Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388015.1
Sequence Length
3589 nt
GC Content
0.5952
AAACCACUUUCUCCGCAGAGUGUGGGGCGACCACCGCUUUCGCGUUGUCCCAGGAUUUUCCGACCUCUGGGGCGCUUGUCCUGCCGUGACCGAGACCUGUCGGCCAUGGAGCCUAAUGAUAGUACCAGUACCGCUGUGGAGGAGCCUGACAGCUUGGAGGUGUUGGUGAAGACCUUGGACUCUCAAACUCGUACCUUUAUUGUGGGGGCCCAGAUGAAUGUAAAAGAGUUUAAGGAGCACAUUGCUGCCUCUGUCAGCAUCCCAUCUGAAAAACAACGGCUCAUUUACCAGGGACGAGUUCUGCAAGAUGAUAAGAAGCUUCAGGAAUACAAUGUUGGGGGAAAGGUUAUCCACCUGGUGGAACGGGCUCCUCCUCAGACUCACCUCCCUUCUGGGGCAUCUUCUGGGACGGGGUCUGCCUCAGCCACUCAUGGUGGGGGAUCCCCCCCUGGUACUCGGGGGCCUGGGGCCUCUGUUCAUGACCGGAAUGCCAACAGCUAUGUCAUGGUUGGAACCUUCAAUCUUCCUAGUGACGGCUCUGCUGUGGAUGUUCACAUCAACAUGGAACAGGCCCCGAUUCAGAGUGAGCCCCGGGUACGGCUGGUGAUGGCUCAGCACAUGAUCAGGGAUAUACAGACCUUACUAUCCCGGAUGGAGUGUCGAGGAGGGCCCCAACCGCAGCACAGUCAGCCGCCCCCGCAGCCACCGGCUGUGACCCCGGAGCCAGUAGCCUUGAGCUCUCAAACAUCAGAACCAGUUGAAAGUGAAGCACCUCCCCGGGAGCCCAUGGAGGCAGAAGAAGUGGAGGAGCGUGCCCCAGCCCAGAACCCGGAGCUCACUCCUGGCCCAGCCCCAGCGGGCCCAACACCUGCCCCGGAAACAAAUGCACCCAACCAUCCUUCCCCUGCGGAGUAUGUCGAGGUGCUCCAGGAGCUACAGCGGCUGGAGAGUCGCCUCCAGCCCUUCUUGCAGCGCUACUACGAGGUUCUGGGUGCUGCUGCCACCACGGACUACAAUAACAAUCACGAGGGCCGGGAGGAGGAUCAGCGGUUGAUCAACUUGGUAGGGGAGAGCCUGCGACUGCUGGGCAACACCUUUGUUGCACUGUCUGACCUGCGCUGCAAUCUGGCCUGCACGCCCCCACGACACCUGCAUGUGGUCCGGCCUAUGUCUCACUACACCACCCCCAUGGUGCUCCAGCAGGCAGCCAUUCCCAUACAGAUCAAUGUGGGAACCACUGUGACCAUGACAGGAAAUGGGACUCGGCCCCCCCCAACUCCCAAUGCAGAGGCACCUCCCCCUGGUCCUGGGCAGGCCUCAUCCGUGGCUCCGUCUUCUACCAAUGUCGAGUCCUCAGCUGAGGGGGCUCCCCCGCCAGGUCCAGCUCCCCCGCCAGCCACCAGCCACCCGAGGGUCAUCCGGAUUUCCCACCAGAGUGUGGAACCCGUGGUCAUGAUGCACAUGAACAUUCAAGAUUCUGGCACACAGCCUGGUGGUGUUCCGAGUGCUCCCACUGGCCCCCUGGGACCCCCUGGUCAUGGCCAAACCCUGGGACAGCAGGUGCCAGGCUUCCCAACAGCUCCAACCCGGGUGGUGAUUGCCCGGCCCACUCCUCCACAGGCUCGGCCUUCCCAUCCUGGAGGGCCCCCAGUCUCUGGGACACUGCAGGGCGCCGGUCUGGGUACCAAUGCCUCGUUGGCCCAGAUGGUGAGCGGCCUUGUGGGGCAGCUUCUUAUGCAGCCAGUCCUUGUGGCUCAGGGGACCCCAGGUAUGGCUCCACCGCCAGCCCCUGCCACUGCUUCUGCCAGUGCUGGCACCACCAACACAGCUACCACAGCUGGCCCCGCUCCUGGGGGGCCUGCCCAGCCUCCACCCACCCCUCAACCCUCCAUGGCUGAUCUUCAGUUCUCUCAGCUUCUGGGGAACCUGCUAGGGCCUGCAGGGCCAGGGGCUGGAGGGUCUGGUGUGGCUUCUCCCACCAUCACUGUGGCGAUGCCUGGUGUCCCUGCCUUUCUCCAAGGCAUGACUGACUUCUUGCAGGCAACACAGACAGCCCCUCCACCACCCCCACCUCCUCCACCCCCACCACCUGCCCCAGAGCAGCAGACCAUGCCCCCACCAGGCUCCCCUUCUGGUGGCGCAGGGAGUCCUGGAGGCCUGGGUCUUGAGAGCCUGUCACCGGAGUUUUUUACCUCAGUGGUGCAGGGUGUGCUCAGCUCCCUGCUGGGCUCCCUGGGGGCUCGGGCUGGCAGCAGUGAAAGUAUUGCUGCCUUCAUACAACGCCUCAGUGGAUCCAGCAACAUCUUUGAGCCUGGAGCUGAUGGGGCCCUUGGAUUCUUUGGGGCCUUGCUUUCUCUUCUGUGCCAGAACUUCUCUAUGGUGGACGUAGUGAUGCUUCUCCAUGGGCAUUUCCAGCCACUACAACGGCUCCAGCCCCAGCUGCGAUCCUUCUUCCACCAGCACUACCUGGGUGGUCAGGAGCCCACACCCAGUAACAUCCGGAUGGCAACCCACACAUUGAUCACGGGGCUAGAAGAGUAUGUGCGGGAGAGUUUUUCCUUGGUGCAGGUUCAGCCAGGUGUGGACAUCAUCCGGACAAACCUGGAAUUUCUCCAAGAGCAGUUUAAUAGCAUUGCUGCGCAUGUGCUGCAUUGCACAGAUAGUGGAUUUGGGGCCCGGUUGCUGGAGUUGUGUAACCAAGGCCUGUUUGAAUGCCUGGCCCUAAACCUGCACUGCUUGGGGGGACAGCAGAUGGAGCUUGCUGCUGUUAUCAAUGGCCGAAUUCGUCGUAUGUCUCGUGGGGUGAAUCCCUCCUUGGUGAGCUGGCUGACCACUAUGAUGGGACUGAGGCUUCAGGUGGUACUGGAGCACAUGCCUGUAGGCCCUGAUGCCAUUCUCAGAUACGUUCGCAGGGUUGGUGAUCCCCCCCAGCCACUUCCUGAGGAGCCAAUGGAAGUUCAGGGAGCAGAAAGAGCUUCCCCUGAGCCUCAGCGGGAGAAUGCUUCCCCAGCCCCUGGAACAACAGCAGAAGAGGCCAUGUCCCGAGGUCCACCUCCUGCUCCUGAGGGGGGCUCCCGGGAUGAACAGGAUGGAGCUUCAGCUGAGACAGAACCUUGGGCAGCUGCAGUCCCCCCAGAAUGGGUCCCUAUUAUCCAGCAGGACAUUCAGAGCCAGCGGAAGGUGAAACCGCAGCCCCCUCUGAGUGAUGCCUACCUCAGUGGUAUGCCUGCCAAGAGACGCAAGACGAUGCAGGGUGAGGGCCCCCAGCUGCUUCUCUCAGAGGCUGUGAGCCGGGCAGCUAAGGCAGCCGGAGCUCGGCCCCUGACGAGCCCCGAGAGCCUGAGCCGGGACCUGGAGGCACCAGAGGUUCAGGAGAGCUACAGGCAGCAGCUCCGGUCUGAUAUACAAAAACGACUGCAGGAAGACCCCAACUACAGUCCCCAGCGCUUCCCCAAUGCCCAGCGGGCCUUUGCUGAUGAUCCUUAGCUCUUUGCUCUAUGGCCCUUCCUCAUCAGGGGACCGUUUCCCCCCUCUUCCUUCACAGUAUUUAAGAAAUAAAAGUCGGAUUUUUCUGGCUGCUUUCUCUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1442.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1503.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 1169.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((......))))))(((((((((....((....)))))))))))(((...)))((((((((((((((....(((((((((.((((......)))).))))((((((.......(((....)))....(((((((((.........((((((.((((((.((((.(((((((((((........(((.((((((.(((....))))))))).)))..)))))))))))((((...)))).......((((........))))........(((.(((..(((((((.....(((((.(((...........))))))))..........(((((...((((.((((((((((((..(((((((((((.((((......((((....)))).....))))))).))))))))......)))).)).)))))).)))).))))).(((.((((((((((((((((((...((((((....((((((((.((((..((((((....((((.........))))..)))))).....))))))).))))).......))))))..)))))))).......((((.((((((((..((((((((.((((((.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).))....((((((....((..(((..(((((......(((((((...))))))).....((((((((.....))).)))))...............)))))..)))..)).(((((..((....))..)))))........((((.((((((.((....(((((((((((((((....)))).(((((.((....)))))))....((((((...((((....(((........)))..))))...)))).))..((.(.((((((.(((((.....((.((((((((......))))))))))))))).)))))).).))).)))))))))))))))).)).))))...................).)))))(((((..(((((.((((.......((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((....))))))..((((((....(((.((((........)))))))...)).))))...(((((.(((...)))))))).......(((((......)))))..)))))))((((...((((((((........))))))))...))))..((......))...(((((...((......))...))))).....(((((..((.(((........))).)))))))...))))))))..))))))))))).)).((((((((......))))))))..))))..)))))..)))))..))))..))))))))))))).))))))).((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)).))).)))).)))..))))..)))))))...))))((((....))))))))))).))))))))))))).))))))....(((((.((.....)).))))))))))))))).)))))).(((((((.....)))))))....)))))))))))))))((((((((......))))))))(((((...))))).....)))))))))).(((((((..((((((...)))))))))))))((((((.(((.(((((..((.((.......))(((((.......)))))..((((((.((((((((.(((.((((.((((((((((((.((((....(((.(((.(((.....))).)))((((.....))))((((((.(....).))))))....(((((........................)))))..((.((((((((.(((...)))))))).)))..)))))..)))))).)))))))))).))...(((((.((.....)))))))....)).))).)))))))).))))))(((((.....)))))....(((.(.....))))))..)))))...))).)).))))..........((((((..(((......(((......)))(((.....)))..((((((((.......))))))))(.((((((((((.(.(((.((((((....(.(.((((.((((((((........)))..))))))))).).)))))))...))).).)))))))))).)((((((((((((((((((((....))))))))))..........((((.(((.(.(((.((.(((((((((((...(.(((((..(((((((((............(((((((.((.(((..((((........(((((.((((((.((((((((((((......(((((...(((.(((((......((.((((((....)))).)).))........((((......)))))))))..))))))))...((((.....(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((((...))))))..)))))..)))))))..))))))...))))))))).....))))((((.(((...))).))))....))))))))))))..(((((......)))))....((((.(((((((((.((((((.........)))))).((((.(......).))))))))))))).)))).((((((((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.((..(((((...((((..(.(((((..(.....)..))))).)..))))((((((((.((((.((.....((((...(..((((...((((((..((((((((((..(.((..((.(((..((....))..))).)).)))..))))))).....)))....)))))).))))..)..)))))))))))))))))).(((((.....)))))..)))))..))))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((.......)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((.((........)).)))..)))).))))))))))..(((((.......)))))))))..(((((((((...((....(((...)))...))...)))))))))..((.((((.....)))).)))))))))))))))))))).)).))))))))))))))))))))).)....)))))))).)))..)).)))).))).))))...(((.(((((........))))).)))..)))))))))))))...))))))..)))))))))..((((((....(((((((((.(((((.((..(((.........((((.(((((((........((.((((((.((((.........))...))(((((...(((((......)))))............)))))..........)))))).))........)))))))...)))).........)))..))))))).....)).))))))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((({......|))}})(((((((({...{{{....)))}})))}||(({...}}}{{({{{{{{|{{{{..,,{(({(((((.((((......)))).))))|{|{{,...,.,,|,.....,...{{((((((((((,,{{,.,{,((((((,({((((.{{{{,||{{{{,{{{{.,{((((,({(,(({{{{.{({,,,,|||||||}|,||,..||||}},.,|}{(((,..||||,|||}}.,{{|}},..,}}))),........|||,|{{..{{{||||,,}}||{(({.,{{........,}}))))))),.......,..(((((,,,(({,.((({((((((((..,(((({((((({((((.,,,,{,{((.,,,||||,.,,,||||||,,||||||||.....,||}}.,,.)))|||,|}}},))))},(((.{{((((((((,{{|||||,||{({{{(,..,(((((((,{((((..(((((({{,,(((,...,,,,}},,}}..)))))).....))))))).))))).......)))))),))))))))).,,,,}}|{||}|||||||,..||{{||||,{{{{{{.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).))||}||||||.....((,((.,.,,,,||.||...(((((((...)))))))...{{((((({{({.{{{|||,||||{{.....,,.{,,,,.|||}}..|||..}}.|{{{{,,{(({(((({((({(((({.,(,,({((,(({(((.((,,,,({{{(((({(,((((....)))).(((((,((....|}||||},....,{{((.,.(({,.....,{........|||..|||},,.||||{||,,{{,,.{(((((.(((((,....{(.((((((((......))))))))))))))).)))))).||,||,}}}}|}}))}||}|||{||.||||{|................,,.|||||{(({(||({,{(,({|{,,{,||.{{{{{((((({{{{{{|{,{{{.{{|||{{((((({....})))))..{((({{....(((.((((........)))))))...)}.)))}.,,||,(({(((..{{|,..,))}..,,,,||{({......}))))..))})}))|{{|,..((((((((........))))))))...||||..,{.,.,}})}...{((((.,.((......)}...)))}}..,,.((((,.{{{,{{{..,,,...})).,}}}}}}...})})))))..))))))))))}.)).||||||||.}}}},|||||||,..{|....)),,,}))))))..|||},.||}}}||||||||.|||}|||.((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)),})).)))).)))..))))..))))))).,.)))){|||....)}}|||||}||.|||}}})))}))}.,}))))....|{{||},|,}},,)),))))))))})))}}}.}}}}},.{|||||||,...})))})),...)))))))})})))))((((((((......))))))))(((((...)))))...,.}}|||}||||.(((((((..((((((...))))))))))))){|{{,|,|{|,|||||||(|.{{.......}}{{|||,.,,,,,)))}}..{(((((.((((((((.(((.({((.((((((((((((.((((....(((.({(.(((|....,,,.,,}{{{{.....}||}((((((.(....).)))))).||.(((((........................)))))..,,.{{((((,({(((...))))))))},}),,,))))..)))))),,))))))))).)),..(((((.((.....)))))))....}).))).)))))))).)))))|(((((.....))))),.,.|{{.|.....}))))}..,,,}}|,|)}}.}|||}},,,|,...||{(({{{(,,(({.....{(((......))}}||,....|||..((((((((.......)))))))),,|||||{||{{.|,|||.{{||||..,,{|{,{{{|,{((({(((......,.)))..}))))||||,}.|}}}}})}.,))),),)))))))))),)(((((((({{((((((((((....))))))))))..........((((,(({,(.(((,((.{(({({{{{((...|,{{||{.,|{{||{{{{||,|,,,|||||||{,,||.,,||||{{{{,||||{{,..,,,|{{(({,{{{,||||.||{|{|}},}}}}||||,,,,.,,{{{..|||..{(({((((((...{||||.|,{||{...|||||||.......{((((((,........,..))))))),....{((((((((....{{{{{{........,,,||||,|||,,,..{{{{{((((({...}))))).,|||||,,|}}}|||,,||}|}|,..}}}}||||}.....}||||.....)))}.|.(((((........,,,)))}}.,.{((((......))))}....}}}}}...}|||{{}||||||,,,,,,,},)))}}}..))|}}}...,,)})))))))|||,}}|||||||||,((((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.(({.(((((,..((((,,,.(((((.,{.....}.,))))).),.))))((((((({{((((.((....,((((.,.{..((((...((((((..((((((((((....{{..{{,((({{((.{...,..)))}))},}}.,)))))},....,)))....)))))).))))..,..)))))))))))))))))).(((((.....)))))},}))))})),))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((......,)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((,((........)).)))..)))).)))))))))}..,||||},}....)))),((({{.(((((((((...((,,..(({...})).,.))...))))))))),{{{{,(({....,)))),.}||||...,.,.,}}}.,.,,.))))))..}))))))))))))),),...}}}))))).))}.,)).)))}.))).})))..,(((.(((((........))))).))).,)))))))))))))..,}))}))..))))})))),.{|||||,,..||||{{|,|,|||||.{{,.,..........,((((.((({{{{........{|,|||{{{.{,{{.........}}...},|||{{...{{{((.,,...,,}||.....}}.....))))).....,}}},)))))),}),,,,,,,.})))))),,,))))......,,.|,...|||||||....,))))))},)}.))}}}}.
Back