))))))))...}))).))))))).)))..)))))}}}}.....(((((((((,{({(((.........)))),,).)))))))))........((((((....)))))).,{(((((.,{.(((.((((((.((((((({(((((..(((.(((.((((......,))))))).)))..}))))......))),.}))))..)))))).)))...}...)))))))))))))).))))))).)))))))).....))))))),((((({{.....)))),)}}}..}})))))).....}))).)))),...(((((..(((((((.(((((((((..((((((((((((((..,...,,.......,,.............))).)))},})))......}}}..)))))),..((((..(((.{{.....(((((....)))))....((((((((((((((((..(....(((((...(((.......))).)).)))...)..))))..)))))))))))).......,})))..)))),))).))))))))))))...,,{,..{{.......}}..,...,,})))))..))))))...)))))).{(((((....(((((.{((,,....,,|},..,,.((((({{{{{{{,...,,{((({{((...{((.{((((,((((..(((,,,(({......|||({{{{{{,,......{(((((.,{{{{|||||.(((((.....,,,{{{.,,...((,,.,,.|||}...,{{{{.{{{(((((((.{,.....(((......))).....)}.......))))))}..,})))})))}).,{..((((...,}}).,))}.})))),)))}.},....)))))),,.,..(((.(((((....))))).)))....,,,..,,....,},.}}},,,....,||||{|{{{|,...,}})))))),,,,.|{{{{.{,,....,,))).}.....,...........((((..(((((((........)))))))..)))).}||}}.......)))))))}}}.|}||||...,,,,,{((((({{,,,,.{(((({...||||}}....((((((((((........)))))))))).,||||,|,||,|||,||}})},}}|||}}}}})),,|||||}}}}.}}}..||..,}||,...,,{,...{(((....}))|,,|,,,.}}},..,,,,||,,(((({{{{{|,,....)|||{|||||}((((((((((((((((.((((...(((.(((,...}))))))...)).)))))))))))))))))).,,.{((,...)})..||{,||||||,,((((((((((((.((((..(((((...((((((.....,.))))))(((({{{,{{||||{((((,,,,,,}}}|,((((((((,{{....{{....)}.....}}}.))))))))..}))),}|)))},....}.,.......((((((((........))))}})))..(((...(((((....(((((..(((...}))..)))))......))))).})}...,{{{{,,,.,,{((((,..{,.,...,,...})))}...||||,,....|||||......|||,||||,||,||||}}}}),)}}))})}}.},,,,,.,,.((((((((((((...)).)))))))))}...,}}}}...)))))..)))).....)))))))))))).}).)})}.}},....|||||||,,|}}|||.,,,{{{({(,.{(((((((........))))))))}})}.,,,..{{|||||,,,||||,.{{(((|||.||,,|}|||,,}},,},.||||...})))})},|||..}}||||{((((.....))))))))},,,,|||||,.}}.))))))}}.,||}}..}}})))).{||||}|,{{{{{,{{||||{{....|........,....}))}.....}})}}}}}|.,{|,.,,|||...,{{{,,...,,},,)))))....)))))).......)}})}......))))))))).........))))))))))))))})))))))))))).))),)).......,,..))).)))..))))))...))))).....)).))))))}.}}..........,,.,.......,,.,.,))))))))))...
Back