Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001393334.1
Sequence Length
4025 nt
GC Content
0.5682
CCCUUCCGGUGGAGCCAGCGCUGCGACCGCCUGCAGAAGGUUGACUGCGUGGUAGGGGGCCCAGAGCAAGCCGAAGGCAAGCACGAUGGCGCUCACCAGCCGGCCCACCCGCGCCCCGUGCCGCCCGGAGCCCCAGCGGGCGCCCCGCAGCCGUGCCAGCGUCACGCUGUAGCAGCCGAGCAUCAGCCCGAAAGGAAGCACGAAAGCGGUCAGAGUCUCCAGGCUCAGGUGGGCGGCGGCGUGGACCGGCGACGGGUGGCACAGCUGGCAUACGCGGUCCCUCCACAGGUGGCGGUAGACGGCGGCCGGGACGGCGAGCAACAGGGCGGCCAGCCAGACCGCCAGCAGCAGGCGGCGGGCCAGGGCCGGGCUGCGCAGCCGAGGCGCCAGGAAGGGGCGGGUGACUGCGAGGCAGCGCUGCAGGCUGAGCAGGCCGGUGAGCAGCACGCUGGCGUACAUGCUGAGCGCGCACACGUAGUACACCGCCUUGCAGCCCGCCUGGCCCAGCGGCCAGGCCUGCCGGGUCAGGAAGGCCACAAAGAGCGGCGUGAGCAGCAGCACCGCGCCGUCGGCCAGCGCCAGGUGCAGCACAAGCGUGGCCGCCAGCGGUCGCCCCCGUGCAGGCCGCCAGCCCGCCAAGCUCCACACCACGAAGCCGUUGCCAGGCAGCCCCAGCAGCGCCGCCAGCAGCAGGAAGGCUGUGCCUGUGGCCCGCGAAGUCUUCCAGCUCAGCAGUGUCUCGUUCCCUGGGGGACGGUAGCAGACCGACAUCCUUCUGGGCCUACAGCCUGCCUCUUUUCUGCCUGGGAGUCCUGACUUCCACGAGGACCCAGACCCCACCUCAAACACAACUCCUUCUUGGAACCCAGAUCCCCUGCUCCCAGUCAGUUGACCUGCCCCACUCCUGGCCUCCUUCCCAGAGCUCAGUGGUAAACAGGCAUAAAGUCAUCACCCCAGGCUGUCACUAUCUCUACCACCACUCCUCUAGUCUGGCCCCUCCUUCUUUGUCCAGCCCCAUUCUAGCACAUCUGGGCAAAACUGGAUGGUGGGGUGUAAAGGGACGUGCACAGAUCUACUUACCAAGCUGGGAGCAAGCAGGAUUGGGGGCCUGGAGAAGCUGAAAGGUUAAGCAGCAGUAGGCGAGGUGCCUACUCCUGUCCUGUGCCUAUCACAUUUGCAGAGGGUAAGACAAGAAUGGGGAGGGACAAGAUGAGGCUCAUCCUGGGCCUCUCCUGGGGCCCCUCCCUCACCCUGCUCCUUCCCAUCACCAACGCACCCAGGCGUCCAGGCAUGUGAGAGCCUGCCUUGCCAGGAAACAGCACAAGCUGAAGUGGGGCAGUAAGAUUCCCUGGUGGUGGAAGGAAAUAGGAGGACUCUGCUGAAUCCUGGUCCUGCUUCUGUUCUCAUCCCUCCCCCAGCUCUGGCCCCAAUCCUCCCAGCCCACCUUCUGCAGUGUGUAUGUUGCCUGGUCUCUCUGGCCUGCAGAGGUGACCCAAACAACUCAGUCCCCCACCUGCCUUAUCCUUGCCUGUUUCCAGUCUCCUGGUCCGGCUGAGCCCCUGGCCUCCUACCUCCUCCCACCUCUUGCCUCAGGCCCUGCCCCAGUCACUCCACCCUCAGGGCUCUCACCGGGCUGUCAAUGACAGCUUUUCCAUGUAAGGCAUGGUGCUAGGUUCCAGGAGGAACAGGGGAUGCAUGGAGGCAUAAUGGUUAGGGAGUCAUGACACACAACCAUGAAGAGGCCCCAUUACCAGGCUGCACCAGGAUACAAGACAAGAAAGGAAAGGAUGAGUAGGGACAUACUAAGAAGCAGCCCUCUCCUCUUGGAAAAGUCAAGCAAAACUUGGAAAUGAAGAGAUUUGAGGGGGGCCUGGCAGAUGGAUAGAGCUGGGGGAAGGGAAAAGAAAGGCCUCUGCUCAAGUAACAGCCAGAACUUGAGGUUGCUUGGGGAGGGCACCAGGAGCACUGUCUUAGUUUGGGUUCUUCCAAAGCAGAGCUUGAGCUAAGGGCUUGGGUACAGGUGAUCCUGUAUUCUUGAGCUAAGGGCUUGGGUACAGGUGAUCCUGUAUUUGGGAGGUUAACUCAGGAAGUGAGGGCAUAAGGUAAAACAAGAGAGAGGAAAGCCAUUAAGAGUAUGUUAAGUCCCUUCAGUAGGCCUUGGGAACCUCUGAGAAAAGUAUAGAUUGCCCAAGACAAAAGACUGGCAGGGUGAUCAGUCCAAAGCAUUUAUUAGGAGAAUGUACUUAAUGAGUGGGCUACAGCGUAUCCUCACAACAGACAGUGAGAGAGAGUUGUUCUACCUGGGUAUAUCCAAAACAAGGGGGUCAGGGUAUGGAGUUUACGAGGGUUCAAGGUAUUUGGUUCAGGGCCAGGGCCAGUUUUUUUCAGUGUUUUGGGCAACAACCUGAAUACCUUUUCAAGGCUCUGGCUUGGGCUCAAGCCUGCAGGGGAAAUGCAACUGGCCAGGUCACAGGGCAAUCAAGUUACUCUGUGUUUCUUUGUCAGGACACAGAAAAAAAGUGGGGAAGCUGGGGGACCCUACAAGGAUCCUUGGCAGGAAAGCAGGGAUUGUGUUCAUUUGAGGGUUUCACUGUCAGUGAGAGUCUCAGCUUCCAUGCAACUGUCCAUCACGGCUGCAACUGAAAUCAGAGCUGGGACACAGCGCACCAGAAGCUAAAGUCUUGAUGCCAUCAAAGGACAUCCCUGCCCCAUUCACAUCUCUGUCACGUCCACUAAUCGGCAAAAGGAGAAAAGUGAGAGAAGAUGACCUAAGUGUGACUGCAGCAGGCAGCUCUGGAAAAUGAAGCCAGAGCAGUGAGCCAGCCCCUCCUCCGACCAAGGAGGAAGGAAAGAGCAGCCCCAGCACAGGAGAGAACCACCCAGCCCAGAAGUUCCAGGGAAGGAACUCUCCGGUCCACCAUGGAGUACCUCUCAGCUCUGAACCCCAGUGACUUACUCAGGUCAGUAUCUAAUAUAAGCUCGGAGUUUGGACGGAGGGUCUGGACCUCAGCUCCACCACCCCAGCGACCUUUCCGUGUCUGUGAUCACAAGCGGACCAUCCGGAAAGGCCUGACAGCUGCCACCCGCCAGGAGCUGCUAGCCAAAGCAUUGGAGACCCUACUGCUGAAUGGAGUGCUAACCCUGGUGCUAGAGGAGGAUGGAACUGCAGUGGACAGUGAGGACUUCUUCCAGCUGCUGGAGGAUGACACGUGCCUGAUGGUGUUGCAGUCUGGUCAGAGCUGGAGCCCUACAAGGAGUGGAGUGCUGUCAUAUGGCCUGGGACGGGAGAGGCCCAAGCACAGCAAGGACAUCGCCCGAUUCACCUUUGACGUGUACAAGCAAAACCCUCGAGACCUCUUUGGCAGCCUGAAUGUCAAAGCCACAUUCUACGGGCUCUACUCUAUGAGUUGUGACUUUCAAGGACUUGGCCCAAAGAAAGUACUCAGGGAGCUCCUUCGUUGGACCUCCACACUGCUGCAAGGCCUGGGCCAUAUGUUGCUGGGAAUUUCCUCCACCCUUCGUCAUGCAGUGGAGGGGGCUGAGCAGUGGCAGCAGAAGGGCCGCCUCCAUUCCUACUAAGGGGCUCUGAGCUUCUGCCCCCAGAAUCAUUCCAACCGACCCACUGCAAAGACUAUGACAGCAUCAAAUUUCAGGACCUGCAGACAGUACAGGCUAGAUAACCCACCCAAUUUCCCCACUGUCCUCUGAUCCCCUCGUGACAGAACCUUUCAGCAUAACGCCUCACAUCCCAAGUCUAUACCCUUACCUGAAGAAUGCUGUUCUUUCCUAGCCACCUUUCUGGCCUCCCACUUGCCCUGAAAGGCCAAGAUCAAGAUGUCCCCCAGGCAUCUUGAUCCCAGCCUGACUGCUGCUACAUCUAAUCCCCUACCAAUGCCUCCUGUCCCUAAACUCCCCAGCAUACUGAUGACAGCCCUCUCUGACUUUACCUUGAGAUCUGUCUUCAUACCCUUCCCCUCAAACUAACAAAAACAUUUCCAAUAAAAAUAUCAAAUAUUUACCACUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1584.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1651.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 914.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((....)))...(((..((((((((((..(((((((((((.(((.(((..(.((..(((...)))..)).)...))).)))))).((((((((((((((((((((((((((((((.((..((((((((((...(((....)))..))))).)))))..))..))).......(((((...((..((......))..)).(((((....)))))...)))))))))))))))...)))).)))))))....))))))..))))))))))).....(((((.((((((.((((((((((((.((((((....((((((((.(((.(.(((((.......)))))).)))...)))))((((....))))((((.(((((((.(((((((((.(((((..(((.(((((((.((((..((.(((.((((.((.(((((..((((.((.(((((.(((.((.(((((..(((.(((((((...(((..((((((((.(((((...))).)).))))))))..)))....))).)))).)))....((.(((((((((.(.....).))))..))))).))....)))))))))))))))))))))..)))))..)))))).))).))..))))............(((.......))).......))))))).))).)))).(((.((((((((.....((((((.((((((((((((...(((........)))..))))))))((((.....)))).....)))))))))))))))))).))).....(((.((((((((.(((..(((((.(((((........................)))))..)))))..))).......)))))))).))).).)))))))))..)))))))..)))))))...)))).)).)).....(((.....))).....))).)))))))......)))))).))))).(((((....((((((((((.(((..(((((((((((.......(((((((......))))))))))))(((((........)))))...............))).)))..))).))))...)))))))))))....(((.((((...((((.(((((((.....))))))).)))).....)))).)))..)))))))..)))...........((((((((.......((((((((...))))))))(((((((...((((((....((((.(((((((.(((((((((((.((((((((..(((((........)))))...))))......((((....))))...)))))).)).........))))))))))))))..))))((((.((....)).))))(((((((((((((((((..(((((((((((((((((...(((...((.(((((((..(((((..(((((((..((((...((((((((((.....)))))).))))....))))...........(((((.((((((((.(((..(((..((((((((((.(((((........((((((.......((((((((...((((((..((....((((.((..((((.(((...)))........((((((((...))))))))..((((((...))))))............))))..)).))))..))...))))))....)))..)))))(((((.........))))).)))))).........))))).))))))).....)))..)))))).))))))))))))).))))))).)))))...(((((..(((((.(.....(((((.....)))))...).)))))....)))))))).)))).)).))).)))))))))))).)))))..))))..(((.((.((((((((((..(........)..)))))))))).)))))..))))))).....(((((((((((((((........)))))))))))))))((((((((((((((....)))))))))..))))).)))))).(((((((((....)))))))))))))))....))))))).((((((((((((((((((.....(((((((...((..(((..((((((((.(((.....(((.((((((((((....((((.........))))...)))))).........(((.((((.(((.((.......(((((((((((........)))))))))))(((((((((...(((((((........))))).))..)))).....(((..((.........))..)))(((.((((((((((.(((((.((((((...(((((((.((((((.(..((((.......(((((((((((((((.......((((((......))).)))....((((((....))))))((((.......)))).(((((.(((.(((((((.(((...))).)))))))...))).)))))..............(((((((.((((((((((((((((..((((((((.........)))))))).))).....(((((.(((((((...))))))).)))))((......))..(((((((....((((((..(((....))).(((((..((((((.........)))........((((((......)).))))(((((..((.((((((....((((..((((((..((..(....)..))..)))).)).....))))....)))))).))..)))))..(((((((.........))))))).)))..)))))((.((((((......)))))).)).....))))))........((((((..((.((((((......)))...)))..))..))))))(.((((...)))).)..((((.((((((((.((..((((...))))..))))))...........)))).))))..)))))))))))))....)))))))))).))))..(((.(.((((((((.((((((........))))))....)))))))))))).(((((.((........)))))))....)))))))))))))))))))..).)))))).))))))))))))).)))...((((.((((.......(((.((((((((.(((..((((((((...)))))))).(((((..........)))))...((((((((((((.((((((((....((((((((.(((((((((...((..((((.((((.((.(.((..((...))..)).).)).)))).))))))..))))).))))....................((((((((.......)))))))))))).))))..)))))))))))).(((((....((((((..((.......))...))))))))))).((((.(((......))).))))..(((((((((.((((((((..((.((.((((((((......))).......(((.((((((((.(((((.(((....(((..(((((((((((.(((............))))))))).....)))))..)))...))).)))..))...))))))))..))).....))))).)).)))))))).))))))).))))...)))))))).............))).)))))))).)))))))))))((((......................)))).....)).)))))))))).))).(((((((...)))))))..))))).((((((.(((.........)))..))))))....((((((((((((.....)))))))))))).((((......))))......)).))))))).)))..)))).))).......)))....))))))))..)))..)))))))))...))))))))).....)))))))))..))))))))...........................((((((...)))))).)))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(,(((((((...(((...,((((..(((((((..(,{((..(((((((((((.(((.(((..{.((..(((...)))..)).}...))).)))))).((((((((((((((((((((((((((((((.((((....)))).))((((...(((((,,{{{,,.}||||..{{..,.,.}}..,.}}{{,...}}..)))))...)))).,.(((((....)))))....))))))))}))}))...)))).)))))))....))))))..})))))))))))..)))))))..))))..))).))))))).)).((((....((((((((.(((.(.(((((.......)))))).)))...)))))((((....))))((((.(((((((.((((((((({{((((..(((.(((((((.(((({.((.(((.((((.((.(((((..((((.((.(((((.(((.((.(((((..(((.((((((({..(((..((((((((.(((((...))).)).))))))))..)))..},))).)))).))}....((.(((((((((.{.....,.))))..))))).))....)))))))))))))))))))))..)))))..)))))).))).))..,}}|.........,..{{{,,,,...})))))}...))))))).))).)))|,(((.(((({({(..,,,((((((.((((((((((((...{((........))}..))))))))((((.....)))).....))))))))))})))))),,))).....|||,((((((((.(((..(((((.(((({........................)))))}.)))))..))).......)))))))).))),}.)))))))))..)))))))..)))})))...))))(((((((({..(((.....))),{{{{((,.{{((,((.{,.{(((({{{..,.,{{((({{{({{(((,(,((({.{((({{{{,(((((((.......(((((((......))))))))))))}||||,}}}}}.},)),)}}}.,},....{{{,|||||||{{|||{||||{{|||||||||}||.,||{{{.{|||...((((.(((((((,...,))))))).)))),{|.,||}}.}},..,,.||}|||},...,.,..,...{(((((((.,.{{..((((((({...}))))))),{||{{{..}||||||,,..((((.((((({({(((((((,,,,..((.((({..(((((........))))).,,)))).}}...((((....))))....{((|,,,.....,,)))))))))))))))))..)))){{||,||,,,.}}.})))|||||||||{{||||||,.(((((((((((((((((...((,,({,{.(((((((..(((((..(((((((..((((..,((((((((((.....)))))).)))).,..))))...........((((,{((((((({.(((..(((..((((((((((.(((((...{{{{{(,(((({{....{((,,((((...((((({.{(({{{{,,,,.({..,,,{.,,..}})))},......{(((((((...)))))))}..,,,{{,.,}))),))})..}))....}))))}.,)}))))..|}.,,|,|||}..,{|||,.|||,|({{{{......,,,)))},.,,})))},,,..,,,))))).))))))}....,)))..))}))).})))))))))))),))))))).)))))...(((((..(((((.,.....(((((.....)))))...,.)))))....))))))))},))).}))))).)))))))))))),,))))..}}},..(((.((.((((((((((..(........)..)))))))))).)))))..|||}}}}.,,,.(((((((((((((((.,....,.)))))))))))))))|||||||(((((((....)))))))||,{|||}|,|}}}||,{((((((((....))))))))})))}}},,,.))))))).|||||||{,,,,|||{,,...,}|||,|||,.,|||.{,...,{,,((({.,{{{({(,,,,,}}|.((((((....((({,......,.})))...)))))).,....})))))}})))}))}.{({{{,...,{(((((((((........)))))))))))))}}(((((...(((((((........))))).))..)))))....||({(|....|}},......{|(({..{((((({((((,,,{,.(((,{{(((((((...(({,(((((,,(((((,.{,,....{((((((,(((({......||{|||......}}}},}||,,}||||{({{{.,,,)))},.((((((...,....((((..((((.((((((,..........(((((((((,,.....,)))))))))....,(((((((..((((((((,,({{...,)).})))}|}}........,(((.(((.(((((({,((((.(((((((...))))))).))))|(((((..(((..,((({{....(((((....(((....))))))))}))}),,}.))}...)))))}........((((((......)).))))(((((..((.((((((.,..((((,.((((((..((..,....,,,}}..)))).))...,.))))....)))))).))..)))))..(((((((.........)))))))}))))))))),))}|(((((......)))))}(((((((((((((.......{{((,(((..,,.,{(,{{{,.{.,{{{{{.}},..)),}))|}||||{{{,...}))}|,..||||,((((((({.{,..{{(({{{|,,,.,)))))},..........,}}),))})},|||}|||((((({((({{..,{{{|||.......(((.(.((((((((.((((((........))))))....)))))))))))).,{(({.{,....,,..)))))))....({{,.,,.,}}|||}}}}}..(((((((.(((((((((....))))))).((((.((((.......(((.((((((((.(((,.((((((((...)))))))).}...,..(((((.((.(((((((((((((.(((((((((((((((...((((((((((.((...(((((((((((((.{(((.,,.{|{{..(({{.,|{{||..,||.,,,)},...|}||}}..}}}}....||....|||{.(((((.(((((((({(((((((.((((.((((.{.......}))))..{(((...)))).,)))).))),,)).)}..)})))))))..)).)))}}((((.(((......))).)))).,.,|,,,...})}))))))))))))),((((.((..,(((((((((.,........}..)))))))))})).))))|,(((..|....,.))))))))))))))).....)))))))).)))}})))...)))))..................{((,{{{....{|{...,))}....}}}}})}..))))}},)).)))))))..}...............))).)))))))).))))))))))).........)).)))))))....,.,,,.,.......))})}.},}))}.))))......))))))))))))).((({......)))).})))))))))))))..((((...((((((((((((.....))))))))))))...))))))))...)))).......)))))).}}},,))))...,.,,,,,,}},,)}})),))))))},))}.)))))))))}}}),)))))))},.,})))))))))})))),)))))......................................)))))))))..
Back