Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387076.1
Sequence Length
3253 nt
GC Content
0.4928
GUGCUCUGUGGAGAGCCCCACGACGGCGGCGGUCGCGGCACCUUUAAGGUGGAGGGCUCAAGCCCCUCGUGCGGCUUCCCAAUCCUGGGCAGGUCACGUGGCUUCACACCUUCGCUUGGCGCCGGAGAGGGAGUCUCGGGGGCGGGGCUGGCCAGGUAGUGUGGCGCGAGGGCGGAAGACUGGCGGGGCUUCGUGCCCGGGAGACCCGCCGGGCUGGCGGCAUUGAGGAAGAAGAAGCAGGAAGGAUAAAAGAUUGCUGGGACAACCAGGAAGCACCUGCUCUCUCCACGUGUAGUAAUGCCAAUAUCUUUCGAAGGAUAAAUGCCAUAUUGGAUAAUUCUCUGGAUUUCAGUAGAGUCUGCACUACACCUAUAAACCGAGGAAUUCAUGAUCAUUUGCCAGACUUCCAGGACUCUGAAGAAACAGUUACAAGCAGGAUGCUUUUCCCAACCUCUGCGCAAGAAUCUUCCCGUGGCCUCCCAGAUGCAAAUGACUUGUGCCUUGGCCUGCAGUCCCUCAGUCUGACAGGCUGGGACCGACCCUGGAGCACCCAGGACUCAGAUUCCUCAGCCCAGAGCAGCACACACUCGGUACUGAGCAUGCUCCAUAACCCACUGGGAAAUGUCCUAGGAAAACCCCCCUUGAGCUUCCUGCCUCUGGAUCCCCUUGGGUCUGACUUGGUGGACAAGUUUCCAGCACCCUCAGUUAGAGGAUCACGCCUGGACACCCGGCCCAUCCUGGACUCUCGAUCUAGCAGCCCCUCUGACUCAGACACCAGUGGCUUCAGCUCUGGAUCAGAUCAUCUCUCAGAUUUGAUUUCAAGCCUUCGCAUUUCUCCACCUCUGCCCUUCCUGUCUCUGUCAGGGGGUGGUCCCAGAGACCCUUUAAAGAUGGGGGUAGGGUCUCGGAUGGACCAAGAGCAAGCUGCUCUUGCUGCAGUCACUCCCUCCCCAACCAGUGCUUCAAAGAGAUGGCCAGGAGCUUCUGUGUGGCCAUCCUGGGACCUCCUCGAAGCUCCCAAAGACCCCUUCAGCAUAGAGAGAGAGGCCAGGCUGCACCGACAAGCUGCAGCUGUGAAUGAAGCCACCUGUACCUGGAGUGGCCAGCUUCCUCCCCGGAACUAUAAGAACCCCAUCUACUCUUGCAAGGUGUUUCUAGGAGGUGUUCCUUGGGAUAUUACAGAAGCUGGAUUAGUUAACACCUUCCGUGUUUUUGGCUCUUUGAGUGUGGAGUGGCCUGGGUAUGUGUAUCUGGUCUUCGAACUAGAGAAGUCUGUCCGAUCCUUGCUUCAGGCUUGCUCUCAUGACCCGCUGAGCCCAGAUGGCCUGAGUGAAUAUUAUUUCAAGAUGUCCAGCCGAAGGAUGCGCUGCAAGGAGGUGCAGGUGAUCCCCUGGGUAUUAGCCGACAGUAACUUUGUCCGGAGCCCAUCUCAGAGGCUUGACCCCAGCAGGACGGUGUUUGUCGGUGCUCUGCAUGGAAUGCUAAAUGCUGAGGCCCUGGCAGCCAUCUUGAACGACCUAUUUGGUGGAGUGGUGUAUGCCGGGAUUGACACAGAUAAGCACAAGUAUCCCAUUGGUUCUGGUCGUGUGACUUUCAAUAACCAACGGAGUUACCUGAAAGCAGUCAGCGCUGCUUUUGUGGAGAUCAAAACCACCAAGUUCACAAAGAAGGUUCAGAUUGACCCCUACCUAGAAGAUUCUCUGUGUCAUAUCUGCAGUUCUCAGCCUGGUCCUUUCUUCUGUCGAGAUCAGGUCUGCUUCAAAUACUUCUGCCGGAGCUGCUGGCACUGGCGGCACAGCAUGGAGGGCCUGCGCCACCACAGCCCCCUGAUGCGGAACCAGAAGAACCGAGAUUCCAGCUAGAGGAGCUGGCCUUGCCCAGUGGCCUGUGGCGCCCAAAGCUGGCAGGUCAGGCAAGCAGCCUGCACCACCCUGCCACUGGCGACCAGGGAGCUGGCUUCCCAAGGACAAGGGAAAAUUGUAGUCACCUUUGCACUUGCUGAAUCUGUCUUUGUUUCUGCACUAAUUAAUGCACAUUGAGUUUUGUCAGGUUUUGUUUUCAGGGGGUGUACCAAGGGCAAGGACCCUCUGGCUUACCCUCCAAGCGACUCUGUAGUUUUCCCAGAUUUUAGUUCCUCAUUUUGCAGAUGAAAAGCGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACUACGUGUCCAGAAGGUAUUGAGGUAUUGACACGGAUGCCUACACCUAGGUUUAUUUAUUAAAAGCGCUUUUUUACAUUCCUUGCAAUACUGAUGGUGAUGAUGCGCAGGUCUCAUUGGUUUCAUUCUUGCAGUUGCCAUACAGUGCCUUUCCAUUUAUUUAACCCCCACCUGAACGGCAUAAACUGAGUGUUCAGCUGGUGUUUUUUACUGUAAACAAUAAGGAGACUUUGCUCUUCAUUUAAACCAAAAUCAUAUUUCAUAUUUUACGCUCGAGGGUUUUUACCGGUUCCUUUUUACACUCCUUAAAACAGUUUUUAAGUCGUUUGGAACAAGAUAUUUUUUCUUUCCUGGCAGCUUUUAACAUUAUAGCAAAUUUGUGUCUGGGGGACUGCUGGUCACUGUUUCUCACAGUUGCAAAUCAAGGCAUUUGCAACCAAGAAAAAAAAAAUUUUUUGUUUUAUUUGAAACUGGACCGGAUAAACGGUGUUUGAGCGGCUGCUGUAUAUAGUUUUAAAUGGUUUAUUGCACCUCCUUAAGUUGCACUUAUGUGGGGGGGUGGGGUUGAUAGAAGUUUUUAAUCACAAAGUCACAGGACUUUUUUCUUUUGUAACUGAGCUAAAAAGGGCUGCUUUUCGGUGGGGGCAGAUGAAGGCUCACAGGAGCCCUUUCUCUUAGAGGGGGCAAGUACCCUUCCCUUAUAUCUUUAAUUUGAGGAAUGUAUGAGAUAACAGUUGCAGUUGACUGAAAUGCCACUGGAAUUUGAAAACUUGACUUUUUUUUCUUUCCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAAAAGAAACAAAAAACCCACAAAAACUACUUGCCCCUCCUAGGGAAGCUGUGUGCCAAAGAACCAGUGUCAUAACCCCUCCCUCCUGCUGAGCUGACGUUGCAUUGUUGCAUAUCCCAGCUACUCUGUGGGUUUUGUGAAGCUGUGUGUGAAGUCUCUACCUCAUUGUAGUAUAUGCAGGCAAGACUGCACUCUCCUACAGAUGUGUGGAGUAAGCUGUGGUGUAGUUUUUUUGGCACAUAAUAAACACGUUGCAGCAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1083.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1149.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 1055.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((...(((((.((.(((((((.(..(((((...)))))..)))))...)))))))))).(((((((((....)))).)))))....((((((((((((((((..(((.(((.((((((..(((((((.((((((((.(((((....(.((.(.....).)).)...)))))..)))))))).)))))))..))(((((((((((((((.(((.(((((..(((((((...(((((((.(.((((((((....(((((...(((((((.(.((((...((((((...((....((((((((..(((((...((...((((((((.((((((((..(((.(.(((.(.(((((..............((((((((...(((..(((((((((((((.((....))))))..........(((((...))))).........)))).))))).))).((((..(((((..(((((......((((.((((....))..)))))).....)))))..))))))))).....(((((.....))))).....)))))))).((((((.((.((.(((((((((....((((...........(((...))).(((((((((((((.(((.((...(((((((..((..(((((((.....((((((((((((.....)))))...))).))))..((((..(((((...(((.((....)))))..))))).))))...)))))))..))(((((((((..(((((..((.(((....(((..((((((((((........))))))))))..)))....................)))))...)))))..))))))))).((((((((.....((((.(((.((((((.((((.....((((.(.((((((((...)))))))).).)).))...)))).)))..)))...))).)))).((((((((.(........).)))))))))))))))).....)))))))....((((.((((..(((.(((((((..((.(((((((((.(.....).))))))).))......(((((((......)).))))).((.((((.....))))))........))..))).))))))))))).))))...)).))).)))).))))))))).(((((((((((.............)))).))))))))))).)))))))))..)).))))))))..)))))...).))).))))))))))))...))))))))....))((((((((..((((((........))))...))..))))))))((((......))))...)))))...)))))))))))))))).))))).)))))))....))))).......))..)))))))))))))).((((((......).)))))..((.(((((....(((((...((.((((...)))).)))))))...))))).)).(((((((..((((.....(.(((.....))).)...))))..)))))))...(((.((((((.(((((((.(((.....(((...((((((.((((((((..........((.....)).(((((((((....)))))))))((((.........))))............))))).))).).)))))...))).....))).)).)))))..))))))..)))....((((((((....(....)....))))))))))))))).....)))))..))).))))))))).))))))...(((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.(((((((((((...((((((.....)))))).)))).(((((..((((.(.((((...((.(((((((.(((((.....)))))......))))))))))))).)))))..))))).(((((........)))))...(((((......)))))..(((.(((.(.......).))).)))....(((((....)))))))))).)).))))))))..))))))))..........(((((((...((((((((.......))))(((..(((((((((......((((..((((((.((((........)))).))))))..))))..........))))))))).)))))))((((....(((((((......)))))))..))))..((((.........))))............)))))))....))).))))).....)))))))...(((((((((...........(((.((((((((.........(((((((..((((((((.(((.((((....((....((((((....(((((........)))))....(((((......)))))...(((((((.......(((..((((....((((((((.((((((((((((((............(((((((....)))))))(((..((((((((((.(((((((.(((((((((((((((((((((............)))).)))))).)))))))..(((((.....)))))(((((((......))))))).....)))).))))))).))))))))))..)))....))))))).)))).))).))))))))......))))..)))......)))))))...(((((((((((((...)))))....)))))))).((((((.........))))))..((((((....))))))............)))))).....))...)))).))))))))))).)))))))(((((....)))))..(((.(((((.(((((((((((.......((((((((((((...))))))...)))))).....(((.(((.((.....)).))).)))((((...(((((........)))))...)))).((((((.(((((((((......))))))))).))))))...........))))))))))).)))))))))))))))).))).)))))))))...........)))))))))))(((((....((((....)))).....))))).)))).))))))..))))))....)))))))))).((((......))))....(((((......))))))))))).))))((((((.(((.((((((.....)))))).))).))))))..............))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((((((({{,({(((,((.{{{{|||,{,,(((((...))))),,||||}...)))))))}}}.|||||((({....)))),||||},,{.((((((((((((((((..(((.(((,((((((..(((((((.((((((((.(((((...,(.(,,({{...,|)},,,..))))).|}})))))).)))))))..)}{((((((((((((((.(((.(((((,.((((((({..{(({,,,,{.((((((({....(((((...(((((((.||((((...((((((...((....((((((((..(((({...{{...{{((((({.((((((((..,{{.{,{({,,.,,,,|},,.,.......,,{{(({{,,{,{{{,,,{{{{||||,|||||(({,.,||({{{,....,....,{(({{{.,}}},.........}}}|{|||||..|},||...{|{|,,.,}},.,},,,}}}}}}}}}}|{{{{{(((((((.{.....}.))).))))))))),.....(((((.....)))))..}}|}}|}))}|.((((((.((.{{.((((((({,....((((....,||,...,,,..||||,{(({(((((((({.{({,|||,.({({||||,{{,,|{((((({....||||||((((((.,,,.}}}}}.||})||},||{{,,,,.}|||,{...(((,((....)))))..},,||{|,{{{{{,.|||||{.{{(((,(((((..(((((..((.(((....(((.,((((((((((........)))))))))}..)))....,,..............)))}}...)))))..)))))))))}((((((((.....((({.(((.((((((.((((....,{,((.(.((((((({...}))))))).}.)},}}...)))),))}..}}}...))}.}))).((((((((.{.,......).)))))))))))))))).....{{{{,{|.....|}...)))}.)).}})),,)}))),)))}((((((.(.....).)))))),}}),.,}}}|||||{||.,..,)|{|||||,{{,{(((.....)))}}}...,,,..,,..}}}.,}}}}}}}}))|}}}}}.|)),})}.}))),,)))))))}.(((((((((((...,.........)))).))))))))))).|})))))))..}}.)))))))).,},}|}|||}|||,.,}}})))))))).,.)))))))}....}}{(((((((..((((((........))))...))..)))))))}((((......)))}...}))))...)))))))))))))))).))))).)))))))....))))),,....,||{,|||}}}}})))))},((((((......).))))}..,||{{{{{|,.,{{({{,,,||,{|{(,|.|||}.},,,})}..,)))})})}.(((((((..((((.....(.(((.....))).).,.))))..)))))))..,(,{,(((({{.(({(({(.(((.....(((...((((((.((((((((..........{{.,...,},|{(((((((....)))))))||(((({........,,......}}}}}},.)))))}})).),}))))...))).....))}.)).)))))}.)))))),,}}},,,.{(((((((,,..{....}..},)))))))))))))))...,.)))))..}}}.))))))))).)))))}|..(((({.((((((((((((((((((({(((((((((.((((((((.((((((({{(({{{(((((,.,.{{||||||{,,,|{({{((.{(({({((((((...,{.{{||{((((((((.....))))).}}}..,}})))))})))},)}})),.))))))|||,{{{(..(({(({.....,,,,,...}}}))),.})})}}}}}}}}.,|.,,|....{(((........)))).,.,},))))).)).))))))))..))))))))}.......,,(|{{||,||}|||||||{..,..,.}}}}(((..{((((((((......((((..((((((.((((........)))).))))))...,,},,........))))))))).))))}))|)}}..,||{(((((,.,..,)))))}),.},,}}|||,,......,|||||,.,..,,,,....}))}))),,,,}}}.})))).....))))))),..((((((({,......,,...{{(.((((((({.........,{{{{{,..((((((((.(((.((({....{{,..,||||||.|||(({{{...,.,..)}})}...,{{{(|,...,}})})},,,{{(((({,,,|.{{{{...{,{,....((((((({,{|,{{{{(((({{(|.,,,,,.,,..(((((({....})))))),.{,.{(((((((((.{((((({.{((({((((((((((({((({.,..........)))).)))))).)))))))..||{{{.....)))|((((((((......))))))))}...)))}.})))))).)))))))))}..}))}}..))))))).}))},},).))))))))...,.|}|}},,,}},,....}))))}|,{.(((((((({{{{{..,},,,,.,||)))))))),|{{((({{,,.{,,,||.,,},.((((((....)))))}..,|,|||||..}},|||,..,,|},,,)))).))})))))))).)))}))}(((((....))))).,{{{{({{((.(((((((((((.......(((((((((((,...}))))}..}))})})....((((.(((.,{.....,,.))).)))|{{{...(((((........}}))),,.}}},.,{((((((((((((((,.....))))))))).)))))}...........))))))))))).)))))))))))))))).)})})))))))))...........)))))))))))(((((..,,((((....)))).,,..))))).)))),})}))}..))))))....)))))))))).((((......}}}}....{((((......))))))}}}))}))))|(((((.(({.((((((.....}))))).})).)))))}.,.,,,},}},,)}))),..
Back