Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387177.1
Sequence Length
3658 nt
GC Content
0.6058
GGCGACGCGCACGCGCGCCAGCCCGGCUCGCGCCCUCUCGCUUUCCUCCAGCCGCGAGACCCCCUCCCCUUCCGCCUCGCGGCGCUUCCUCGCGCCGCGGUCUUCUCUCUCCACCCCCGACACCGCGGGGCUCCCCCCGCCCGCCCACGGCGGGCCCCGGCUGCCCGAUCCCCCUCGCUUCCCGCGCUCUCCAGCGGGGCCCCAGCCCCGGCCCCCUCUCUCCCUCCCUUCUCUCUAAUUCCCCUUCCGGACGCUGCCAUCAUGUUGAAGCCUCAGCCGCUACAACAGCCCUCCCAGCCCCAGCAGCCGCCCCCCACGCAACAGGCCGUGGCCCGUCGGCCCCCCGGGGGCACCAGCCCUCCCAACGGCGGCCUCCCGGGGCCGCUGGCCACCUCUGCGGCUCCUCCCGGGCCUCCAGCGGCCGCCUCCCCCUGCCUGGGGCCUGUGGCCGCUGCCGGGAGCGGGCUCCGCCGGGGAGCCGAAGGCAUCUUGGCGCCGCAGCCGCCGCCGCCGCAGCAACACCAGGAGAGGCCGGGGGCAGCCGCCAUCGGCAGCGCCAGGGGACAGAGCACAGGAAAGGGACCCCCACAGUCACCUGUGUUUGAAGGCGUCUACAACAAUUCCAGAAUGCUGCAUUUCCUUACAGCUGUUGUGGGCUCCACUUGUGAUGUAAAGGUGAAAAAUGGUACCACUUAUGAGGGUAUCUUCAAGACGCUAAGCUCAAAGUUUGAACUAGCCGUGGAUGCUGUGCACCGGAAAGCAUCUGAGCCAGCAGGUGGCCCUCGUCGGGAGGACAUUGUGGACACCAUGGUGUUUAAGCCAAGUGAUGUCAUGCUUGUUCACUUCCGAAAUGUUGACUUCAACUAUGCUACUAAAGACAAGUUCACCGAUUCAGCCAUUGCCAUGAACUCGAAAGUGAAUGGGGAACACAAAGAGAAGGUGCUUCAGCGCUGGGAGGGGGGUGACAGCAACAGCGACGACUAUGACCUCGAGUCUGACAUGUCCAAUGGAUGGGACCCCAAUGAAAUGUUCAAGUUCAAUGAGGAGAACUACGGUGUGAAGACUACCUAUGAUAGCAGUCUUUCUUCUUAUACGGUGCCCUUAGAAAAGGACAACUCAGAAGAGUUUCGUCAGCGAGAGCUGCGUGCGGCCCAGUUGGCUCGAGAGAUUGAAUCAAGCCCCCAGUACCGCCUACGGAUCGCCAUGGAGAACGACGAUGGGCGCACUGAAGAGGAGAAGCACAGUGCAGUCCAGCGGCAGGGCUCAGGGCGGGAGAGCCCCAGCUUGGCAUCCAGGGAGGGGAAGUAUAUCCCUCUGCCUCAACGAGUCCGGGAAGGUCCCCGGGGAGGAGUUCGAUGCAGCAGCUCUCGGGGCGGUCGGCCUGGCCUUAGCUCUUUGCCACCUCGUGGCCCUCACCAUCUGGACAACAGCAGCCCUGGCCCAGGUUCUGAGGCCCGUGGUAUCAAUGGAGGCCCUUCCCGCAUGUCCCCAAAGGCACAACGGCCUCUGAGAGGUGCCAAGACUCUGUCUUCGCCCAGUAAUAGGCCUUCUGGAGAAACUUCUGUUCCACCUCCUCCUGCAGUGGGCCGGAUGUAUCCCCCGCGUUCUCCCAAGUCUGCUGCCCCUGCCCCAAUCUCAGCUUCCUGUCCAGAGCCUCCCAUCGGCUCGGCAGUGCCAACCUCUUCAGCCUCCAUCCCUGUGACCUCAUCAGUCUCAGAUCCUGGAGUGGGCUCCAUUUCUCCAGCUUCUCCAAAGAUCUCCCUGGCCCCCACAGAUGUAAAAGAACUCUCUACCAAGGAACCUGGGAGAACUCUGGAGCCCCAGGAGCUGGCUCGGAUAGCUGGGAAAGUCCCUGGUCUUCAGAAUGAACAGAAACGAUUCCAACUGGAAGAACUGAGAAAGUUUGGGGCCCAGUUUAAGCUUCAGCCCAGUAGCUCCCCUGAGAACAGCCUGGAUCCUUUUCCUCCCCGGAUCUUAAAGGAGGAGCCCAAAGGAAAGGAGAAAGAGGUUGAUGGUCUGUUGACUUCAGAGCCCAUGGGGUCUCCCGUCUCCUCCAAGACAGAGUCCGUAUCGGAUAAGGAGGACAAACCACCCCUGGCACCAUCAGGAGGCACUGAGGGGCCAGAGCAGCCCCCACCACCUUGUCCAAGCCAAACUGGCAGCCCCCCGGUGGGCCUCAUCAAGGGAGAAGACAAAGAUGAGGGCCCUGUUGCUGAACAAGUAAAGAAAUCAACGUUGAACCCUAAUGCUAAGGAGUUCAAUCCUACAAAGCCUCUGCUGUCUGUGAAUAAAUCCACCAGUACCCCAACUUCUCCGGGGCCCCGGACUCAUUCAACUCCCUCCAUCCCGGUGCUGACAGCAGGCCAGAGUGGGCUAUACAGCCCCCAGUACAUCUCCUACAUACCUCAGAUCCACAUGGGACCAGCUGUGCAGGCACCUCAGAUGUAUCCAUAUCCUGUAUCCAAUUCAGUGCCUGGGCAGCAGGGCAAGUACCGGGGAGCAAAAGGCUCCCUUCCUCCGCAGCGCUCGGACCAACACCAGCCAGCCUCAGCCCCGCCGAUGAUGCAGGCCGCCGCGGCUGCUGGCCCGCCUCUGGUGGCUGCCACGCCCUAUUCUUCCUACAUCCCCUACAACCCUCAGCAGUUCCCAGGCCAGCCAGCCAUGAUGCAGCCCAUGGCCCACUACCCCUCACAGCCGGUGUUUGCCCCCAUGCUUCAGAGCAACCCACGCAUGCUGACGUCGGGCAGCCAUCCCCAGGCCAUCGUGUCAUCCUCUACCCCUCAGUACCCUUCUGCAGAGCAGCCUACCCCCCAAGCCCUUUAUGCCACUGUUCACCAGUCCUACCCACACCAUGCCACACAGCUCCAUGCCCACCAGCCGCAGCCGGCUACCACGCCUACUGGAAGCCAGCCGCAGUCCCAGCAUGCGGCCCCCAGUCCUGUCCAGCAUCAGGCGGGGCAGGCCCCACACUUGGGCAGUGGACAGCCACAGCAGAAUCUGUACCACCCAGGGGCCCUGACAGGCACGCCGCCCUCUCUGCCACCGGGACCUUCUGCCCAGUCCCCUCAGAGCAGCUUCCCCCAGCCAGCCGCUGUGUAUGCCAUCCACCACCAGCAGCUGCCCCACGGCUUCACCAACAUGGCCCAUGUUACCCAGGCCCAUGUCCAAACUGGAAUCACAGCAGCCCCGCCCCCUCACCCUGGGGCUCCCCACCCGCCCCAGGUGAUGCUGCUGCACCCACCCCAGAGUCAUGGGGGGCCCCCCCAAGGCGCGGUGCCCCAGAGUGGGGUGCCUGCACUCUCAGCUUCCACACCCUCACCCUACCCCUACAUCGGACACCCCCAAGUAUGUAGGGUGGGCAGAAGCCACAGUCGCCGCCGCCAGGGGCUUGCUCCUGGCUCUGUCCUUUGCUUCCCUCCGUCCUCGCUCAGUUGUGAUCCAGCAGCCCCCCUCCCCACUGCCUCCCCAGCUCUCAGUGACCCCGACUGUCUCCUGACUUAGCCGAGACUUGGGCCCCCUGUUCUUUCUUUCCCAUUAACUUGAGUGACCUGUGUGAGAGACAGACAGAUGCCCCACGAGGAUGGCUGGACAAGGACUUUUACUUUUUAUUACAUAAAAAUAUUAAAAAAUAAAUAAAAAAAAUAAAAUUUUAAACUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1358.01 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1422.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 1066.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((....)))((((((..(((((((((.((((((((...((((....).))).(((((((((........(((((((((......))))))))).(((((((......((((......((((((....))))))....((((((((((((..(((((..(((......)))..((((((........))))))...)))))..)))))......(((((.(((...((((...((((((...((.(((((((....(((((.(((.......))).)))))((.......))....((.((.((((((...((..((((..((((((.(.(((((((..((((((.(..(((........)))))))))).)))))))).)))))).))))..)).((((((((.....((((((((((...((((.....))))...))))))))))))))))).)((((((.....))))))...(((.((((((.(..((.((.((....)).)).))..).))))))...))))))))).)).))....))))))))))))))).))))...)))..)))))....(((((....)))))......(((((((........((((.(((((((..........)))).))).))))...(((((.........)))))......((((((.((....))))))))....))))))).((.((((...)))).)).))))))).(((((.((..((((.....)))).)))))))((((((.....(((((((((((..((.((((.((((((......))))..)).))))..)).)).)).)))))))...((((....))))...))))))........(((((((((((((((....))..)))).)))...)))))))))).......)))))))((((....)))).)))))))))......((....))(((((....(((.((...(((((..(((((.......((((((....((((...))))......((((((((((..(((.(((.(((.....)).).))).).))..))))))))))..))).)))........)))))..))))).))))))))))))))))))..))))).))))..))))))..(((((..........((..(((((((((....))).....(((((((........(((((((((((.............)))))).)))))..(((((((((..(((.(((((.((....((((.(((...(((((((((..(((((((((((((((((....(((((((((((((((((((((.((.....(((((.(((.((((((((((.((.(((((((((((.......((((((...(.((((.(((..((((((....(((.....)))..))))))..))))))))))))))......))))))..................)))).).)).))).))))))).)))...((((((((((..(((........)))....(((((...(((((.((((..((((((((...(((((..(((....))))))))((((((...((.((((((.....((((((((((((((((((.((...(((((.......)))))(((...)))........((((.(((....(((.(((.......))).)))......((((.((((((....((((((.........((.((((((.((..((...(((.((......))..))).....))..)).)))))).)))))))).....)))))).)))))))..))))((((.((..(((.((........)).)))..))..)))).)).)))))..))))))....))))))).........((....)).)))))))).....)))))).....((((((...........))))))...))))))))......)))))))))...(((((((((.....))))))))).(((...(((((....))))))))))))))))))))))).)))))((((((((.((.........(.(((((.((.((((......)))).))))))).).........)).))))))))..((((...))))..)))))))).)))))).....((((((..((...((.((.(((((((((((((.....)))))..........((((((((((.......))).))))))).............(((((...(((........))))))))............))))))))))..))...))..))))))...)))))).)))....).))).))))).))).)))))....((((((..((((............))))..)).))))....(((((.(((((((..(((((((....)))).)))...........))))))).))))).((((((((((((((((((.....)))))).......(((((.(.(((..........(((.((.(((..........))).)).)))..))).))))))((((..((((..((.((((((....................................)))))).))))))..))))((((((........)))))).................)))))))))))).(((((...............))))).(((((.(((...(((.......)))..)))))))).......))))).....))))..))).)))).)))).)))))).)))))....))))((((.....)))).......................)))))))......(((((....)))))........))))))..))..((((((((....)).)))))).............((((((((((((((((.((((((.....((((..((((....)))).((((...))))....))))))))))......(((.....)))..(((((.....(((((..........)))))..)))))..(((......))).(((.((((.((............)))))).)))(((....))).......((((((.((.((.....)))).)))))).....(((......)))..)))))))).......((((((((.........)))))))))))))))).((((..(((((((...((.(((((.((((((....)).).))).))))))).)))))))..))))))))).(((((.....((.((((((((...(((...((.....))...))).))))))))))..)))))....))))))...((((((((....))))))))...((((((.(..(((..(((((((((....(((((......))))).........(((((.............))))).........(((((...........)))))..((((...((((.((.((((((.(((...............))).)))))).))))))..))))..)))))))))..)))))))))).((((.((((((.((........)).)))))).)))).........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.(.(..((((.(((.....))).))))..}.}))))}.(((((((((((,({(.....}}}....,||||.,((((((((......))))))))|{{{,,,,,..,,,{{,,,{,{...((((((....))))||,,{{({{{||||||{(..(((((,.{({......}}|,.,{{{{{,.......))||||,,.}}}}}..))))),.....(((((.(((...((((...((((((...((.(((((((....(((((.(((.......))).))))){{.......||....({.((.((({{{.........{||,((((((.(.(((((((..((((((.(,.(((........)))))))))).)))))))).))))))..{{(((((,,(((((((.,...((((((((((...((((.....))))...))))))))))}}||}}|,|(((({(,,,,,||}|||...|||.}}}|||||..|,.}})}}.})}))}))}),.......}},,.)))))))))).)),))....))))))))))))))).))))...)))..)))))....(((((....)))))...,..((,(((({{{{{{...,,,.,,,((((.,......,.))))})))}))))}.,|{(((.........)))}}......((((((.({....}))))))),,..}}}}|||,{(.({{,.,,}))}.}},))))))).{((((.((..{(({.....)))).))))))}}}})},{{,,|{{{(|{((((({{((((,,,}|}||||}},..,||,,,{{|,,|||,.||.}}{{{.||},})}...|{||,,.,)))),..}||......,.,..((((((((((((({{....)}..)))).)))...)))))}((((..(((..((((..((,(,..,,|,|,.(((((((((((((..((((((((((.(((...,,.((({{{(({(({.,((((...}}},(((,((.,,.((({...,}},,{{||.,{{{{{{|||},,{.{{{{{((((((..{{,...}}).)))))))}}}})))),,})),}||{{....,,))}}|{{||,,,.))))},|{,((((....)))))}|},)}}}}.}}})))|}||}.,.,....,}..,,...((((..((((({|{|.(({.....,.,..}}}),.)))))).))))..((((.((((((.((.((((.,{{(((((,{(({{..(((((((((,(({...||,{((|,,..(((({(((({.,,,..}}}|,||,|......(((((((({..,(.(((((((((((,({{{,,,({,((({({{{{((((({(,{((...((((((......,((,,(({.{(.(({(((((..((((((....(((.....)))..))))))..))))))))),))),.},,.,))))))....)}),.}}}))),,.{(((......)))).})||||{|||.(((((...))))).}}.(((((((((((((((.((.((.((.((((.(((((.,.,....}..))))).)))).)).))})}.{..(((((((......(((((.,,,(((((..,{,,,((((((((....{,(((,{{{{{.|||||||{,{,||{(((((({(,,,{((({.{{{(((.(((.......))).)))...{((((,(((((((((((((({,((.(((((((..,.((((((.((..((...(((.((......))..))).....))..)).)))))).,(((((((..(((((.(((..(((((....)))))..))).))))).))))))).......,,.....,}}....)))}})))))))))))...))))))))).},,,.|||,},}.,,,|..{((({,{{|||,.,.,.,,||{{{{{{,|||{{{...,.,,,,..,)).)))),...,,)))..)))}.,}))))))}|.|||{||,,}}},.},)))}).))|))|,,,...((((......)))).},(((((...))))).{((.((........)))))))).}...))))))))..,))))))).}).))))).((((((.....{,,...((({...)))).},.....)))))).........)))))))..}......)))))}}}))))))))...................((((((((((.......))).)))))))........}},,}|||||.||{|{......,.)},,}}|,......)))))))))))))))))))))......,,,,,,...,,{{((((((|,.,}},((,,((((.((((,.....|||((((((..((((............}))}..}}.))))....(((((.(((((((..(((((((....)))),,))...........))))))).))))).||{{,,{{{|,(((((((.....))))))}...,,,({.{.{{,,||,......}|}|||.(({{,.(({{{(((,,{{,.{{,|||,||.|{||||||((({..((({.,((,((((((,.,,................................}}}}}}.}}}}}}..}}},((((((........))))))...............,|,}||||||||}|...{({,...,,}}}.....,)),}}}}||,|,,||}}}|||,.,...,))),,|,||||,......,.,...,,,|}}.....{{|,,|||{{{..,..........,......,},.,|||}}}..))),.......,,,,.,}},......||....,))}},.,})))|}.}}.((({.{{{.,....|))).}})}.(((((({{....)).))))))..,,.}.||||,...,}}})})))))))}.((((((.....((((..{((({{{{,},}.,,,|...)))).}}})))))))))).,,...|||.....)))).}}}}}}},}}|}||,}}}}}}},}.),,)},.,.},},,|{|......}}}|{||.(({(,{..,,.........,||||},||}|{{,,.,|||,......((((((,({.{{.....}})).)))))),,...,||}.....||(({({...,,....((({{{((((((.........))))))))))).))))))||,..{,{{{{{..,{{.(((((,{{{|||},,.)),|,|||{|||||,,.)))))))}}}))|||....(((((.....{(,((((((((...(((.,.((.....}),..))).))))))))))..)))))...,}}.))})),|{{{||||,..,))}))))}.)))).)).)))))))))).))).)))))..)))))..)).....)))))))))))}.|}).....})..))))..))).))))....((({{|||....,}..)))))..||||,..(((|{((.((((((.(((..,{....,,,....))).)))))).))))))..)})).,})))).,)))))))..,)))..{{{{.(((((({{.........,,.}}}},,.,,},.........................
Back