Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387965.1
Sequence Length
3696 nt
GC Content
0.5977
GCACGCAGGCGUAGUACGGUCCCCCGGGCGACAGCGGUGGCGGCUCCUCGGGGUGCUCGGCUCCCUCCCACCUAGGCCGGCCCCGGCCCGACUCGCCCUCAGAAACUCACUGUUUGGGGCUGCGGACUUUCUCGUCGUGCCCCACAAAAGUAAAGCUUGGGGACCUGGGGGGAGCCGGAAGUAUCGCUUCGAGAUCCCCAAAUACUAUCGGGGAAACGGAAGUGGCCGUCGGUGGCAGAGACCUGUCGGCCAUGGAGCCUAAUGAUAGUACCAGUACCGCUGUGGAGGAGCCUGACAGCUUGGAGGUGUUGGUGAAGACCUUGGACUCUCAAACUCGUACCUUUAUUGUGGGGGCCCAGAUGAAUGUAAAAGAGUUUAAGGAGCACAUUGCUGCCUCUGUCAGCAUCCCAUCUGAAAAACAACGGCUCAUUUACCAGGGACGAGUUCUGCAAGAUGAUAAGAAGCUUCAGGAAUACAAUGUUGGGGGAAAGGUUAUCCACCUGGUGGAACGGGCUCCUCCUCAGACUCACCUCCCUUCUGGGGCAUCUUCUGGGACGGGGUCUGCCUCAGCCACUCAUGGUGGGGGAUCCCCCCCUGGUACUCGGGGGCCUGGGGCCUCUGUUCAUGACCGGAAUGCCAACAGCUAUGUCAUGGUUGGAACCUUCAAUCUUCCUAGUGACGGCUCUGCUGUGGAUGUUCACAUCAACAUGGAACAGGCCCCGAUUCAGAGUGAGCCCCGGGUACGGCUGGUGAUGGCUCAGCACAUGAUCAGGGAUAUACAGACCUUACUAUCCCGGAUGGAGUGUCGAGGAGGGCCCCAACCGCAGCACAGUCAGCCGCCCCCGCAGCCACCGGCUGUGACCCCGGAGCCAGUAGCCUUGAGCUCUCAAACAUCAGAACCAGUUGAAAGUGAAGCACCUCCCCGGGAGCCCAUGGAGGCAGAAGAAGUGGAGGAGCGUGCCCCAGCCCAGAACCCGGAGCUCACUCCUGGCCCAGCCCCAGCGGGCCCAACACCUGCCCCGGAAACAAAUGCACCCAACCAUCCUUCCCCUGCGGAGUAUGUCGAGGUGCUCCAGGAGCUACAGCGGCUGGAGAGUCGCCUCCAGCCCUUCUUGCAGCGCUACUACGAGGUUCUGGGUGCUGCUGCCACCACGGACUACAAUAACAAUCACGAGGGCCGGGAGGAGGAUCAGCGGUUGAUCAACUUGGUAGGGGAGAGCCUGCGACUGCUGGGCAACACCUUUGUUGCACUGUCUGACCUGCGCUGCAAUCUGGCCUGCACGCCCCCACGACACCUGCAUGUGGUCCGGCCUAUGUCUCACUACACCACCCCCAUGGUGCUCCAGCAGGCAGCCAUUCCCAUACAGAUCAAUGUGGGAACCACUGUGACCAUGACAGGAAAUGGGACUCGGCCCCCCCCAACUCCCAAUGCAGAGGCACCUCCCCCUGGUCCUGGGCAGGCCUCAUCCGUGGCUCCGUCUUCUACCAAUGUCGAGUCCUCAGCUGAGGGGGCUCCCCCGCCAGGUCCAGCUCCCCCGCCAGCCACCAGCCACCCGAGGGUCAUCCGGAUUUCCCACCAGAGUGUGGAACCCGUGGUCAUGAUGCACAUGAACAUUCAAGAUUCUGGCACACAGCCUGGUGGUGUUCCGAGUGCUCCCACUGGCCCCCUGGGACCCCCUGGUCAUGGCCAAACCCUGGGCUCCACCCUCAUCCAGCUGCCCUCCCUGCCCCCUGAGUUCAUGCACGCCGUCGCCCACCAGAUCACUCAUCAGGCCAUGGUGGCAGCUGUUGCCUCCGCGGCCGCAGGACAGCAGGUGCCAGGCUUCCCAACAGCUCCAACCCGGGUGGUGAUUGCCCGGCCCACUCCUCCACAGGCUCGGCCUUCCCAUCCUGGAGGGCCCCCAGUCUCUGGGACACUGCAGGGCGCCGGUCUGGGUACCAAUGCCUCGUUGGCCCAGAUGGUGAGCGGCCUUGUGGGGCAGCUUCUUAUGCAGCCAGUCCUUGUGGCUCAGGGGACCCCAGGUAUGGCUCCACCGCCAGCCCCUGCCACUGCUUCUGCCAGUGCUGGCACCACCAACACAGCUACCACAGCUGGCCCCGCUCCUGGGGGGCCUGCCCAGCCUCCACCCACCCCUCAACCCUCCAUGGCUGAUCUUCAGUUCUCUCAGCUUCUGGGGAACCUGCUAGGGCCUGCAGGGCCAGGGGCUGGAGGGUCUGGUGUGGCUUCUCCCACCAUCACUGUGGCGAUGCCUGGUGUCCCUGCCUUUCUCCAAGGCAUGACUGACUUCUUGCAGGCAACACAGACAGCCCCUCCACCACCCCCACCUCCUCCACCCCCACCACCUGCCCCAGAGCAGCAGACCAUGCCCCCACCAGGCUCCCCUUCUGGUGGCGCAGGGAGUCCUGGAGGCCUGGGUCUUGAGAGCCUGUCACCGGAGUUUUUUACCUCAGUGGUGCAGGGUGUGCUCAGCUCCCUGCUGGGCUCCCUGGGGGCUCGGGCUGGCAGCAGUGAAAGUAUUGCUGCCUUCAUACAACGCCUCAGUGGAUCCAGCAACAUCUUUGAGCCUGGAGCUGAUGGGGCCCUUGGAUUCUUUGGGGCCUUGCUUUCUCUUCUGUGCCAGAACUUCUCUAUGGUGGACGUAGUGAUGCUUCUCCAUGGGCAUUUCCAGCCACUACAACGGCUCCAGCCCCAGCUGCGAUCCUUCUUCCACCAGCACUACCUGGGUGGUCAGGAGCCCACACCCAGUAACAUCCGGAUGGCAACCCACACAUUGAUCACGGGGCUAGAAGAGUAUGUGCGGGAGAGUUUUUCCUUGGUGCAGGUUCAGCCAGGUGUGGACAUCAUCCGGACAAACCUGGAAUUUCUCCAAGAGCAGUUUAAUAGCAUUGCUGCGCAUGUGCUGCAUUGCACAGAUAGUGGAUUUGGGGCCCGGUUGCUGGAGUUGUGUAACCAAGGCCUGUUUGAAUGCCUGGCCCUAAACCUGCACUGCUUGGGGGGACAGCAGAUGGAGCUUGCUGCUGUUAUCAAUGGCCGAAUUCGUCGUAUGUCUCGUGGGGUGAAUCCCUCCUUGGUGAGCUGGCUGACCACUAUGAUGGGACUGAGGCUUCAGGUGGUACUGGAGCACAUGCCUGUAGGCCCUGAUGCCAUUCUCAGAUACGUUCGCAGGGUUGGUGAUCCCCCCCAGCCACUUCCUGAGGAGCCAAUGGAAGUUCAGGGAGCAGAAAGAGCUUCCCCUGAGCCUCAGCGGGAGAAUGCUUCCCCAGCCCCUGGAACAACAGCAGAAGAGGCCAUGUCCCGAGGUCCACCUCCUGCUCCUGAGGGGGGCUCCCGGGAUGAACAGGAUGGAGCUUCAGCUGAGACAGAACCUUGGGCAGCUGCAGUCCCCCCAGAAUGGGUCCCUAUUAUCCAGCAGGACAUUCAGAGCCAGCGGAAGGUGAAACCGCAGCCCCCUCUGAGUGAUGCCUACCUCAGUGGUAUGCCUGCCAAGAGACGCAAGCUCCGGUCUGAUAUACAAAAACGACUGCAGGAAGACCCCAACUACAGUCCCCAGCGCUUCCCCAAUGCCCAGCGGGCCUUUGCUGAUGAUCCUUAGCUCUUUGCUCUAUGGCCCUUCCUCAUCAGGGGACCGUUUCCCCCCUCUUCCUUCACAGUAUUUAAGAAAUAAAAGUCGGAUUUUUCUGGCUGCUUUCUCUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1485.42 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1548.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 1203.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((((.((((((.(((((((.(...((((((((((((((((((((..((((((((((.((((....(((((....))))).......((((.((......(((...((((((.(((.((......)))))))))))....)))....)).))))...))))))))))).(((((...))))))))..))))...(((((((((((........(((((((.((((.......))).).)))))))....)))..))))))))(((((...)))).)))))))))(((.((.((.(((((.((....)).))))).)))).)))..(((((....((((((((((((((((((((.((((...((((.....(.((((...)))).)))))....))))..)))))).........))))).(((((....(((..(((((....((((...(((.((((.(((..(((....((.((((...((((.(((((...)))))..((((.(((((((....(((((..((.((((((((.(((((((((.(((((((((((...((((....))))(((((...)))))(((((...((((((((...))))))))......)))))....(((.((((..((((((....((((.........))))..)))))).....)))))))(((((......)))))))..))))))))).))))))).))))))))))...))..))))).......((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).))))))))))).))))((.((.......)).))...(((((((...))))))).)))).))....))).))).)))))))....)))))))))..)))....)))))...(((((..((....))..)))))........((((.((((((.((....(((((((((((((((....)))).(((((.((....)))))))....((((((...((((....(((........)))..))))...)))).))..((.(.((((((.(((((.....((.((((((((......))))))))))))))).)))))).).))).)))))))))))))))).)).))))...))))))))).....)))))(((.(((((..(((((.((((.......((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((....))))))..((((((....(((.((((........)))))))...)).))))...(((((.(((...)))))))).......(((((......)))))..)))))))((((...((((((((........))))))))...))))..((......))...(((((...((......))...))))).....(((((..((.(((........))).)))))))...))))))))..))))))))))).)).((((((((......))))))))..))))..)))))..)))))..))).)))))).))).)))).))).(((.((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)).))).)))).)))..))))..)))))))...)))).))).(((..((((......(((((((.((((....((((........))))...........(((((((((...(((((((((((((...(((.((((((.(((.....((....))....))).))))))))).((((.(((.....))).))))....((((((((((((((((..(((.(((((.((((((((((((...((((((((((((((...((((((((((((((((......))))))))(((((((((((((((.((((((((((((.(((((((..((((((...))))))))))))).)...)).)))))))))(((.((.......)).)))..((((((((((...((((((.((((((((.(((.((((.((((((((((((.((((....(((.(((.(((.....))).)))((((.....))))((((((.(....).))))))....(((((........................)))))..((.((((((((.(((...)))))))).)))..)))))..)))))).)))))))))).))...(((((.((.....)))))))....)).))).)))))))).))))))))).........((((((.(((.((.((((((((...............................................)))))....))).)))))..)))))).((((((((.......)))))))).))))))))))))))))).)))))......))))))))....)))))....((((.....))))(((((...(((((((.....))))))).))))).)))).))))).((((((((((....))))))))))......(((.(((((((.(((((((((..((((....(((.....)))))))..))...))))))).))))))).))).......(((((...)))))........(((((((.((((((((((((......)))))).......))))))...((.((((((....)))).)).))....))))))).)))))))))))).....)))))((((..((((.....(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((((...))))))..)))))..)))))))..))))))...))))))))).....))))...........(.(((((...........))))).).(((((......)))))....)))).....(((((.((((((.........))))))..)))))))).))).))))))).....))))))...)))))))))).)))(((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.((..(((((...((((..(.(((((..(.....)..))))).)..))))((((((((.((((.((.....((((...(..((((...((((((..((((((((((..(.((..((.(((..((....))..))).)).)))..))))))).....)))....)))))).))))..)..)))))))))))))))))).(((((.....)))))..)))))..))))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((.......)))))))..)))))))).))))).)..)))))))).)))............)))))))))........))))...)))))))......))))..)))(((((((((...((....(((...)))...))...)))))))))......)))...))).)))))))))..(((((.(.((((.((((((((((...........((((.(((((((........((.((((((.((((.........))...))(((((...(((((......)))))............)))))..........)))))).))........)))))))...))))...............)))))).....))))..)))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((((.((((((((((((((....(((((.((((((({(..(,((((((((((((((.((({....(((((....)))))......,{((({((...,..{{(.,,((((((.(({(((......)))}}))))))....})}...,}))))))...}))))))))))),.})}}}}|)|||,...(((((..........)))))..,,}},|{((({(.(((({,,,,...}}||.}||}},|||||||........((.{({{{{{.{(((((((((((.........((((((.((((((.((((.(({{((,{(({.{{((((.(((.(({{{{.{((,,,,}||||||}|,||}..,|||}}}.,|}((({...}))){|||||{{{.||,,..,|||||.......{{(((.(((..(((((((..({(,,(,({..({(({...,.{{{||((((...........(((((...((({.{{{(((((((((..{(((({(((((,((((.....{{(((....)))}.....})))))}.))))}}}}......|||},|,.)))|||,|}}},))))},(({.{{{((((((({(((((({.{{((((((...,(((((((,{((((..(((((({{,,(((,...,,,,}},,}}..)))))).....))))))).))))).......))))))}))))))))).....,,{{({,((|(((({..((((((((.((((((.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).|}|{,{((({,,....((,{(,{..{{,||.|,...(((((((...)))))))....,|(((((((,.,..}}}.|||}|{.....,{,,.....})))}..,}}..}).|{{||.,{({,{{{|.{{{|||{{{..{..((((.(({(((,((...,({((((({{{.((((....)))).(((((.((....}}))))}.....{{{((,,.({{,.....,{,,,,,,,,|||,,||||...||))|||{|,,.,.{|||||,|{(({{....{(.((((((((......)))))))))))))}}.))}})}.},.}}.)))}})))))))}))},||.||,|||,.............,.}}.))))}|||,|}}|||{{,{|||}}}.,,..,,{|||{{{|{{|{|||}|||.|||||||((((({....})))))..{({{|{....|{|.|||{...,,,..))))))),,,)},}}),.||||,{(((((..(((...,))}..}}}}||{{{......))))),,)),}}))||||,..((((((((........))))))))...||||..,,.,.,}})}...{((((.,.((,.....}}...)))}}.,|,.{(((,.|||,|,|,,|||,,,||},,||||,}...,}}))))).,)))}},}))}..}},||||||||.,,,},|||||||}..||}},.))},,}}))))),,))))..))))))))})))).))|)}}}.((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)),})).)))).)))..))))..))))))).}.))))((((....)))))))))}).)))}}}..}}})}..})))),...}}))))}).,....)))})..)}.},.)}}...},,)))}),))..)}}...||}}}.|,....}}}}}.........|{{{.{||.((((,,.,|}))).))).)))))),})}))),))))}))))))))))))))).)))))).(((((((,....}))))))....))))))))))),}..((((((((......))))))))(((((...)))))...((((((((((((.(((((((..((((((...))))))))))))).)...)),}))))))))(((.((.......)).))),,,,.,.{||||,,||||||||.,.||}||||||,|}||)})}||}))))))))||{....|||,}}}}))),}}...,....(((((.....)))))))))))))))))))))))).((((((((((((...,{{{({.....,.,((,(((((.......({{(,({({(,..})))))}}}{(({(.{((...({(((,...((((.(((((((..(((((,((,,.,,|||||,,....,)})).},((((((..(((.,((((((.....)))))).),,.}}}......)))))}.,..,},.}},}.,,,}}}}}},},....}}))})).)))}....}))))}))..)))))}}}.}},||{..((((((((.......)))))))).)})))).)}..)))))),,)))))..||{|{|{{{({((((((((.....,{{{,,..,))))(((({...(((((((.....))))))).}}}))||||||,|||,.((((((((((....))))))))))......{,,.((((((|.(({((((({..(({{..,.,{{..,,,})))))),,))...}||||}}.,}}||||,|||..,,{{{(((((,{{||||,....,|{,((({(((.({({,{{||||||.,,,,||||||,,..{{{|,,|||..,((|((((((...{||||.|,{||{...|||||}}....,..(((((((,......,.,,.})))))).....{((((((((....((((((........,..((((.{{{,,,..({{{(((((({...})))))..))))}..))))))).,))))))...})))))))}.....}|||{.....}))}.|,(((((........,.,)))}}.,.{((((......))))}....}))}}..,}|||||}||||||}}}}}},}})))},).,))}}),...}})))))}))),||,}}|}}|}}}}},{(((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.(({.(((((,..((((,,,.(((((.,{.....}.,))))).),.))))((((((({{((((.((....,((((.,.{..((((...((((((..((((((((((....{{..{{,((({{((.{...,..)))}))},}}.,)))))},....,)))....)))))).))))..,..)))))))))))))))))).(((((.....)))))},}))))})),))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((......,)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((,((........)).)))..)))).)))))))))}..{||||.,}....)))))}}|}|.{{{|{{|{|,,.||||,,||,,,.}))}.,)),,,)))))})))}}}}},..},,,))).)))))))))..(((((.(.((((.{{({{{{,,,..........,{(((.(((((((........((.((((((.,,{{.........||,,.,,|((({...(({((.,,...,}}||.....}}.....))))}..........)))))).))........)))))))...}})}..........,...{||||||....})))))))))).)))))).
Back