Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400667.1
Sequence Length
2407 nt
GC Content
0.4163
AGACGUUUGCUCUUGUCUUAGAUGCUCAGAUGGUAGUGGAUAGGCCUGUGACGAAGGUGCUACCAUCGUGAGAGUAAGAUUAUAUUCUCCUGCCUUUUAAAAAGAUGGACUUCAGCAGAAAUCUUUAUGAUAUUGGGGAACAACUGGACAGUGAAGAUCUGGCCUCCCUCAAGUUCCUGAGCCUGGACUACAUUCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCAUCAAGGAUGCCUUGAUGUUAUUCCAGAGACUCCAGGAAAAGAGAAUGUUGGAGGAAAGCAAUCUGUCCUUCCUGAAGGAGCUGCUCUUCCGAAUUAAUAGACUGGAUUUGCUGAUUACCUACCUAAACACUAGAAAGGAGGAGAUGGAAAGGGAACUUCAGACACCAGGCAGGGCUCAAAUUUCUGCCUACAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-775.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -818.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 437.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((((((....(((((((((((((......((((.......))))))))))))).))))..)))))).....((((((.((((((........((...((((((((.(((.....))).((.(((((.....((((((.......((..((((((((...((((((((((((((((...((((.....))))...))....((((((((...))))))))....))))).).)).))))))..)))......)))))..))....))))))))))).))((((...))))((((...........))))))))))))...)).............)))))))))))).((.(((((.(((((((((...((((((((.......)))))))).((((.(((((.((.((((...(((((((((((((((.(((((........)))))))))..))))))(((((...(((....)))...))))).)))))))))))))))).)))).((((....))))...((((((........(((.((((((((((.(((.((((((.....((....))...((((((....(((..........(((((((.....(((.......)))....)))))))..(((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..)))....))))))((((.....))))..((((((...)))))).))))))........((((((..(((((....))))).)))))).)))))))))).))))))..((((.((.(((((.......)))))...)).)))))))))).((((((((....))))))))...))))))))).))))).))....(((((((((....).)))))))).((((.....((((.(((.((..((((.....))))))))).))))..)))).....))))))))..(((((.(((((((..(((....((((((((..((.((....)).))..))))).)))((((((((.(((..(((.(((.((.....)).))).......)))...))).))))))))...((((.....)))).......((.((((..(((((((((((((((...((((((((((..((((...((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))...)))).....(((((((((((((.....(((((((..(((....((((.((....)).))))......)))..).))).))).....)))))))..(((((((((((((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))).............)))))))))))))((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))).....((.....))....))))))))))...)))))......((..(((...........)))....))....(((((....(.((......)).)....))))))))))))))).))))))...((((......)))).....(((..(((.((.(((........))))).)))..))))))..))))))).)))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{.{(((((((((((((....(((((((((((((......((((.......))))))))))))).))))..)))))).....((((((.((((((....,,..((...((((((({.{((({{{{,,,.(({((((,.....((((((.......((..((((((((...(((((((((((((({{...((((.....))))...,}....((((((((...))))))))....))))).).))}})))))..)))......)))))..))....))))))||||..,,||||.,,,)))}))}},,..,}}}...}))))))))))...})...}}........)))))))))))).((,(((((.(((((((((.,.((((((((.......}))))))).((((.(((((.((.((((...((((({(((({((((.(((((........)))))}))}..)))))|(((((...(((....)))...))))).)))))))))))))))}.)))),((((....})),,,,((((((........(((.(((((((((,{(((...{{((.{,,,{{.....,,},||||{{,,..,{{..........(((((((.....(((.......)))....)))))))..((((({{{((.{.(((....((((....))))..))).).)))))))))..}}}....}}||||{{{{{{,..((((((((,,,,.,..,,}},.,}},))}})))}..({{{{,..{||||.,,,}}}}),)))))).)))))))))).))))))..((((.((.(((((.......)))))...)).)))))))))).((((((((....))))))))..,))))))))).)))))})}....((((((((|....}.))))))}}.((((.,.{.((((.(((.{,..((((.....))))},))).))))..)))).....)))))))),.(((((.(((((((..{{,....((((((((..((.((....)).))..))))).)))((((((((.(((,.{((.(((.((.....)).)))...},..,}}...))).))))))))...((((.....)))).......{,{((((..(((((((((((,(,({({({(((({((,..{{{(...((((((...{{..((..(((....)))..))..}}))))))...}}}}.....(((((((((((((,....(((((((..(((....{(((.,,....,,.})))......)))..).))).)))....,))))))|{,(((((((({{{((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........})))))))))))}((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))).....{{.....})....})}})))}},.,.}}}}},.....{{,,{({...........||.....)),},,|,|||,.}}}}}.,.....{{{{....))))})))))))))).)))))}..,(({{......)))).....(((..(((.{{.(((........)))}}.)))..))),}}..))))))).)))))......................
Back