Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387907.1
Sequence Length
3613 nt
GC Content
0.6039
GUCUUCCCCUCGUGGGCCCUGAGCGGGACUGCAGCCAGCCCCCUGGGGCGCCAGCUUUGGAGAGAUGCUGCCCCCACCCCCUUAGGCCCGAGGGAUCAGGAGCUAUGGGACCAGAGGCCCUGUCAUCUUUACUGCUGCUGCUCUUGGUGGCAAGUGGAGAUGCUGACAUGAAGGGACAUUUUGAUCCUGCCAAGUGCCGCUAUGCCCUGGGCAUGCAGGACCGGACCAUCCCAGACAGUGACAUCUCUGCUUCCAGCUCCUGGUCAGAUUCCACUGCCGCCCGCCACAGCAGGUUGGAGAGCAGUGACGGGGAUGGGGCCUGGUGCCCCGCAGGGUCGGUGUUUCCCAAGGAGGAGGAGUACUUGCAGGUGGAUCUACAACGACUGCACCUGGUGGCUCUGGUGGGCACCCAGGGACGGCAUGCCGGGGGCCUGGGCAAGGAGUUCUCCCGGAGCUACCGGCUGCGUUACUCCCGGGAUGGUCGCCGCUGGAUGGGCUGGAAGGACCGCUGGGGUCAGGAGGUGAUCUCAGGCAAUGAGGACCCUGAGGGAGUGGUGCUGAAGGACCUUGGGCCCCCCAUGGUUGCCCGACUGGUUCGCUUCUACCCCCGGGCUGACCGGGUCAUGAGCGUCUGUCUGCGGGUAGAGCUCUAUGGCUGCCUCUGGAGGGAUGGACUCCUGUCUUACACCGCCCCUGUGGGGCAGACAAUGUAUUUAUCUGAGGCCGUGUACCUCAACGACUCCACCUAUGACGGACAUACCGUGGGCGGACUGCAGUAUGGGGGUCUGGGCCAGCUGGCAGAUGGUGUGGUGGGGCUGGAUGACUUUAGGAAGAGUCAGGAGCUGCGGGUCUGGCCAGGCUAUGACUAUGUGGGAUGGAGCAACCACAGCUUCUCCAGUGGCUAUGUGGAGAUGGAGUUUGAGUUUGACCGGCUGAGGGCCUUCCAGGCUAUGCAGGUCCACUGUAACAACAUGCACACGCUGGGAGCCCGUCUGCCUGGCGGGGUGGAAUGUCGCUUCCGGCGUGGCCCUGCCAUGGCCUGGGAGGGGGAGCCCAUGCGCCACAACCUAGGGGGCAACCUGGGGGACCCCAGAGCCCGGGCUGUCUCAGUGCCCCUUGGCGGCCGUGUGGCUCGCUUUCUGCAGUGCCGCUUCCUCUUUGCGGGGCCCUGGUUACUCUUCAGCGAAAUCUCCUUCAUCUCUGAUGUGGUGAACAAUUCCUCUCCGGCACUGGGAGGCACCUUCCCGCCAGCCCCCUGGUGGCCGCCUGGCCCACCUCCCACCAACUUCAGCAGCUUGGAGCUGGAGCCCAGAGGCCAGCAGCCCGUGGCCAAGGCCGAGGGGAGCCCGACCGCCAUCCUCAUCGGCUGCCUGGUGGCCAUCAUCCUGCUCCUGCUGCUCAUCAUUGCCCUCAUGCUCUGGCGGCUGCACUGGCGCAGGCUCCUCAGCAAGGCUGAACGGAGGGUGUUGGAAGAGGAGCUGACGGUUCACCUCUCUGUCCCUGGGGACACUAUCCUCAUCAACAACCGCCCAGGUCCUAGAGAGCCACCCCCGUACCAGGAGCCCCGGCCUCGUGGGAAUCCGCCCCACUCCGCUCCCUGUGUCCCCAAUGGCUCUGCCUACAGUGGGGACUAUAUGGAGCCUGAGAAGCCAGGCGCCCCGCUUCUGCCCCCACCUCCCCAGAACAGCGUCCCCCAUUAUGCCGAGGCUGACAUUGUUACCCUGCAGGGCGUCACCGGGGGCAACACCUAUGCUGUGCCUGCACUGCCCCCAGGGGCAGUCGGGGAUGGGCCCCCCAGAGUGGAUUUCCCUCGAUCUCGACUCCGCUUCAAGGAGAAGCUUGGCGAGGGCCAGUUUGGGGAGGUGCACCUGUGUGAGGUCGACAGCCCUCAAGAUCUGGUUAGUCUUGAUUUCCCCCUUAAUGUGCGUAAGGGACACCCUUUGCUGGUAGCUGUCAAGAUCUUACGGCCAGAUGCCACCAAGAAUGCCAGCUUCUCCUUGUUCUCCAGGAAUGAUUUCCUGAAAGAGGUGAAGAUCAUGUCGAGGCUCAAGGACCCAAACAUCAUUCGGCUGCUGGGCGUGUGUGUGCAGGACGACCCCCUCUGCAUGAUUACUGACUACAUGGAGAACGGCGACCUCAACCAGUUCCUCAGUGCCCACCAGCUGGAGGACAAGGCAGCCGAGGGGGCCCCUGGGGACGGGCAGGCUGCGCAGGGGCCCACCAUCAGCUACCCAAUGCUGCUGCAUGUGGCAGCCCAGAUCGCCUCCGGCAUGCGCUAUCUGGCCACACUCAACUUUGUACAUCGGGACCUGGCCACGCGGAACUGCCUAGUUGGGGAAAAUUUCACCAUCAAAAUCGCAGACUUUGGCAUGAGCCGGAACCUCUAUGCUGGGGACUAUUACCGUGUGCAGGGCCGGGCAGUGCUGCCCAUCCGCUGGAUGGCCUGGGAGUGCAUCCUCAUGGGGAAGUUCACGACUGCGAGUGACGUGUGGGCCUUUGGUGUGACCCUGUGGGAGGUGCUGAUGCUCUGUAGGGCCCAGCCCUUUGGGCAGCUCACCGACGAGCAGGUCAUCGAGAACGCGGGGGAGUUCUUCCGGGACCAGGGCCGGCAGGUGUACCUGUCCCGGCCGCCUGCCUGCCCGCAGGGCCUAUAUGAGCUGAUGCUUCGGUGCUGGAGCCGGGAGUCUGAGCAGCGACCACCCUUUUCCCAGCUGCAUCGGUUCCUGGCAGAGGAUGCACUCAACACGGUGUGAAUCACACAUCCAGCUGCCCCUCCCUCAGGGAGCGAUCCAGGGGAAGCCAGUGACACUAAAACAAGAGGACACAAUGGCACCUCUGCCCUUCCCCUCCCGACAGCCCAUCACCUCUAAUAGAGGCAGUGAGACUGCAGGUGGGCUGGGCCCACCCAGGGAGCUGAUGCCCCUUCUCCCCUUCCUGGACACACUCUCAUGUCCCCUUCCUGUUCUUCCUUCCUAGAAGCCCCUGUCGCCCACCCAGCUGGUCCUGUGGAUGGGAUCCUCUCCACCCUCCUCUAGCCAUCCCUUGGGGAAGGGUGGGGAGAAAUAUAGGAUAGACACUGGACAUGGCCCAUUGGAGCACCUGGGCCCCACUGGACAACACUGAUUCCUGGAGAGGUGGCUGCGCCCCCAGCUUCUCUCUCCCUGUCACACACUGGACCCCACUGGCUGAGAAUCUGGGGGUGAGGAGGACAAGAAGGAGAGGAAAAUGUUUCCUUGUGCCUGCUCCUGUACUUGUCCUCAGCUUGGGCUUCUUCCUCCUCCAUCACCUGAAACACUGGACCUGGGGGUAGCCCCGCCCCAGCCCUCAGUCACCCCCACUUCCCACUUGCAGUCUUGUAGCUAGAACUUCUCUAAGCCUAUACGUUUCUGUGGAGUAAAUAUUGGGAUUGGGGGGAAAGAGGGAGCAACGGCCCAUAGCCUUGGGGUUGGACAUCUCUAGUGUAGCUGCCACAUUGAUUUUUCUAUAAUCACUUGGGGUUUGUACAUUUUUGGGGGGAGAGACACAGAUUUUUACACUAAUAUAUGGACCUAGCUUGAGGCAAUUUUAAUCCCCUGCACUAGGCAGGUAAUAAUAAAGGUUGAGUUUUCCACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1599.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1657.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 857.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((.((((((.((.(((.(((....)))))).)).))).))).)).....((((((((((.(((((...((((......))))(((((((((((..((((.((((((.(((((((((((((((((((((......)))))).)))))))))...........((((...((((.((((((...(((((.(........)))))))))))).))))...)))).))))).)...)))))).)))))))))))))))......(((((((.((.(((......))).)).).))))))..((((.((((((....((((((.((((..(((((((((....((((((((((......((((((.(((......)).).))))))..(((...(((((.(((((.((((..(((.(((((.((((((((..((.....))))))).))).)))))))).....))))))).)).))))))))...((((..((((((((....((((.(((((((((((((..(((........(((...))).(.((((((((.((....((((((((...((((.(((.(.((.((((.(.....(((((.(((((.(((((((.(((((.((.....(((((((.(((.....((.(((((((((.((...((((....))))....))((((((((((((..((((((((.......(((((.......))))).......(((((....(((.((((..(((((.((((.((.((.((((((..((((......((((((....((((((((((....(((((((....)))))))(((.((((((((((((..(((((....((..((.((.(.((((....((..(.((((((.........)))))).)..))....)))).))).))..))))))).))))))).))))).)))..((((......))))((((((((((((.(((((((((....)))))).)))..))))))))))))))))))))))((((((((((((.(((((((((.(((.....((((((((((..((((((.(.(((.......))).).)))))))))))))))).))))))).))))).)))))).))).)))...........((((((((((((((.(((.((((.((...........)).))))...(((((((..((((((((((((((((((.(((............))))))(((((((((((.(((..............(((((((........)))))))......(((((........)))))..(((((((((((((......))..))))).))))))))).))))))))))).(((((.(((((.((.(.(((..((......))..))).))).)))..)).)))))(((((((((...)))))..)))))))))))).)))))))......)))))))((((((..((((((.......................))))))...))))))(((...(((......)).)....)))...(((((.......)))))...(((((.((((((((((..(((...))).....))))))).))).)))))..))).))))))).))))))).))))))))))..))))))..)).))))))))))))))))))))).)))))))))).)))))))))).))..)))))))))...))...))).)))))))(((((((....)))))))((((..((.((((((((((.(((....((((((.((.(..((((.......))))..)...))))))))))).))))))).))).)))))).((((((((((((((..(((((((.......))))))).....((((((.......))))))....((......))..))))))..))))))))(((.....))).....(((((....((((.((((......((((((....))))))...)))).))))..))).)))).)))))..))))).....((.((((((((.((((((((((.((..(((.((.((...(((.((((...........)))).)))..)))).)))..))))......)).)))))).)))))))).))...)))))))..))))).....).)))).))).))).)).)))))))))))).))))).))))..((((((.....))))))))).)))))))))))((((.(((((.(((((((..........(((((((.(((...(((((((.((.(((((((....((((((.........)).))))....))))..))).)).)).)))))..((((......)))).......))))))))))))))))).)))))))))(((((...)))))...((((((((..(((....(((((...((((........)))).(.(((((((...(((((..(((((.((((((.((....((((((((((.(((.((((...)))).((((......)))).((((.((((((((.(....).)))))..))))))).((((.((((((((..((......)).)))))))).))))...))))))))).))))....))...(((((((((((((((((.(((((((((................))))).)))))))))))).(((......)))......(((((...))))).)))))).))))))))).))))).)))..))((((((((...(((.(.((........))).)))...((((....)))))))))))).....(((((((((..((((...))))(((((...))))).)))))))))))))))).)((((.((....))))))..))))).....)))..)))))))))).)))).....))))))))..))))(((((((..(((((((.((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((.((......)).)))).))))))))))).....((((((((....((..((.((((((..((....))))))))....))..))...)))..)))))((((((.(((((......))))).).))))))))))).))))..))))).....))))).......)))))))..(((((((((.((((((((...(........)...))).)))))...))))))))).))..))))))))))))))))).......)))))))))..))))))))))))))))))))..(((((..((.((((((..((((((((((((...((((((((((.....))).)))...))))...)))).)))).......)))).))))))))..)))))......(((.....))).))))).))).)))))))((((((...(((.((.(((((.......)))))..)).)))...))))))...))))))).)))).....................((((...(((((((.......(((....(((((.....)))))...)))......))))))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((({((((((.((.(((.(((....)))}))}))})))}.))}.,.....((((((((({.(((((..,((({.,,...}}}}((((((((((,.,((((.((((((.{((((((((((((((((((((,.....))))))}}))))))))...........((((...((((.((((((...(((((.{........}))))))))))).))))...)))).))))).)...)))))).)))))))))))))))......(((((((.((.(((......))).)).).))))))..((((.((((((....((((((.((((..(((((((((....((((((((({....,,((({((.,{{.....,}},),))||||{,{{({{.{{{||||,{{(|(({{..((({((((({(((((((({..({,{{{||,,,))}))).))||||||.{,.,|||}||}.}}.}}}))||{|{.{((({.(({(((({.{.,((((,({(({(((((((({{((,........,||}}}{((.((((,((,,,.(({(({(((((,((,...}},.|||}}}..}}}}}}}..}}))}}}}{((((({(((((((.((((,{,({({{,(((((((.(((.....((.(((((((((.((,,,(({{..,,))))....}|((((((((((((..((((((((.......(((((.......))))).......(((((....(((.((((..(((((.((((.((.((.((((((..((((...,..((((((,((((,(((((((({,,.(((((((....))))))),{|||,{.((((..((((((((........{((((...,......)))))(((((.((((((,(....,(((((.((((({.{{(.,{.,,,.((({((({((((((((((((((((((.,,..{((,....,.,||,{(((((((((((.(((((((((....))))))},))..))))))))))))),))))},))))))))))))){.(((((((((.(((.....((((((((((..((((((.(.(((.......))).).)))))))))))))))).))))))).))))).},,,,.}},{{,((((.........)})),)},,|||,.,,,)}}}))).....}}}.{{((((.,....}.)))))}.}}}}}}})})))|)))))))))))......(((((((....)))))))..)))))))).,}}}}}}}}},.....((((((..(((((.(((.....,.(((((,({{,{..,(((...{|||(((((({((......))..))))).)))))))))})}))))).,..))).))))).)))))),,|||..||}.....}},.,|||(||.{{.,,{{{}||(((((((((((...))))}((((.(((((||.....{{((,(({.((((,...,,,,,(({.,,((((({.....}}}}}}...}}}}})},,))),}})),,,,}).}))))))))..,||||||},}||},..{{{{{...,,,,))))).,,|||{{.{{{(((((((..(((...))).....))))))).}}}.)))))|||....}})))))))),}))}})))))))))..))))))..)).))))))))))))))))))))).)))))))))).))))))))))))...)))))))))...}}...))).)))))))|((((((....))))))},{(({.((.((((((((((.(((....((((((.,,.{..((((.......))))..},..}}))))))))).))))))).))).)}})},.{,,{{{{,||||||,}|||,|||}}}}}}}))))})},....,|||,,....,,{||||||...,)}}}}}},||,,||||||..},}|}}}}|||,,,.}))),.,.,,..,|||,|}|{{{((|({{,{{,((((((....))))))...|||(({{.{,||||{|,||{|,,},.,},||,..,{{.({(,(({((,.,||{||,|}|}||,.,||.|,..,.}}||{}||||}}}....,..})),)})))},)))),))},..))})}}}}}}},}))))),))))}))))},.,,,))))))|{(((((((((((.{.,|{|....,))}).))))))))).)).)).||{{|,..{(((.,..))}}))))),))))))}}}))))))||||,||(({.{{{|||{..........,{||{{{.{((,..(((((((.((.(((((((....{((((({....,}}.)),.)}}....))))..))).)).)).)))))..{{((,,.,,,||||,,.....}}}}||||||||}||||,|}}}}}}}|(((((...)))))},.((((((((..(((....(((((.,.((((........)))),{.(((((((..,(({((..(((((.((((((.((....((((((((((((((.((((...)))).((((......)))).((((.{{((((((.{....}.))))),.}}})))).((((.((((((((..((......)).)))))))).))))...))))))))).))))....))...(((((((((((((((((.(((((((((................))))).)))))))))))).(((......)))......(((((...))))).)))))).))))))))).))))).))}..)){(((((((...(((.{.((......,,}}}.)))...((({....)))))))))))}.....(((((((((..((((...))))(((((...))))).)))))))))))))))).,((((.((....))))))..))))).....)))..)))))))),}.}}||,,{.,||||||||,,}},,{{{((((,,{{{{({(,{(((({{(((((((((((((((...(((((((((((((((.((......)).)))),})))))))))).....{((((,{{....((..((.((((((..((....))))))))....))..))...}},..))))|((((((.(((((......))))),)))))))))}))).))))..)))))...,,))})).,.....)))))))),|||||||{|}|||{(((({{,...,}}})}}.,,))),})))),},)}})))))),)).,)))}}}}}))))))))).......)))))))))..))))))))))))))))))))..(((((..((.((((((..((((((((((((...((((((((((.....))),,)).,,))})...)))),})),......})))).))))))))..)))))......||{,....))).))))).})).))))))){(((((...(((.((.(((((.......)))))..)).)))...)))))}...)))))))})))).....................{(((...{(((({,,{(....,,.....(((((.....)))))..,,.,.,..,}))))))).)))}...
Back