Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387999.1
Sequence Length
3494 nt
GC Content
0.5916
GAAGUCGGGGGCGGAGCCGCGGGGUGGUGGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUUGGCUGUGGGUUAGUUGUGCCGUUCUGCUGGAACACCGUGGGAAGGCAGUAGACGCGGGCAGUCAGCUAGCAGAGACCUGUCGGCCAUGGAGCCUAAUGAUAGUACCAGUACCGCUGUGGAGGAGCCUGACAGCUUGGAGGUGUUGGUGAAGACCUUGGACUCUCAAACUCGUACCUUUAUUGUGGGGGCCCAGAUGAAUGUAAAAGAGUUUAAGGAGCACAUUGCUGCCUCUGUCAGCAUCCCAUCUGAAAAACAACGGCUCAUUUACCAGGGACGAGUUCUGCAAGAUGAUAAGAAGCUUCAGGAAUACAAUGUUGGGGGAAAGGUUAUCCACCUGGUGGAACGGGCUCCUCCUCAGACUCACCUCCCUUCUGGGGCAUCUUCUGGGACGGGGUCUGCCUCAGCCACUCAUGGUGGGGGAUCCCCCCCUGGUACUCGGGGGCCUGGGGCCUCUGUUCAUGACCGGAAUGCCAACAGCUAUGUCAUGGUUGGAACCUUCAAUCUUCCUAGUGACGGCUCUGCUGUGGAUGUUCACAUCAACAUGGAACAGGCCCCGAUUCAGAGUGAGCCCCGGGUACGGCUGGUGAUGGCUCAGCACAUGAUCAGGGAUAUACAGACCUUACUAUCCCGGAUGGAGUGUCGAGGAGGGCCCCAACCGCAGCACAGUCAGCCGCCCCCGCAGCCACCGGCUGUGACCCCGGAGCCAGUAGCCUUGAGCUCUCAAACAUCAGAACCAGUUGAAAGUGAAGCACCUCCCCGGGAGCCCAUGGAGGCAGAAGAAGUGGAGGAGCGUGCCCCAGCCCAGAACCCGGAGCUCACUCCUGGCCCAGCCCCAGCGGGCCCAACACCUGCCCCGGAAACAAAUGCACCCAACCAUCCUUCCCCUGCGGAGUAUGUCGAGGUGCUCCAGGAGCUACAGCGGCUGGAGAGUCGCCUCCAGCCCUUCUUGCAGCGCUACUACGAGGUUCUGGGUGCUGCUGCCACCACGGACUACAAUAACAAUCACGAGGGCCGGGAGGAGGAUCAGCGGUUGAUCAACUUGGUAGGGGAGAGCCUGCGACUGCUGGGCAACACCUUUGUUGCACUGUCUGACCUGCGCUGCAAUCUGGCCUGCACGCCCCCACGACACCUGCAUGUGGUCCGGCCUAUGUCUCACUACACCACCCCCAUGGUGCUCCAGCAGGCAGCCAUUCCCAUACAGAUCAAUGUGGGAACCACUGUGACCAUGACAGGAAAUGGGACUCGGCCCCCCCCAACUCCCAAUGCAGAGGCACCUCCCCCUGGUCCUGGGCAGGCCUCAUCCGUGGCUCCGUCUUCUACCAAUGUCGAGUCCUCAGCUGAGGGGGCUCCCCCGCCAGGUCCAGCUCCCCCGCCAGCCACCAGCCACCCGAGGGUCAUCCGGAUUUCCCACCAGAGUGUGGAACCCGUGGUCAUGAUGCACAUGAACAUUCAAGAUUCUGGCACACAGCCUGGUGGUGUUCCGAGUGCUCCCACUGGCCCCCUGGGACCCCCUGGUCAUGGCCAAACCCUGGGACAGCAGGUGCCAGGCUUCCCAACAGCUCCAACCCGGGUGGUGAUUGCCCGGCCCACUCCUCCACAGGCUCGGCCUUCCCAUCCUGGAGGGCCCCCAGUCUCUGGGACACUGCAGGGCGCCGGUCUGGGUACCAAUGCCUCGUUGGCCCAGAUGGUGAGCGGCCUUGUGGGGCAGCUUCUUAUGCAGCCAGUCCUUGUGGCUCAGGGGACCCCAGGUAUGGCUCCACCGCCAGCCCCUGCCACUGCUUCUGCCAGUGCUGGCACCACCAACACAGCUACCACAGCUGGCCCCGCUCCUGGGGGGCCUGCCCAGCCUCCACCCACCCCUCAACCCUCCAUGGCUGAUCUUCAGUUCUCUCAGCUUCUGGGGAACCUGCUAGGGCCUGCAGGGCCAGGGGCUGGAGGGUCUGGUGUGGCUUCUCCCACCAUCACUGUGGCGAUGCCUGGUGUCCCUGCCUUUCUCCAAGGCAUGACUGACUUCUUGCAGGCAACACAGACAGCCCCUCCACCACCCCCACCUCCUCCACCCCCACCACCUGCCCCAGAGCAGCAGACCAUGCCCCCACCAGGCUCCCCUUCUGGUGGCGCAGGGAGUCCUGGAGGCCUGGGUCUUGAGAGCCUGUCACCGGAGUUUUUUACCUCAGUGGUGCAGGGUGUGCUCAGCUCCCUGCUGGGCUCCCUGGGGGCUCGGGCUGGCAGCAGUGAAAGUAUUGCUGCCUUCAUACAACGCCUCAGUGGAUCCAGCAACAUCUUUGAGCCUGGAGCUGAUGGGGCCCUUGGAUUCUUUGGGGCCUUGCUUUCUCUUCUGUGCCAGAACUUCUCUAUGGUGGACGUAGUGAUGCUUCUCCAUGGGCAUUUCCAGCCACUACAACGGCUCCAGCCCCAGCUGCGAUCCUUCUUCCACCAGCACUACCUGGGUGGUCAGGAGCCCACACCCAGUAACAUCCGGAUGGCAACCCACACAUUGAUCACGGGGCUAGAAGAGUAUGUGCGGGAGAGUUUUUCCUUGGUGCAGGUUCAGCCAGGUGUGGACAUCAUCCGGACAAACCUGGAAUUUCUCCAAGAGCAGUUUAAUAGCAUUGCUGCGCAUGUGCUGCAUUGCACAGAUAGUGGAUUUGGGGCCCGGUUGCUGGAGUUGUGUAACCAAGGCCUGUUUGAAUGCCUGGCCCUAAACCUGCACUGCUUGGGGGGACAGCAGAUGGAGCUUGCUGCUGUUAUCAAUGGCCGAAUUCGUCGUAUGUCUCGUGGGGUGAAUCCCUCCUUGGUGAGCUGGCUGACCACUAUGAUGGGACUGAGGCUUCAGGUGGUACUGGAGCACAUGCCUGUAGGCCCUGAUGCCAUUCUCAGAUACGUUCGCAGGGUUGGUGAUCCCCCCCAGCCACUUCCUGAGGAGCCAAUGGAAGUUCAGGGAGCAGAAAGAGCUUCCCCUGAGCCUCAGCGGGAGAAUGCUUCCCCAGCCCCUGGAACAACAGCAGAAGAGGCCAUGUCCCGAGGUCCACCUCCUGCUCCUGAGGGGGGCUCCCGGGAUGAACAGGAUGGAGCUUCAGCUGAGACAGAACCUUGGGCAGCUGCAGUCCCCCCAGAAUGGGUCCCUAUUAUCCAGCAGGACAUUCAGAGCCAGCGGAAGGUGAAACCGCAGCCCCCUCUGAGUGAUGCCUACCUCAGUGGUAUGCCUGCCAAGAGACGCAAGCUCCGGUCUGAUAUACAAAAACGACUGCAGGAAGACCCCAACUACAGUCCCCAGCGCUUCCCCAAUGCCCAGCGGGCCUUUGCUGAUGAUCCUUAGCUCUUUGCUCUAUGGCCCUUCCUCAUCAGGGGACCGUUUCCCCCCUCUUCCUUCACAGUAUUUAAGAAAUAAAAGUCGGAUUUUUCUGGCUGCUUUCUCUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1416.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1476.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 807.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..(((((.((((..(((((((((((((.(((.(.(.(((.(.(((.(((.(.(.(..(((.((((((.(.(((((((((((((((((((((((...)))))...(.((((((((((..((((((((((.((.((((.(((((((((..(((...(((((((........(((((.......(((((((((((.........((((((.((((((.((((.(((((((((((........(((.((((((.(((....))))))))).)))..)))))))))))((((...)))).......((((........))))........(((.(((..(((((((.....(((((.(((...........))))))))..........(((((...((((.((((((((((((..(((((((((((.((((......((((....)))).....))))))).))))))))......)))).)).)))))).)))).))))).(((.((((((((((((((((((...((((((....((((((((.((((..((((((....((((.........))))..)))))).....))))))).))))).......))))))..)))))))).......((((.((((((((..((((((((.((((((.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).))....((((((....((..(((..(((((......(((((((...))))))).....((((((((.....))).)))))...............)))))..)))..)).(((((..((....))..)))))........((((.((((((.((....(((((((((((((((....)))).(((((.((....)))))))....((((((...((((....(((........)))..))))...)))).))..((.(.((((((.(((((.....((.((((((((......))))))))))))))).)))))).).))).)))))))))))))))).)).))))...................).)))))(((((..(((((.((((.......((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((....))))))..((((((....(((.((((........)))))))...)).))))...(((((.(((...)))))))).......(((((......)))))..)))))))((((...((((((((........))))))))...))))..((......))...(((((...((......))...))))).....(((((..((.(((........))).)))))))...))))))))..))))))))))).)).((((((((......))))))))..))))..)))))..)))))..))))..))))))))))))).))))))).((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)).))).)))).)))..))))..)))))))...))))((((....))))))))))).))))))))))))).))))))....(((((.((.....)).))))))))))))))).)))))).(((((((.....)))))))....)))))))))))....((((((((......))))))))(((((...)))))...((((((((((((.(((((((..((((((...))))))))))))).)...)).)))))))))(((.((.......)).))).((((((........))))))....)))))))))))))))((((((((((((.((((....(((.(((.(((.....))).)))((((.....))))((((((.(....).))))))....(((((........................)))))..((.((((((((.(((...)))))))).)))..)))))..)))))).)))))))))).))))))((((.((.....))))))....)))))))))))))).))))).)))))))))).)..))))))))))))))...)))).))))))).)))..).).))))))).).)))...).)))).))))))))).(((..(((((((.(((...(((..((((((((.......)))))))).)))((((((.((((.((.(((((((((....((..(((((((((((((.....((((((((((((((......((((((((.(((((((.(((((((((......(..((((((((((....))))))))))..)........)))))).)))))))))).((....)).....))))))))(((((((...((((((....((((((((.......(((((...)))))......(((((.(((.(((....)))))).)))))(((.......)))..((((.((((((((((...(((((.(.((((...(((((.........(((((((............))))))).....(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((((...))))))..)))))..)))))))..))))))...)))))))))......((((.....)))).(.(((((...........))))).).(((((......)))))....)))))...)))).))))))))))))))))))))..))))))))....)))).)).)))))))..)))))))))))(((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.((..(((((...((((..(.(((((..(.....)..))))).)..))))((((((((.((((.((.....((((...(..((((...((((((..((((((((((..(.((..((.(((..((....))..))).)).)))..))))))).....)))....)))))).))))..)..)))))))))))))))))).(((((.....)))))..)))))..))))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((.......)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((.((........)).)))..)))).)))))))))...(((((.......)))))(((((.(((((((((...((....(((...)))...))...)))))))))(((((.((....))))))).)))))...)))....))))))))))...............))).))...))))))).......)).)))))).)))))).....((((...))))....(((((......)))))))))))))))..)))...(((((....))))))))))))))))))....))))..........(((((....(((((((....)))))))..))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((..(((((.((((..(((((((((((((.(((.(.(.(,(,(.(,(,({(,(.(.(..(((.(((({{((.(((((((((((((((((((((((...)))))...,.((((((((((..((((((((((,((.((({,(((,({{{|,,{{{,..(((((((........{((((.,..,.,(((((((((((.........((((((.((((((.((((.((((((,((((.,,{{{{.(((.((((((.(((....)))}))))).)))..,)))))),}))||(({.,((((({{{...{(((.,......)))}........(((.(((..(((((((....{(((({.(((.,.......,.)))}}))}.,........(((((...((((.((((((((((((..(((((((((((.((((.....,{(((....)))).....))))))).))))))))......)))).}}.)))))).)))).))))).(((.(((((((((({(((((({.,(((((((...,(((((((,{((((..(((((({{,,(((,...,,,,}},,}}..)))))).....))))))).))))).......))))))}))))))))).......{(((.(({(((((..((((((((.((((((.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))}.|,{(,{((({,,....((,{(,{..{{{{{.|....(((((((...)))))))....,|(((((((,,,..}}}.|||}|{.....,,,,.....}}))}..,)}..}}.|{{||.,{({,{(||.{({||{{{{.,{..((((.(({(((,((...,({((((({{(.((((....)))).(((((.((....))))))).....{((((,..(({,.....,{,.,,,...|||.,||||...}}))|||,||,.,.{|||||,|{(({{,...{(.((((((((......)))))))))))))}).))}))}.},.},.)))))))))))))))},}}.}}}|||.,,.............}}.))))}|||,|}}||{{{.{{|{}}|.,,..,,{|||{{{||{|{|||}|||.|||||||((((({....})))))..{({{||....|{|.|||{...,,,..)))))))},,)},}}),.||||,{(((((..(((...,)}|..,}},||{({......))))),,}),},))||||,..((((((((........))))))))...||||.,,|.,.,}})}...{((((.,.((,.....}}...}))},.,,,.{(((,.|{|,,,,.,|||.,,|||,.||||,,...,},))))}.,)))}},}))}..}},||||||||.,,,,.|||||||}..||,,..)),}}}})))))..))))..))))))))))))).))})))).((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)),})).)))).)))..))))..))))))).,.))))((((....))))))))))).))))))))))))).))))))....,,,|}}.|}})}}))}))))))))))))))).)))))).(((((((.....}))))))....))))))))))),}..((((((((......))))))))(((((...)))))...((((((((((((.(((((((..((((((...))))))))))))).)...)),}))))))))(((.((.......)).))).|||{{,,,}}}},,})))}),,}.))))))))))))||}((((((((((((.((((....(((.{{(.(({|....,,,.,,}{{{{.....}||}((((((.(....).)))))).||.(((((........................)))))..,,.{{((((,({(((...))))))))},}),.,))))..))))))}}))))))))).))}}}|((((.((.....})))))}.,.)))))))}}))))),})))).)))))))))),}..)))))))))))))}...)))).))))))).)))..}.}.})))))).}.))),.,,.,))).))))))))).(((..(((((((.(((...{((..((((((((.......)))))))).))}((({{{.{{(({(({((((({,{{....{{,{(((((((((((((.....((({((((((((((......((((((((.(((((((.(((((((((,.....{..((((((((((....))))))))))..}........)))))).)))))))))).{,....,}.....))))))))(((((((...((((((....((((((((.......{((((...))))}.....,{{(((.(((.({{..,,|}||}}.}}}})|||,,,.,..))),,(((,{((((((((((...(((((.(.((((...(((((...,..,,.(((((((............))))))),....(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((({...})))))..)))))..)))))))..))))))...)))))))))......((((.....)))).|.(((((...........))))).,.(((((......)))))....)))))...)))),})))))))))))))))))))..))))))))....)))).)).)))))))..))))))))))}(((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.(({.(((((,..((((,,,.(((((.,{.....}.,))))).),.))))((((((({{((((.((....,((((.,.{..((((...((((((..((((((((((....{{..{{,((({{((.{...,..)))}))},}}.,)))))},....,)))....)))))).))))..,..)))))))))))))))))).(((((.....)))))},}))))})),))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((......,)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((,((........)).)))..)))).)))))))))...(((((.......))))}(((((.(((((((((...((,,..(({...})).,.))...)))))))))(((((.{(....,,))))).)))))...)))....))))))))))..},,..........{{{{|,{{.,,,,,,,...,,.}))})})))).))))))...,.{||{...))))....(((((......)))))))))))))))..)))...(((((....))))))))))))))))))},,,}}}}..........(((((....(((((((....)))))))..))))).....
Back