Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387911.1
Sequence Length
3821 nt
GC Content
0.6012
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGGGGUAGGUGUUCUGGGGGAAUGAAUCCCUGGGGGCUUGGUGGGACAGGAAGGCGGGAAGAAGCUGCUCUUCGAGUGACCCUGGGGCUGUCUGUUAGCAGGUCCCUCAGCCGUUGGAACGUCCUUGGGCUUCUGAACUAGUGCCCAUGUGUGCCUCGGCCUUUCCCAAGGGCCAGCUUCUUCCUGGUGUCUGAAGGUGGCUAUUCACUGAGCGAUGGGGUUGGACUUGAAGGAAUGCCAAGAGAUGCUGCCCCCACCCCCUUAGGCCCGAGGGAUCAGGAGCUAUGGGACCAGAGGCCCUGUCAUCUUUACUGCUGCUGCUCUUGGUGGCAAGUGGAGAUGCUGACAUGAAGGGACAUUUUGAUCCUGCCAAGUGCCGCUAUGCCCUGGGCAUGCAGGACCGGACCAUCCCAGACAGUGACAUCUCUGCUUCCAGCUCCUGGUCAGAUUCCACUGCCGCCCGCCACAGCAGGUUGGAGAGCAGUGACGGGGAUGGGGCCUGGUGCCCCGCAGGGUCGGUGUUUCCCAAGGAGGAGGAGUACUUGCAGGUGGAUCUACAACGACUGCACCUGGUGGCUCUGGUGGGCACCCAGGGACGGCAUGCCGGGGGCCUGGGCAAGGAGUUCUCCCGGAGCUACCGGCUGCGUUACUCCCGGGAUGGUCGCCGCUGGAUGGGCUGGAAGGACCGCUGGGGUCAGGAGGUGAUCUCAGGCAAUGAGGACCCUGAGGGAGUGGUGCUGAAGGACCUUGGGCCCCCCAUGGUUGCCCGACUGGUUCGCUUCUACCCCCGGGCUGACCGGGUCAUGAGCGUCUGUCUGCGGGUAGAGCUCUAUGGCUGCCUCUGGAGGGAUGGACUCCUGUCUUACACCGCCCCUGUGGGGCAGACAAUGUAUUUAUCUGAGGCCGUGUACCUCAACGACUCCACCUAUGACGGACAUACCGUGGGCGGACUGCAGUAUGGGGGUCUGGGCCAGCUGGCAGAUGGUGUGGUGGGGCUGGAUGACUUUAGGAAGAGUCAGGAGCUGCGGGUCUGGCCAGGCUAUGACUAUGUGGGAUGGAGCAACCACAGCUUCUCCAGUGGCUAUGUGGAGAUGGAGUUUGAGUUUGACCGGCUGAGGGCCUUCCAGGCUAUGCAGGUCCACUGUAACAACAUGCACACGCUGGGAGCCCGUCUGCCUGGCGGGGUGGAAUGUCGCUUCCGGCGUGGCCCUGCCAUGGCCUGGGAGGGGGAGCCCAUGCGCCACAACCUAGGGGGCAACCUGGGGGACCCCAGAGCCCGGGCUGUCUCAGUGCCCCUUGGCGGCCGUGUGGCUCGCUUUCUGCAGUGCCGCUUCCUCUUUGCGGGGCCCUGGUUACUCUUCAGCGAAAUCUCCUUCAUCUCUGAUGUGGUGAACAAUUCCUCUCCGGCACUGGGAGGCACCUUCCCGCCAGCCCCCUGGUGGCCGCCUGGCCCACCUCCCACCAACUUCAGCAGCUUGGAGCUGGAGCCCAGAGGCCAGCAGCCCGUGGCCAAGGCCGAGGGGAGCCCGACCGCCAUCCUCAUCGGCUGCCUGGUGGCCAUCAUCCUGCUCCUGCUGCUCAUCAUUGCCCUCAUGCUCUGGCGGCUGCACUGGCGCAGGCUCCUCAGCAAGGCUGAACGGAGGGUGUUGGAAGAGGAGCUGACGGUUCACCUCUCUGUCCCUGGGGACACUAUCCUCAUCAACAACCGCCCAGGUCCUAGAGAGCCACCCCCGUACCAGGAGCCCCGGCCUCGUGGGAAUCCGCCCCACUCCGCUCCCUGUGUCCCCAAUGGCUCUGCCUACAGUGGGGACUAUAUGGAGCCUGAGAAGCCAGGCGCCCCGCUUCUGCCCCCACCUCCCCAGAACAGCGUCCCCCAUUAUGCCGAGGCUGACAUUGUUACCCUGCAGGGCGUCACCGGGGGCAACACCUAUGCUGUGCCUGCACUGCCCCCAGGGGCAGUCGGGGAUGGGCCCCCCAGAGUGGAUUUCCCUCGAUCUCGACUCCGCUUCAAGGAGAAGCUUGGCGAGGGCCAGUUUGGGGAGGUGCACCUGUGUGAGGUCGACAGCCCUCAAGAUCUGGUUAGUCUUGAUUUCCCCCUUAAUGUGCGUAAGGGACACCCUUUGCUGGUAGCUGUCAAGAUCUUACGGCCAGAUGCCACCAAGAAUGCCAGGAAUGAUUUCCUGAAAGAGGUGAAGAUCAUGUCGAGGCUCAAGGACCCAAACAUCAUUCGGCUGCUGGGCGUGUGUGUGCAGGACGACCCCCUCUGCAUGAUUACUGACUACAUGGAGAACGGCGACCUCAACCAGUUCCUCAGUGCCCACCAGCUGGAGGACAAGGCAGCCGAGGGGGCCCCUGGGGACGGGCAGGCUGCGCAGGGGCCCACCAUCAGCUACCCAAUGCUGCUGCAUGUGGCAGCCCAGAUCGCCUCCGGCAUGCGCUAUCUGGCCACACUCAACUUUGUACAUCGGGACCUGGCCACGCGGAACUGCCUAGUUGGGGAAAAUUUCACCAUCAAAAUCGCAGACUUUGGCAUGAGCCGGAACCUCUAUGCUGGGGACUAUUACCGUGUGCAGGGCCGGGCAGUGCUGCCCAUCCGCUGGAUGGCCUGGGAGUGCAUCCUCAUGGGGAAGUUCACGACUGCGAGUGACGUGUGGGCCUUUGGUGUGACCCUGUGGGAGGUGCUGAUGCUCUGUAGGGCCCAGCCCUUUGGGCAGCUCACCGACGAGCAGGUCAUCGAGAACGCGGGGGAGUUCUUCCGGGACCAGGGCCGGCAGGUGUACCUGUCCCGGCCGCCUGCCUGCCCGCAGGGCCUAUAUGAGCUGAUGCUUCGGUGCUGGAGCCGGGAGUCUGAGCAGCGACCACCCUUUUCCCAGCUGCAUCGGUUCCUGGCAGAGGAUGCACUCAACACGGUGUGAAUCACACAUCCAGCUGCCCCUCCCUCAGGGAGCGAUCCAGGGGAAGCCAGUGACACUAAAACAAGAGGACACAAUGGCACCUCUGCCCUUCCCCUCCCGACAGCCCAUCACCUCUAAUAGAGGCAGUGAGACUGCAGGUGGGCUGGGCCCACCCAGGGAGCUGAUGCCCCUUCUCCCCUUCCUGGACACACUCUCAUGUCCCCUUCCUGUUCUUCCUUCCUAGAAGCCCCUGUCGCCCACCCAGCUGGUCCUGUGGAUGGGAUCCUCUCCACCCUCCUCUAGCCAUCCCUUGGGGAAGGGUGGGGAGAAAUAUAGGAUAGACACUGGACAUGGCCCAUUGGAGCACCUGGGCCCCACUGGACAACACUGAUUCCUGGAGAGGUGGCUGCGCCCCCAGCUUCUCUCUCCCUGUCACACACUGGACCCCACUGGCUGAGAAUCUGGGGGUGAGGAGGACAAGAAGGAGAGGAAAAUGUUUCCUUGUGCCUGCUCCUGUACUUGUCCUCAGCUUGGGCUUCUUCCUCCUCCAUCACCUGAAACACUGGACCUGGGGGUAGCCCCGCCCCAGCCCUCAGUCACCCCCACUUCCCACUUGCAGUCUUGUAGCUAGAACUUCUCUAAGCCUAUACGUUUCUGUGGAGUAAAUAUUGGGAUUGGGGGGAAAGAGGGAGCAACGGCCCAUAGCCUUGGGGUUGGACAUCUCUAGUGUAGCUGCCACAUUGAUUUUUCUAUAAUCACUUGGGGUUUGUACAUUUUUGGGGGGAGAGACACAGAUUUUUACACUAAUAUAUGGACCUAGCUUGAGGCAAUUUUAAUCCCCUGCACUAGGCAGGUAAUAAUAAAGGUUGAGUUUUCCACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1681.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1740.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 807.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((...((((((....(((((((((((((.(((....))).))))).....))))))))..((((((((.(((.((.((.(((.((((..(.((((((((((((((((((.(((.((((.((.(((.....)))..)))))).))).((((..((.(((.(..(((((..(((...))).))))).)))).)).)))).......))))).))))))))))))).).))))...((.(((........))).))(((((.(.((((...((....))..))).).).)))))..)))))..)).))).)))(((((((((((..((((.((((((.(((((((((((((((((((((......)))))).)))))))))...........((((...((((.((((((...(((((.(........)))))))))))).))))...)))).))))).)...)))))).))))))))))))))).)))))(((((((.((.(((......))).)).).))))))..((((.((((((....((((((.((((..(((((((((....((((((((((......((((((.(((......)).).))))))..(((...(((((.(((((.((((..(((.(((((.((((((((..((.....))))))).))).)))))))).....))))))).)).))))))))...((((..((((((((....((((.(((((((((((((..(((........(((...))).(.((((((((.((....((((((((...((((.(((.(.((.((((.(.....(((((.(((((.(((((((.(((((.((.....(((((((.(((.....((.(((((((((.((...((((....))))....))((((((((((((..((((((((.......(((((.......))))).......(((((....(((.((((..(((((.((((.((.((.((((((..((((......((((((....((((((((((....(((((((....)))))))(((.((((((((((((..(((((....((..((.((.(.((((....((..(.((((((.........)))))).)..))....)))).))).))..))))))).))))))).))))).)))..((((......))))((((((((((((.(((((((((....)))))).)))..))))))))))))))))))))))((((((((((((.(((((((((.(((.....((((((((((..((((((.(.(((.......))).).)))))))))))))))).))))))).))))).)))))).))).)))...........((((((((((((((.(((.((((.((...........)).))))...(((((((..((((((((((((((((((.(((............))))))(((((((((((.(((..............(((((((........)))))))......(((((........)))))..(((((((((((((......))..))))).))))))))).))))))))))).(((((.(((((.((.(.(((..((......))..))).))).)))..)).)))))(((((((((...)))))..)))))))))))).)))))))......)))))))((((((..((((((.......................))))))...))))))(((...(((......)).)....)))...(((((.......)))))...(((((.((((((((((..(((...))).....))))))).))).)))))..))).))))))).))))))).))))))))))..))))))..)).))))))))))))))))))))).)))))))))).)))))))))).))..)))))))))...))...))).)))))))(((((((....)))))))((((..((.((((((((((.(((....((((((.((.(..((((.......))))..)...))))))))))).))))))).))).)))))).((((((((((((((..(((((((.......))))))).....((((((.......))))))....((......))..))))))..))))))))(((.....)))...........((((((....))))))...((.((((...)))).)))).)))))..))))).....((.((((((((.((((((((((.((..(((.((.((...(((.((((...........)))).)))..)))).)))..))))......)).)))))).)))))))).))...)))))))..))))).....).)))).))).))).)).)))))))))))).))))).))))..((((((.....))))))))).)))))))))))((((.(((((.(((((((..........(((((((.(((...(((((((.((.(((((((....((((((.........)).))))....))))..))).)).)).)))))..((((......)))).......))))))))))))))))).)))))))))(((((...)))))...((((((((..(((....(((((...((((........)))).(.(((((((...(((((..(((((.((((((.((....((((((((((.(((.((((...)))).((((......)))).((((.((((((((.(....).)))))..))))))).((((.((((((((..((......)).)))))))).))))...))))))))).))))....))...(((((((((((((((((.(((((((((................))))).)))))))))))).(((......)))......(((((...))))).)))))).))))))))).))))).)))..))((((((((...(((.(.((........))).)))...((((....)))))))))))).....(((((((((..((((...))))(((((...))))).)))))))))))))))).)((((.((....))))))..))))).....)))..)))))))))).)))).....))))))))..))))(((((((..(((((((.((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((.((......)).)))).))))))))))).....((((((((....((..((.((((((..((....))))))))....))..))...)))..)))))((((((.(((((......))))).).))))))))))).))))..))))).....))))).......)))))))..(((((((((.((((((((...(........)...))).)))))...))))))))).))..))))))))))))))))).......)))))))))..))))))))))))))))))))..(((((..((.((((((..((((((((((((...((((((((((.....))).)))...))))...)))).)))).......)))).))))))))..)))))......)))))).......)).)))))))..((((((((((...(((.((.(((((.......)))))..)).)))...)))))...)))))((((((.....((((((((.............((((.(((((..(((............)))..))))))))).....))))))))...))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((.((.(((((((((({.(((((((((((((.(((....))).))))).....))))))))......,,,.(((((,,{((.(((.(((,..,.((((((((((((((((((.(((.((,,,{(,(((,,...,,}.,)))))),))).((((..((.(((.,..(((((..((,...,)).))))).)))).)).)))).......)))))}})))))))))))).|{|||....,((((.,{((.{{{{{{.{...,,|},}.||}..,||}}})))}..))}).))))))))})))))}))))))).)))((((((((((,.,((((.((((((.{((((((((((((((((((((,.....))))))}}))))))))...........((((...((((.((((((...(((((.{........}))))))))))).))))...)))).))))).)...)))))).)))))))))))))))......(((((((.((.(((......))).)).).))))))..((((.((((((....((((((.((((..(((((((((....((((((((({......((((((.{((......)).).)))))),.||{,,,(((((.(((((.((((..(((.(((((.((((((((..,({...,}}))))).))).)))))))).....))))))).)).)))))}}}},.{(((..((((((((.{..((((.({((((((((((({{(({........,||||,|{{,(((({(({,..((,(((((((((((,,.,||{,||||||,,||||||{,,||,|,|||(({{{{.|||||((.(({((,((,,.,,(((((((.(((.....((.(((((((((.((,,,(({{..,,))))....}|((((((((((((..((((((((.......(((((.......))))).......(((((....(((.((((..(((((.((((.((.((.((((((..((((...,..((((((,((((,(((((((({,,.(((((((....))))))),{|||,{.((((..((((((((........{((((...,......)))))(((((.((((((,(....,(((((.((((({.{{(,,{.,,,.((({((({((((((((((((((((((.,,..{((,....,.,||,{(((((((((((.(((((((((....))))))},))..))))))))))))),))))},))))))))))))){.(((((((((.(((.....((((((((((..((((((.(.(((.......))).).)))))))))))))))).))))))).))))).},,,,.}},{{,((((.........)})),)},,|||,.,,,)}}}))).....}}}.{{((((.,....}.)))))}.}}}}}}})})))|)))))))))))......(((((((....)))))))..)))))))).,}}}}}}}}},.....((((((..(((((.(((.....,.(((((,({{,{..,(((...{|||(((((({((......))..))))).)))))))))})}))))).,..))).))))).)))))),,|||..||}.....}},.,|||(||.{{.,,{{{}||(((((((((((...))))}((((.(((((||.....{{((,(({.((((,...,,,,,(({.,,((((({.....}}}}}}...}}}}})},,))),}})),,,,}).}))))))))..,||||||},}||},..{{{{{...,,,,))))).,,|||{{.{{{(((((((..(((...))).....))))))).}}}.)))))|||....}})))))))),}))}})))))))))..))))))..)).))))))))))))))))))))).)))))))))).))))))))))))...)))))))))...}}...))).))))))){((((((....))))))}{{((,.((.((((((((((.(((....((((((.,{.(..((((.......))))..)...}}))))))))).))))))).))).)))))}.((((((((((((((,,(((((({,,....,))))))).....,,,,,,....,.{||||||...,|}}}}}}.))..))))))..))))))))||{.,,,,)))...........((((((....))))))..,||,||||...)))),)))},)))))..)}))).....{{.{(((((((.(((((({{,{,{{({(((.{{.{{...{{{.((((..........,)))).))}..))}}.}}},..}),}},},,)),}))))).)))))))),)}...|)}|)))|,|||||{{{{{|.|.,|{|,,..,))}).))))))))).)).}},|||,|,..,{((,,,.})}}}})))})))})))))))))))((((.(((((.(((((((..........{((((((.(((...(((((((.((.(((((((....{((((({....,}}.)),.)}}....))))..))).)).)).)))))..((((......)))).......))))))))))))))))).)))))))))(((((...))))),..((((((((..(((....(((((.,.((((........)))),{.(((((((..,(({((..(((((.((((((.((....((((((((((((((.((((...)))).((((......)))).((((.{{((((((.{....}.))))),.}}})))).((((.((((((((..((......)).)))))))).))))...))))))))).))))....))...(((((((((((((((((.(((((((((................))))).)))))))))))).(((......)))......(((((...))))).)))))).))))))))).))))).))}..)){(((((((...(((.{.((......,,}}}.)))...((({....)))))))))))}.....(((((((((..((((...))))(((((...))))).)))))))))))))))).,((((.((....))))))..))))).....)))..))))))))}).))))..,..))))))))..)))|(((((((..{((((((.((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((.((......)).)))),})))))))))).....{((((,{{....((..((.((((((..((....))))))))....))..))...}},..))))|((((((.(((((......))))),)))))))))}))).))))..))))).....))))).......)))))))}.(((((((((.((((((((,,.,...,,,},,...))).)))))...))))))))).}}..))))))))))))))))).......)))))))))..))))))))))))))))))))..(((((..((.((((((..((((((((((((...((((((((((.....))),,)).,,))})...)))),})),......})))).))))))))..)))))......||||||..},,.,)),)))))))..((((((((((...(((.((.(((((.......)))))..)).)))...))))),..}))))(((((({(...((((((((........,.|,.((((.(((({,,(((............))).,))))))))).....)))))))),.)))))))....
Back