Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400663.1
Sequence Length
2793 nt
GC Content
0.4296
CUGUUUCACCUUGUGUCUGAGCUGGUCUGAAGGCUGGUUGUUCAGACUGAGCUUCCUGCCUGCCUGUACCCCGCCAACAGCUUCAGAAGAAGGUGACUGGUGGCUGCCUGAGGAAUACCAGUGGGCAAGAGAAUUAGCAUUUCUGGAGCAUCUGCUGUCUGAGCAGCCCCUGGGUGCGUCCACUUUCUGGGCACGUGAGGUUGGGCCUUGGCCGCCUGAGCCCUUGAGUUGGUCACUUGAACCUUGGGAAUAUUGAGAUUAUAUUCUCCUGCCUUUUAAAAAGAUGGACUUCAGCAGAAAUCUUUAUGAUAUUGGGGAACAACUGGACAGUGAAGAUCUGGCCUCCCUCAAGUUCCUGAGCCUGGACUACAUUCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCAUCAAGGAUGCCUUGAUGUUAUUCCAGAGACUCCAGGAAAAGAGAAUGUUGGAGGAAAGCAAUCUGUCCUUCCUGAAGGAGCUGCUCUUCCGAAUUAAUAGACUGGAUUUGCUGAUUACCUACCUAAACACUAGAAAGGAGGAGAUGGAAAGGGAACUUCAGACACCAGGCAGGGCUCAAAUUUCUGCCUACAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGGGGAGGAGUUGUGUGGGGUAAUGACAAUCUCGGACUCUCCAAGAGAACAGGAUAGUGAAUCACAGACUUUGGACAAAGUUUACCAAAUGAAAAGCAAACCUCGGGGAUACUGUCUGAUCAUCAACAAUCACAAUUUUGCAAAAGCACGGGAGAAAGUGCCCAAACUUCACAGCAUUAGGGACAGGAAUGGAACACACUUGGAUGCAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-893.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -946.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 586.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((......(((((((((((.((((...((((.((..(((((...)))))..)).))))....).)))((((((.((.((((....)))).))..)))))).((((((.((....))..))))))....((((((((..((((((((....)))....((((((((((((.....(((((((((..(((((...((((((.((...((((((.((.(.....).)).)))))).)).))))))((((((((.......)))))))).))))).....)))).))))).....)))..(((.....))).((.(((((.....((((((.......((..((((((((...((((((((((((((((...((((.....))))...))....((((((((...))))))))....))))).).)).))))))..)))......)))))..))....))))))))))).)))).)))))))...............)))))..)))))))).(((..(((.....)))..))).(((((((.((((((......((((.(((((((((((..........)))).((((.(((((.((.((((...(((((((((((((((.(((((........)))))))))..))))))(((((...(((....)))...))))).)))))))))))))))).))))..(.((((..((((((((..(.(((((((((.(((...((((((.(((.((((.((....((....)).(((..(((((....((((.....(((((((((.....(((.......)))....))))))...))).....))))....)))))..)))....)).)))).)))....(((((((((((((.((((((((....((((((.((((.................((((((((((((..(((.........(((........))).(((((((((((........)))....(((.(((((..(((((((((..((.....))))))......(((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((((((..((((((((((((...)))))).(((.....)))..........)))))).)))....))))))))..(((((((...)))))...))))))))))...(((((((((((...((....)))))))..((((((((....)))))))).........))))))..)))))))))))))........))))))))...((((((((.((((.(((.((..((((.....))))))))).)))).)...(((((.((..((..(((((..((((((.(.........((((((((..((.((....)).))..))))).)))))))))).)))))...))..)).)))))......(((((.....))))).((((((((.((..((((.....)))))).))))).)))))))))).)))..).)))))))))))........((((...((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))...)))).....(((((.........)))))......((((.......)))).)))))))))).....))))..))))..)))))))))))))(((((((((((((...((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).))))))))))))...........)))))))))))))((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))..))))))............)))))))))).)).))))))))).....)))).)(((((..................)))))...))).)))).))))....((((....))))...)))))))))))))))))))))................(((..(((.((.(((........))))).)))..)))....)))......)))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{{(((((((.(.((((((((({{,.,.((((.((..(((({...}))))..)).))))....}.,,,..,....})))}}))))).))))))}((((((..({(({{.||..,,)),,}|||}}{(..((((((((..((((({((,,{{|||{,..{{|||||,{{,|||||}(((((((((..(((({...((((((.((...((((({.{{.{|....}.)).)))))).}}.)))))}((((((((.......)))))))),})))).....}))).))))).,|}||||,.{((,,,,.}},.{(,(({{,.....((((((....,..{(..((((({((...(((((((((((((({{...((((.....))))...,}....((((((((...))))))))....))))).).))}})))))..)))......)))))..}},...))))))||}}}.}))),}}))))),,,,,..........)))))..))))))))..)}.,,,...}}}}}}.,(({,((((((((((((((.{{{{{((((.{((((((((({.......,,,)))).((((.(((((.((.((((...((((({(((({((((.(((((........)))))}))}..)))))|(((((...(((....)))...))))).)))))))))))))))}.))))..,.((((..((((((((..,{(,(((((((,,,{|||((((({|{|{..,{{,{{,.|,||....,,,(((,,(((((....((((.....(((((((((.....(((.......)))....))))))}..|}|,....))))..,.))))}..}},..}}})}}))},)}},,|,((((((((((((,.((((((((....(((({{{((((.................(((((((((((,{{({(({{......,,|,,.......||.,{{((((((((.....,,.}}}...,|{{.(((((..(((((,(((..{{.....||}}||{,,,,.((((((((((.{.(((....((((....})))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((({{{..((((((((,,,,,{....,},..,|.}}}})))},,,......,,))),.))),...))))))))..{{(((((...)))))...}}))))))))...{{{{{{{{|||...{|..,})))))))..((((((((....))))))))..,,.....)))))),,))))))))))}}}..,,,...)))))))}..,((((((((.((((.(((.({..((((.....))))}}))).)))).}...(((((.((..((,.(((((..((((((.{,......,.((((((((..((.((....)).))..))))).))),)))))).))))).}.))..)).)))))....,.(((((.....))))).{{((((((.({..((((.....)))))).)))))},)))))))))})})}}).)))))))))))..,{{...{(((...((((((...((..((..(((....)))..))..)}))))))...}))}...},|((((.........))))}......{({{.......)}},.)))))))))).....))))..))))..})))))))))))){{{{(((((((((..,((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).))))))))))))),.)))))),......||....,)))))))).,}.})))))))).,,}},}.}|}|{(((...........|,.....))}},...})}}))))}))}}....((((....))))...))))))))))))),))},((({...,,,|}}}..,,,({{,,(((.{{.{{{....,,,,)))}}.))),,)}}..,},,,..,,,,,,.||,.,,,,......,,}},},,..
Back