Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001389467.1
Sequence Length
1583 nt
GC Content
0.6260
GGAAGCAGGCAGAGAGCGGCCAGGAAGCGGGCAGAGUGGCUCCUCACAGCCUGAAGCUCAUCCUUCUGCACGGGCCAGCCAGGCCAGCACAGAGGCACCAGGGCAGCAGUGCACACAGGUCCCCGGGGACCCCACCAUGUGGAGCGGAUGGUGGCUGUGGCCCCUUGUGGCCGUCUGCACUGCAGACUUCUUUCGGGACGAGGCAGAGAGGAUCAUGAGGGACUCCCCUGUCAUUGAUGGGCACAAUGACCUCCCCUGGCAGCUGCUGGAUAUGUUCAACAACCGGCUGCAGGACGAGAGGGCCAACCUGACCACCUUGGCCGGCACACACACCAACAUCCCCAAGCUGAGGGCCGGCUUUGUGGGAGGCCAGUUCUGGUCCGUGUACACGCCCUGCGACACCCAGAACAAAGACGCCGUGCGGAGGACGCUGGAGCAGAUGGACGUGGUCCACCGCAUGUGCCGGAUGUACCCGGAGACCUUCCUGUAUGUCACCAGCAGUGCAGGCAUUCGGCAGGCCUUCCGGGAAGGGAAGGUGGCCAGCCUGAUCGGCGUGGAGGGCGGCCACUCCAUUGACAGCAGUUUGGGCGUCCUGCGGGCACUCUAUCAGCUGGGCAUGCGGUACCUGACCCUCACCCACAGCUGCAACACGCCCUGGGCUGACAACUGGCUGGUGGACACGGGAGACAGCGAGCCCCAGAGCCAAGGCUUGUCACCCUUUGGGCAGCGUGUGGUGAAGGAGCUGAACCGUCUGGGGGUCCUCAUCGACUUGGCUCACGUGUCUGUGGCCACCAUGAAGGCCACCCUGCAGCUGUCCAGAGCCCCGGUCAUCUUCAGCCACUCCUCGGCCUACAGCGUGUGCGCAAGCCGGCGCAACGUGCCUGACGACGUCCUGAGGCUGGUGAAACAGACAGACAGCCUGGUGAUGGUGAACUUCUACAACAAUUACAUUUCCUGCACCAACAAGGCCAACCUGUCCCAAGUGGCCGACCAUCUGGAUCACAUCAAGGAGGUGGCAGGAGCCAGAGCCGUGGGUUUUGGUGGGGACUUUGAUGGUGUUCCAAGGGUCCCUGAGGGGCUGGAGGACGUCUCCAAGUAUCCAGACCUGAUCGCUGAGCUGCUCAGGAGGAACUGGACGGAGGCGGAGGUCAAGGGCGCACUGGCUGACAACCUGCUGAGGGUCUUCGAGGCUGUGGAACAGGCCAGCAACCUCACACAGGCUCCCGAGGAGGAGCCCAUCCCGCUGGACCAGCUGGGUGGCUCCUGCAGGACCCAUUACGGCUACUCCUCUGGGGCUUCCAGCCUCCAUCGCCACUGGGGGCUCCUGCUGGCCUCCCUCGCUCCCCUGGUCCUCUGUCUGUCUCUCCUGUGAAACCUGGGAGACCAGAGUCCCCUUUAGGGUUCCCGGAGCUCCGGGAAGACCCGCCCAUCCCAGGACUCCAGAUGCCAGGAGCCCUGCUGCCCACAUGCAAGGACCAGCAUCUCCUGAGAGGACGCCUGGGCUUACCUGGGGGGCAGGAUGCCUGGGGACAGUUCAGGACACACACACAGUAGGCCCGCAAUAAAAGCAACACCCCUUCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-681.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -708.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 519.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((...(((((((.((((((...(((((((((((.((((((((((.(((((((((((..(.((((.....)))).)..))))))..((((((..((((((((.((.(((((..((((.(((((((((.((...)).)))))))....))))))..).)))))).)))))))).((((((((((........).))))))).))...((((....))))(((((((.......)))))))...))))))(((((((((....((((.....(((((((.(((((((....((((((..........))))))(((((............((.((...)).))((((((((...((((((((.(((((((...((((...(((...))))))))))))))........(((((((.((((..((...........))..)))).)))))))(((((((((..............(((((((((.....))).)))))))))))))))))))))))(((.((((.(((((.(((((.((((.(((.((.((((((.(((....((((....)))).))).)))))).)).)).)...))))))))).).......))))..))))..)))...((.(((.(((((..((((((((....(((((((..(((.((((.....(((((((..........)))))))....(((((((((((.((((((((.(((.((...((....)))).))))))))(((.((.....)).))).((((((........))))))...)))))))))))))).)))))))....)))))))....))))))))..)))))))))))))))))).....)))))......))))))).)))))))..))))..))).))).))).....))))).))))...............(((((((((..(..(((((..((......)))))))((((....)).)).......)..))).))))))(((((((((...)))))))))(((((((((..(((....))))))))))))...)))))))))))....((((.((.(((...(((((..((......))))))).))))))))).(((((((((((((.((((.(.(.((((((.........((((((((((.(((.(((((....(((.......)))..))))).)))....(.(((((((.((((.((((...)))).))))))))))).)))))))).))))))))).))))))..))))))).))))))...))))))(((((((......)))))))))))))..)))))))))))))))).)).)))((((((..((((....)))).((((((....((((((((((....))))))..))))((((..((((((..(((((.(((((((((...(((((.((........))..))))).)))))....)).)).)))))....))))))))))(((...)))))))))......((.(..((.....))..).))((.......))........))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((,((((((((((...(((((((.{(((((,.(((.,{}}|.{((((((((((((.,,,,(((((,({{.{({,({{{{{||||.{{{|,|,,|(..,,,,||.,|,||||.....{(((((((((((((({{{,,{{({,.,(|{|,((((({.,(((((((((((,.,,((((((...))))))(((((((.,.......}.))))))}.....((((....))))(((((((.......)))))))....((({{((((((.((,......,,..},..))))))))))}}))).)))))}.,..}.)))))}}.}))|||||,,,{{,((.,,((((((((((({({(.,(((((({(((,,(((({(((((((...((((...(((...))))))))))))))..,{{{({{((({(({((((.((....({{{{{{.,,.{||||{|||||||(((((((((,....|{....,,,{(((({({{{.,,.}|}|})))}))}}}}|||..(((((((......))))))).,||{(||{{{{.{((.((.((((((.(((,,..,,{{....}})}.})).)))))).)).)).|...}}||||||||},||,|||,,},,.,||{{,|||,|}|||||..{{,{(|,,((({(((,,{,(((((((.{({(.(({{.,...{||{|||},...,,,..)}}))))}}|}|,,,|||||||}|||||}},.|}|.|,...}}}}}}))),}))))),.}|.,.,|,}.},}},)))},|)))).}}}},}})))).)))).))))),,||||||{|||||||..{{||,||||{{{{|||||||,{{||||||{(((,.,,,,))}}..|)})),}}.}}}))}})}}}))))){{{,....(({{(...({{({(({.((({(.....................,,,,,))))}.}.}}))....))))){{{.||||,,..))}).))).}}}}....}))))))))),)))},,,|||||}.}))))))))))))))..,)).)))))}.,,..))))))))).)))))|((((,...|)))),.,..{((.(((((..{((((...(((,|(((......)))).))).))))}}))))..})).)).)))))))....))))}.)})))})))),})))))))}...(((((((((.........{((((((.((((((,((((,{{((.((((...)))).))))||}|||,...}}},|}.....)))}.}))))).)))))))..((((((((.......))))))))..))))))))),}))))))..))))))))))))))))}}}.))){(((((..((((....)))).((((((....((((((((((....))))))..))))((((..((((((..(((((.({(((((((...(((((.((........))..))))).)))))}...}).}}.)))))....)))))))))){{{...)))))))))......((.{..{{.....))..},),((.......))........)))))}
Back