Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400664.1
Sequence Length
2590 nt
GC Content
0.4170
AGACGUUUGCUCUUGUCUUAGAUGCUCAGAUGGUAGUGGAUAGGCCUGUGACGAAGGUGCUACCAUCGUGAGAGUAAGAUUAUAUUCUCCUGCCUUUUAAAAAGAUGGACUUCAGCAGAAAUCUUUAUGAUAUUGGGGAACAACUGGACAGUGAAGAUCUGGCCUCCCUCAAGUUCCUGAGCCUGGACUACAUUCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCAUCAAGGAUGCCUUGAUGUUAUUCCAGAGACUCCAGGAAAAGAGAAUGUUGGAGGAAAGCAAUCUGUCCUUCCUGAAGGAGCUGCUCUUCCGAAUUAAUAGACUGGAUUUGCUGAUUACCUACCUAAACACUAGAAAGGAGGAGAUGGAAAGGGAACUUCAGACACCAGGCAGGGCUCAAAUUUCUGCCUACAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGAAGCAGCAGCCUUGAAGGAAGUCCUGAUGAAUUUUCAAAUGACUUUGGACAAAGUUUACCAAAUGAAAAGCAAACCUCGGGGAUACUGUCUGAUCAUCAACAAUCACAAUUUUGCAAAAGCACGGGAGAAAGUGCCCAAACUUCACAGCAUUAGGGACAGGAAUGGAACACACUUGGAUGCAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-813.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -861.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 596.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((((((....(((((((((((((......((((.......))))))))))))).))))..)))))).....((((((.((((((........((...((((((((.(((.....))).((.(((((.....((((((.......((..((((((((...((((((((((((((((...((((.....))))...))....((((((((...))))))))....))))).).)).))))))..)))......)))))..))....))))))))))).))((((...))))((((...........))))))))))))...)).............)))))))))))).((.(((((.(((((((((...((((((((.......)))))))).((((.(((((.((.((((...(((((((((((((((.(((((........)))))))))..))))))(((((...(((....)))...))))).)))))))))))))))).)))).((((....))))...((((((........(((.((((((((((.(((...((((.(((.((......))...))).)))).............(((((((.....(((.......)))....))))))).....(((((((...(((((..((((((((((..((((((...((((((....)))))).......)))))).))....)))))..(((((((.(.(((((..............(((....))).(((........)))..........(((((.....((((..((.....))))))))))).(((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..)))))).).)))))).......((((((((...(((.........)))))))))))(((........)))))).))))).))))))).)))))))))).))))))..((((.((.(((((.......)))))...)).)))))))))).((((((((....))))))))...))))))))).))))).))....(((((((((....).)))))))).((((.....((((.(((.((..((((.....))))))))).))))..)))).....))))))))..(((((.(((((((..(((....((((((((..((.((....)).))..))))).)))((((((((.(((..(((.(((.((.....)).))).......)))...))).))))))))...((((.....)))).......((.((((..(((((((((((((((...((((((((((..((((...((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))...)))).....(((((((((((((.....(((((((..(((....((((.((....)).))))......)))..).))).))).....)))))))..(((((((((((((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))).............)))))))))))))((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))).....((.....))....))))))))))...)))))......((..(((...........)))....))....(((((....(.((......)).)....))))))))))))))).))))))...((((......)))).....(((..(((.((.(((........))))).)))..))))))..))))))).)))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(.{{(({{({{(((((....(((((((((((((......((((.......))))))))))))).))))..)))))}.....((((((.((((((....,,..((...((((((({.{((({{{{,,,.(({((((,.....((((((.......((..((((((((...(((((((((((((({{...((((.....))))...,}....((((((((...))))))))....))))).).))}})))))..)))......)))))..))....))))))||||,.,,||||.,,,)))}))}},,..,}}}...}))))))))))...})...}}........)))))))))))).(({(((((.(((((((((.,,((((((((.......}))))))).((((.(((((.((.((((...(((((,(((({{{({.(((((........)))))})}}..)))))}{((((...(((....)))...))))),))))))))))}))))}.)))),((((....}))|,,|((((((........(((.(((((((((,{(({...{{(({({(,((....,,}}.,||||,}},,.,,.....,,...(((((((.....(((.......)))....))))))).....(((((((...(((((.|,(((({{,{{..{{{{({...{{{{(({{..,,}}}}..,}},,}}}}}|,,...{,{{{|||.{({(((,,{,({{{{....,.........|({....|||,{{{.....,,,)}}....,.....(((((.{(,.,,(,..,,...,.,,))}|}}))).(((((({{((.{.(((....((((....))))..))).).)))))))))..}}}}}.,|,}}}}}},.,|,..((((((((...,,{.....,...,},)))))))).........,,,))))).))))).))))))).)))))))))).))))))..((((.{(.{((({.,...,.)))))...}}.)))))))))}.((((((((....))))))))..,))))))))).)))))})}....{(({{{{{|,...},))}}}}},.((((,{,{.((((.(((.{,..((((.....))))},))).)))).,}}}|,,,,.||}}}|}}|,((({{.(((((((..,,,....((((((((..((.((....)).))..))))).))){{||||{{.||||.{{{.{{|,{|,,,,.}}.}}|,,,|...,,},,,))).||||||}}...((((.....)))),,.,,,,|,{((((..((((((((((({({(,({(,((({|{{|,.|||{,..{{(({{...{{..||,.{{{....))).,||,.,|||||}|..,||}}.....(((((((((((((,....(((({((..(((....{(((.,.....,,.})))......)))..).))).)))....,))))))|{,(((((((({{{((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))).....{{,.,..}).,,,})}})))}},...|||||,.....{{.,{||.....,.....||,....)),,,,}.|}}}.})))),}.....|{((....)))},)))))))))).)))))}..|{{{{......}}})...,,(((..(((.{{.{{{........)))}}.)))..))),}}..))))))}.})}))..............,.......
Back