Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001399737.1
Sequence Length
4204 nt
GC Content
0.4741
AGUCCAUCUCAAAUCUUCACCGGCUGUACCAAGAACAGAAAAAAAAAGGAAUUUGAGACGGGAUCUCAGCAUGUUUGCCAGGAUGGUCUCAGUCUCUUGACCUCGUGAUCCGCCUACCUUGGCCUCCCAAAGUGUUGGAAUUACAGGUGUGAGCCACUGCGCCCAGCCAUCAGAACAAAAUAUACAGCUGGAUGUUUGUCACAAUUCUAAUGUCCCUGCAAAGAUGAGAUGCAUGAAUCACACAGCAAUCUCAUCAAAAAGAUAAGAAAAUUGAGACUCAGAGCAUUUAAGCAGCCAGCCUGGAGUCACAGAGAUUUAAGUCUCAGAGCCAGCACUCAGGAUGAGUGCCAAUGGAAGCCUGUCCUUGGAGUCCAGAAUGAACGUCAGAAGCAACCCAGCCACAGCAGGAGACUGUCCAUGAAUGUCAUCUGGCUGAACCUAAAGCACCUCUGGAUUUAGAUGCACUCCUUCAAGGACCAUGGGUUCUGCAACAGUACCCCCUCUCCAUUGUUCCAGCUCUGACUCAGAUGGGCCCUCCUUGAUGGCACUCCCAGCAGCACAGCCUUAGCACUGGGAGCAUGACUUCGGCAACUUCACCUAUCAUUCUGAAAUGGGACCCCAAAAGUUUGGAAAUCCGGACGCUAACAGUGGAAAGGCUGUUGGAGCCACUUGUUACACAGGUGACUACACUUGUCAACACAAGCAACAAAGGCCCAUCUGGUAAAAAGAAAGGGAGGUCAAAGAAAGCCCAUGUACUAGCUGCCUCUGUAGAGCAAGCCACUCAGAAUUUCCUGGAAAAGGGUGAACAGAUCGCUAAGGAGAGUCAAGAUCUCAAAGAAGAGUUGGUGGCUGCUGUAGAGGAUGUGCGCAAACAAGGUGAGACGAUGCGGAUCGCCUCCUCCGAGUUUGCAGAUGACCCUUGCUCGUCGGUAAAGCGCGGCACCAUGGUACGGGCGGCAAGGGCUUUGCUCUCCGCGGUGACACGCUUACUCAUCCUGGCGGACAUGGCAGAUGUCAUGAGACUUUUAUCCCAUCUGAAAAUUGUGGAAGAGGCCCUGGAAGCUGUCAAAAAUGCUACAAAUGAGCAAGACCUUGCAAACCGUUUUAAAGAGUUUGGGAAAGAGAUGGUGAAACUUAACUAUGUAGCAGCAAGAAGACAACAGGAGCUGAAGGAUCCUCACUGUCGGGAUGAGAUGGCAGCCGCCCGAGGGGCUCUGAAGAAGAAUGCCACAAUGCUGUACACGGCCUCUCAAGCAUUUCUCCGCCACCCAGAUGUCGCCGCUACGAGAGCCAACCGAGAUUAUGUGUUCAAACAAGUCCAGGAGGCCAUCGCCGGCAUCUCCAAUGCUGCUCAAGCUACCUCGCCCACUGACGAAGCCAAGGGCCACACGGGCAUCGGCGAGCUGGCUGCGGCUCUUAAUGAGUUUGACAAUAAGAUUAUCCUGGACCCCAUGACGUUCAGCGAGGCCAGGUUCCGGCCGUCCCUGGAGGAGAGGCUGGAGAGCAUCAUCAGCGGCGCAGCGCUGAUGGCCGACUCCUCCUGCACGCGAGACGACCGGCGCGAGAGGAUCGUGGCGGAGUGCAACGCCGUGCGGCAGGCGCUCCAGGACCUGCUCAGCGAGUACAUGAAUAAUACUGGAAGGAAAGAAAAAGGAGAUCCUCUCAACAUUGCGAUUGAUAAGAUGACUAAGAAAACAAGAGAUCUAAGGAGACAGCUUCGGAAAGCAGUGAUGGAUCACAUAUCUGACUCUUUCCUGGAAACCAAUGUUCCUUUGCUAGUUCUCAUUGAGGCUGCAAAGAGCGGAAAUGAAAAGGAAGUGAAAGAAUAUGCCCAAGUUUUCCGUGAGCAUGCCAACAAACUGGUAGAGGUUGCCAAUUUGGCCUGUUCCAUCUCCAACAAUGAAGAAGGGGUGAAAUUAGUUCGGAUGGCAGCCACCCAGAUUGACAGCCUGUGUCCCCAGGUCAUCAAUGCCGCUCUGACACUGGCUGCCCGGCCACAGAGCAAAGUUGCUCAGGAUAACAUGGACGUCUUCAAAGACCAGUGGGAGAAGCAGGUCCGAGUGUUGACAGAGGCCGUGGAUGACAUCACCUCAGUGGAUGACUUCCUCUCUGUCUCAGAAAAUCACAUCUUGGAGGAUGUGAACAAGUGUGUGAUAGCCCUCCAAGAGGGCGAUGUGGACACUCUGGACCGGACUGCAGGGGCCAUCAGGGGCCGGGCAGCUCGAGUCAUACACAUCAUCAAUGCUGAGAUGGAGAACUAUGAAGCUGGGGUUUAUACUGAGAAGGUGUUGGAAGCUACAAAAUUGCUUUCUGAAACAGUGAUGCCACGCUUCGCUGAACAAGUAGAGGUUGCCAUUGAAGCCCUGAGUGCCAACGUUCCUCAACCGUUUGAGGAGAAUGAGUUCAUCGAUGCCUCUCGCCUGGUGUAUGAUGGCGUUCGGGACAUCAGAAAGGCUGUGCUGAUGAUCAGGACCCCAGAAGAACUAGAGGAUGAUUCUGACUUUGAGCAGGAAGAUUAUGAUGUGCGUAGCAGGACAAGUGUUCAGACUGAGGAUGACCAGCUCAUUGCAGGGCAGAGCGCACGGGCCAUCAUGGCGCAACUACCGCAGGAGGAGAAGGCAAAAAUAGCUGAGCAGGUGGAGAUAUUCCAUCAAGAGAAAAGCAAGCUGGAUGCAGAAGUGGCCAAAUGGGACGACAGCGGCAAUGAUAUCAUUGUACUGGCCAAGCAGAUGUGUAUGAUCAUGAUGGAAAUGACAGACUUCACAAGAGGCAAAGGCCCAUUGAAAAAUACAUCUGAUGUCAUUAAUGCUGCCAAGAAAAUUGCCGAAGCAGGUUCUCGAAUGGACAAAUUAGCUCGUGCUGUGGCUGAUCAGUGUCCUGAUUCAGCAUGUAAGCAGGAUUUAUUAGCCUACCUUCAACGAAUUGCCUUGUAUUGCCAUCAGCUUAAUAUCUGCAGCAAGGUGAAGGCAGAAGUGCAGAAUCUGGGAGGAGAGCUCAUUGUGUCAGGGCUGGACAGUGCCACAUCGCUUAUCCAGGCAGCUAAAAACCUGAUGAAUGCUGUUGUCCUCACGGUGAAAGCAUCCUAUGUGGCCUCAACCAAAUACCAGAAGGUCUAUGGGACAGCAGCUGUCAACUCACCUGUUGUGUCUUGGAAGAUGAAGGCUCCAGAGAAGAAGCCCCUUGUGAAGAGAGAAAAGCCUGAAGAAUUCCAGACACGAGUUCGACGAGGUUCUCAGAAGAAACACAUUUCGCCUGUACAGGCUUUAAGUGAAUUCAAAGCAAUGGAUUCCUUCUAGGACGAUAGGUUUUAACAAGAAAGCUUUUUCUUUCUUUUCUUUCUUUCUUUUUCUUUUUAAUUCCAUUUUUGUAUGCAUACCUGCCAGCUCGUAUGCCUCUGGCAUGGGGAAAUUAAGGGAACAGUGUCUGUUUGCAUGUAAGAUGAGAUGAGAUCAAUACUACUGAUCCAUCUGUAGCCUGGGAAGGAGACAGGACAUUCCUGUACUAAGGUGGCACAGAGCUGUCCUUUGCAACAUUCUCAUAAAAUUGGGCACAGAGUUCGCAUUGGCGCAAUAUUUAUGGGAGUGGGAGGGAUGGGGAAAAUAAACUUAACUCUACAAAAGCAAACUCUAAUGCAUGCAAGAAUCAUUAGGUUGGCAGGUAUAUGCAUAAGUGAAAAAUCUGGAAGUGUAAUGGUAGAACAUAAAACUUGUAUUGCUUCUGUUUCAGUGCAAAAAUGUACUAGCCAAUACGCUUAAGUGUGUGGCCCAUGAAUUGAACAAUUUAACCUUGAAGUCUAUAUCCGUGAUAUUAUGUCGAUUUUUAACUGAGGGGAAAUUAACUAGUCCAGCCUAAAAUGCUUCUUUUAAUCUGCAUUCUGUUUCCUCUUCUAGUUGUGCCAUUACUAGUGAUCAUGUUUUUUUCCCCCCUUUAAUGAAAACAAUAAACAUCUAUUUGAGACAAUUAAAAUCCUUCUGGGGGCACUGGAAGCACAAUACGGUGACCAAUCUUGCUUUCAUUUUUUUUUCUUUUUAAUUUGAACCAUGAUUUUGCUAGAAAUAGAAGGCCCAGUGGUGGAAUAUUAGAGGGAAGGAAACUGACAACGUGUGAAAGUUAGAGGCAAAUACAUAGGUGUAGCUUGGAGUGCUGGUAUCUAAUAUACCAUUGUAUUCACUAACUAACUCAAAAUAAACACAUUUAAUCUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1343.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1420.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 1124.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.(((((((((((......((((.......))))........))).))))))))..))))....(((....)))((((((....(((((.((((..(((((((.((((((...((.(((((.((((....)))).......((((...(((..((((((((((...................)))))...................((.((((((((.((((((((((.((.......)))).))))))))................((.(((((((.((.............)))).))))).))(((((....))))).((((..(((((((...)))))))((((((.((((((((..(((.((((((.((((.(((((((..((....((((.((((.(((((..((((.((((.(((((((((((........)))...........)))))).))...)))).))))...((((.(((...))).))))..))))).......((((((..((.((((((((((....(((.((((....(((.....((((((((..(((((..(((((((....((........))..)))).......(((....)))...((((((....)))))))))..)))))..))))))))))).))))(((((...(((((((....)))))))....))))))))....)))))))))))).........(((...((...))...)))..((((......((((((((((((..(((((((.......(((.....)))((((.....))))....((((.......))))......))).)))).))).)))))))))..))))((((((..((.(((.((((....)))).)))..))..))))))......(((((((((((((((...(((.((.....((((..((((((((..((.((.((((((.(((((((((......(((((((((((((.((((((....)))))).........(((((.........)).))).((((.(((...(((((((.....(((((((..((((....(((((.((((((........).))))).)).......)))....))))....))))))).......)))......))))..)))..)))).)))))))))))))..(((....))).((((((((.((....((.((......)).))...)).))))))))..((........))........)))))))))...)))))).))))..((((.(((......)))))))..(((((((......)))..))))..))))))))..)))))).)))..))))))).)).))))))((....))((....)))))))))))).)))).....))..)))))).....).)))).)))))).))).)))((((((((((((...(((((((((.((...(((((((.(((..........((((((((......)))))))))))..)))))))((((((((..((..(((.(((((.....))))).))).))....)).))))))(..(((((((..(((((((((...(.((((.........)))).).............((....))((((..(((((...((((..(((((......................((((....))))(((((((((..(((.....)))..)))...))))))(((...)))((((((.((((((..((.(((((...(((......)))...))))).))...)))))).))))))..(((.(((.(((.(((((((((((......)))))..((((((((((((.((((.((((((........)))..))).)))).)))).........))))))))......(((((..(((((......)))))..)))))...((((((....(((((....))))))))))).....))))))))).))).))).)))))))))....))))).))))))))))))))))))))..).))))))).))))((((((..(((((((...((((((.((((((((((((...(((((((((((...........)))).))))))).((((((...))))))((((((.........((((((.((((..((.((.....)).))..)))).))).)))...)))))).......))))))))))))...........))))))..)))))))..))))))((((((.........)))))).......(((....)))))))))))))))......))))).)))))).((((((((((.((((((((((((((....))))))).........((((((((((........))))).)))))))))).)).)).))))...))))((.((((...)))).))...............((.(.(((((.(.((((((((............(((.(......).)))..)))))))).).))))).))).)))).))))))))))..)))))..)))))))((((((((((((..(.((((((((((((.....((((((((((.((((((.....))))))..............(((....)))..((.(((.....)).).)).(((((((((((((((.((((..((((..((...((((..((.((((.......)))))).....))))....))...))))..........))))..)))))))))...))))))........((((....))))((((......))))......))))).)))))(((((((....((((((...((...))....))))))..)))))))..)))))......(((((((((..(((................)))))))))))).(((((((.((((((...(((((((((....((((......((((((((((((((((((.((((((..((((..........))))....(((((.....((....))....)))))((((((.((((((............).)))))))))))(((((((.((......)).)))))))(((((........)))))(((((((((((((........((((((((((((((((...((((((.......))))))....))))).......((((....))))((((....))))...(((.(((((((......)))))))))).((((((.....))))))...((((((......))))))))))))))))))))))))).........(((((.(((((..((((((((((((((.((((((...)))))).))....(((((((.((((.(((((...(((.(.((...(((((.(((((.......))))))))))....(((....)))..((((((...)))))).)).).)))..))))))))))))))))...((((((((((((((((.((.(((.(....).))))).)))).))))))))))))..((((.((((.........)))).)))).............((((((.((......))))))))))))))))))))))))).)))))......)))))((((((.((((((.((((.....((((((((.........))))))))..)))).)).)))).)))))))))))))))))).............(((((..((((((((((.((((..........)))).)))))).....))))..))))).))).)))))))))..))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))..((((((((((((.(((....(((((((((((.....(((...........))).....))))))........)))))...((((((((......((...)).....))))))))....................))).)))))))..))))).......))))).)).)))))).)))..))))..)))).)))))....((((...((((((.((..((((((..((((((..(((((.........)))))))))))..))))))..))..))))))........)))).....)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.(((((((((((......((((.......))))........))),,)))))))..))))....(((....}))((((({,|,.(((((.((((..((((,((.((((((.,,{(.(((((,((({...,|}||..,,...{{{({{,({{..{((({{({((,..................|||||,{|{{{{||,|,.,{{{,{{,{{(({{{...((((((((((.((.......}})),}))))))).....,..........{{.(({((((,((.......{,{,,,||||||}|||.,.(((((....))))).,,,{..(((((((({..,,||,,((((((.,((((,({((((((((((((,,(({.,,{{{,..{(,...,,({,.{{{{,{{.{,{,||{..|}}..})),)})}|||}.......,||...}}})},}})}},,,...{{{|,,,))))|(((((,({((({{{||,,{{{,.{({{({{{{{,{{({{|{{{.,{{((((((((((.,..{((.((({..,,{{{,,...((((((((..(((((..(((..,.....((........||..||,...}}}..{|{,...}}}...((((((....)))))))))..)))))..))))))))}))})))}(((((...(((((((....)))))))....)))))}},....))))))))))),....,}...}}}.||{,...,...})){{{(((((.(((((((((,{{.(((,,(((((,{{(,.{{((((.....,,|((((.....))))}..,||||.,,....}|||......}},,})))))))))).))})))..{{.,((((((..((.(((.((((....)))).)))..))..))))))...{(.(((((((((((((((...(((.((.....((((..((((((((.,((,({.((((((.(((((((((.{{{..(((((((((((((.((((((....)))))).........|,(((,,.......}),)),.((((.(((...(((((((.....(((((((..{(((....(((((.((((((........).))))).)).......)))....)))}....))))))).......))),.....,)))..)))..)))).)))))))))))))..|||,{,,,(|...||||||.{{..{,,({((((......((((....)))).......)))}}},),.,,,.....}.)))))))))...)))))).,,}},.((((.(((......)))))))}.(((((((......)))..))))..))))))))..)))))).)))..)))))))},)}}))))).}},..|{||,|||||{||||||||||}||||....,}}}}||..,.....,.}},,{((((,({||.{{|.,,}))|,}.))))))}{(((((((.(((,....))||.))))))},.....((((((((......))))))))})),.,|}||||{(((((((..((..(((.(((((.....))))).))).}).,..))||))))||{{{({,{,,..||,||||||}}}|.||||}}}}.....,,))}),{((({{{{....((,{{{||,,{{..((((({..{({,..{({(,.{{..,......,,..|})}..|,,{.,..||)},,..,))}))}.,))))).,,,.|))...}))))))|{{...}}.{(((((.((((({,,(({(({{{,,,|||,,,,,,))),..}}}}}..}}}}))})}}.))))))|.(((.(((.(((.(((((((((((......))))}..((((((({{(((((.(((((.(((({({.........}..)))))).)),})).}))))))))))))......(((((..(((((......)))))..)))))...((((((....(((((....))))))))))).....))))))))).))).))).}||||,,..}}}))))))})))}}),,))),,.}.))))}.)})}),)))}))..((((((..(((((((...((({{({((((((((((((....((((((((....}))))))).{|{{{{|,|||,.((((((...)))))),{|,||.}}}}}.,,((((((.((((..{({((.....,)}))..)))).))).)))...,,}|},.......))))))))))))...........))))))..)))))))..))))))((((((.........)))))).....{{((({.{{,..)),)))))).,)}}}.}.))))}.))))))..))))))))))),....{(((((({....}))))))|,,{{...{{{{{{(((((,..,,,,.)))}}.}}}}))))}}})))})})}}}...}}}}|||||}|,,.||||,||{{{{{,,,..||,|.||.,..||||},,|||,}}}}}}.,.}}}},|}|||,|,.,}}.|}}}},}}))))}},}}|.||||,,}}.||}},}}}},}))).},))))}.,}))}}}}{(((((((((((..{.((((((((((((.....((((((((((.((((((,...,)))))).........,,...({{...,)}}..((.(((.....)).).}).(((((((((((((((.((((.{({{{..{(,,.((((..((.((((.......)))))).....)}}|...,||...})))..,,,.....))))..))))))))),..))))))..,,,...{(((....)))}{|||,.....}}}}......))))).)))))(((((((....((((((.,,{{...,}.,,.))))))..)))))))..}}}}}......{{(((((((..(((....,...........)))))))))))),|(((({{{((((((...(((((((((....{{{{......((((((((((((((((((.((((((,{((((,,,.......}}}|.{((..((((((((((,...(({{...,)}}|,,{{{.(((({{............,.,)))},,})))))))))))..}}}...,}.,|}}}}}{{{{{|||,,...||||},,,{(((((((((,..,,,,.{{((((((({,{(((({..((((((.......))))))..}.))))}}}}....({{,....,}))((((....))))...{((.(((((((......)))))))))).||||{{.,,,,))}}},..|||{{{|,,,,,}))))})}}})))))}})))}}}}},.......,,(((((,({((((,((((((((((((((.((((((...)))))).)}....{{((((,,((((.{((({.,,(((.{..,,..(((((.(((((.......)))))))))),,..(((....))),,((((((...}))))).}}.,.}}}},))))))))))))))}|,..((((((((((((((((.((.(((.{....).))))).)))).)))))))))))),,((((.((((.........)))).)))).,....,,.....((((((.{{......}})))))))))))))))))}})))),)}}}),},,..}))))((((((.((((((.((((.....((((((((.........))))))))..)))).)),}))).)))))))))))))))))).,,.....},...{((((..((((,,(((,.{,({...,{,,,..,))),))),}}..,,}))))..))))}.))).)))))))))..})))))))))))).))))))))))))))))))))})))))))))))}..((((((((((((,,,,....(((({{{{{{{,....|{{,,......,.,}}},....}))}}}........)))))...{(((((((..,,..{|...},.,}..))))))))........,,..........}}}.))))))).,))))).....},})))).}),)))))).}})..))))..)))).)))))..,}{{{{|..((((((.((..((((((..((((((..{((((.........))))}))))))..))))))..))..))))))........,}}}.....})}))).
Back