Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001392000.1

Sequence Length

1350 nt

GC Content

0.5170

GUAGACGCCAUGAUGGAUGUGUCUGGUGUGGGUUUCCCAAGCAAGGUUCCUUGGAAGAAGAUGUCUGCAGAGGAGCUGGAGAAUCAGUACUGUCCCAGCCGAUGGGUUGUCCGACUGGGAGCAGAGGAAGCCUUGAGGACCUACUCACAGAUAGGAAUUGAAGCCACCACAAGGGCCCGGGCCACCAGGAAGAGCCUGCUGCAUGUCCCCUAUGGAGACGGCGAAGGGGAGAAAGUGGACAUUUACUUCCCCGACGAGUCGUCUGAAGCCUUGCCUUUCUUCCUGUUCUUUCACGGAGGAUACUGGCAGAGCGGAAGGGAGGACGCUCAGAGGAAUAGCCCCCAGCUGAAGGUGGCCCAGGCACAGCCGGUGGACCCCACCUGCCGUGUGCUGGUGGUCGUGGGCCAGUUCGACUCCCCCGAAUUCCACCGACAGUCCUGGGAGUUUUACCAGACCCUGUGUCAAGGAGAGUGGAAAGCCUCAUUUGAAGAGCUCCACGAUGUGGACCACUUUGAAAUUGUUGAGAAUCUGACCCAGAAGGACAACGUGCUCACCCAGAUUAUCUUGAAAACAAUCUUCCAGUAGUUCUGACGAUACUUGGAGCCUGGUCCACGUGCAUCCCACCUUGGGAAGCCUCUCCAAAGAGCUUUCGGAGCUGACACUGACAGCUUCAGUUUCCCCCAGCACCCAGGAGAGCCUUGCUGUGUCUGUCUGCCCGGCAAGAGUCCAUUCUCACUGCUGGGACACUCAUGAAAAUCUCCACGUCCUCCCUCUUCCCAGCCUGGAUGGAGCUCCAGGGCUGGGGAACGUCCGCAAGUCAAUGCUCAGAGAUGCCCGGAGCUGCCUCUUAGACUCGUCUGGCCCAUCUACCUGCUGACAGAGCAUGACAAAGAUGACGCUCAAAAGUAAUGCCAUUACUUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUUACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGCAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCAUCAUGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCAACAUAUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUAACCUUGUGAUUCGCCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUCCAGGCGUGAGCCACUGCGCCCGGCCAGAAUGGCAUUAUAUUUAAAUAGUUCAUAAAGAAGCACAAAAGAAUAUUAUUUCAUAACAUGUAAAAAUUAUAUAAAACGUAAAUUUCCAUGUUGAUAAAUAAAGUUGUAUUGGAACACGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-463.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -488.75

Frequency: 0.0000

Diversity: 387.71

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......(((((..(((.(.(((((((.((((((...((...((((((((((........(((.(((.(((.....))).))))))....((((((((((.(((.....))).).)))))).)))))).))))))).)))))))).).)))))).).......(((........)))..((((((.((((.....)))).(((.((((((....)).)))))))..(((((...(((((....))))))))))((((((((....((.((.(((((..((((((((......)).))))))....))))).(((((((((((((((...(((((...(((.((((((((..(((((.((((((((.((.(((((...))))).)).)))).))))(((((...)))))(((((.......))))).)))))..)))..))))).)))...))....(((......))).(((((((((((.((.((((.((((.......((((((((((((((((.((((((.((((((((.....(((((.....((..(((...(((...))))))..))..))))))))..)))))))))))..))))))..))))))))))((.(((((...))))).)))))).))))))))))))(((((((.......))))))).......(((((((...(((((.(((((((((.((......)).))))))).)).).))))...))))))).))))).......)))...)))))))))).(((((((((((((......)))).)))))))))...)))))........((((.(.......).)))).)).))...)))))))))))))).....((((.((((((((.......(((((..((((((((((((((...))))))...........................)))))).))..))))).))))))))..)))).((((((((((((((.........)).)))))))..)))))....((((((....(((......((((.((((....)))))))).((((((((..(((....))).....(((((((((((.............((.(((((...))))).))..))))))))))))))))))).............(((.(((((..((((.((..(((((......)))))..))))))))))).)))))))))))))))..)))))..............((((...........(((.(.(((.((((((..(((((((...(((((.(((.....)))))))).)))))))..)))))).))).).)))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{{((((((((..{,,,,}})))}|({((((({,,|||..,(,,((((((((...{({.,,..|||.,,|}}}}|}||,|||,|},.,.{{((((((({,{,,,{{,,}|||}.|||}}},)}),||}}}}}}{(((,.,,,,)})}|||.||||...,,..(((.......,))),.((((((.((((.....)))).{((.(((({(....)).))))))}..(((((...((((,....})))))))))((((((((.,,,((.((.{((((..((((((((......)).))))))....))))).(((((((((((((((...{({((...(((.((((((((..(((((.((((((((.((.(((((...))))).)).)))).)))){((((..,|))}|(((((.......))))}.)))))..))),.})))).)))...))....(((......))).(((((((((({{((.((((.((((.......((((((((((,{,,{{.(((((({((((((((....,{,,{{....,,|.,||,..}|||}..})})},.,))},),}||{||||||||}}},}}},,))))))..))))))))))((.(((({...})))).)))))).))))))))))))(((((((.......})))))),,,..,.(((((((...{(((({(((((((((.({......)).))))))).))...})))...))))))).))))).......}))...)))))))))).(((((((((((((......))))))))))))))...)))))........{{{{.|.,....,,.)))).}).))...)))))))))))))).....||||,|{{{{(((,......,{{{{..{||||((({(((((,,,|||,||...........................,}}}}|,||,,||}},,)))))))}..}}||,((({(((((((((({{,,.....}},)))||||,,|}}},.,,,,,)))}}...}}}..|||,{(({{((((....)))))))),})))),....(((....))).{{{{((((((({(({....,.....,..{{.(((((...))))).}}..,,}||||||||,|||.}|,.,,..........}}|,...}}},|||||||}}(((((......)))))..)))))))))}}}}}}})))))}})))}},}))))}}}}}.........{{{{.....},,.,.(((.(.(((.((((((..(((((((..,({,(({(.......)))),))).)))))))..)))))).))).).)))..})}}..