Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001400675.1

Sequence Length

2218 nt

GC Content

0.4130

AGACGUUUGCUCUUGUCUUAGAUGCUCAGAUGGUAGUGGAUAGGCCUGUGACGAAGGUGCUACCAUCGUGAGAGUAAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGACUUUGGACAAAGUUUACCAAAUGAAAAGCAAACCUCGGGGAUACUGUCUGAUCAUCAACAAUCACAAUUUUGCAAAAGCACGGGAGAAAGUGCCCAAACUUCACAGCAUUAGGGACAGGAAUGGAACACACUUGGAUGCAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-703.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -744.62

Frequency: 0.0000

Diversity: 521.30

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((.(((((((((..............(((((((((......((((.......)))))))))))))..))))))))).)))..((((......(((((....)))))))))((((((((.(((((((..(((((((......((.(((((.((((...(((((((.....(((((....)))...))((((((((.(((((((((.(((.....(((((.((.((((......))))...((((.(((.((......))...))).))))........)).))).)).......))).....))))))))))))))))).(((((((....))))))).....((((((((...(((((((((.((.(((.((((........)))).......(((((((((.((((((.......(((((.....(((((((..((..((((.((((.(((...((((((((((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.(((........)))..((((((((...(((.........)))))))))))...((((.......))))..)))))...)))))))(((((...)))))...(((((((......(((((((((((...((....)))))))..((((((((....)))))))).........)))))).((((......))))..((((...((((((((..((((((((.((((.(((.((..((((.....))))))))).)))).)...(((((.((..((..(((((..((((((.(.........((((((((..((.((....)).))..))))).)))))))))).)))))...))..)).)))))......(((((.....))))).((((((((.((..((((.....)))))).))))).))))))))))..(((.((((((.(((...))).)))))))))..((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))....))))))))))))......)))))))........((((.......))))......))).)))).))))..))..))))))).....)))))((((((((((((...((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).))))))))))))...........))))))))))))(((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))).)))))).......(((....((.....(((..(......)..))).....))..)))..........))).))))))..))).)))))))))))))))))))))))))).)))).))))).)).....)))))))..)))))))........(((..(((.((.(((........))))).)))..)))......(((((.....))))).........))))))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((.((((((({{{,,...,,..,,{,(((((((((......((((.......))))))))))))).}))))))))).))).,((((......{{(((....))}}})))){(((((((.,,(((((..(((((((,,,.,{(({(,,,({(,,,.}}|,,,|||}},.,|||,{{{|,|,||,.||{({(((({.{{((((((({({(({{,.{{{((,({.((((......))))...{{((,({{.{(.....,}),,})}},))},........}}.}}|{||{{{.....||{....,,,))),,,,))))))},(((((((,,,.|}}|||}.....,{((((((,,,(((((((((,{{.(((.((({........}}},.......(((((((((.(((......,.)}}..{{(((,,(((({,,{((,((((..(({...{{{{{{((,,,,.((((((((((.{.(((....((((....})))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((({{{..((((((((,,,,,{....,},..,|.}}}})))},,,......,,))),.))),...))))))))..{{(((((...)))))..,}|))))))))...(((((((((((...((...,)})))))..((((((((....)))))))).........)))))).||||}}}},}))}}...}},,.))))}}}|..,((((((((.((((.(((.({..((((.....))))}}))).)))).}...(((((.((..((,.(((((..((((((.{,......,.((((((((..((.((....)).))..))))).))),)))))).))))).}.))..)).)))))....,.(((((.....))))).{{((((((.({..((((.....)))))).)))))},)))))))))},{{{.|{||||,|||,,,}}}.}}}}}})}}.,||||||,.,|,.,||}.,||.}}}))),{||{,.|||||,|.,{||||...,.(((((({((((((,....(((({((..(((....{(((.,.....,}.)}))......)))..).))),)))....,))))))|{{(((((((({{{((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))}....,||}},.,|}.}},,}.}}}}},....|,,{||...,.||..,)).,..}}},}})))))))))}.,)},.}}}))))))))))))}}}}||},,,),)),},))))),))}}}}})}})))).,}}}}}}}.}}..,,}|{{,,{{{,||,|{{...,,,,,))),},)))..)))......,,,{{{,,..,,,.,,,,,.....,})))))}..