Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400669.1
Sequence Length
2507 nt
GC Content
0.4276
CUGUUUCACCUUGUGUCUGAGCUGGUCUGAAGGCUGGUUGUUCAGACUGAGCUUCCUGCCUGCCUGUACCCCGCCAACAGCUUCAGAAGAAGGUGACUGGUGGCUGCCUGAGGAAUACCAGUGGGCAAGAGAAUUAGCAUUUCUGGAGCAUCUGCUGUCUGAGCAGCCCCUGGGUGCGUCCACUUUCUGGGCACGUGAGGUUGGGCCUUGGCCGCCUGAGCCCUUGAGUUGGUCACUUGAACCUUGGGAAUAUUGAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGAGAGAAGCAGCAGCCUUGAAGGAAGUCCUGAUGAAUUUUCAAAUGGGGAGGAGUUGUGUGGGGUAAUGACAAUCUCGGACUCUCCAAGAGAACAGGAUAGUGAAUCACAGACUUUGGACAAAGUUUACCAAAUGAAAAGCAAACCUCGGGGAUACUGUCUGAUCAUCAACAAUCACAAUUUUGCAAAAGCACGGGAGAAAGUGCCCAAACUUCACAGCAUUAGGGACAGGAAUGGAACACACUUGGAUGCAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-805.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -853.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 443.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.(.((((((((((((...((((.((..(((((...)))))..)).))))....).)))........))).)))))).))))))(((((((....((...))..)))))))(((((((((((..((((.((((((((((((((((.....))))).(((.(((((.(.((((((...((((...(.((((..(((....))))))).)))))..))).))).).)....)))).)))((((((.(((((((((.((.((((...(((((((((((((((.(((((........)))))))))..))))))(((((...(((....)))...))))).))))))))))))))).)))..)).)))))).((((((((..(.(((((((((.(((...(.(((...(((((((((((.((((...(((.(.((((((.....((..........(((((((.....(((.......)))....)))))))..)).....))).)))))))..)))).)))).....)))))))...((((((((((..((.((((((.......)))))).)).))))....(((((((((((((.((((((((....((((((.((((.................((((((((((((..(((.........(((........))).(((((((((((........)))....(((.(((((..(((((((((..((.....))))))......(((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((((((..((((((((((((...)))))).(((.....)))..........)))))).)))....))))))))..(((((((...)))))...))))))))))...(((((((((((...((....)))))))..((((((((....)))))))).........))))))..)))))))))))))........))))))))...((((((((.((((.(((.((..((((.....))))))))).)))).)...(((((.((..((..(((((..((((((.(.........((((((((..((.((....)).))..))))).)))))))))).)))))...))..)).)))))......(((((.....))))).((((((((.((..((((.....)))))).))))).)))))))))).)))..).)))))))))))........((((...((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))...)))).....(((((.........)))))......((((.......)))).)))))))))).....))))..))))..)))))))))))))(((((((((((((...((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).))))))))))))...........)))))))))))))((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....))))))..))).)...)))))))))).)).)))))))))........((.(((((..................)))))))))))))))))).......((((....)))).))))..))).))).))))).((((......)))).....(((..(((.((.(((........))))).)))..)))..))))).........(((.((((......)))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{({{{((((((.(.((((((((({{,.,.((((.((..(((({...}))))..)).))))....}.,,,.......})))}}))))).))))))(((((((.,{.{,...))..)))))))(((((((((((..((((.,(((((((((({((((,....})))),(((.(((({.(.((({((,..((((...{.((((.,({(....})))))).}))))..))),})).}.}....)))).))){(((((.(((((((((.((.((((...((((({(((({((((.(((((........)))))}))}..}))))|(((((...(((....)))...))))).)))))))))))))))},))}.}}.)))))}.((((((({..,{{.(((((((,{{({{{,.,,,.}}||{{{{{((((.((((...(((.(.((((((.....((.....,....(((((((.....(((.......)))....)))))))..,,.....))},)))})))..)))).)))),,,..,....))}..(((((((((({.((.((((((.......)))))).)).||||.,|||(((((((((((,.((((((((....(((({{{((((.................(((((((((((,{{({(({{......,,|,,.......||.,{{((((((((.....,,.}}}....|{{.(((((..(((((,(((..{{.....||}}||,,,,,.((((((((((.{.(((....((((....})))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((({{{..((((((((,,,,,{....,},..,|.}}}})))},,,......,,))),.))),...))))))))..{{(((((...)))))...}}))))))))...{{{{{{{{|||...{|..,})))))))..((((((((....))))))))..,,.....)))))),,))))))))))}}}..,,,...)))))))}..,((((((((.((((.(((.({..((((.....))))}}))).)))).}...(((((.((..((,.(((((..((((((.{,......,.((((((((..((.((....)).))..))))).))),)))))).))))).}.))..)).)))))....,.(((((.....))))).{{((((((.({..((((.....)))))).)))))},)))))))))})})}}).)))))))))))..,{{...{(((...((((((...((..((..(((....)))..))..)}))))))...)))}...},|((((.........))))}......{({{.......)}},.)))))))))).....))))..))))..})))))))))))}{{{{(((((((((..,((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}{(((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))}}})))))))..}}}.}...,})))))))).}}.}}))))))).........{|,{(((...........,,.....))}}}..)))))))))),.......((((....)))).))))..))).))).))))).((((......})))....,(((..(((.({.{((........)))}}.)))..)))..}}},,..,,,.,,.||,.,,|,......,,}}.}},..
Back