Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400648.1
Sequence Length
2770 nt
GC Content
0.4274
CUGUUUCACCUUGUGUCUGAGCUGGUCUGAAGGCUGGUUGUUCAGACUGAGCUUCCUGCCUGCCUGUACCCCGCCAACAGCUUCAGAAGAAGGAGCAGCCCCUGGGUGCGUCCACUUUCUGGGCACGUGAGGUUGGGCCUUGGCCGCCUGAGCCCUUGAGUUGGUCACUUGAACCUUGGGAAUAUUGAGAUUAUAUUCUCCUGCCUUUUAAAAAGAUGGACUUCAGCAGAAAUCUUUAUGAUAUUGGGGAACAACUGGACAGUGAAGAUCUGGCCUCCCUCAAGUUCCUGAGCCUGGACUACAUUCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCAUCAAGGAUGCCUUGAUGUUAUUCCAGAGACUCCAGGAAAAGAGAAUGUUGGAGGAAAGCAAUCUGUCCUUCCUGAAGGAGCUGCUCUUCCGAAUUAAUAGACUGGAUUUGCUGAUUACCUACCUAAACACUAGAAAGGAGGAGAUGGAAAGGGAACUUCAGACACCAGGCAGGGCUCAAAUUUCUGCCUACAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGAGAGAAGCAGCAGCCUUGAAGGAAGUCCUGAUGAAUUUUCAAAUGGGGAGGAGUUGUGUGGGGUAAUGACAAUCUCGGACUCUCCAAGAGAACAGGAUAGUGAAUCACAGACUUUGGACAAAGUUUACCAAAUGAAAAGCAAACCUCGGGGAUACUGUCUGAUCAUCAACAAUCACAAUUUUGCAAAAGCACGGGAGAAAGUGCCCAAACUUCACAGCAUUAGGGACAGGAAUGGAACACACUUGGAUGCAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-877.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -929.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 674.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((((((...(((...((((.((..(((((...)))))..)).)))).....((((((((..(((((((((((((..((((((.((...)).))).)))..)))))((((...(.((((..(((....))))))).)))))(((((((.(((..(((((.(..((((((((.......))))))))..)...)))))...))).))).))))(((...((((((......))))))....)))(((((.......((..((((((((...((((((((((((((((...((((.....))))...))....((((((((...))))))))....))))).).)).))))))..)))......)))))..))....)))))((((((..(((.((((((((((............((((.(((((......(((..(((.....)))..))).(((((((.(((((((((((.((((..(((((((((.......))))))))....((((.(((((......(((((....))))))))))))))......)..))))...))))))))))).))........)))))....)))))))))(((....))).....((((((((.(((((((((.(((.....(((((.((.((((......))))...((((.(((.((......))...))).))))........)).))).)).......))).....)))))))))))))))))......)))).)))))))))..))))))((((.((..........)).))))))))))))))))))))..)))...)))))))((((...)))))))))...)))))..))))..((((((.((((..(((...((((((((((((((((((((.((.(((.((((........)))).......(((((((((.((((((.......(((((.....(((((((..((..((((.((((.(((...((((((((((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.(((........)))..((((((((...(((.........)))))))))))...((((.......))))..)))))...)))))))(((((...)))))...(((((((......(((((((((((...((....)))))))..((((((((....)))))))).........)))))).((((......))))..((((...((((((((..((((((((.((((.(((.((..((((.....))))))))).)))).)...(((((.((..((..(((((..((((((.(.........((((((((..((.((....)).))..))))).)))))))))).)))))...))..)).)))))......(((((.....))))).((((((((.((..((((.....)))))).))))).))))))))))..(((.((((((.(((...))).)))))))))..((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))....))))))))))))......)))))))........((((.......))))......))).)))).))))..))..))))))).....)))))((((((((((((...((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).))))))))))))...........))))))))))))(((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))).)))))).......(((....((.....(((..(......)..))).....))..)))..........))).))))))..))).)))))))))))......((((....))))))))).)))))).(((.....((((......))))....))).(((((((........)))))))))).)))).)))))).............(((.((((......)))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{({{,,.,{((,(,((((((({((({.,.((((.((..(((({...}))))..)).))))....}.}},..,,...}))),}))}},{|||||||||{(({.{(({|,({(((((({..((((...,,(((({.(({..,{||||}||.|}}}}.,})).}))}),,,,.})))),|||,{{{,.,,,,,,|}||||||{|,|||,,...,,||.|||,}.(((((((,.,((({,,{{{{.(({(({{,,..,.((((((.......((..((((((((...(((((((((((((({{...((((.....))))...,}....((((((((...))))))))....))))).).))}})))))..)})......)))))..))....))))))|{||,.,|||||.,,||||||||,,,,.,,}}..,}}}}}}))}}}...||{.,{{......,,}..)))))||||{{{((((((,{{{{|((({.{{((((((((.......,})})))).((((,(((((.((.{(({...((({{,{{{{|||||.(((((........)))))}}}},,)))))}{((((...(((....)))...))))},))))}}))})}))))}.)))}.,,,{{{(.,(((((({{,,|{{,{((((({,{,{{{{,.,,,.}}||,,{{{((((.((((...,{{,|.{{{{{{,,...|{.....}}..,|((((({.....{({.......)))....))))))}..|,,.,,,)}}|)))})))..)))),)}}},,,..,....))}..(((((((((({.((.((((((.......)))))).)).|||,.,|||((((((((((({.((((((((....(((({{{((((.......,.....,...(((((((((((,{{({(({{......,,|,,.......||.{{(((((((((.....,,.}}}..,,|{{.(((((..(((((,(((..{{.....|||}||{,,,,.((((((((((.{.(((....((((....})))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((({{{..((((((((,,,,,{....,},..,|.}}}})))},,,......,,))),.))),...))))))))..{{(((((...)))))...}}))))))))...{{{{{{{{|||...{|..,})})))))..((((((((....))))))))..,,.....)))))),,))))))))))}}}..,,,...)))))))}..,((((((((.((((.(((.({..((((.....))))}}))).)))).}...(((((.((..((,.(((((..((((((.{,......,.((((((((..((.((....)).))..))))).))),)))))).))))).}.))..)).)))))....,.(((((.....))))).{{((((((.({..((((.....)))))).)))))},)))))))))}}})}}).)))))))))))..,{{...{(({...((((((...((..((..(((....)))..))..}}))))))...}))}...},|((((.........))))}......{{{{.......)}},.)))))))))).....))))..))))..,)))))))))))}{{{{{((((((((,,,((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}{(((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))}}}))))))).,}}}.},,,},)))))))}.}},}})))}}}}.||},,,.,||,{{||...........,|,....))},,...,)})))))))),,....((((....)))).}})))))))}}})}||||||{{{{...,,,|,,,..,,|{{{,,(((.{{.{{{...,,,,})))}}.}}}..}}}..,,..,.,||,,,,.}},.,,,,,,,,,},,)}},,,,.
Back