Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001399876.1
Sequence Length
1372 nt
GC Content
0.5430
CUCCUCCCCGGACCCGCAGAGGCCUGGCAGCGCCGCGUUUGAGGAGGGUUCGUGUCAGGAAGUCAAGGCUGGAUGAUCGCUUAAGCCCAGGAGUUAAAGACCGGCCCGGACAACAAAGCGAGACCCCGUCUCUCCAGAAAAAGAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAAAUUAGCCGGGCGUGGUGGCGUACGCUUGUAGUCCCAUCUACUUAGGAGGCUGAGAGGCCUCUCAAUCCUCCCUCCAUGAUCUUCGCAUAGAGCACAGUACCCCUUCACACGGAGGACGCGAUGGCUCCCAAGAAACGCCCAGAAACCCAGAAGACCUCCGAGAUUGUAUUACGCCCCAGGAACAAGAGGAGCAGGAGUCCCCUGGAGCUGGAGCCCGAGGCCAAGAAGCUCUGUGCGAAGGGCUCCGGUCCUAGCAGAAGAUGUGACUCAGACUGCCUCUGGGUGGGGCUGGCUGGCCCACAGAUCCUGCCACCAUGCCGCAGCAUCGUCAGGACCCUCCACCAGCAUAAGCUGGGCAGAGCUUCCUGGCCAUCUGUCCAGCAGGGGCUCCAGCAGUCCUUUUUGCACACUCUGGAUUCUUACCGGAUAUUACAAAAGGCUGCCCCCUUUGACAGGAGGGCUACAUCCUUGGCGUGGCACCCAACUCACCCCAGCACCGUGGCUGUGGGUUCCAAAGGGGGAGAUAUCAUGCUCUGGAAUUUUGGCAUCAAGGACAAACCCACCUUCAUCAAAGGGGCAGCCUGGCAUCCUCGCUACAACCUCAUUGUUGUGGGCCGAUACCCAGAUCCUAAUUUCAAAAGUUGUACCCCUUAUGAAUUGAGGACGAUCGACGUGUUCGAUGGAAACUCAGGGAAGAUGAUGUGUCAGCUCUAUGACCCAGAAUCUUCUGGCAUCAGUUCGCUUAAUGAAUUCAAUCCCAUGGGGGACACGCUGGCCUCUGCAAUGGGUUACCACAUUCUCAUCUGGAGCCAGGAGGAAGCCAGGACACGGAAGUGAGAGACACUAAAGAAGGUGUGGGCCAGACAAGGCCUUGGAGCCCACACAUGGGAUCAAGUCCUGCAAGCAGAGGUGGCGAUUUGUUAAAGGGCCAAAAGUAUCCAAGGUUAGGGUUGGAGCAGGGGUGCUGGGACCUGGGGCACUGUGGGACUGGGACACUUUUAUGUUAAUGCUCUGGACUUGCCUCCAGAGACUGCUCCAGAGUUGGUGACACAGCUGUCCCAAGGGCCCCUCUGUAUCUAGCCUGGAACCAAGGUUAUCUUGGAACUAAAUGACUUUUCUCCUCUCAGUGGGUGGUAGCAGAGGGAUCAAGCAGUUAUUUGAUUUGUGCUCACUUUUGAUAUGGCCAAUAAAACCAUACCGACUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-499.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -524.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 451.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((..((((((((.(..((((.((((...)))).))))..)..))))))).)..)))).(((..((((((......((((........))))......))))))..)))........(((((...)))))..(((.............(((((.(((((((.....((((..((((((((.(.(((.(((..((((......))))...(((((.(((((....)))))..)))))(((.(((.......))).))).........(((((....)))))..)))))).).))......))))))...(((..(((((...(((.((.((.(((...((((((((..((((((((((.((((.(((((...((((((....(((((((.((((((((((((..(((((....))))).)).((.(((((.(((((((.....)))))))(.((((((.((((...........))))))).))).).))))).)).(((...))).(((((....))))))))))))))).))))).))..))))))))))))))).))..))))))).......(((((.......))))).........((((((((((.(((((.(((.(((.....((((((..(((.(((((.....((((((((......)))).))))......)))((((........)))).......)).)))))))))....))).)))...)))))))))))))))((((((((.(((.(((((((((((..((((((.(((.((....((((...((((.(((........))).))))...))))(.(((((.....))))).)........(((((((..((.((((......)))).))..))))))))).))).)))))).))))))......((((....))))..(((..((((((((..((((((.(((...(((((((((...((.((......)).))...))))..))))).(((((......)))))(((((......)))))))))))))).....(((((...)))))....)))))))).)))...........((((............))))..))))).))).)))))))).)..))))))))...))).)))).)))..)))))..)))....(((((((......))))))).....(((((.(((((..(((.((..((((...))))..)).)))..)))))))))).(((((.....)))))..)))).....))))))))))))...(((((..((((.(..(((((((......)))))))).)))))))))(((.(((((.........))))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((,.,(((((((,(.,{{((.{(((...)))),))))}.}}.)))}}||,|..}|}|.(((..((((((.,,,,,((((...,...,|}}}....,,)}))))..}}}......,,|{|{{,,.)))))||,...............||{{(,(((((((((,,,{{((..((((((((.({(,{.(((..((((......))))...(((((.(((((....)))))..))))){{{.{((.......}}}.))},........(((((....)))))..))),}}})},)}.....}))))).,...,,,{({,{..,({{.{{.{{.{,{...(((((({{..({((((((((.{((({({{(({{.(((((({{{{,,{((((.(({{{{||{{||..,||||}}}}))})),)|.,,.,,{|{,||||{{,,,.,,))))}})|}||||||.(((({|,{{{,{{..|||||||{||,,|,|}}},||||(((..,||,.(((((....)))))}}})))}})),))))}.}|,||}}}))))|||||||,||,,}||||||{{.....(((((.......))))).....}}}}|||||||(((((((((.(((.(((.....(((((((.(((,,.,||.....((((((((......)))).)))),{{{.{{,||((,...,}.}.)),)}}}....))}),)))))))....))).)))...)))))))))}}}|||(((,((((,{({.(((({{...{}|||||{{{{..,.,.|,{{{{......,,...,{,{((.{((({{(((..{((((..(.(((((.....))))).)...)))),(((((((..((.((((......)))).))..)))))))((....{(((({.....}))))}....}})))))))))}},{({{((((((({.,(((({{.{{,...{|||||{{|,,,||,||,,,,.,)),)).{,|}},.}))}}}.(((((......)))))(((((......))))))))))))),....,{((({...)))))},..)))}}))))))))))))}....}))))}......,{|||{|{{,||}}||.{|}{|||||,||{|{{||||||||,..|||.},}}.}|||,},,,,..}},...,(((((((......)))))))..,}}|||||{((((,..,,,}||}}||||}..),))}})),)}).,)))))))))).{{{{||...})))))..}},,.,..,)))))))))))).,|}|||,,.{{{{.|,,|||||{,,,,...}))))))).)}}}}})}.{{{.(((((.........))))).)}},,,.
Back