Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001400656.1

Sequence Length

2701 nt

GC Content

0.4187

GAGUCAUCUCUGUUCUGCUUUAGGAGUAAAGUUUACCCUGCAGUUCCUUCUGUGGUGAAGUUUUCUCUUUCUCUCGGAGACCAGAUUCUGCCUUUCUGCUGGAGGGAAGUGUUUUCACAGAUUAUAUUCUCCUGCCUUUUAAAAAGAUGGACUUCAGCAGAAAUCUUUAUGAUAUUGGGGAACAACUGGACAGUGAAGAUCUGGCCUCCCUCAAGUUCCUGAGCCUGGACUACAUUCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCAUCAAGGAUGCCUUGAUGUUAUUCCAGAGACUCCAGGAAAAGAGAAUGUUGGAGGAAAGCAAUCUGUCCUUCCUGAAGGAGCUGCUCUUCCGAAUUAAUAGACUGGAUUUGCUGAUUACCUACCUAAACACUAGAAAGGAGGAGAUGGAAAGGGAACUUCAGACACCAGGCAGGGCUCAAAUUUCUGCCUACAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGAGAGAAGCAGCAGCCUUGAAGGAAGUCCUGAUGAAUUUUCAAAUGGGGAGGAGUUGUGUGGGGUAAUGACAAUCUCGGACUCUCCAAGAGAACAGGAUAGUGAAUCACAGACUUUGGACAAAGUUUACCAAAUGAAAAGCAAACCUCGGGGAUACUGUCUGAUCAUCAACAAUCACAAUUUUGCAAAAGCACGGGAGAAAGUGCCCAAACUUCACAGCAUUAGGGACAGGAAUGGAACACACUUGGAUGCAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-851.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -902.81

Frequency: 0.0000

Diversity: 627.40

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((....)))(((((((....(((((.(((.((((((..((((......)))))))))).))).)))))......((((.((((((((((((((((((((((((((((((((..((...))..))))).)))..((.(((....))).)).))))))))))))((((((......))))))......)).)))....))))))).))))......((((((((((((((((...((((.....))))...))....((((((((...))))))))....))))).).)).)))))).((((((((((((((((.(((......(((((....))))))))..)))))).........((((((((.((((.(((.(((.(((...........)))))).)))((..(((((((..(((.....((((((((.......)))))))).((((.(((((.((.((((...(((((((((((((((.(((((........)))))))))..))))))(((((...(((....)))...))))).)))))))))))))))).)))).......(((((((....)))))))(.(((((((((((.((((((((......((((.((((...(((.(.((((((.....((..........(((((((.....(((.......)))....)))))))..)).....))).)))))))..)))).))))((((((((((((((((((((.((((..((.((((((.......)))))).)).)))).......((((((.((((..........(((((((..((((.((..................))))))..)))))))..........)))).)))))).....((((........))))......(((.(((((..(((((((((..((.....))))))......(((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((((((..((((((((((((...)))))).(((.....)))..........)))))).)))....))))))))..(((((((...)))))...))))))))))...(((((((((((...((....)))))))..((((((((....)))))))).........))))))..))))))))))))).........((((((((..((((.....((((.(((.((..((((.....))))))))).))))..))))....)))))))).)))))))).)))...)))))))))((((((((..((.((....)).))..))))).))))))))).)).))))))))).)).)......))).))))))).))....((((....)))).....)))).)))))))).....((.((((..(((((((((((((((...((((((((((..((((...((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))...)))).....(((((((((((((.....(((((((..(((....((((.((....)).))))......)))..).))).))).....)))))))..(((((((((((((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))).............)))))))))))))((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))).....((.....))....))))))))))...)))))......((..(((...........)))....))....(((((....(.((......)).)....))))))))))))))).))))))...((((......)))).....(((..(((.((.(((........))))).)))..)))...))))))))))..)))))))..................

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,,,.|||(((((((,{{,{((((,{((.((((((..((((......|}}}}}}|||,}}|,|||||{{{{{.((((.(((((((((((({((((((((((((({{((((..({...}}..))})).)}}..((,((,...,))}.)).)))))))))))}((((((......}))))}......)).)))....))))))).)))),,,...((((((((((((((,{...((((.....))))...,}....((((((((...))))))))....))))).).))}}))))}.,}}}||,,{{((((({.{({,..|,.|||||,..,}}||}|}}}}}}}||||,.......,,,,}}},|,}}},,|,.||{.||||.....}}},.|))}||{|{{{{(({(((,{{{{{((({.{{((((((((,......,}}})))).((((.{((((.((.((((...(((((,(((({{{{{.(((((........)))))}}}}..}))))|(((((...(((....)))...))))),)))))))))))))))}.))))..,.(({{..((((((({..{{{,{((((((,{,({{{,.,,,.}}||{{{{,((((.((((...(((.(.((((((.....((.....,,...(((((((.....(((.......)))....)))))))..,,.....))},)))})))..)))).)))).,,..,...,))}..(((((((((({.((.((((((.......)))))).)).||||.,|}|((((((((((({.((((((((....(((({{{((((.......,.....,...(((((((((((,{{({(({{........|,}.......||.{{(((((((((.....,,.}}}..,,|{{.(((((..(((((,(((..{{.....||||||{,,,,.((((((((((.{.(((....((((....})))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((({{{..((((((((,,,,,{....,},..,|.}}}})))},,,......,,))),.))),...))))))))..{{(((((...)))))...}}))))))))...{{{{{{{{|||...{{..,})})))))..((((((((....))))))))..,,.....)))))),,))))))))))}}}..,,,...)))))))}..,((((((((.((((.(((.({..((((.....))))}}))).)))).}...(((((.((..((,.(((((..((((((.{,......,.((((((((..((.((....)).))..))))).))),)))))).))))).}.))..)).)))))....,.(((((.....))))).{{((((((.({..((((.....)))))).)))))},)))))))))}}})}}}.)))))))))))..{{{...{{{{...((((((...((..((..(((....)))..))..}}))))))...}))}...},|((((.........))))}......{{{{.......)}},.)))))))))).....))))..))))..,)))))))))))}{{{{{((((((((,,,((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}{(((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))}}})))))))..}}}.},..,})))))))).}}.}}))))))).,,}},,.,||{{{|{...........||.....)),,,...,)}})))))))}}....{(((....))))..,))))))))))))|||||{((({..,,,,|}}}..,||{{{,,{{{,{{.{|{...,,,}})))}}.}}}..}}}..,,,.,,,||}},.,}}}}}},,........}}},,,..