Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387955.1
Sequence Length
3609 nt
GC Content
0.5955
GCACGCAGGCGUAGUACGGUCCCCCGGGCGACAGCGGUGGCGGCUCCUCGGGGUGCUCGGCUCCCUCCCACCUAGGCCGGCCCCGGCCCGACUCGCCCUCAGAAACUCACUGUUUGGGGCUGCGGACUUUCUCGUCGUGCCCCACAAAAGUAAAGCUUGGGGACCUGGGGGGAGCCGGAAGUAUCGCUUCGAGAUCCCCAAAUACUAUCGGGGAAACGGAAGUGGCCGUCGGUGGCAGGUUUGGGGGAGACCGGAAGUGACGAGACCUGUCGGCCAUGGAGCCUAAUGAUAGUACCAGUACCGCUGUGGAGGAGCCUGACAGCUUGGAGGUGUUGGUGAAGACCUUGGACUCUCAAACUCGUACCUUUAUUGUGGGGGCCCAGAUGAAUGUAAAAGAGUUUAAGGAGCACAUUGCUGCCUCUGUCAGCAUCCCAUCUGAAAAACAACGGCUCAUUUACCAGGGACGAGUUCUGCAAGAUGAUAAGAAGCUUCAGGAAUACAAUGUUGGGGGAAAGGUUAUCCACCUGGUGGAACGGGCUCCUCCUCAGACUCACCUCCCUUCUGGGGCAUCUUCUGGGACGGGGUCUGCCUCAGCCACUCAUGGUGGGGGAUCCCCCCCUGGUACUCGGGGGCCUGGGGCCUCUGUUCAUGACCGGAAUGCCAACAGCUAUGUCAUGGUUGGAACCUUCAAUCUUCCUAGUGACGGCUCUGCUGUGGAUGUUCACAUCAACAUGGAACAGGCCCCGAUUCAGAGUGAGCCCCGGGUACGGCUGGUGAUGGCUCAGCACAUGAUCAGGGAUAUACAGACCUUACUAUCCCGGAUGGAGUGUCGAGGAGGGCCCCAACCGCAGCACAGUCAGCCGCCCCCGCAGCCACCGGCUGUGACCCCGGAGCCAGUAGCCUUGAGCUCUCAAACAUCAGAACCAGUUGAAAGUGAAGCACCUCCCCGGGAGCCCAUGGAGGCAGAAGAAGUGGAGGAGCGUGCCCCAGCCCAGAACCCGGAGCUCACUCCUGGCCCAGCCCCAGCGGGCCCAACACCUGCCCCGGAAACAAAUGCACCCAACCAUCCUUCCCCUGCGGAGUAUGUCGAGGUGCUCCAGGAGCUACAGCGGCUGGAGAGUCGCCUCCAGCCCUUCUUGCAGCGCUACUACGAGGUUCUGGGUGCUGCUGCCACCACGGACUACAAUAACAAUCACGAGGGCCGGGAGGAGGAUCAGCGGUUGAUCAACUUGGUAGGGGAGAGCCUGCGACUGCUGGGCAACACCUUUGUUGCACUGUCUGACCUGCGCUGCAAUCUGGCCUGCACGCCCCCACGACACCUGCAUGUGGUCCGGCCUAUGUCUCACUACACCACCCCCAUGGUGCUCCAGCAGGCAGCCAUUCCCAUACAGAUCAAUGUGGGAACCACUGUGACCAUGACAGGAAAUGGGACUCGGCCCCCCCCAACUCCCAAUGCAGAGGCACCUCCCCCUGGUCCUGGGCAGGCCUCAUCCGUGGCUCCGUCUUCUACCAAUGUCGAGUCCUCAGCUGAGGGGGCUCCCCCGCCAGGUCCAGCUCCCCCGCCAGCCACCAGCCACCCGAGGGUCAUCCGGAUUUCCCACCAGAGUGUGGAACCCGUGGUCAUGAUGCACAUGAACAUUCAAGAUUCUGGCACACAGCCUGGUGGUGUUCCGAGUGCUCCCACUGGCCCCCUGGGACCCCCUGGUCAUGGCCAAACCCUGGGACAGCAGGUGCCAGGCUUCCCAACAGCUCCAACCCGGGUGGUGAUUGCCCGGCCCACUCCUCCACAGGCUCGGCCUUCCCAUCCUGGAGGGCCCCCAGUCUCUGGGACACUGGGCGCCGGUCUGGGUACCAAUGCCUCGUUGGCCCAGAUGGUGAGCGGCCUUGUGGGGCAGCUUCUUAUGCAGCCAGUCCUUGUGGCUCAGGGGACCCCAGGUAUGGCUCCACCGCCAGCCCCUGCCACUGCUUCUGCCAGUGCUGGCACCACCAACACAGCUACCACAGCUGGCCCCGCUCCUGGGGGGCCUGCCCAGCCUCCACCCACCCCUCAACCCUCCAUGGCUGAUCUUCAGUUCUCUCAGCUUCUGGGGAACCUGCUAGGGCCUGCAGGGCCAGGGGCUGGAGGGUCUGGUGUGGCUUCUCCCACCAUCACUGUGGCGAUGCCUGGUGUCCCUGCCUUUCUCCAAGGCAUGACUGACUUCUUGCAGGCAACACAGACAGCCCCUCCACCACCCCCACCUCCUCCACCCCCACCACCUGCCCCAGAGCAGCAGACCAUGCCCCCACCAGGCUCCCCUUCUGGUGGCGCAGGGAGUCCUGGAGGCCUGGGUCUUGAGAGCCUGUCACCGGAGUUUUUUACCUCAGUGGUGCAGGGUGUGCUCAGCUCCCUGCUGGGCUCCCUGGGGGCUCGGGCUGGCAGCAGUGAAAGUAUUGCUGCCUUCAUACAACGCCUCAGUGGAUCCAGCAACAUCUUUGAGCCUGGAGCUGAUGGGGCCCUUGGAUUCUUUGGGGCCUUGCUUUCUCUUCUGUGCCAGAACUUCUCUAUGGUGGACGUAGUGAUGCUUCUCCAUGGGCAUUUCCAGCCACUACAACGGCUCCAGCCCCAGCUGCGAUCCUUCUUCCACCAGCACUACCUGGGUGGUCAGGAGCCCACACCCAGUAACAUCCGGAUGGCAACCCACACAUUGAUCACGGGGCUAGAAGAGUAUGUGCGGGAGAGUUUUUCCUUGGUGCAGGUUCAGCCAGGUGUGGACAUCAUCCGGACAAACCUGGAAUUUCUCCAAGAGCAGUUUAAUAGCAUUGCUGCGCAUGUGCUGCAUUGCACAGAUAGUGGAUUUGGGGCCCGGUUGCUGGAGUUGUGUAACCAAGGCCUGUUUGAAUGCCUGGCCCUAAACCUGCACUGCUUGGGGGGACAGCAGAUGGAGCUUGCUGCUGUUAUCAAUGGCCGAAUUCGUCGUAUGUCUCGUGGGGUGAAUCCCUCCUUGGUGAGCUGGCUGACCACUAUGAUGGGACUGAGGCUUCAGGUGGUACUGGAGCACAUGCCUGUAGGCCCUGAUGCCAUUCUCAGAUACGUUCGCAGGGUUGGUGAUCCCCCCCAGCCACUUCCUGAGGAGCCAAUGGAAGUUCAGGGAGCAGAAAGAGCUUCCCCUGAGCCUCAGCGGGAGAAUGCUUCCCCAGCCCCUGGAACAACAGCAGAAGAGGCCAUGUCCCGAGGUCCACCUCCUGCUCCUGAGGGGGGCUCCCGGGAUGAACAGGAUGGAGCUUCAGCUGAGACAGAACCUUGGGCAGCUGCAGUCCCCCCAGAAUGGGUCCCUAUUAUCCAGCAGGACAUUCAGAGCCAGCGGAAGGUGAAACCGCAGCCCCCUCUGAGUGAUGCCUACCUCAGUGGUAUGCCUGCCAAGAGACGCAAGCUCCGGUCUGAUAUACAAAAACGACUGCAGGAAGACCCCAACUACAGUCCCCAGCGCUUCCCCAAUGCCCAGCGGGCCUUUGCUGAUGAUCCUUAGCUCUUUGCUCUAUGGCCCUUCCUCAUCAGGGGACCGUUUCCCCCCUCUUCCUUCACAGUAUUUAAGAAAUAAAAGUCGGAUUUUUCUGGCUGCUUUCUCUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1457.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1520.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 898.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((.((((((.(((((((.(((.((....)).).))))))))).))).((((((...(((((((((..(((((.(((((....((((.((((((....(((...((((((.(((.((......)))))))))))....))).......((((((((((((((.((.((......((((((....(((((..........)))))....))))))((.((.((.(((((((.((((((...((((((((((.((((.(((((((((((((((.(((....)))...........(((((((((((.........((((((.((((((.((((.(((((((((((........(((.((((((.(((....))))))))).)))..)))))))))))((((...)))).......((((........))))........(((.(((..(((((((.....(((((.(((...........))))))))..........(((((...((((.((((((((((((..(((((((((((.((((......((((....)))).....))))))).))))))))......)))).)).)))))).)))).))))).(((.((((((((((((((((((...((((((....((((((((.((((..((((((....((((.........))))..)))))).....))))))).))))).......))))))..)))))))).......((((.((((((((..((((((((.((((((.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).))....((((((....((..(((..(((((......(((((((...))))))).....((((((((.....))).)))))...............)))))..)))..)).(((((..((....))..)))))........((((.((((((.((....(((((((((((((((....)))).(((((.((....)))))))....((((((...((((....(((........)))..))))...)))).))..((.(.((((((.(((((.....((.((((((((......))))))))))))))).)))))).).))).)))))))))))))))).)).))))...................).)))))(((((..(((((.((((.......((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((....))))))..((((((....(((.((((........)))))))...)).))))...(((((.(((...)))))))).......(((((......)))))..)))))))((((...((((((((........))))))))...))))..((......))...(((((...((......))...))))).....(((((..((.(((........))).)))))))...))))))))..))))))))))).)).((((((((......))))))))..))))..)))))..)))))..))))..))))))))))))).))))))).((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)).))).)))).)))..))))..)))))))...))))((((....))))))))))).))))))))))))).))))))....(((((.((.....)).))))))))))))))).)))))).(((((((.....)))))))....)))))))))))....((((((((......))))))))(((((...)))))...((((((((((.((((((..((((((...))))))))))))))))((((.((((....)))).)))).....((((..(((....(((((..((((((((...))).((((......)))).)))))))))).))).))))..(((.(((.....))).)))((((.....))))((((((.(....).)))))).))))))....................))))))))))))....))).))))))).)))))))((..(((((........))))).)).((((.(((((((.(((.((((.....((((((.......)))).))((((((..(((.(((((((.....)))))).)...)))......)))))).))))..))).)))))))...))))...........))))))..)))))))))...)).))...))..)))))).))))).))))))))))).))))((((((((((.(.(((.((((((....(.(.((((.((((((((........)))..))))))))).).)))))))...))).).)))))))))).))))).)))))((((((((((....))))))))))......(((.(((((((.(((((((((..((((....(((.....)))))))..))...))))))).))))))).))).......(((((...)))))........(((((((.((((((((((((......)))))).......))))))...((.((((((....)))).)).))....)))))))......)))))))))...)))))).....((((.....(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((((...))))))..)))))..)))))))..))))))...))))))))).....))))...........(.(((((...........))))).).(((((......))))).....(((((..(((((((((((((.........))))))..((((.((......))..))))........((...))((((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.((..(((((...((((..(.(((((..(.....)..))))).)..))))((((((((.((((.((.....((((...(..((((...((((((..((((((((((..(.((..((.(((..((....))..))).)).)))..))))))).....)))....)))))).))))..)..)))))))))))))))))).(((((.....)))))..)))))..))))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((.......)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((.((........)).)))..)))).))))))))))...)))))))....)))))(((...(((((((((...((....(((...)))...))...))))))))).)))........))).)))))))))..(((((.(.((((.((((((((((...........((((.(((((((........((.((((((.((((.........))...))(((((...(((((......)))))............)))))..........)))))).))........)))))))...))))...............)))))).....))))..)))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,.(((.{....(((((((((.((((,,{,,,.,},}}.}}}}((((((((({(((((((((.((({....(((((....)))))......,{((({((...,..{{{.,,((((((.(({(((......)))}}))))))....})}...,})})))).,.})))))))))))|.,}}..})))))))).(((((..........)))))...(((((.((((((.((.(((((((.((((((.{.((((((((((.((((.(((((((((((((((......,...|,.,,{{{...,(((((((((((.........((((((.((((((.((((.((((((,((((.,,,{{{.(((.((((((.(((....)))}))))).)))..})))))),}))||(({.,{{{|({{{..,{(((.,......)))}........(((.(((..(((((((....{(((({.(((.,.......,,)))}})}}.,........(((((...((((.((((((((((((..(((((((((((,((((.....,{(((....)))).....))))))}.))))))))......)))).}}.)))))).)))).))))).(((.(((((((((({(((((({.{{((((((...,(((((((,{((((..(((((({{,,(((,...,,,,}},,}}..)))))).....))))))).))))).......))))))}))))))))).....,.{(({,(({(((((..((((((((.(((({(.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).|}{{,{((({{,....((,{(,{..{{,||.|,...(((((((...)))))))....}|{{{((((,,,.,}}}.|||}|{.....,{,,.....}})}}..,}}..}}.|{|||.,{({{{{||.{{{,|{{{{.,{..((((.(({(((,((...,({((((({{(.((((....)))).(((((.((....))))))).....{((((,..(({,.....,{..,,,...|||.,||||...}})),||,||,.,.{|||||,|{(({{....{(.((((((((......))))))))))))))).))}))}.},.}}.))))))))))))}))},}|.||}|||.,..............}}.))))}|||,|}}||{{{.{{|{}}|.,,.,,,{|||{{{|{{|{|||,|||.|||||||((((({....})))))..{({{||....|{|.|||{...,,,..))))))),,,)},}})}.||||,{(((((..(((...,)}}..,}},||{({......))))),,)),}}))||||,..((((((((........))))))))...||||..,|.,.,}})}...{((((.,.((,.....}}...)))}}.,,,.{(((,.{{|,,,,.,|||.,,|||,,||||,}...,},))))).,)))}}}}))}..)},||||||||.,,,,.|||||||}..||,,..))}}}}})))))..))))..))))))))))))).))})))).((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)),})).)))).)))..))))..))))))).,.))))((((....))))))))))).))))))))))))).))))))....,{,||},|}}}}}))}))))))))))))))).)))))).(((((({,....}))))))....))))))))))),}..((((((((......))))))))(((((...)))))..,|||||{{{{,{((((((..((((((...)))))))))))))|}|(((,{(,,..{{{((({.{{,......|,{((((,.....{||||,|{(((({{{...}}}.{(((......)))},}}))})}}||,{{...,)},})|)}|||}..........|((((.....))))|(((((.(....).)))))).))}}})}}.}},}....,,,}},...))))))))))))....))).)))))),})))))))((..(((((........))))).)).((((.(((((((.((({(((({.....|||||,....{{|||}.,.((((((..(((.,((((((.....)))))).),,.}))......)))))).))))}.))).)))))))...)))).......,.,.))))))..)))))))))(((((((.(((...{((..((((((((.......)))))))).))}(({{{{.{{(({(({((((({,{{..,.{{{{(((((((((((((.....((({((((((((((......((((((((.(((((((.(((((((((,....,{..((((((((((....))))))))))..}...,....)))))).)))))))))).{,....,}.....))))))))(((((((...((((((....((((((((.......{((((...))))}.....,{{(((,(((.({{..,,||||}}.}}}})|||,,,.,..))),,{((,{((((((((((...(((((.(.((((...(((((...,..,,.(((((((............))))))),....(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((({...})))))..)))))..)))))))..))))))...)))))))))......((((.....)))).|.(((((...........))))).,.(((((......)))))....)))))...)))),})))))))))))))))))))..))))))))....)))).)).)))))))..))))))))))}(((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.(({.(((((,..((((,,,.(((((.,{.....}.,))))).),.))))((((((({{((((.((....,((((.,.{..((((...((((((..((((((((((....{{..{{,((({{((.{...,..)))}))},}}.,)))))},....,)))....)))))).))))..,..)))))))))))))))))).(((((.....)))))},}))))})),))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((......,)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((,((........)).)))..)))).)))))))))...(((((.......))))}(((((.(((((((((...((,,..(({...})).,.))...))))))))){((((.{{....,,))))).)))))...)))....))))))))))..},,..........{{{{|,{{,,,},,,,...,,.}))})})))).))))))...,.{|{{...))))....(((((......))))))))))))))))))))))))))....,.)))))))))....,,))),.................(((({....(((((((....)))))))..))))).....
Back