Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001400665.1

Sequence Length

2677 nt

GC Content

0.4247

GAGUCAUCUCUGUUCUGCUUUAGGAGUAAAGUUUACCCUGCAGUUCCUUCUGUGGUGAAGUUUUCUCUUUCUCUCGGAGACCAGAUUCUGCCUUUCUGCUGGAGGGAAGUGUUUUCACAGGUUCUCCUCCUUUUAUCUUUUGUGUUUUUUUUCAAGCCCUGCUGAAUUUGCUAGUCAACUCAACAGGAAGUGAGGCCAUGGAGGGAGGCAGAAGAGCCAGGGUGGUUAUUGAAAGUAAAAGAAACUUCUUCCUGGGAGCCUUUCCCACCCCCUUCCCUGCUGAGCACGUGGAGUUAGGCAGGUUAGGGGACUCGGAGACUGCGAUGGUGCCAGGAAAGGGUGGAGCGGAUUAUAUUCUCCUGCCUUUUAAAAAGAUGGACUUCAGCAGAAAUCUUUAUGAUAUUGGGGAACAACUGGACAGUGAAGAUCUGGCCUCCCUCAAGUUCCUGAGCCUGGACUACAUUCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCAUCAAGGAUGCCUUGAUGUUAUUCCAGAGACUCCAGGAAAAGAGAAUGUUGGAGGAAAGCAAUCUGUCCUUCCUGAAGGAGCUGCUCUUCCGAAUUAAUAGACUGGAUUUGCUGAUUACCUACCUAAACACUAGAAAGGAGGAGAUGGAAAGGGAACUUCAGACACCAGGCAGGGCUCAAAUUUCUGCCUACAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-868.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -918.55

Frequency: 0.0000

Diversity: 580.20

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.((((((.........(((((.(((.((((((..((((......)))))))))).))).))))).....))))))...)))))............(((((((((((....)))...))).)))))....(((..(((((((((.......(((((.(((((((....((((...((((((((.((.((((((((((.(((((((.......((((((.((((.((........))..))))...))))))..)))))))))).(((((..((((((.(((.......))).))))))..))))).........((((...(((.(((..(((((((((.(.(((......))))))))))))).......))))))...))))..((((((((....((.((......)).))..)))))))).))))))).))....((((((((((((((......(((.....)))((((((....((((((((...))))))))......(((.((.(((((........(((.((((((((.(((......(((((....))))))))..)))))))))))......))))).)).)))(((.(((.(((...........)))))).)))((((.(((.(((((((((...((((((((.......)))))))).((((.(((((.((.((((...(((((((((((((((.(((((........)))))))))..))))))(((((...(((....)))...))))).)))))))))))))))).)))).((((....))))...((((((........(((.((((((((((.(((.((((((.....((....))...((((((....(((..........(((((((.....(((.......)))....)))))))..(((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..)))....))))))((((.....))))..((((((...)))))).))))))........((((((..(((((....))))).)))))).)))))))))).))))))..((((.((.(((((.......)))))...)).)))))))))).((((((((....))))))))...))))))))).)))))))))))))((((((((....).))))))).)))))))...)))))))......((((.....))))..)))))))))))))))))))))).))....(((((.(((((((..(((....((((((((..((.((....)).))..))))).)))((((((((.(((..(((.(((.((.....)).))).......)))...))).))))))))...((((.....)))).......((.((((..(((((((((((((((...((((((((((..((((...((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))...)))).....(((((((((((((.....(((((((..(((....((((.((....)).))))......)))..).))).))).....)))))))..(((((((((((((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))).............)))))))))))))((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))).....((.....))....))))))))))...)))))......((..(((...........)))....))....(((((....(.((......)).)....))))))))))))))).))))))...((((......)))).....(((..(((.((.(((........))))).)))..))))))..))))))).)))))...)))))))))...)))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{({({.{((((,((({,...(((((.{((.((((((..((((......)))))))))).))}.))))).....,}}))}.}})}{(((((((((((.(.(((((((({((,...})),..))).)))))...........,.{,....,{(({...((((.(((.,{{,.....,},.))).))))...))))},,..),)))))))))))),||{{{,,,}}|||.{{(((,,..{((((,((({.{{(((((((,...,)))),.(((((..((((((.{((.......))}.))))))..)))))....||.(((((.((({{(((((((((((((((({(.({{.....,})))),)))))))...........{{{((((((({((({,,,,,,,.,(,(({{,.....((((((.......((..((((({{(...((((((((((((((,{...((((.....))))...}|....((((((((...))))))))....))))).).))}}))))}..}}}......)))))..)),...))))))||}||.}|||,{.((((((((.((((({...,.{||||,,..},,{{{.(((.(((...........)))))).}},((,(((((.(((((((((.,.((((((((.......}))))))).((((.(((((.((.((((...((((({(((({((((.(((((........)))))}))}..)))))|(((((...(((....)))...))))).)))))))))))))))}.)))),((((....})),,,,((((((........(((.(((((((((,{(((...{{((,{,,,{{.....,,},||||{{,,..,{{..........(((((((.....(((.......)))....)))))))..((((({{{((.{.(((....((((....))))..))).).)))))))))..}}}....}}||||{{{{{{,..((((((((,,,,.,...,}},.,}},))}})))}..({{{{,..{|||{.,,,}}},),)))))).)))))))))).))))))..((((.((.(((((.......)))))...)).)))))))))).((((((((....))))))))..,))))))))).)))))))|||,,{(((((((|....}.))))))}},})))},,{.((((.(((.{,..((((.....))))},))).)))).}.)))))).)))))))).}}||{{|,|,.,,}}},,....,.{(((((((..((.((....)).))..))))).))).}))))))))|||..{{.(((.((.....)).))),,,}}........((((....))))..)))))))))))))))).},..{,(((((..(((((((((((,({({{{({(((({((,..{{{(...((((((...{{..((..(((....)))..))..}}))))))...}}}}.....(((((((((((((,....(((((((..(((....{(((.,,....,,.})))......)))..).))).)))....,))))))|{,(((((((({{{((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........})))))))))))}((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))).....{{.....})....})}})))}},.,.}}}}},.....{{,,{{{...........||.....)),,,,|,|||,.}}}}}.,.....{{{{....))))})))))))))).)))))}..,((({......}}}}...}}}}|..|||}|.}}}},....,,,))}},}))}}})))}}.,..,,,||,,,..,},,}},,,.......})},},..