Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387940.1
Sequence Length
3499 nt
GC Content
0.5953
GCACGCAGGCGUAGUACGGUCCCCCGGGCGACAGCGGUGGCGGCUCCUCGGGGUGCUCGGCUCCCUCCCACCUAGGCCGGCCCCGGCCCGACUCGCCCUCAGAAACUCACUGUUUGGGGCUGCGGACUUUCUCGUCGUGCCCCACAAAAAGACCUGUCGGCCAUGGAGCCUAAUGAUAGUACCAGUACCGCUGUGGAGGAGCCUGACAGCUUGGAGGUGUUGGUGAAGACCUUGGACUCUCAAACUCGUACCUUUAUUGUGGGGGCCCAGAUGAAUGUAAAAGAGUUUAAGGAGCACAUUGCUGCCUCUGUCAGCAUCCCAUCUGAAAAACAACGGCUCAUUUACCAGGGACGAGUUCUGCAAGAUGAUAAGAAGCUUCAGGAAUACAAUGUUGGGGGAAAGGUUAUCCACCUGGUGGAACGGGCUCCUCCUCAGACUCACCUCCCUUCUGGGGCAUCUUCUGGGACGGGGUCUGCCUCAGCCACUCAUGGUGGGGGAUCCCCCCCUGGUACUCGGGGGCCUGGGGCCUCUGUUCAUGACCGGAAUGCCAACAGCUAUGUCAUGGUUGGAACCUUCAAUCUUCCUAGUGACGGCUCUGCUGUGGAUGUUCACAUCAACAUGGAACAGGCCCCGAUUCAGAGUGAGCCCCGGGUACGGCUGGUGAUGGCUCAGCACAUGAUCAGGGAUAUACAGACCUUACUAUCCCGGAUGGAGUGUCGAGGAGGGCCCCAACCGCAGCACAGUCAGCCGCCCCCGCAGCCACCGGCUGUGACCCCGGAGCCAGUAGCCUUGAGCUCUCAAACAUCAGAACCAGUUGAAAGUGAAGCACCUCCCCGGGAGCCCAUGGAGGCAGAAGAAGUGGAGGAGCGUGCCCCAGCCCAGAACCCGGAGCUCACUCCUGGCCCAGCCCCAGCGGGCCCAACACCUGCCCCGGAAACAAAUGCACCCAACCAUCCUUCCCCUGCGGAGUAUGUCGAGGUGCUCCAGGAGCUACAGCGGCUGGAGAGUCGCCUCCAGCCCUUCUUGCAGCGCUACUACGAGGUUCUGGGUGCUGCUGCCACCACGGACUACAAUAACAAUCACGAGGGCCGGGAGGAGGAUCAGCGGUUGAUCAACUUGGUAGGGGAGAGCCUGCGACUGCUGGGCAACACCUUUGUUGCACUGUCUGACCUGCGCUGCAAUCUGGCCUGCACGCCCCCACGACACCUGCAUGUGGUCCGGCCUAUGUCUCACUACACCACCCCCAUGGUGCUCCAGCAGGCAGCCAUUCCCAUACAGAUCAAUGUGGGAACCACUGUGACCAUGACAGGAAAUGGGACUCGGCCCCCCCCAACUCCCAAUGCAGAGGCACCUCCCCCUGGUCCUGGGCAGGCCUCAUCCGUGGCUCCGUCUUCUACCAAUGUCGAGUCCUCAGCUGAGGGGGCUCCCCCGCCAGGUCCAGCUCCCCCGCCAGCCACCAGCCACCCGAGGGUCAUCCGGAUUUCCCACCAGAGUGUGGAACCCGUGGUCAUGAUGCACAUGAACAUUCAAGAUUCUGGCACACAGCCUGGUGGUGUUCCGAGUGCUCCCACUGGCCCCCUGGGACCCCCUGGUCAUGGCCAAACCCUGGGACAGCAGGUGCCAGGCUUCCCAACAGCUCCAACCCGGGUGGUGAUUGCCCGGCCCACUCCUCCACAGGCUCGGCCUUCCCAUCCUGGAGGGCCCCCAGUCUCUGGGACACUGCAGGGCGCCGGUCUGGGUACCAAUGCCUCGUUGGCCCAGAUGGUGAGCGGCCUUGUGGGGCAGCUUCUUAUGCAGCCAGUCCUUGUGGCUCAGGGGACCCCAGGUAUGGCUCCACCGCCAGCCCCUGCCACUGCUUCUGCCAGUGCUGGCACCACCAACACAGCUACCACAGCUGGCCCCGCUCCUGGGGGGCCUGCCCAGCCUCCACCCACCCCUCAACCCUCCAUGGCUGAUCUUCAGUUCUCUCAGCUUCUGGGGAACCUGCUAGGGCCUGCAGGGCCAGGGGCUGGAGGGUCUGGUGUGGCUUCUCCCACCAUCACUGUGGCGAUGCCUGGUGUCCCUGCCUUUCUCCAAGGCAUGACUGACUUCUUGCAGGCAACACAGACAGCCCCUCCACCACCCCCACCUCCUCCACCCCCACCACCUGCCCCAGAGCAGCAGACCAUGCCCCCACCAGGCUCCCCUUCUGGUGGCGCAGGGAGUCCUGGAGGCCUGGGUCUUGAGAGCCUGUCACCGGAGUUUUUUACCUCAGUGGUGCAGGGUGUGCUCAGCUCCCUGCUGGGCUCCCUGGGGGCUCGGGCUGGCAGCAGUGAAAGUAUUGCUGCCUUCAUACAACGCCUCAGUGGAUCCAGCAACAUCUUUGAGCCUGGAGCUGAUGGGGCCCUUGGAUUCUUUGGGGCCUUGCUUUCUCUUCUGUGCCAGAACUUCUCUAUGGUGGACGUAGUGAUGCUUCUCCAUGGGCAUUUCCAGCCACUACAACGGCUCCAGCCCCAGCUGCGAUCCUUCUUCCACCAGCACUACCUGGGUGGUCAGGAGCCCACACCCAGUAACAUCCGGAUGGCAACCCACACAUUGAUCACGGGGCUAGAAGAGUAUGUGCGGGAGAGUUUUUCCUUGGUGCAGGUUCAGCCAGGUGUGGACAUCAUCCGGACAAACCUGGAAUUUCUCCAAGAGCAGUUUAAUAGCAUUGCUGCGCAUGUGCUGCAUUGCACAGAUAGUGGAUUUGGGGCCCGGUUGCUGGAGUUGUGUAACCAAGGCCUGUUUGAAUGCCUGGCCCUAAACCUGCACUGCUUGGGGGGACAGCAGAUGGAGCUUGCUGCUGUUAUCAAUGGCCGAAUUCGUCGUAUGUCUCGUGGGGUGAAUCCCUCCUUGGUGAGCUGGCUGACCACUAUGAUGGGACUGAGGCUUCAGGUGGUACUGGAGCACAUGCCUGUAGGCCCUGAUGCCAUUCUCAGAUACGUUCGCAGGGUUGGUGAUCCCCCCCAGCCACUUCCUGAGGAGCCAAUGGAAGUUCAGGGAGCAGAAAGAGCUUCCCCUGAGCCUCAGCGGGAGAAUGCUUCCCCAGCCCCUGGAACAACAGCAGAAGAGGCCAUGUCCCGAGGUCCACCUCCUGCUCCUGAGGGGGGCUCCCGGGAUGAACAGGAUGGAGCUUCAGCUGAGACAGAACCUUGGGCAGCUGCAGUCCCCCCAGAAUGGGUCCCUAUUAUCCAGCAGGACAUUCAGAGCCAGCGGAAGGUGAAACCGCAGCCCCCUCUGAGUGAUGCCUACCUCAGUGGUAUGCCUGCCAAGAGACGCAAGCUCCGGUCUGAUAUACAAAAACGACUGCAGGAAGACCCCAACUACAGUCCCCAGCGCUUCCCCAAUGCCCAGCGGGCCUUUGCUGAUGAUCCUUAGCUCUUUGCUCUAUGGCCCUUCCUCAUCAGGGGACCGUUUCCCCCCUCUUCCUUCACAGUAUUUAAGAAAUAAAAGUCGGAUUUUUCUGGCUGCUUUCUCUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1399.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1458.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 864.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((......(((((((((.((((((.....((.(.(((....((((((...(((((............))))))))))))))).))))))))....((((.....))))(((((.(((.((......))))))))))(((........))).(((((((((((((((.(((.....(((((...(((((((((((.........((((((.((((((.((((.(((((((((((........(((.((((((.(((....))))))))).)))..)))))))))))((((...)))).......((((........))))........(((.(((..(((((((.....(((((.(((...........))))))))..........(((((...((((.((((((((((((..(((((((((((.((((......((((....)))).....))))))).))))))))......)))).)).)))))).)))).))))).(((.((((((((((((((((((...((((((....((((((((.((((..((((((....((((.........))))..)))))).....))))))).))))).......))))))..)))))))).......((((.((((((((..((((((((.((((((.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).))....((((((....((..(((..(((((......(((((((...))))))).....((((((((.....))).)))))...............)))))..)))..)).(((((..((....))..)))))........((((.((((((.((....(((((((((((((((....)))).(((((.((....)))))))....((((((...((((....(((........)))..))))...)))).))..((.(.((((((.(((((.....((.((((((((......))))))))))))))).)))))).).))).)))))))))))))))).)).))))...................).)))))(((((..(((((.((((.......((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((....))))))..((((((....(((.((((........)))))))...)).))))...(((((.(((...)))))))).......(((((......)))))..)))))))((((...((((((((........))))))))...))))..((......))...(((((...((......))...))))).....(((((..((.(((........))).)))))))...))))))))..))))))))))).)).((((((((......))))))))..))))..)))))..)))))..))))..))))))))))))).))))))).((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)).))).)))).)))..))))..)))))))...))))((((....))))))))))).))))))))))))).))))))....(((((.((.....)).))))))))))))))).)))))).(((((((.....)))))))....)))))))))))....((((((((......))))))))(((((...))))).....((((((((((.(((((((..((((((...))))))))))))).)...)).)))))))((((.(((......((.(((((.......)))))))((((((.((((((((.(((.((((.((((((((((((.((((....(((.(((.(((.....))).)))((((.....))))((((((.(....).))))))....(((((........................)))))..((.((((((((.(((...)))))))).)))..)))))..)))))).)))))))))).))...(((((.((.....)))))))....)).))).)))))))).))))))(((((.....)))))..(((((.((((((((((........(((((...(((((..((((...(((((...((.(((.....((((......)))).......(((..((((((((.......)))))))).)))))).))...)))))...))))..)).))).)))))((((((((((.....((((((((((((((......((((((((.(((((((.(((((((((......(..((((((((((....))))))))))..)........)))))).)))))))))).((....)).....))))))))(((((((...((((((....((((((((.......(((((...)))))......(((((.(((.(((....)))))).)))))(((.......)))..((((.((((((((((...(((((.(.((((...(((((.........(((((((............))))))).....(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((((...))))))..)))))..)))))))..))))))...)))))))))......((((.....)))).(.(((((...........))))).).(((((......)))))....)))))...)))).))))))))))))))))))))..))))))))....)))).)).)))))))..)))))))))))(((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.((..(((((...((((..(.(((((..(.....)..))))).)..))))((((((((.((((.((.....((((...(..((((...((((((..((((((((((..(.((..((.(((..((....))..))).)).)))..))))))).....)))....)))))).))))..)..)))))))))))))))))).(((((.....)))))..)))))..))))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((.......)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((.((........)).)))..)))).)))))))))...(((((.......)))))(((((.(((((((((...((....(((...)))...))...)))))))))(((((.((....))))))).)))))...)))....)))))))))).................))))))))))..........)))))......))).))))...((((...))))...)))))...))).))))......)))))))))))...........)))))))))......)))..................(((((....(((((((....)))))))..))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,.(((.{....(((((((((.((((((..,.((({(.((({,,,,{(((({..,(({,.,,...}}}},.))}}))))))))))}.,,))))))...,,{{{.....)}}|(((((.(({(((......))))})))))|,,........,,,.(((((((((((((((.(({.,,..{((({..{(((((((((((.........((((((.((((((.((((.((((((,((((.,,{{{{.(((.((((((.(((....))}}))))).)))..})))))),}))||(({.,{(({({{{...{(((.,......)))}........(((.(((..(((((((....{(((({.(((.,.......,,)))}})}}.,........(((((...((((.((((((((((((..(((((((((((,((((.....,{(((....)))).....))))))).))))))))......)))).}}.)))))).)))).))))).(((.(((((((((({(((((({.{{((((((...,(((((((,{((((..(((((({{,,(((,...,,,,}},,}}..)))))).....))))))).))))).......))))))}))))))))).....,.{(({,(({(((((..((((((((.(((({(.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).|}{{,{((({{,....((,{(,{..{{{{{.|,...(((((((...)))))))....||({(((((,,,..}}}.|||}|{.....,,,,.....}}))}..})}..}}.|||||.,{({,{({{,(((||{{{{.,{..((((.(({(((,((...,({((((({{(,((((....)))).(((((.((....}}))))}.....{{{((,..(({,.....,{..,,,...|||.,||||...}|))|||,||{.,.{|||||,|{((({....{(.((((((((......))))))))))))))).))}))}.},,}}.))))))))))))}))},}|.||}|||.,..............,}.)}))}|||,|||||{{{.{{|{}}|.,,.,,,{|||{{{|{{|{|||,|||.|||||||((((({....})))))..{({{||....|{|.|||{...,,,..))))))),,,)},}})}.||||,{(((((..(((...,)}}..,}},||{({......))))),,)),}}))||||,..((((((((........))))))))...||||..,|.,.,}})}...{((((.,.((,.....}}...)))}}.,,,.{(((,.{{|,,,,.,|||..,|||,,||||,}...,},))))).,)))}}}}))},.)},||||||||.,,,,.|||||||}..||,,..)),,,}})))))..))))..))))))))))))).))})))).((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)),})).)))).)))..))))..))))))).,.))))((((....))))))))))).))))))))))))).))))))....,{,||}.|}}}}}))}))))))))))))))).)))))).(((((({,....}))))))....))))))))))),}..((((((((......))))))))(((((...))))).....((((((((((.(((((((..((((((...))))))))))))).)...))}}))))))((((.(((......{(.(((((.......)))))}}{(((((.((((((((.(((.((((.((((((((((((.((((....(((.{{(.(((|....,,,.,,}{{{{.....}||}((((((.(....).)))))).||.(((((........................)))))..,,.{{((((,({(((...))))))))},}),.,))))..)))))),,))))))))).)),..(((((.((.....)))))))....}).))).)))))))).)))))|(((((.....))))),.(((((.((((((((((........(((((...(((((..((((...(((((...((.(((.....((((......)}}),,}....(((..((((((((.......)))))))).)))))).))...)))))...))))..)).)}).)))))((((((((((.....((({((((((((((......((((((((.(((((((.(((((((((,,..,,{..((((((((((....))))))))))..,.......,)))))).)))))))))).{{....,}.....))))))))(((((((...({((((....((((((((.......{((((...)))}}.....,{{(((.(({.{{{..,,||||}}.}}}}))||,,,.,..))),,{((,,((((((((((...(((((.(.((((...(((((...,..,,.(((((((,...........))))))),....(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((({...})))))..)))))..)))))))..))))))...)))))))))......((((.....)))).|.(((((...........))))).,.(((((......)))))....)))))...)))),})))))))))))))))))))..))))))))....)))).)).)))))))..))))))))))}(((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.(({.(((((,..((((,,,.(((((.,{.....}.,))))).),.))))((((((({{((((.((....,((((.,.{..((((...((((((..((((((((((....{{..{{,((({{((.{...,..)))}))},}}.,)))))},....,)))....)))))).))))..,..)))))))))))))))))).(((((.....)))))},}))))})),))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((......,)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((,((........)).)))..)))).)))))))))...(((((.......))))}(((((.(((((((((...((,,..{({...})),,.))...))))))))){((((.{{....,,))))).)))))...)))....))))))))))...............,.))))))))))..........)))))......))).)))),..((((...))))...})))},,.}}}.))))......)))))))))))...........)))))))))....,.))),.................(((({....(((((((....)))))))..))))).....
Back