Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387990.1
Sequence Length
3756 nt
GC Content
0.5988
GCACGCAGGCGUAGUACGGUCCCCCGGGCGACAGCGGUGGCGGCUCCUCGGGGUGCUCGGCUCCCUCCCACCUAGGCCGGCCCCGGCCCGACUCGCCCUCAGAAACUCACUGUUUGGGGCUGCGGACUUUCUCGUCGUGCCCCACAAAAGUAAAGCUUGGGGACCUGGGGGGAGCCGGAAGUAUCGCUUCGAGAUCCCCAAAUACUAUCGGGGAAACGGAAGUGGCCGUCGGUGGCAGGUUUGGGGGAGACCGGAAGUGACGAGACCUGUCGGCCAUGGAGCCUAAUGAUAGUACCAGUACCGCUGUGGAGGAGCCUGACAGCUUGGAGGUGUUGGUGAAGACCUUGGACUCUCAAACUCGUACCUUUAUUGUGGGGGCCCAGAUGAAUGUAAAAGAGUUUAAGGAGCACAUUGCUGCCUCUGUCAGCAUCCCAUCUGAAAAACAACGGCUCAUUUACCAGGGACGAGUUCUGCAAGAUGAUAAGAAGCUUCAGGAAUACAAUGUUGGGGGAAAGGUUAUCCACCUGGUGGAACGGGCUCCUCCUCAGACUCACCUCCCUUCUGGGGCAUCUUCUGGGACGGGGUCUGCCUCAGCCACUCAUGGUGGGGGAUCCCCCCCUGGUACUCGGGGGCCUGGGGCCUCUGUUCAUGACCGGAAUGCCAACAGCUAUGUCAUGGUUGGAACCUUCAAUCUUCCUAGUGACGGCUCUGCUGUGGAUGUUCACAUCAACAUGGAACAGGCCCCGAUUCAGAGUGAGCCCCGGGUACGGCUGGUGAUGGCUCAGCACAUGAUCAGGGAUAUACAGACCUUACUAUCCCGGAUGGAGUGUCGAGGAGGGCCCCAACCGCAGCACAGUCAGCCGCCCCCGCAGCCACCGGCUGUGACCCCGGAGCCAGUAGCCUUGAGCUCUCAAACAUCAGAACCAGUUGAAAGUGAAGCACCUCCCCGGGAGCCCAUGGAGGCAGAAGAAGUGGAGGAGCGUGCCCCAGCCCAGAACCCGGAGCUCACUCCUGGCCCAGCCCCAGCGGGCCCAACACCUGCCCCGGAAACAAAUGCACCCAACCAUCCUUCCCCUGCGGAGUAUGUCGAGGUGCUCCAGGAGCUACAGCGGCUGGAGAGUCGCCUCCAGCCCUUCUUGCAGCGCUACUACGAGGUUCUGGGUGCUGCUGCCACCACGGACUACAAUAACAAUCACGAGGGCCGGGAGGAGGAUCAGCGGUUGAUCAACUUGGUAGGGGAGAGCCUGCGACUGCUGGGCAACACCUUUGUUGCACUGUCUGACCUGCGCUGCAAUCUGGCCUGCACGCCCCCACGACACCUGCAUGUGGUCCGGCCUAUGUCUCACUACACCACCCCCAUGGUGCUCCAGCAGGCAGCCAUUCCCAUACAGAUCAAUGUGGGAACCACUGUGACCAUGACAGGAAAUGGGACUCGGCCCCCCCCAACUCCCAAUGCAGAGGCACCUCCCCCUGGUCCUGGGCAGGCCUCAUCCGUGGCUCCGUCUUCUACCAAUGUCGAGUCCUCAGCUGAGGGGGCUCCCCCGCCAGGUCCAGCUCCCCCGCCAGCCACCAGCCACCCGAGGGUCAUCCGGAUUUCCCACCAGAGUGUGGAACCCGUGGUCAUGAUGCACAUGAACAUUCAAGAUUCUGGCACACAGCCUGGUGGUGUUCCGAGUGCUCCCACUGGCCCCCUGGGACCCCCUGGUCAUGGCCAAACCCUGGGACAGCAGGUGCCAGGCUUCCCAACAGCUCCAACCCGGGUGGUGAUUGCCCGGCCCACUCCUCCACAGGCUCGGCCUUCCCAUCCUGGAGGGCCCCCAGUCUCUGGGACACUGGGCGCCGGUCUGGGUACCAAUGCCUCGUUGGCCCAGAUGGUGAGCGGCCUUGUGGGGCAGCUUCUUAUGCAGCCAGUCCUUGUGGCUCAGGGGACCCCAGGUAUGGCUCCACCGCCAGCCCCUGCCACUGCUUCUGCCAGUGCUGGCACCACCAACACAGCUACCACAGCUGGCCCCGCUCCUGGGGGGCCUGCCCAGCCUCCACCCACCCCUCAACCCUCCAUGGCUGAUCUUCAGUUCUCUCAGCUUCUGGGGAACCUGCUAGGGCCUGCAGGGCCAGGGGCUGGAGGGUCUGGUGUGGCUUCUCCCACCAUCACUGUGGCGAUGCCUGGUGUCCCUGCCUUUCUCCAAGGCAUGACUGACUUCUUGCAGGCAACACAGACAGCCCCUCCACCACCCCCACCUCCUCCACCCCCACCACCUGCCCCAGAGCAGCAGACCAUGCCCCCACCAGGCUCCCCUUCUGGUGGCGCAGGGAGUCCUGGAGGCCUGGGUCUUGAGAGCCUGUCACCGGAGUUUUUUACCUCAGUGGUGCAGGGUGUGCUCAGCUCCCUGCUGGGCUCCCUGGGGGCUCGGGCUGGCAGCAGUGAAAGUAUUGCUGCCUUCAUACAACGCCUCAGUGGAUCCAGCAACAUCUUUGAGCCUGGAGCUGAUGGGGCCCUUGGAUUCUUUGGGGCCUUGCUUUCUCUUCUGUGCCAGAACUUCUCUAUGGUGGACGUAGUGAUGCUUCUCCAUGGGCAUUUCCAGCCACUACAACGGCUCCAGCCCCAGCUGCGAUCCUUCUUCCACCAGCACUACCUGGGUGGUCAGGAGCCCACACCCAGUAACAUCCGGAUGGCAACCCACACAUUGAUCACGGGGCUAGAAGAGUAUGUGCGGGAGAGUUUUUCCUUGGUGCAGGUUCAGCCAGGUGUGGACAUCAUCCGGACAAACCUGGAAUUUCUCCAAGAGCAGUUUAAUAGCAUUGCUGCGCAUGUGCUGCAUUGCACAGAUAGUGGAUUUGGGGCCCGGUUGCUGGAGUUGUGUAACCAAGGCCUGUUUGAAUGCCUGGCCCUAAACCUGCACUGCUUGGGGGGACAGCAGAUGGAGCUUGCUGCUGUUAUCAAUGGCCGAAUUCGUCGUAUGUCUCGUGGGGUGAAUCCCUCCUUGGUGAGCUGGCUGACCACUAUGAUGGGACUGAGGCUUCAGGUGGUACUGGAGCACAUGCCUGUAGGCCCUGAUGCCAUUCUCAGAUACGUUCGCAGGGUUGGUGAUCCCCCCCAGCCACUUCCUGAGGAGCCAAUGGAAGUUCAGGGAGCAGAAAGAGCUUCCCCUGAGCCUCAGCGGGAGAAUGCUUCCCCAGCCCCUGGAACAACAGCAGAAGAGGCCAUGUCCCGAGGUCCACCUCCUGCUCCUGAGGGGGGCUCCCGGGAUGAACAGGAUGGAGCUUCAGCUGAGACAGAACCUUGGGCAGCUGCAGUCCCCCCAGAAUGGGUCCCUAUUAUCCAGCAGGACAUUCAGAGCCAGCGGAAGGUGAAACCGCAGCCCCCUCUGAGUGAUGCCUACCUCAGUGGUAUGCCUGCCAAGAGACGCAAGACGAUGCAGGGUGAGGGCCCCCAGCUGCUUCUCUCAGAGGCUGUGAGCCGGGCAGCUAAGGCAGCCGGAGCUCGGCCCCUGACGAGCCCCGAGAGCCUGAGCCGGGACCUGGAGGCACCAGAGGUUCAGGAGAGCUACAGGCAGCAGCUCCGGUCUGAUAUACAAAAACGACUGCAGGAAGACCCCAACUACAGUCCCCAGCGCUUCCCCAAUGCCCAGCGGGCCUUUGCUGAUGAUCCUUAGCUCUUUGCUCUAUGGCCCUUCCUCAUCAGGGGACCGUUUCCCCCCUCUUCCUUCACAGUAUUUAAGAAAUAAAAGUCGGAUUUUUCUGGCUGCUUUCUCUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1530.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1594.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 1110.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((..(((.......(((.(((((((.(((.((....)).).))))))))).)))((((((((.((((....(((((....))))).......((((.((......(((...((((((.(((.((......)))))))))))....)))....)).))))...)))))))))))).......((((((....(((((..........)))))....)))))))))..))((((.(((...(((((((((.((....((((.....))))(((((((((((((((.(((.....(((((((((((.((..((((......))))((((((((((((((((..((((...((((((((((((.((((........(((((((((((.((((...((((.....(.((((...)))).)))))....))))..)))))).........))))).......))))))))))).))..)))...))))...)))))(((.......(((((((....((....)).((((((((...((((.(((((((....(((((..((.((((((((.(((((((((.(((((((((((...((((....))))(((((...)))))(((((...((((((((...))))))))......)))))....(((.((((..((((((....((((.........))))..)))))).....)))))))(((((......)))))))..))))))))).))))))).))))))))))...))..))))).......((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).)))))))))))...))))....(((((.........(((((((...)))))))...(((((((..((.((((..(((((((........(((((.(((........))).....((((((((((((((((((((..(((((.((((.((((.(((((((...((((.((((((....)))).(((((((((((.(((((.......))))).((((..........................((((((((((..(((..((((((.(((((.....((.((((((((......))))))))))))))).)))))).((((((((..((((.(((.((((((.((((((...................(((((((((((((..(((((.(..((((.((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((....))))))..((((((....(((.((((........)))))))...)).))))...(((((.(((...)))))))).......(((((......)))))..)))))))((((...((((((((........))))))))...))))..((......))...(((((...((......))...))))).....(((((..((.(((........))).)))))))...))))))))..))))))))))).)).)).))..).)))))(((((((...((....))...)))))))..(((.(.((...((((((((.(((.(((.((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)).))).)))).)))..))))..)))))))...)))).)))..)))..(((((.((.(((...))).))....)))))...(((((.((.....)).)))))...................))))))))...)).).)))...))))))).).)))))((((((((......))))))))(((((...))))).....((.((((.(((((((..((((((...))))))))))))).)...))).)))))))))))))).......))).)))).))))))))....((((((.((((((((.(((.((((.((((((((((((.((((....(((.(((.(((.....))).)))((((.....))))((((((.(....).))))))....(((((........................)))))..((.((((((((.(((...)))))))).)))..)))))..)))))).)))))))))).))...(((((.((.....)))))))....)).))).)))))))).))))))(((((.....)))))..)))..)))))..))))).......(((((...(((((..((((...(((((...((.(((.....((((......)))).......(((..((((((((.......)))))))).)))))).))...)))))...))))..)).))).))))).)))).......((((.....))))(((((...(((((((.....))))))).))))))))))).)))))((((((((((....))))))))))..........((((((..((.(((((...((....))...))))).))..))))))....)).)))))))))))..))))))))))))).)))).((((.((.(((((.....))))).)).).))))))))))))...))).(((.......((((((((((((((((((.(.((((....(((((((......)).)))))..))))((((.(((((.......(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((((...))))))..)))))..)))))))..))))))...)))))))))......((((.....))))..............((((((((((((.(((((......))))).....(((((..(((((((((((((.........))))))..((((.((......))..))))........((...))((((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.((..(((((...((((..(.(((((..(.....)..))))).)..))))((((((((.((((.((.....((((...(..((((...((((((..((((((((((..(.((..((.(((..((....))..))).)).)))..))))))).....)))....)))))).))))..)..)))))))))))))))))).(((((.....)))))..)))))..))))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((.......)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((.((........)).)))..)))).))))))))))...)))))))....)))))(((((.(((((((((...((....(((...)))...))...)))))))))(((((.((....))))))).))))).....).))).)).)))))).))))).))))..))))))).........).))))).))))))))).(((.((((...(((.(((((........))))).)))...)))).)))))))..((((.....)))).)))))..)))))))..)))).)).)))))))................)))))))))....))))))).....))))))))))))))......)))))))).....)))))...))).))))......)))))))))))..(((((....)))))))))))))))).....)))))))........(((((....(((((((....)))))))..))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{.(((.{....(((((((((.((((,{{,,{.,|,|},||||{(((((({(((((((((((.((({....(((((....)))))......{(((({((...,..{{{.,,((((((.(({(((......)))}}))))))....}}}...,})})))).,.})))))))))))|.,},..|}))))}}}.(((((..........)))))...(((((.((((((.((.(((((((.((((((.{.((((((((((.((((.(((((((((((((((.,....,...|,.,,{{{...{(((((((((((.........((((((.((((((.((((.((((((,((((.,,,{{{.(((.((((((.(((....)))}))))).)))..})))))),}))||(({.,{|||({{{..,{(((,,......)))}........(((.(((..(((((((....{(((({.(((.,.......,,)))}})}}.,........(((((...((((.((((((((((((..(((((((((((,((((.....,{(((....)))).....))))))}.))))))))......)))).}}.)))))).)))).))))).(((.(((((((((({(((((({.{{((((((...,(((((((,{((((..(((((({{,,(((,...,,,,}},,}}..)))))).....))))))).))))).......))))))}))))))))).....,.{(({,(({(((((..((((((((.(((({(.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).|}{{,{((({{,....((,{(,{..{{,||.|,...(((((((...)))))))....}|{{{((((,,,.,}}}.|||}|{.....,{,,.....|})}}..,}}..}}.|{|||.,{({{{{|{.{{{,|{{{{.,(..((((.(({(((,((...,({((((({{(,((((....)))).(((((.((....))))))).....{((((,..(({,.....,{..,,,...|||.,||||...}}))|||,||,.,.{|||||,|{(({{....{(.((((((((......))))))))))))))).))}))}.},.}}.))))))))))))}))},}|.||}|||.,..............,}.)}))}|||,|}}||{{{.{{|{}}|.,,.,,,{|||{{{|{{|{|||,|||.|||||||((((({....})))))..{({{|{....|{|.|||{...,,,..))))))),,,)},}})}.||||,{(((((..(((...,)}}..,}},||{({......))))),,)),}}))||||,..((((((((........))))))))...||||..,|.,.,}})}...{((((.,.((,.....}}...)))}}.,,,.{(((,.{{|,|,,.,|||..,|||,,||||,}...,},))))).,)))}}}}))},.)},||||||||.,,,,.|||||||}..||,,..))}}}}})))))..))))..))))))))))))).))})))).((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)),})).)))).)))..))))..))))))).,.))))((((....))))))))))).))})))))))))).))))))....,{,||},|}}}}}))}))))))))))))))).)))))}.(((((({,....}))))))....))))))))))),}..((((((((......))))))))(((((...)))))..,|||||{{{{,{((((((..((((((...)))))))))))))|}|(((,{(,,..{{{((({.||,......|,{((((,.....{||||,|{(((({{{..,}}}.{(((......)))},}}))})}}||,{{...,)},})|)}|||}..........|((((.....))))|(((((.(....).)))))).))}}})}}.}},}....,,,}},...))))))))))))....))).))))))}})))))))((..(((((........))))).)).((((.(((((((.((({(((({.....|||||,,...{{|||}.,.((((((..(((.,((((((.....)))))).),,.}))......)))))).))))}.))).)))))))...))))......,,,,.))))))..))))))))){(((({({(.....}))..((((((({.......)))))))){,((((((((((.(.(((.((((((....(,(.((((.(((({(((........)))..})))))))).}.}})))))...))),),)))))))))).)((((((((((((((((((((....))))))))))..........((((.(({,{.(((.((.(((((((((((...(,(((((..((((((((({{{{...,,(((((({.((...({{(((((.{{||||.....,||,((({(((.({({,{{{|{|||..,.,||||||,...{{{|,,|||..,((|((((((...{||||.|,||||...|||||}}.....,.(((((((,...........))))))),....,((((((({....{{{{{{.....,,.},,||||,|||}}}..{{{||((((({...}))))).,|||||,,||}}|||,{||||||,..,}}|||||,.....}||||.....)))}.|.(((((........,.,)))}}.,.{((((......))))}....}}}}}...}|||{{,||||||,,,,,,,,,)))}}}..)))))}...,,)})))))))}}},))||||||}||,((((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.(({.(((((,..((((,,,.(((((.,{.....}.,))))).),.))))((((((({{((((.((....,((((.,.{..((((...((((((..((((((((((....{{..{{,((({{((.{...,..)))}))},}}.,)))))},....,)))....)))))).))))..,..)))))))))))))))))).(((((.....)))))},}))))})),))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((......,)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((,((........)).)))..)))).)))))))))}..,||||}}}....)))),{{({{.(((((((((...((,,..{({...})),,.))...))))))))),|{|{{{({....,)))),.}||||...,.,..|||.,.,..})))))..}))))))))))))).),...)))))))).)))..)).)))}.))).}))).,,(((.(((((........))))).)))..}))))))))),({{(({{{.,,..)),.,))))).,|(((((((.{(({{.((((...((((((............(((((.((...........)).)))))....{,{{.........)).,..))))))...)))).}}..)))))))))))))))))}))))))))))....,.)))))))))....},))},.................(((({....(((((((....)))))))..))))).....
Back