Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400658.1
Sequence Length
2656 nt
GC Content
0.4187
GAGUCAUCUCUGUUCUGCUUUAGGAGUAAAGUUUACCCUGCAGUUCCUUCUGUGGUGAAGUUUUCUCUUUCUCUCGGAGACCAGAUUCUGCCUUUCUGCUGGAGGGAAGUGUUUUCACAGAUUAUAUUCUCCUGCCUUUUAAAAAGAUGGACUUCAGCAGAAAUCUUUAUGAUAUUGGGGAACAACUGGACAGUGAAGAUCUGGCCUCCCUCAAGUUCCUGAGCCUGGACUACAUUCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCAUCAAGGAUGCCUUGAUGUUAUUCCAGAGACUCCAGGAAAAGAGAAUGUUGGAGGAAAGCAAUCUGUCCUUCCUGAAGGAGCUGCUCUUCCGAAUUAAUAGACUGGAUUUGCUGAUUACCUACCUAAACACUAGAAAGGAGGAGAUGGAAAGGGAACUUCAGACACCAGGCAGGGCUCAAAUUUCUGCCUACAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGGGGAGGAGUUGUGUGGGGUAAUGACAAUCUCGGACUCUCCAAGAGAACAGGAUAGUGAAUCACAGACUUUGGACAAAGUUUACCAAAUGAAAAGCAAACCUCGGGGAUACUGUCUGAUCAUCAACAAUCACAAUUUUGCAAAAGCACGGGAGAAAGUGCCCAAACUUCACAGCAUUAGGGACAGGAAUGGAACACACUUGGAUGCAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-838.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -889.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 638.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((....)))(((((((....(((((.(((.((((((..((((......)))))))))).))).)))))......((((.((((((((((((((((((((((((((((((((..((...))..))))).)))..((.(((....))).)).))))))))))))((((((......))))))......)).)))....))))))).))))......((((((((((((((((...((((.....))))...))....((((((((...))))))))....))))).).)).)))))).((((((((((((((((.((....)).)))))).(((((((((.((...((((...........))))...))(.(((.(((.(((...........)))))).))).)(((((((.((((((((((((((((((((..........)))).((((.(((((.((.((((...(((((((((((((((.(((((........)))))))))..))))))(((((...(((....)))...))))).)))))))))))))))).))))....((((..((((((((..(.(((((((((.(((...((((((.(((.((((.((....((....)).(((..(((((....((((.....(((((((((.....(((.......)))....))))))...))).....))))....)))))..)))....)).)))).)))....(((((((((((((.((((((((....((((((.((((.................((((((((((((..(((.........(((........))).(((((((((((........)))....(((.(((((..(((((((((..((.....))))))......(((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((((((..((((((((((((...)))))).(((.....)))..........)))))).)))....))))))))..(((((((...)))))...))))))))))...(((((((((((...((....)))))))..((((((((....)))))))).........))))))..)))))))))))))........))))))))...((((((((.((((.(((.((..((((.....))))))))).)))).)...(((((.((..((..(((((..((((((.(.........((((((((..((.((....)).))..))))).)))))))))).)))))...))..)).)))))......(((((.....))))).((((((((.((..((((.....)))))).))))).)))))))))).)))..).)))))))))))........((((...((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))...)))).....(((((.........)))))......((((.......)))).)))))))))).....))))..))))..)))))))))))))(((((((((((((...((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).))))))))))))...........)))))))))))))((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))..))))))............)))))))))).)).))))))))).))))...)))))))............((.....))......)).))))))))))))))((((....))))..)))))))))...(((....((((......))))..)))(((..(((.((.(((........))))).)))..)))...))))))))))..)))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((,,,.|||(((((((.{{,{((((,(((.((((((..((((......)))}))}}}}.}}|.|||||{{{{{.((((.(((((((((((({((((((((((((({{((((..({...}}..})})).)}}..((,((,...,))}.)).)))))))))))}((((((......}))))}......)).)))....))))))).)))),,,...((((((((((((((,{...((((.....))))...,}....((((((((...))))))))....))))).).))}}))))}.,}}}||,,{{{(((({.|({,..|,.|||||,..,}}|}}|}}}}}}}||||,.......,,,,}}},,,}}},,|,.|||.||||.....}}},,|))}||{|{{{{(({(((,{{{{{((({.{{((((((((,......,}}})))).((((.{((((.((.((((...(((((,(((({{{({.(((((........)))))})}}..}))))|(((((...(((....)))...))))),)))))))))))))))}.))))..,.((({..((((((({..,{{{(((((((,{,||||{{{{{{||||..,{{,{{,.|,||....,|,(((,,(((((....((((.....(((((((((.....(((.......)))....))))))}..|)|,....))))..,.)))))..}}}..}}})}}))}})}},||}{((((((((((({.((((((((....(((({{{((((.......,.....,...(((((((((((.{{({(({{........|}}.......||,{{((((({(((.....,,.)}}..,,|({.(((((..((((({(((..{{.....||||||{,,,,.((((((((((.{.(((....((((....})))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((({{{..((((((((,,,,,{....,},..,|.}}}})))},,,......,,))),.))),...))))))))..{{(((((...)))))...}}))))))))...{({{{{{{{{{...{{..,})})))))..((((((((....))))))))..,,.....)))))),,))))))))))}}}..,,,...))))))}}..,((((((((.((((.(((.({..((((.....))))}}))).)))).}...(((((.((..((,.(((((..((((((.{,......,.((((((((..((.((....)).))..))))).))),)))))).))))).}.))..)).)))))....,.(((((.....))))).{{((((((.({..((((.....)))))).)))))},)))))))))}}}}},}.)))))))))))..{,|...{{{{...((((((...{{..((..(((....)))..))..}}))))))...}}}}...,,|((((.........))))}......{{((.......}}},.}))))))))).....))))..))))..,)))))))))))){||{{((((((((,,,((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).))))))))))))),.)))))),......||....,)))))))).}}.}}))))))).},}},,.,|||{{|{...........||.....)),,,...,)}})))))))}}....{(((....)))).,,))))))))))))|,|||{((({..,,,,|}}}..,||{{{,,{{{,{{.,|{...,,,}})))}}.}}}..}}}..,,,.,,,||}}..,}}}}}},,........}}},,,..
Back