Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001399878.1
Sequence Length
1623 nt
GC Content
0.5404
GGUUUGAACAAGCCCUGGGCAUGUUUGGCGGGAAGUUGGCUUAGCUCGGCUACCUGUGGCCCCGCAGUUUUGUAGUCCCCGCCUUGUUUCUCCCCAGAGGCCUCUCAAUCCUCCCUCCAUGAUCUUCGCAUAGAGCACAGUACCCCUUCACACGGAGGACGCGAUGGCUCCCAAGAAACGCCCAGAAACCCAGAAGACCUCCGAGAUUGUAUUACGCCCCAGGAACAAGAGGAGCAGGAGUCCCCUGGAGCUGGAGCCCGAGGCCAAGAAGCUCUGUGCGAAGGGCUCCGGUCCUAGCAGAAGAUGUGACUCAGACUGCCUCUGGGUGGGGCUGGCUGGCCCACAGAUCCUGCCACCAUGCCGCAGCAUCGUCAGGACCCUCCACCAGCAUAAGCUGGGCAGAGCUUCCUGGCCAUCUGUCCAGCAGAUUGGAGCUGGAGGGAGCAUCACUGGGCUGAAGUUUAACCCUCUCAAUACCAACCAGUUUUACGCCUCCUCAAUGGAGGGAACAACUAGGCUGCAAGACUUUAAAGGCAACAUUCUACGAGUUUUUGCCAGCUCAGACACCAUCAACAUCUGGUUUUGUAGCCUGGAUGUGUCUGCUAGUAGCCGAAUGGUGGUCACAGGAGACAACGUGGGGAACGUGAUCCUGCUGAACAUGGACGGCAAAGAGCUUUGGAAUCUCAGAAUGCACAAAAAGAAAGUGACGCAUGUGGCCCUGAACCCAUGCUGUGAUUGGUUCCUGGCCACAGCCUCCGUAGAUCAAACAGUGAAAAUUUGGGACCUGCGCCAGGUUAGAGGGAAAGCCAGCUUCCUCUACUCGCUGCCGCACAGGCAUCCUGUCAACGCAGCUUGUUUCAGUCCCGAUGGAGCCCGGCUCCUGACCACGGACCAGAAGAGCGAGAUCCGAGUUUACUCUGCUUCCCAGUGGGACUGCCCCCUGGGCCUGAUCCCGCACCCUCACCGUCACUUCCAGCACCUCACACCCAUCAAGGCAGCCUGGCAUCCUCGCUACAACCUCAUUGUUGUGGGCCGAUACCCAGAUCCUAAUUUCAAAAGUUGUACCCCUUAUGAAUUGAGGACGAUCGACGUGUUCGAUGGAAACUCAGGGAAGAUGAUGUGUCAGCUCUAUGACCCAGAAUCUUCUGGCAUCAGUUCGCUUAAUGAAUUCAAUCCCAUGGGGGACACGCUGGCCUCUGCAAUGGGUUACCACAUUCUCAUCUGGAGCCAGGAGGAAGCCAGGACACGGAAGUGAGAGACACUAAAGAAGGUGUGGGCCAGACAAGGCCUUGGAGCCCACACAUGGGAUCAAGUCCUGCAAGCAGAGGUGGCGAUUUGUUAAAGGGCCAAAAGUAUCCAAGGUUAGGGUUGGAGCAGGGGUGCUGGGACCUGGGGCACUGUGGGACUGGGACACUUUUAUGUUAAUGCUCUGGACUUGCCUCCAGAGACUGCUCCAGAGUUGGUGACACAGCUGUCCCAAGGGCCCCUCUGUAUCUAGCCUGGAACCAAGGUUAUCUUGGAACUAAAUGACUUUUCUCCUCUCAGUGGGUGGUAGCAGAGGGAUCAAGCAGUUAUUUGAUUUGUGCUCACUUUUGAUAUGGCCAAUAAAACCAUACCGACUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-581.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -611.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 502.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((......((((((..(((((((((((((((((((((...)).)))))..(((((....)))))........(((((((.(((((((((((((..(((..((......(((((((((.......((.((((((........(((((....)))))..(.((((.(((((.......((((((....((((..(((((((....((((....(......)..))))..)))).....)))..))))..)))).))..(((((((.((((((((((((..(((((....))))).)).((.(((((.(((((((.....)))))))(.((((((.((((...........))))))).))).).))))).)).(((...))).(((((....))))))))))))))).))))).))..((((((........))))))))))))))).).(((.(((...))).)))...............)))))).)).......)))))))))(((.((((((((((((((......(((((.((((...))))..)))))....((((...........)))))))))))))))))).))).......))..)))...))).)).....)))))))).)))))))......))))))))))))))..)))((((....)))).....((((((.(((((((....(((((((((.(((((((..(((((.((......)).)))))..)))))))))..(((....(((.....))).....)))((((((...))))))(((((((........)))))))....(((((...(((((...)))))....))))).(((((..(((((...(((((...)))))..(((((...(((..((((.((((...(((((..((((((((....((((((((((((...)))).((((((((....(((....((((((((....(((...........)))...((((((.(((((.........((((((..((((((.(((.((....((((...((((.(((........))).))))...))))(.(((((.....))))).)........(((((((..((.((((......)))).))..))))))))).))).)))))).))))))......((((....))))....(((((.((((..(((((..........))))).)))))))))))))).))))))....)))))))))))............((((((((....(((....)))..)))))))).)))))))))))))))))))))))).((((.............))))......((((.(((((((..((.((.((((((.(((((((((((((((..(((.........))).............(((((((......)))))))..))))))))(((((......)))))))))).)).)))))))).))))))))))))).(((((.....)))))........))))).))))))))...))))))))......))))).))))))))))))..)))))))....))))))...))).....)))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({(({{....(((((({{{{{{{{{(((((({{(((({{..,}},,||||{{(((((....)))))....}}}}|||||||,,{{{{{{{,||||}.|||..,|},,.,|{{{{{(({,...{{{{{{{{{((((.,.,....(((((....|||||..,,,.((({(,,........{{((((....((((..{{||(((....{({(....{.{{,..,,..,,|,,|}||..|||))}..)))).,||||,||{,..}|||,.{,.}}))))})),,})||||||||||},.{({{.,,,{{{.{{(((({.....)))))))|}|||{|{.{||{,|,||,,{,,,|||||||,||,,|{|,||.(((((((..(((..(((((....)))))...)))..))))))),})))}||,{||,}}}}}}})))||}}|}}},,,.,{{(({.{{,.,.,...,,,........,},.}}})},,,,..{{{{{....,)))))},(((.((((((((((((((......(((((.((((...))))..)))))....((((...........)))))))))))))))))).))),,|,|{{,,..|||,..|,|{|},{{{{|||}}}}|,||}}}},))}}..)))))}))),)))}..)))}...,|||{{(({..,,||||,..{({(,......,{|||{{((.(((((((..(((((.((......)).)))))..)))))))||{{{(((,{.(({...,,|,....,|||||{{|||,,.})))}{(((((((........)))))))),,,(((((,{.(((((...)))))....))))).||||,,.|||||},.(((((...))))),,||,||}}}|,,,.{{{{.{{{{,,,|{{||..(((((((({{{{(,(((,,,,|||,}})))}{((,,(((({{{{,((....((((((((....,,,.....{......))..,((((((.(((((.{{(((((......))))}||{,.,...,,,.,|,,......||...,{,{({.{((({{(((..{((((..(.(((((.....))))).)...)))),(((((((..((.((((......)))).))..)))))))((....{(((({.....}))))}....}})))))))))}},.(((({{((({..(((((..........))))).}))))))))))))).)))))).,..)))))))),,)........,,.)|||||||,}}}.,.{{{.{|||{.,||||,,,.}))),)))))})))},)))))))).|(({,,|||,,..,,}.))))...,,.(((,,(((((((..((.((.((((((.(((((((((((((((..{{{.......,,||,.....,,,,...,(((((((......)))))))..))))))))(((((......)))))))))),,).)))))))).)}))))))))))).(((((|...,)))))........))))),)))))))),..))))))))}}},}}))|{{{{{|..,...))))}))))))))),,,}|||.{{{||,........))}}}.,,,....
Back