Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001395416.1
Sequence Length
2859 nt
GC Content
0.6208
AGGCGCCCCGCCUCUCCCCGGGCGCUGCGGGCCACCGGCUCGGCCCUGUGCGGCGGGAUCUCGGGGCCGCACGGAGCGGGAGGCCGGGCGCCAUGGCGAGGGCCCCGCAGCCCCGGCGCGGCCCCGCGGCGCCCGGGAACGCCCUGCGCGCCCUGCUGCGCUGCAACCUGCCCCCCGGCGCCCAGCGCGUGGUGGUCUCCGCCGUGCUGGCGCUCCUGGUUCUCAUCAACGUCGUACUGAUCUUCCUGCUGGCCUUCCGCUGAGCGGCCGCGCAGGGCGCCGCGCCGGGCUCAUCAGCGAUGGCAGUGUGGUCUGCGCUGAAGCACUCUGGGACCAUGUCACCAUGGACGACCAGGAGCUGGGCUUCAAAGCUGGGGACGUCAUCGAAGUGAUGGAUGCCACCAACAGAGAGUGGUGGUGGGGCCGGGUCGCCGAUGGCGAGGGCUGGUUUCCAGCCAGCUUCGUUCGGCUGAGGGUGAAUCAGGACGAGCCCGCGGAUGACGACGCCCCUCUGGCCGGGAACAGCGGAGCGGAGGACGGCGGGGCGGAGGCGCAGAGCAGCAAGGACCAGAUGCGGACCAACGUCAUCAACGAGAUCCUCAGCACUGAGCGGGACUACAUCAAGCACCUGCGCGACAUCUGCGAGGGCUACGUCCGGCAGUGCCGCAAGCGCGCAGACAUGUUCAGCGAGGAGCAGCUGCGUACCAUCUUCGGGAACAUCGAGGACAUCUACCGCUGCCAGAAGGCCUUCGUGAAGGCCCUGGAGCAGAGGUUCAACCGCGAGCGCCCACACCUGAGCGAGCUGGGUGCCUGCUUCCUGGAGCAUCAAGCCGACUUCCAGAUCUACUCGGAGUACUGCAAUAACCACCCCAACGCCUGCGUGGAGCUCUCCCGGCUCACCAAGCUCAGCAAGUACGUGUACUUCUUCGAGGCCUGCCGGCUGCUGCAGAAGAUGAUUGACAUCUCCCUGGAUGGCUUCCUGCUGACUCCGGUGCAGAAGAUCUGCAAGUACCCUCUGCAGCUGGCCGAGCUGCUCAAAUACACGCACCCCCAGCACAGGGACUUCAAGGAUGUUGAAGCCGCCUUGCAUGCCAUGAAGAACGUGGCCCAGCUCAUCAACGAGCGGAAGCGGAGACUUGAGAACAUCGACAAGAUUGCUCAGUGGCAGAGCUCCAUAGAGGACUGGGAGGGAGAAGAUCUCUUGGUCAGGAGCUCAGAACUCAUCUACUCGGGGGAGCUGACUCGAGUUACACAGCCUCAAGCCAAAAGCCAGCAGCGAAUGUUCUUUCUCUUUGACCACCAGCUCAUCUACUGUAAGAAGGACCUGCUCCGCCGCGACGUGUUGUACUACAAGGGCCGGCUGGACAUGGACGGCCUGGAGGUGGUGGACCUGGAGGACGGGAAGGACAGAGACCUCCAUGUGAGCAUCAAGAACGCCUUCCGGCUGCACCGUGGCGCCACAGGGGACAGCCACCUGCUGUGCACCAGGAAGCCCGAGCAGAAGCAGCGCUGGCUCAAGGCCUUUGCCAGGGAGAGGGAGCAGGUGCAGCUGGACCAGGAGACAGGCUUCUCCAUCACUGAACUGCAGAGGAAGCAGGCCAUGCUGAAUGCCAGCAAGCAGCAGGUCACAGGGAAGCCCAAAGCUGUUGGCCGGCCCUGCUACCUGACGCGCCAGAAGCACCCAGCCCUGCCCAGCAACCGGCCCCAGCAGCAGGUCCUGGUGCUGGCGGAGCCCAGGCGCAAGCCAUCUACCUUCUGGCACAGCAUCAGCCGGCUGGCACCCUUCCGCAAGUGAACUGGUCCCUGCCUGACAGCACCUGCUGGGCCUUCCUGCCAGUGGCCCCCAGUUUUUCUUCCCCGAGGCCCACUCGGCCUGGCCUUCCUCUGCCUGCAAGUGAGCAGGGAUGGGCUGGGGAGUUGCUUGUGCCACCAAGACGUGCCAGGUCUGUACUCCUGUUGUCUUUUUCCCUGCUCCUGGUGCCCUGAAGAGACCAGCAAGGGGGCAGACCCCGCACUCGCCACACCGCCGCUGCAGCUUGGGCCCCAUCCGCCCUCUGGACCUGUGUAGGGCCUCACUGCUGGAGCGGGGAAACCGCAGCUCAGCCCAGGCCCAGCUGGGGAGAAGGCGCUACCUGCGUGGGACCCUCUUCUCUGGAAACCUAAUCCUCCUUUCAUUUCCUCUGGGCAGGACUCUCUGGCCUUCUGUGGCCUGCAAUGCCAGGCCAUGUGCCCCUCUGCCCUCUAGUUCUCCAAGUCCCCAGCCCGGCCAGUGGUGCCAGGCAGCUUGCCACUUGGGAGGGCAGAAGCCAGGAAUUCCACACCCUUGUGUUGCGCCCGGAGCCCGCCCUUCGCCUCCCAGCCCCUCAAGACACCGCUGGCUGCUGGACACCCUCUUCACUUGUGUGUGUGUGUGUAGCGGAAAAGGACAAGACGGUGCAGUCGGCUGCAUACUCCCAGUCGGGAGUGUGGUCAGUCUGCCUGCUGCUGUGCGGUAGCUCCAGAACCACCUCGUUCCUGGUUUUGUUUGGAUUUUGGCAUCUUGUUUUUCUAACAACAAACAAUGGAGAAAAAGAAUUGAUUCUUAGUGACACAGAAGAUUGCCUUACGCUCGUGAGCGUGAGAAGCCAUAAGAGAGAGACCGAAUUCUGUGGCUCAGCACACAGGACUGACCCACAGCCCAGGCAGCGGGUGUGUGGAGAUGGCGCCCUGUCCUGCCAAGGGGCGCCAGGAGCAGAGCCAGGGCCUGGCGAGCUGGCGUGGAGCCCACAGGAUUCAGCAGCAUGGACAGUCACUCUUGCACUAUUCCUUCUCCAAGCCAGAAACCACAUUUAAUUUCAUAAAUAAAUUUAUGAAAAGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1231.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1279.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 741.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((....((((((..(((((((((((((((((.(((((((.((.(((((((((...........))))))))).)).)..))))))(((((..(((..((...))...)))..))))))).)))))))))))))))..((((((((.(((((((((.(((((...((.(((((((((((((((((.(.((((.(((((((..((((.(((((...((((....))))..(((.....)))...(((((((((((((....))).))))).)))))))))))))))))(((..((((((..(((......)))..)))))))))....((((((...))).))).)))).)))).).)))))))......))))))).((((((....))))))...(((((((........)))))))(((((...(((((((..(((..(..(((((((((...(((((......)))))..)).)))))))..)..)))..))).))))...)))))...))).))...))))).))))).)).))))))))))))))))..(((((((..((.((((.((((((....(((.....)))(((((.((.(((((((((((((...((((.(((.(((.((((.....)))))))))).((.(((((((.((((((.((((.(((.(.(((((((...((.((.((((((.....(((((((.....))))))).((((.(.(((.((((..((((((....))))))))))))).))))).....))).)))))))....))))))).)))).)))).)))...((((((..((.....)).))))))......((((((...((((...((.........((.((.(((.((((.....))))))))).)).......))...))))...)))))))))))))))).))...(((.(((((.....)))))..)))))))...))))))).....)))))).)).)))))..........)))))).))))))..)))))))..((((((((((.....(((((((((.....(((.((((..(((.(((......((((((.....))))))((.((((......)))))).(((((.(.((((((...(((.....))).((((.......))))........((.((((((((((((...)))).((((((((((...(((((......(((((((........)))))))......((..(..((.....))..)..))....)))))..))).))))))).(((........)))...(((((.(..((((((.((((((..........((((((((((........)))..((((.((.(.(((.((((.((((((((.(((.((.(((((..((((.((((.((.(((.....(((....))).......))).))))))))))(((((.....)))))...((((((((((((.((((....((((((..(((.(((((((.((((((.(((((((((((((((.((.(((((((((((......))))).(((((....(((.((((..((.((((..(((((.(((......((..(((((..(((((..(.((((.....)))).)..)))))..)))))..))((((((((......((.(((((.((((.((((..((.......))..))))))))))))).))...(((....)))......))))))))...)))))))).)))).))..))))..))))))))..))))))..))......)))))))))((((((..((((.(((((((((((((.........((.(((((.....)))))))((.(((.(((((.......).))))))).))))))))).((.((....)).))...((.((((..(((((((.((((((((((((((((....((.......))...))))))).)))).))))))))))))..))))))........))))))))))...))))))......))))))...)))).)))))))))..(((..(..((((.....))))..).)))(((((......))))))))..))))))..)))).)))).....)))).))))........(((((((............))).))))......((((....((((((((......))))))))).))).))))))).))).)))))))).))))))).))))))).((((..((.(((..((.(((.((....)))))))..))).))....)))).)))))))))))))..))))))..).))))).)))))))))).)))))).).)))))))).))).)))).)))..)).)))))))))))))))))...(((.(((((......(((((((..((((((((((((((....)))))))))..)))))((((((((((((((.((..((((((...(((.(((((((((((((((((((....(((((..((((.((((((((...........))))))))(((((....)))))..................((((((((....))))))))...........))))..)))))(((((((((...)).))))))).....(((((((((.......)))).)))))...(((((((((..........))))))))).))))))))))))))....))))).)))..)))))))).)).....)))))))).)).)).......)))))))..))))).)))..)))...............(((((((((....))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((....((((((..(((((((((((((((((.(((((((.((.(((((((((...........))))))))).)).},.})))))(((((..(((..((...))...)))..)))))))))))))))))))))))..((((((((.(((((((((.(((((...((.(((((((((((((((((.(.((((.((({{{{{{({((,(((((...{(({....|||}..{((,...,))}...(((((((((((((....))).))))).)))))))))))}))}))(((..((((({..{((.,....})),,))))))}))....((((((...))).))).)))).)))).).)))))))......))))))).((((((....))))))...(((((((.,.....,)))))))(((((...(((((((..(((..(..(((((({{{||||{{{|..,,|.)))}}.,}}.}}}))))..)..)))..))).))))...)))))...))).))...))))).))))).)).))))))))))))))))..(((((((..((.((((.((((((....{({.....,}}(((((.((.(((((((((((((...((((.(((.(((.((((.....)))))))))).,(.(((((((.((((((.((((.(((.(.(((((((.,.((.((.((((((,....(((((((.....)))))))..,,,,{,{((,((((..((((((....))))))))))}))}),))).....))),)))))))...,))))))).)))).)))).)))...((((((,.,,.....}}.}))))).....,((((((...((((...,,.........((.((.(({{((((.....))))))))).))...,...}}...))))...)))))))))))))))).,}...(((.(((((.....)))))..)))))))...))))))).....)))))).)).)))))..........)))))).))))))..)))))))..,(((((((((.....((((((({{.....(((.((((.,{((.(((......((((((.....))))))((.((((......)))))).(((((.{.((((((...(((.....))).((((.......)))),,......((.((((((((((((.,,,||}.((((((((((...(((((......(((((((........)))))))......((..,..((.....))..}..))},..)))))..)))}}}))))).{||....,,..}}}...(((((.{..((((((.((((((,,...,,,|,(({{((({{((((((,,.{{{,,{({({(({({{(({((({.{(((((({.(({,((.(((((,.((((,((((.((.,{{.,...(((,,..}))|,,.,,,})).|||}||||||,{{(({,{{{|||}|{{.{{{((,,{{||{.|||,.,|}||{|{|}}||,.{((((.{{{{((((((({({{{{((((((({((,(({(((({(({..,,,,||}|}.{{{{(....(((.{{{{..||,{(((.,((((..(({...,,.{|,,|||||..{{|||,,|,|{{,..,,.)))),),,))))),.))))).,||(({(({((,.,,..{({((((((((((.{{(({{(,.,,..{,||,{|,||}}}}|||||,||,,,(((,,..||}......}}}}||||,{,|||}|}||,||||,||,.}},||,|||}|||}.,}|||}}..)},.....})))})))}}}},},,,}))})))})))|((((((.........((.(((((.....)))))|}{{.{{(.(((((,......}.))))))).})))))))),|,|||,||}}}},...,{{.((((..(((((((.((((((((((((((((,...((.......))...))))))),})))},)))))))))))..))))}}|{.....,}|{|||}|{||,|||||{{,,|}||}},.,,))})}))))}.)))))....,))))},))))))...{{,|||||,.{|,|,,))..)))))})),}..))}))).,})))}))}}.,}}}))))}))))........||||||,,,,....}}}}})))}})},.,.}}})}))},,,((((((((......))))))))}.,},,}})))})|))}.)})))))).))}}}})|}}}}}}}.||||,}||.|{{..||||{{.{{..,,}))))))..))).||....)),}.)))})))))))))..))))))..}.))))).)))))))),),)))))).}.)))))))).))).)))).)))..}}.)))))))),)))))))),..(((.(((((....,.(((((((..((((((((((((((....))))))))),.)}|}|((((((((((((((.((..((((((...(((.(((((((((((((((((((....,,{(({,((((.((((((({...........))}))))}||{|,....,||||.,,....,,.}}}},,}}((((((((....))))))))..||{|{,.,,,,|,..,},..||||||||||{{{|.|,,,}}.}}},.(((({((((.,....,)))).)))))...(((((((((..........))))))))).))))))))))))))....))))).)))..)))))))).)).....)))))))).)).))}.,....})))))).,))))).)))..)))...............(((((((({....})))))))).....
Back