Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400672.1
Sequence Length
2263 nt
GC Content
0.4132
AGACGUUUGCUCUUGUCUUAGAUGCUCAGAUGGUAGUGGAUAGGCCUGUGACGAAGGUGCUACCAUCGUGAGAGUAAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGAGAGAAGCAGCAGCCUUGAAGGAAGUCCUGAUGAAUUUUCAAAUGACUUUGGACAAAGUUUACCAAAUGAAAAGCAAACCUCGGGGAUACUGUCUGAUCAUCAACAAUCACAAUUUUGCAAAAGCACGGGAGAAAGUGCCCAAACUUCACAGCAUUAGGGACAGGAAUGGAACACACUUGGAUGCAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-714.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -757.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 488.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((.((((.....(((((((((((((......((((.......))))))))))))).))))....(((.(((((.((.((((...(((((((((((((((.(((((........)))))))))..))))))(((((...(((....)))...))))).)))))))))))))))).)))(((((((.(((((((((.(((.....(((((.((.((((......))))...((((.(((.((......))...))).))))........)).))).)).......))).....))))))))))))))))...)))).))).)))))..(((((((((((((((((((...((((((....)))))).(((((...((((((((((((((((((((((((.((.(((.((((........)))).......(((((((((.((((((.......(((((.....(((((((..((..((((.((((.(((...((((((((((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.(((........)))..((((((((...(((.........)))))))))))...((((.......))))..)))))...)))))))(((((...)))))...(((((((......(((((((((((...((....)))))))..((((((((....)))))))).........)))))).((((......))))..((((...((((((((..((((((((.((((.(((.((..((((.....))))))))).)))).)...(((((.((..((..(((((..((((((.(.........((((((((..((.((....)).))..))))).)))))))))).)))))...))..)).)))))......(((((.....))))).((((((((.((..((((.....)))))).))))).))))))))))..(((.((((((.(((...))).)))))))))..((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))....))))))))))))......)))))))........((((.......))))......))).)))).))))..))..))))))).....)))))((((((((((((...((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).))))))))))))...........))))))))))))(((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))).)))))).......(((....((.....(((..(......)..))).....))..)))..........))).))))))..))).)))))))))))......((((....))))))))).))))))......))))...)))))...))))))))).(((((((........)))))))....))))))))))..............(((.((((......)))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{,{(((((((.((({..,,.(((((((((((((......((((.......))))))))))))).)))).}}.|((,{((((.((.((((...(((((,(((({{{{{.(((((........)))))}}}}..}))))|(((((...(((....)))...))))),})))))))))}))))}.))|(((((((.(((((((((.{,{{{,..{{(((,((.((((......))))...{{(({({{,((....,,}},,|}}},)},.........)).)}},||,,......}},....}))))))))})))))),..))}}.}}).))))},,{((((((((((({((((({.,{{|,{{{,|||||{{{..,,,|,...||||(((((((({{,(((((((((.,,.(((.((({........}})}.......(((((((((.(((........))}..((((((.((((((..((.((((,,(((,,.((((((((.,,,.((((((({((.{.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((({{{..((((((((,,,,,{....,},..,|.}}}})))},,,......,,))),.))),...))))))))..||(((((...)))))..,||))}})}))...(((((((((((...((...,)})))))..((((((((....)))))))).........)))))).{{||,,,,.,))}}...))}},)))),,,,,.,((((((((.((((.(((.({..((((.....))))}}))).)))).}...(((((.((..((,.(((((..((((((.{,......,.((((((((..((.((....)).))..))))).))),)))))).))))).}.))..)).)))))....,.(((((.....))))).{{((((((.({..((((.....)))))).)))))},)))))))))|.(((.((((((.(((...))).))))))))).}}}))))).))..})))..}}.)))))){(((({.{((((.{.{{,{|,,,...(((((({((((((,....(((({((..(((....{(((.,.....,}.)}))......)))..).))),)))....,))))))||{(((((((({{{((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))}....,,,}}}.}}}.))}}}.)))))}....{{{{{{..,,.({...)),,..)))))}))))))))))..}}}.},))))))))),,,,,,|{((....)))}})))).)))))),,,},.}}))}}}}}}}.}},))))))))}.{{((({(........}))))))....))))))))}}.......,,,....,||.||||......,}}}.}},..
Back