Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387942.1
Sequence Length
3531 nt
GC Content
0.5961
GCACGCAGGCGUAGUACGGUCCCCCGGGCGACAGCGGUGGCGGCUCCUCGGGGUGCUCGGCUCCCUCCCACCUAGGCCGGCCCCGGCCCGACUCGCCCUCAGAAACUCACUGUUUGGGGCUGCGGACUUUCUCGUCGUGCCCCACAAAAGUAAAGCUUGGGGACCUGGGGGGAGCCGGAAGUAUCGCUUCGAGAUCCCCAAAUACUAUCGGGGAAACGGAAGUGGCCGUCGGUGGCAGAGACCUGUCGGCCAUGGAGCCUAAUGAUAGUACCAGUACCGCUGUGGAGGAGCCUGACAGCUUGGAGGUGUUGGUGAAGACCUUGGACUCUCAAACUCGUACCUUUAUUGUGGGGGCCCAGAUGAAUGUAAAAGAGUUUAAGGAGCACAUUGCUGCCUCUGUCAGCAUCCCAUCUGAAAAACAACGGCUCAUUUACCAGGGACGAGUUCUGCAAGAUGAUAAGAAGCUUCAGGAAUACAAUGUUGGGGGAAAGGUUAUCCACCUGGUGGAACGGGCUCCUCCUCAGACUCACCUCCCUUCUGGGGCAUCUUCUGGGACGGGGUCUGCCUCAGCCACUCAUGGUGGGGGAUCCCCCCCUGGUACUCGGGGGCCUGGGGCCUCUGUUCAUGACCGGAAUGCCAACAGCUAUGUCAUGGUUGGAACCUUCAAUCUUCCUAGUGAGCCCCGGGUACGGCUGGUGAUGGCUCAGCACAUGAUCAGGGAUAUACAGACCUUACUAUCCCGGAUGGAGUGUCGAGGAGGGCCCCAACCGCAGCACAGUCAGCCGCCCCCGCAGCCACCGGCUGUGACCCCGGAGCCAGUAGCCUUGAGCUCUCAAACAUCAGAACCAGUUGAAAGUGAAGCACCUCCCCGGGAGCCCAUGGAGGCAGAAGAAGUGGAGGAGCGUGCCCCAGCCCAGAACCCGGAGCUCACUCCUGGCCCAGCCCCAGCGGGCCCAACACCUGCCCCGGAAACAAAUGCACCCAACCAUCCUUCCCCUGCGGAGUAUGUCGAGGUGCUCCAGGAGCUACAGCGGCUGGAGAGUCGCCUCCAGCCCUUCUUGCAGCGCUACUACGAGGUUCUGGGUGCUGCUGCCACCACGGACUACAAUAACAAUCACGAGGGCCGGGAGGAGGAUCAGCGGUUGAUCAACUUGGUAGGGGAGAGCCUGCGACUGCUGGGCAACACCUUUGUUGCACUGUCUGACCUGCGCUGCAAUCUGGCCUGCACGCCCCCACGACACCUGCAUGUGGUCCGGCCUAUGUCUCACUACACCACCCCCAUGGUGCUCCAGCAGGCAGCCAUUCCCAUACAGAUCAAUGUGGGAACCACUGUGACCAUGACAGGAAAUGGGACUCGGCCCCCCCCAACUCCCAAUGCAGAGGCACCUCCCCCUGGUCCUGGGCAGGCCUCAUCCGUGGCUCCGUCUUCUACCAAUGUCGAGUCCUCAGCUGAGGGGGCUCCCCCGCCAGGUCCAGCUCCCCCGCCAGCCACCAGCCACCCGAGGGUCAUCCGGAUUUCCCACCAGAGUGUGGAACCCGUGGUCAUGAUGCACAUGAACAUUCAAGAUUCUGGCACACAGCCUGGUGGUGUUCCGAGUGCUCCCACUGGCCCCCUGGGACCCCCUGGUCAUGGCCAAACCCUGGGACAGCAGGUGCCAGGCUUCCCAACAGCUCCAACCCGGGUGGUGAUUGCCCGGCCCACUCCUCCACAGGCUCGGCCUUCCCAUCCUGGAGGGCCCCCAGUCUCUGGGACACUGGGCGCCGGUCUGGGUACCAAUGCCUCGUUGGCCCAGAUGGUGAGCGGCCUUGUGGGGCAGCUUCUUAUGCAGCCAGUCCUUGUGGCUCAGGGGACCCCAGGUAUGGCUCCACCGCCAGCCCCUGCCACUGCUUCUGCCAGUGCUGGCACCACCAACACAGCUACCACAGCUGGCCCCGCUCCUGGGGGGCCUGCCCAGCCUCCACCCACCCCUCAACCCUCCAUGGCUGAUCUUCAGUUCUCUCAGCUUCUGGGGAACCUGCUAGGGCCUGCAGGGCCAGGGGCUGGAGGGUCUGGUGUGGCUUCUCCCACCAUCACUGUGGCGAUGCCUGGUGUCCCUGCCUUUCUCCAAGGCAUGACUGACUUCUUGCAGGCAACACAGACAGCCCCUCCACCACCCCCACCUCCUCCACCCCCACCACCUGCCCCAGAGCAGCAGACCAUGCCCCCACCAGGCUCCCCUUCUGGUGGCGCAGGGAGUCCUGGAGGCCUGGGUCUUGAGAGCCUGUCACCGGAGUUUUUUACCUCAGUGGUGCAGGGUGUGCUCAGCUCCCUGCUGGGCUCCCUGGGGGCUCGGGCUGGCAGCAGUGAAAGUAUUGCUGCCUUCAUACAACGCCUCAGUGGAUCCAGCAACAUCUUUGAGCCUGGAGCUGAUGGGGCCCUUGGAUUCUUUGGGGCCUUGCUUUCUCUUCUGUGCCAGAACUUCUCUAUGGUGGACGUAGUGAUGCUUCUCCAUGGGCAUUUCCAGCCACUACAACGGCUCCAGCCCCAGCUGCGAUCCUUCUUCCACCAGCACUACCUGGGUGGUCAGGAGCCCACACCCAGUAACAUCCGGAUGGCAACCCACACAUUGAUCACGGGGCUAGAAGAGUAUGUGCGGGAGAGUUUUUCCUUGGUGCAGGUUCAGCCAGGUGUGGACAUCAUCCGGACAAACCUGGAAUUUCUCCAAGAGCAGUUUAAUAGCAUUGCUGCGCAUGUGCUGCAUUGCACAGAUAGUGGAUUUGGGGCCCGGUUGCUGGAGUUGUGUAACCAAGGCCUGUUUGAAUGCCUGGCCCUAAACCUGCACUGCUUGGGGGGACAGCAGAUGGAGCUUGCUGCUGUUAUCAAUGGCCGAAUUCGUCGUAUGUCUCGUGGGGUGAAUCCCUCCUUGGUGAGCUGGCUGACCACUAUGAUGGGACUGAGGCUUCAGGUGGUACUGGAGCACAUGCCUGUAGGCCCUGAUGCCAUUCUCAGAUACGUUCGCAGGGUUGGUGAUCCCCCCCAGCCACUUCCUGAGGAGCCAAUGGAAGUUCAGGGAGCAGAAAGAGCUUCCCCUGAGCCUCAGCGGGAGAAUGCUUCCCCAGCCCCUGGAACAACAGCAGAAGAGGCCAUGUCCCGAGGUCCACCUCCUGCUCCUGAGGGGGGCUCCCGGGAUGAACAGGAUGGAGCUUCAGCUGAGACAGAACCUUGGGCAGCUGCAGUCCCCCCAGAAUGGGUCCCUAUUAUCCAGCAGGACAUUCAGAGCCAGCGGAAGGUGAAACCGCAGCCCCCUCUGAGUGAUGCCUACCUCAGUGGUAUGCCUGCCAAGAGACGCAAGCUCCGGUCUGAUAUACAAAAACGACUGCAGGAAGACCCCAACUACAGUCCCCAGCGCUUCCCCAAUGCCCAGCGGGCCUUUGCUGAUGAUCCUUAGCUCUUUGCUCUAUGGCCCUUCCUCAUCAGGGGACCGUUUCCCCCCUCUUCCUUCACAGUAUUUAAGAAAUAAAAGUCGGAUUUUUCUGGCUGCUUUCUCUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1422.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1481.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 1222.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((.((((((.(((((((.(...((((((((((((((((((((..((((((((((.((((....(((((....))))).......((((.((......(((...((((((.(((.((......)))))))))))....)))....)).))))...))))))))))).(((((...))))))))..))))...(((((((((((........(((((((.((((.......))).).)))))))....)))..))))))))(((((...)))).)))))))))(((.((.((.(((((.((....)).))))).)))).)))..(((((....((((((((((((((((((((.((((...((((.....(.((((...)))).)))))....))))..)))))).........)))))....(((..(....(((.((((((((........((((((.(((.......(((.(((((..((((.(((((...)))))...))))..))))).))).........((((((((((..(((((((..(((((.(((.((..(((((..(((((((((...)))))(((((...((((((((...))))))))......)))))...)))).(((((((...)))))))....((((...(((((..(((.((((((((..((((((((((((.(((.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).)))..((((......(........)......)))).(((((((...))))))).....((((((((.....))).)))))....))))...))))))))...(((...)))...)))))).)).))))))))..)))).)))))..))))).)))))..)))))))...((((....)))).(((((.((....))))))).......))))))))))......(((((....(((.((((......)))).)))....)))))))).))))))..((.((((((((......)))))))))))))))))).)))....)..)))(((((((((....).)))).))))))))))))).....)))))(((.(((((..(((((.((((.......((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((....))))))..((((((....(((.((((........)))))))...)).))))...(((((.(((...)))))))).......(((((......)))))..)))))))((((...((((((((........))))))))...))))..((......))...(((((...((......))...))))).....(((((..((.(((........))).)))))))...))))))))..))))))))))).)).((((((((......))))))))..))))..)))))..)))))..))).)))))).))).)))).))).(((.((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)).))).)))).)))..))))..)))))))...)))).))).(((..((((......(((((((.((((....((......)).(((((.((((.(((((((.(((......(((((.((((((((((((...((((((((((((((...((((((((((((((((......))))))))(((((((((((((((.(((((.((.((((((((..((((((...))))))))))).(((((((.(((.(((((..((.((.......))(((((.......)))))..((((((.((((((((.(((.((((.((((((((((((.((((....(((.(((.(((.....))).)))((((.....))))((((((.(....).))))))....(((((........................)))))..((.((((((((.(((...)))))))).)))..)))))..)))))).)))))))))).))...(((((.((.....)))))))....)).))).)))))))).))))))(((((.....)))))....(((.(.....))))))..)))))...))).)).))))).......................))).))))))).........((.(((..((((((((.......)))))))).)))))..)))))))))).)))))......))))))))....)))))....((((.....))))(((((...(((((((.....))))))).))))).)))).))))).((((((((((....))))))))))......(((.(((((((.(((((((((..((((....(((.....)))))))..))...))))))).))))))).))).......(((((...)))))........(((((((.((((((((((((......)))))).......))))))...((.((((((....)))).)).))....))))))).)))))))))))).....)))))......((((.....(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((((...))))))..)))))..)))))))..))))))...))))))))).....))))....(((((..(((((((......(((.(((.((......)).))).))).......((((.(((((((((.((((((.........)))))).((((.(......).))))))))))))).)))))))))))..)))))((((...((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.((..(((((...((((..(.(((((..(.....)..))))).)..))))((((((((.((((.((.....((((...(..((((...((((((..((((((((((..(.((..((.(((..((....))..))).)).)))..))))))).....)))....)))))).))))..)..)))))))))))))))))).(((((.....)))))..)))))..))))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((.......)))))))..)))))))).))))).)..)))))))))))).....))))))..)))).)))).))))).))))...)))))))......))))..)))(((((((((...((....(((...)))...))...)))))))))......)))...))).)))))))))..(((((.(.((((.((((((((((...........((((.(((((((........((.((((((.((((.........))...))(((((...(((((......)))))............)))))..........)))))).))........)))))))...))))...............)))))).....))))..)))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....({((({({{.{(((((((((,(((,.,,(({(({((((((({(,,({((((((((((((((.((({....(((((....)))))......,{((({((...,..{{{.,,((((((.(({(((......)))}}))))))....}}}...,})))))).,.})))))))))))|.}}},,}|}||||,..(((((..........)))))..,,}}}||{(({{.{(({{{{{{...,)|),}||||||||||||....,...{,.{({({,..,(((((((((((.........((((((.((((((.((((.((({((.{{{{.,{{(((,({(,(({{{{.{((,,,,|||||||}|,||}..||||}}}.,|}{(((,..||||{|||},.,{{|}},..,,,))),........|||,|{{..{{{{||{,,|,|{((((.(((.,.........))))))}}.......,.,(((((...((({.{{{(((((((((..{((({{((((({((({......{(((....)))).....}}})|||.||||||||,,....||}}.,,.)))|||,|}}}.))))).(({.(({((((((({((((((((,{,.,,,,{{,((,,{({{..{{{{,.{{{||||(({(({...,}}},,}.{{(..{(({,((((((((.,((((((((.((((((.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).|}((.((((,.,....((.,{.,.,{,,||.|},,.{((((({...)))))))..,,}||{||||{|||..}}}.|||}|{,....{{{,.....}))))..,)},,)).|{{||.,,(({(({{{(((,{({((..{..((((.((,((({((...,({(((((,,{.((((....)))).{((((,((....||||||},..,.{({(({..({{.......{,.,,{,,,{{{,{{|||,,.||||||{{{,,.,.{|||||,|{({{{,...{(.((((((((......))))))))))}))}|,||||}|.|,.,,.)))}}}})))))})),,||.||,|||,.............,.}}.))))}|)),)}}||||{.,,||}}}.,,...,,|||||||,,|{|}|}|||.|||}}||||{{{,....})))||,.{({|,,....|||.||||.,}}}}.,)))))))}}}))},,),.}}||.((((((..(((....))}..}}}}||,{,...,,,)))})}})),},})|{{|...((((((((........))))))))...||}|,}}}}},}))}}...{((({.,.((.....,)}...)))}}..|},||||}.|||}}||},}}},},}))|}}}}}}}.,,}},)))|}.|}}},,,,}},..),}}}}|||||.}}}}})))))||),,||}},,))},,}}))))),,))))..||||}||}}}||}.||||}}}.,|||....(((((((.,({({,,..{{(,({((,(({,,..,,,,..))}})}.}))),))).,))}),.))))))),),))))}),)}.}})).,||||}}}.|||}}}))))))}.}}))))...,||||)).|,)),))))))))))))))))))).)))))).(((((((,....}))))))....))))))))))),}..((((((((......))))))))(((((...))))).,||}|||((((,{((((((..((((((...)))))))))))))})}},|||{||{.|||||||.||,.....,|,{||{{......,)})))}}||||||,{{{|{|{{|((|.||{{}{||{{{||||||}|{({....||{,|||,||||,,..,,....{((((.....))))||||||}|,}}})})))))).{{{((((({{{,...,,,,{,........,,.|||||.....,,({{(,({({(...}))))))}}{||{{.|||,..|||||}..,||||,|||{||{..(((((.((.....|||||}}....,)})),,}||||||}.|||}}((((((.....)))))).|||,|,|,,,,,,|||}},.....||{||.,.{{{||,,||{|...{{|||},}|,}|||....,||||,}}..}))))}}}.,,.||{..((((((((.......)))))))).)})))).))..})))))..}))))..}|||||,|||}|((((((({{,...,,(||.,{||||((((,...,,(((((,{{.{||||||}{|||||{{{||,.|||,.((((((((((....))))))))))..,...,,,.{||||||.|||||||||,.((,,..,,,,,..}}})))))||{{||{..}||||||..,}||||{|||....,,,(((((.,,}}|||.....,{,((({(((.({({.{{||||}}.,,,,}|||},,...,|||,,|{{.,{(({((((((...{|{{|.{.{{{{...{(({(,,.......(((((((,........,..))))))).....(((((((((....((((((...........((((.(({.....(((((((((({...})))))..)))))..)))))))..))))))...))))))))).....,|||{.....)))}.|.(((((........,.,))))).,.{((((......)))))....))))}...)))|||}))||||}}}}}}}}}))),.),})))))....}}))})),)))}}}},,})))))))}}|(((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.(({.(((((,..((((,,,.(((((.,{.....}.,))))).),.))))((((((({{((((.((....,((((.,.{..((((...((((((..((((((((((....{{..{{,((({{((.{...,..)))}))},}}.,)))))},....,)))....)))))).))))..,..)))))))))))))))))).(((((.....)))))},}))))})),))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((......,)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((,((........)).)))..)))).))))))))),..{((||..,....)))))|||||.(((((((((...((||..{{{...})),..))...)))))))))|||||,,,,...))),)))})))))..{|||{.{.||||}|||||,,,............,{|||,||||||{........{|,|||{{{.,,||,....,...||||.},||||{...|{{((.,,...}}}}}.....}},,,,,)))),....,,..,.)))))),))......,,))}}}}}...,,}}.....,,,,,....(((((((....)))))))}})),))}}},.
Back