Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388019.1
Sequence Length
3908 nt
GC Content
0.5949
AAACCACUUUCUCCGCAGAGUGUGGGGCGACCACCGCUUUCGCGUUGUCCCAGGAUUUUCCGACCUCUGGGGCGCUUGUCCUGCCGUGACCGGUGAUGACACUAGUCUCUGGUCUCGUGCUUCCUUCCUAAUCUGACUGGCUCCCUGCUUAUUGUGAUUGGCGUCGUGGAGCCCCUCCCACCUCUCGUCCUCCAGCUCCCUAAGCCGUCGAUCUCCUGCCCUUUGUGUUUCUCUCCCUGUGCCCCGGAAUCAGAAGGGGGAUGGGGACAGGUGUGAAUGUGUGUGUGUGCAGGAGAAACUUUUUAGAGACCUGUCGGCCAUGGAGCCUAAUGAUAGUACCAGUACCGCUGUGGAGGAGCCUGACAGCUUGGAGGUGUUGGUGAAGACCUUGGACUCUCAAACUCGUACCUUUAUUGUGGGGGCCCAGAUGAAUGUAAAAGAGUUUAAGGAGCACAUUGCUGCCUCUGUCAGCAUCCCAUCUGAAAAACAACGGCUCAUUUACCAGGGACGAGUUCUGCAAGAUGAUAAGAAGCUUCAGGAAUACAAUGUUGGGGGAAAGGUUAUCCACCUGGUGGAACGGGCUCCUCCUCAGACUCACCUCCCUUCUGGGGCAUCUUCUGGGACGGGGUCUGCCUCAGCCACUCAUGGUGGGGGAUCCCCCCCUGGUACUCGGGGGCCUGGGGCCUCUGUUCAUGACCGGAAUGCCAACAGCUAUGUCAUGGUUGGAACCUUCAAUCUUCCUAGUGACGGCUCUGCUGUGGAUGUUCACAUCAACAUGGAACAGGCCCCGAUUCAGAGUGAGCCCCGGGUACGGCUGGUGAUGGCUCAGCACAUGAUCAGGGAUAUACAGACCUUACUAUCCCGGAUGGAGUGUCGAGGAGGGCCCCAACCGCAGCACAGUCAGCCGCCCCCGCAGCCACCGGCUGUGACCCCGGAGCCAGUAGCCUUGAGCUCUCAAACAUCAGAACCAGUUGAAAGUGAAGCACCUCCCCGGGAGCCCAUGGAGGCAGAAGAAGUGGAGGAGCGUGCCCCAGCCCAGAACCCGGAGCUCACUCCUGGCCCAGCCCCAGCGGGCCCAACACCUGCCCCGGAAACAAAUGCACCCAACCAUCCUUCCCCUGCGGAGUAUGUCGAGGUGCUCCAGGAGCUACAGCGGCUGGAGAGUCGCCUCCAGCCCUUCUUGCAGCGCUACUACGAGGUUCUGGGUGCUGCUGCCACCACGGACUACAAUAACAAUCACGAGGGCCGGGAGGAGGAUCAGCGGUUGAUCAACUUGGUAGGGGAGAGCCUGCGACUGCUGGGCAACACCUUUGUUGCACUGUCUGACCUGCGCUGCAAUCUGGCCUGCACGCCCCCACGACACCUGCAUGUGGUCCGGCCUAUGUCUCACUACACCACCCCCAUGGUGCUCCAGCAGGCAGCCAUUCCCAUACAGAUCAAUGUGGGAACCACUGUGACCAUGACAGGAAAUGGGACUCGGCCCCCCCCAACUCCCAAUGCAGAGGCACCUCCCCCUGGUCCUGGGCAGGCCUCAUCCGUGGCUCCGUCUUCUACCAAUGUCGAGUCCUCAGCUGAGGGGGCUCCCCCGCCAGGUCCAGCUCCCCCGCCAGCCACCAGCCACCCGAGGGUCAUCCGGAUUUCCCACCAGAGUGUGGAACCCGUGGUCAUGAUGCACAUGAACAUUCAAGAUUCUGGCACACAGCCUGGUGGUGUUCCGAGUGCUCCCACUGGCCCCCUGGGACCCCCUGGUCAUGGCCAAACCCUGGGCUCCACCCUCAUCCAGCUGCCCUCCCUGCCCCCUGAGUUCAUGCACGCCGUCGCCCACCAGAUCACUCAUCAGGCCAUGGUGGCAGCUGUUGCCUCCGCGGCCGCAGGACAGCAGGUGCCAGGCUUCCCAACAGCUCCAACCCGGGUGGUGAUUGCCCGGCCCACUCCUCCACAGGCUCGGCCUUCCCAUCCUGGAGGGCCCCCAGUCUCUGGGACACUGGGCGCCGGUCUGGGUACCAAUGCCUCGUUGGCCCAGAUGGUGAGCGGCCUUGUGGGGCAGCUUCUUAUGCAGCCAGUCCUUGUGGCUCAGGGGACCCCAGGUAUGGCUCCACCGCCAGCCCCUGCCACUGCUUCUGCCAGUGCUGGCACCACCAACACAGCUACCACAGCUGGCCCCGCUCCUGGGGGGCCUGCCCAGCCUCCACCCACCCCUCAACCCUCCAUGGCUGAUCUUCAGUUCUCUCAGCUUCUGGGGAACCUGCUAGGGCCUGCAGGGCCAGGGGCUGGAGGGUCUGGUGUGGCUUCUCCCACCAUCACUGUGGCGAUGCCUGGUGUCCCUGCCUUUCUCCAAGGCAUGACUGACUUCUUGCAGGCAACACAGACAGCCCCUCCACCACCCCCACCUCCUCCACCCCCACCACCUGCCCCAGAGCAGCAGACCAUGCCCCCACCAGGCUCCCCUUCUGGUGGCGCAGGGAGUCCUGGAGGCCUGGGUCUUGAGAGCCUGUCACCGGAGUUUUUUACCUCAGUGGUGCAGGGUGUGCUCAGCUCCCUGCUGGGCUCCCUGGGGGCUCGGGCUGGCAGCAGUGAAAGUAUUGCUGCCUUCAUACAACGCCUCAGUGGAUCCAGCAACAUCUUUGAGCCUGGAGCUGAUGGGGCCCUUGGAUUCUUUGGGGCCUUGCUUUCUCUUCUGUGCCAGAACUUCUCUAUGGUGGACGUAGUGAUGCUUCUCCAUGGGCAUUUCCAGCCACUACAACGGCUCCAGCCCCAGCUGCGAUCCUUCUUCCACCAGCACUACCUGGGUGGUCAGGAGCCCACACCCAGUAACAUCCGGAUGGCAACCCACACAUUGAUCACGGGGCUAGAAGAGUAUGUGCGGGAGAGUUUUUCCUUGGUGCAGGUUCAGCCAGGUGUGGACAUCAUCCGGACAAACCUGGAAUUUCUCCAAGAGCAGUUUAAUAGCAUUGCUGCGCAUGUGCUGCAUUGCACAGAUAGUGGAUUUGGGGCCCGGUUGCUGGAGUUGUGUAACCAAGGCCUGUUUGAAUGCCUGGCCCUAAACCUGCACUGCUUGGGGGGACAGCAGAUGGAGCUUGCUGCUGUUAUCAAUGGCCGAAUUCGUCGUAUGUCUCGUGGGGUGAAUCCCUCCUUGGUGAGCUGGCUGACCACUAUGAUGGGACUGAGGCUUCAGGUGGUACUGGAGCACAUGCCUGUAGGCCCUGAUGCCAUUCUCAGAUACGUUCGCAGGGUUGGUGAUCCCCCCCAGCCACUUCCUGAGGAGCCAAUGGAAGUUCAGGGAGCAGAAAGAGCUUCCCCUGAGCCUCAGCGGGAGAAUGCUUCCCCAGCCCCUGGAACAACAGCAGAAGAGGCCAUGUCCCGAGGUCCACCUCCUGCUCCUGAGGGGGGCUCCCGGGAUGAACAGGAUGGAGCUUCAGCUGAGACAGAACCUUGGGCAGCUGCAGUCCCCCCAGAAUGGGUCCCUAUUAUCCAGCAGGACAUUCAGAGCCAGCGGAAGGUGAAACCGCAGCCCCCUCUGAGUGAUGCCUACCUCAGUGGUAUGCCUGCCAAGAGACGCAAGACGAUGCAGGGUGAGGGCCCCCAGCUGCUUCUCUCAGAGGCUGUGAGCCGGGCAGCUAAGGCAGCCGGAGCUCGGCCCCUGACGAGCCCCGAGAGCCUGAGCCGGGACCUGGAGGCACCAGAGGUUCAGGAGAGCUACAGGCAGCAGCUCCGGUCUGAUAUACAAAAACGACUGCAGGAAGACCCCAACUACAGUCCCCAGCGCUUCCCCAAUGCCCAGCGGGCCUUUGCUGAUGAUCCUUAGCUCUUUGCUCUAUGGCCCUUCCUCAUCAGGGGACCGUUUCCCCCCUCUUCCUUCACAGUAUUUAAGAAAUAAAAGUCGGAUUUUUCUGGCUGCUUUCUCUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1562.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1627.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 1204.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............((((((((((((.....))).)))))).))).....((((((...((((((....((((.(((.(((..((((.((((((.(((.......))).)))))).)).))..............))).))).))))...((((((((..((.((((((((((.(((...((((((.(((((((((.((((...(((.(((...((((((..(((((((((((.(((((((.((((..........)))).)))))))((.((....)).))(((.((((((((((((((((....)))..((((((((......)))....))))).............(((..((..((((((....(((((.((((((.((((.((((((((((....((.............))((((((.((((((.((((...((((.....(.((((...)))).)))))....))))..)))))).........(((.(((..(((((((.....(((((.(((...........))))))))..........(((((...((((.((((((((((((..(((((((((((.((((......((((....)))).....))))))).))))))))......)))).)).)))))).)))).))))).(((.((((((((((((((((((...((((((....((((((((.((((..((((((....((((.........))))..)))))).....))))))).))))).......))))))..)))))))).......((((.((((((((..((((((((.((((((.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).))....((((((....((..(((..(((((......(((((((...))))))).....((((((((.....))).)))))...............)))))..)))..)).(((((..((....))..)))))........((((.((((((.((....(((((((((((((((....)))).(((((.((....)))))))....((((((...((((....(((........)))..))))...)))).))..((.(.((((((.(((((.....((.((((((((......))))))))))))))).)))))).).))).)))))))))))))))).)).))))...................).)))))(((((..(((((.((((.......((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((....))))))..((((((....(((.((((........)))))))...)).))))...(((((.(((...)))))))).......(((((......)))))..)))))))((((...((((((((........))))))))...))))..((......))...(((((...((......))...))))).....(((((..((.(((........))).)))))))...))))))))..))))))))))).)).((((((((......))))))))..))))..)))))..)))))..))))..))))))))))))).))))))).((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)).))).)))).)))..))))..)))))))...))))((((....))))))))))).))))))))))))).)))))).......((((.................)))).....)))))).))))))).....(((((.(((.....((....))....))).)))))((((.(((((((((.((....)).))).)))))).))))))))))))))))).)))))((((((((((((...((((((((((((((...((((((((((((((((......))))))))(((((((((((((((.(((((.((.((((((((..((((((...))))))))))).(((((((.(((.(((((..((.((.......))(((((.......)))))..((((((.((((((((.(((.((((.((((((((((((.((((....(((.(((.(((.....))).)))((((.....))))((((((.(....).))))))....(((((........................)))))..((.((((((((.(((...)))))))).)))..)))))..)))))).)))))))))).))...(((((.((.....)))))))....)).))).)))))))).))))))(((((.....)))))....(((.(.....))))))..)))))...))).)).))))).......................))).))))))).........((.(((..((((((((.......)))))))).)))))..)))))))))).)))))......))))))))....)))))....((((.....))))(((((...(((((((.....))))))).))))).)))).))))).((((((((((....))))))))))......(((.(((((((.(((((((((..((((....(((.....)))))))..))...))))))).))))))).))).......(((((...)))))........(((((((.((((((((((((......)))))).......))))))...((.((((((....)))).)).))....))))))).)))))))))))).))))))..))..)))((((.....(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((((...))))))..)))))..)))))))..))))))...))))))))).....))))..)))))))....(((((......(((....)))......)))))..)))))).))).(((((..(((((((((((((.........))))))..((((.((......))..))))........((...))((((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.((..(((((...((((..(.(((((..(.....)..))))).)..))))((((((((.((((.((.....((((...(..((((...((((((..((((((((((..(.((..((.(((..((....))..))).)).)))..))))))).....)))....)))))).))))..)..)))))))))))))))))).(((((.....)))))..)))))..))))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((.......)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((.((........)).)))..)))).))))))))))...)))))))....)))))(((((.(((((((((...((....(((...)))...))...)))))))))(((((.((....))))))).)))))..))))))))))).....))))))))).))).(((.(((((((((...))))))....))).)))..(((.((((...(((.(((((........))))).)))...)))).))).)))).))))))).)).))))))..)))(((((((.(((((.((((...((((((............(((((.((...........)).)))))......((.........))....))))))...)))).))..))))))))))..))))))))))))..........(((((.....))))).........))))))))..............))))))...))))))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{{,{{......||}|}}{((((((({...{({....)))}})))|||(({...|||(({,..,(((({(({.({(,,({((.((((((.(((.......))).)))))).)).||..,....,.,,,,.||,.|||.}}},}}},{{{{{||,,||.|,,|{|||||.,(({{.((((((.(((((((((.((((...(((.(((..,((((((,,{((((((((((((((((((((({{{{{(,,{({,(((((.(((((,,,((({,,..{((({,{({,(({(((((...,,.....|||..{{(((((((,({({(|{,...,,,,|..,{{{{...,(((((((((((.........((((((.((((((.((((.(({{((.{(({.{{((((.(((.(({{{{.{((,,,,}||||||}|,||}..,}|}}}}.,|}((((...}))){|||||{{{.||,....|||||.......{{(((.(((..(((((((..({(,,(,({..({(({...,.{{{||((((...........(((((...((({.{{((((((((((..{((((((((((,((((.....,{(((....)))}.....))))))}.)))))}})......}||},|,.)))|||,|}}},))))}.(((.{{{((((((({(((((({.{{((((((...,(((((((,{((((..(((((({{,,(((,...,,,,}},,}}..)))))).....))))))).))))).......))))))}))))))))).....,.{(({,(({(((({..((((((((.((((((.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).|}{{,{((({,,....((,{(,{..{{,|{.|,...(((((((...)))))))....,|(((((((,.,..}}}.|||}|{.....,{,,.....})))}..,)}..}).|{{||.,{({,{{||.{{{|||{{{..{..((((.(({(((,((...,({((((({{{.((((....)))).(((((.((....)}))))}.....{{{((,,.({{,.....,{,.,,,,,,|||,,||||...||))|||{|,,.,.{|||||,|{(({{....{(.((((((((......)))))))))))))}).))}))}.},.}}.)))}})))))))}))},||.||,|||,............,,.}}.))))}|||,|}}|||{{,{|||}}}.,,..,,{|||{{{|{{|{|||}|||.|||||||((((({....})))))..{({{|{....|{|.|||{...,,,..))))))),,,)},}}),.||||,{(((((..(((...,))}..}}}}||{{{......))))),,)),}}))||||,..((((((((........))))))))...||||..,,.,.,}})}...{((((.,.((,.....}}...)))}}.,,,.{(((,.|||,|,|,,|||,,,|||,,||||,}...,}}))))).,)))}}}}))}..}},||||||||.,,,},|||||||}..||}},.))},,}}))))),,))))..))))))))})))).))|)}}}.((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)),})).)))).)))..))))..))))))).}.))))((((....)))))))))}).)))}}}..}}})}..}}))),...}})))))).,....)))))..)}.},.)}}...},,)))}),))..)}}...||}}}.|,....}}}}}.........||{{.{||.((((,,.,|}))).))).)))))),})}))),))))}))))))))))))))).)))))).(((((((.....}))))))....)))))))))))}}..((((((((......))))))))(((((...)))))..}|}}|,{(((,{((((((..((((((...)))))))))))))})}|{{||({|{.|||||||.||,.....,|,(((((.......)))))},((((((.((((((((.(((.({((.((((((((((((.((((....(((.{{{.(({|....,,,.,,}{{{{.....}||}((((((.(....).)))))).}}.(((({........................))))),.,,.{{((((,(|(((...))))))))},}),.}))))..))))))}}))))))))).}),..(((((.((.....)))))))....}).))).)))))))).)))))|{((({.....))))),,},},}.,,}}}}))),))}})))),.}})}).,))),))}})))}..}}}}}.},,...,,,},}||||,,,,..|||}.......}||{.......))},},,,)))))),))))))))))).,,,|,,{(({{(({({{{.{||.((((.(((({(((........)))..}))))||||.,..(((((((.....))))))).},)),}}||||}|||}|((((((((((....))))))))))..........(((({(,,{(.((({({..((,,..|},|.,}}}},))|.}|||||,.,(((((.....(((((((,((...((((((((.((({{{.....}}|.(((((((.({((,((((({,|.....||||}}....,{{|,,}}}...|||{{((({...,)}}).}},)),...))))))}....,,.(((((((............))))))),.....(((((({{....,,,.....,.,}}.))))))})))))))...|,}|((((({...}))))).((((((((({.,(((((((|{{((.....{((((......))))}.....}))|.,.(((((......,,|.,}))||.,.{{{||.,....))})}....,}},},,,}|((((.((((((.........))))))..))))),.,...)))))))))..,.)))))))))),.{(((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.(({.(((((,..((((,,,.(((((.,{.....}.,))))).),.))))((((((({{((((.((....,((((.,.{..((((...((((((..((((((((((....{{..{{,((({{((.{...,..)))}))},}}.,)))))},....,)))....)))))).))))..,..)))))))))))))))))).(((((.....)))))},}))))})),))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((......,)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((,((........)).)))..)))).)))))))))}...}))))))....))))){||||.(((((((((...((,,..(({...})).,.))...))))))))),{(({{(({.....)))),,)}}}}..))))))))))}.....))))))))).))).{{|,((((((({{|,|}))))},,,.))).))),.|||.{(((...(((.(((((........))))).)))...)))).))).)))).))))))).)).))))))...))||{{{{{,|||||}|{||,,,||||{{............,((((.(({{{{{......,,,|,|||{{{.{,({.........)}...,)|||||...||||,,|..}}}))))}},..))}},}})))))..........|||||}.},...,,,..}}}}}}},,,)))),....{{{{,....{||||||....)))))))..}}}}}.....
Back