Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400680.1
Sequence Length
2766 nt
GC Content
0.4273
CUGUUUCACCUUGUGUCUGAGCUGGUCUGAAGGCUGGUUGUUCAGACUGAGCUUCCUGCCUGCCUGUACCCCGCCAACAGCUUCAGAAGAAGGAGCAGCCCCUGGGUGCGUCCACUUUCUGGGCACGUGAGGUUGGGCCUUGGCCGCCUGAGCCCUUGAGUUGGUCACUUGAACCUUGGGAAUAUUGAGAUUAUAUUCUCCUGCCUUUUAAAAAGAUGGACUUCAGCAGAAAUCUUUAUGAUAUUGGGGAACAACUGGACAGUGAAGAUCUGGCCUCCCUCAAGUUCCUGAGCCUGGACUACAUUCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCAUCAAGGAUGCCUUGAUGUUAUUCCAGAGACUCCAGGAAAAGAGAAUGUUGGAGGAAAGCAAUCUGUCCUUCCUGAAGGAGCUGCUCUUCCGAAUUAAUAGACUGGAUUUGCUGAUUACCUACCUAAACACUAGAAAGGAGGAGAUGGAAAGGGAACUUCAGACACCAGGCAGGGCUCAAAUUUCUGCCUACAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGAAGCAGCAGCCUUGAAGGAAGUCCUGAUGAAUUUUCAAAUGGGGAGGAGUUGUGUGGGGUAAUGACAAUCUCGGACUCUCCAAGAGAACAGGAUAGUGAAUCACAGACUUUGGACAAAGUUUACCAAAUGAAAAGCAAACCUCGGGGAUACUGUCUGAUCAUCAACAAUCACAAUUUUGCAAAAGCACGGGAGAAAGUGCCCAAACUUCACAGCAUUAGGGACAGGAAUGGAACACACUUGGAUGCAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-877.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -929.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 651.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((((((...(((...((((.((..(((((...)))))..)).)))).....((((((((..(((((((((((((..((((((.((...)).))).)))..)))))((((...(.((((..(((....))))))).)))))(((((((.(((..(((((.(..((((((((.......))))))))..)...)))))...))).))).))))(((...((((((......))))))....)))(((((.......((..((((((((...((((((((((((((((...((((.....))))...))....((((((((...))))))))....))))).).)).))))))..)))......)))))..))....)))))((((((..(((.((((((((((............((((.(((((......(((..(((.....)))..))).(((((((.(((((((((((.((((..(((((((((.......))))))))....((((.(((((......(((((....))))))))))))))......)..))))...))))))))))).))........)))))....)))))))))(((....))).....((((((((.(((((((((.(((.....(((((.((.((((......))))...((((.(((.((......))...))).))))........)).))).)).......))).....)))))))))))))))))..)))).)))))))))..))))))((((.((..........)).))))))))))))))))))))..)))...)))))))((((...)))))))))...)))))..))))..((((((.((((..(((...((((((((((((((((((((.((.(((.((((........)))).......(((((((((.((((((.......(((((.....(((((((..((..((((.((((.(((...((((((((((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.(((........)))..((((((((...(((.........)))))))))))...((((.......))))..)))))...)))))))(((((...)))))...(((((((......(((((((((((...((....)))))))..((((((((....)))))))).........)))))).((((......))))..((((...((((((((..((((((((.((((.(((.((..((((.....))))))))).)))).)...(((((.((..((..(((((..((((((.(.........((((((((..((.((....)).))..))))).)))))))))).)))))...))..)).)))))......(((((.....))))).((((((((.((..((((.....)))))).))))).))))))))))..(((.((((((.(((...))).)))))))))..((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))....))))))))))))......)))))))........((((.......))))......))).)))).))))..))..))))))).....)))))((((((((((((...((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).))))))))))))...........))))))))))))(((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))).)))))).......(((....((.....(((..(......)..))).....))..)))..........))).))))))..))).)))))))))))......((((....))))))))).)))))).(((.....((((......))))....))).(((((((........)))))))))).)))).)))))).............(((.((((......)))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((,,.{(((.(,((((((((((({.,.((((.((..(((({...}))))..)).))))....}.}}|..,,...})))}}))}}},}}))||||},(({.|{{||,({((({(({..((((...{,((((,,(({..,{||||}||.|}}}}..})).})),),,,,.,)))).|||,,,,,.,{{{,,|}||||||{|,|||,,,...,||.|||,,.((((((({.{((({{{{,,,.(({((((,.....((((((.......((..((((((((...(((((((((((((({{...((((.....))))...,}....((((((((...))))))))....))))).).))}})))))..)})......)))))..))....))))))||||,.,|||||.,,,}}}||}|},,..,}}}...}}}))))))))...||{..||......,})..)))))|||{({{((((((,{{{{{((({.{{((((((((,......,}}})))).((((.(((((.((.((((...(((((,{(({{{{{{.(((((........)))))}}}}..)))))}{((((...(((....)))...))))),))))))))))}))))}.)))).,,.(({(..((((((({..,{{.{((((((,{{({{{..,,,.}}||,{{{{((((.((((...{{(.(.((((((.....{{.....}}...(((((((.....(((.......)))....)))))))..,..))}})))})))..)))).)))),,,..,....))}..(((((((((({.((.((((((.......)))))).)).|||,.,|||((((((((((({.((((((((....(((({{{((((.......,.....,...(((((((((((,{{({(({{........|,}.......||.{{(((((((((.....,,.}}}..,,|{{.(((((..(((((,(((..{{.....||||||{,,,,.((((((((((.{.(((....((((....})))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((({{{..((((((((,,,,,{....,},..,|.}}}})))},,,......,,))),.))),...))))))))..{{(((((...)))))...}}))))))))...{{{{{{{{|||...{|..,})})))))..((((((((....))))))))..,,.....)))))),,))))))))))}}}..,,,...)))))))}..,((((((((.((((.(((.({..((((.....))))}}))).)))).}...(((((.((..((,.(((((..((((((.{,......,.((((((((..((.((....)).))..))))).))),)))))).))))).}.))..)).)))))....,.(((((.....))))).{{((((((.({..((((.....)))))).)))))},)))))))))}}})}}).)))))))))))..,{{...{(({...((((((...((..((..(((....)))..))..}}))))))...}))}...},|((((.........))))}......{{{{.......)}},.)))))))))).....))))..))))..,)))))))))))}{{{{{((((((((,,,((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}{(((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))}}})))))))..}}}.},..,})))))))).}}.}}))))))).,,}},,.,|}{{{|{...........||.....)),},...,)}})))))))},....{(((....)))).,,)))))))}))))||||||({{{..,,,,||,,..,,|{{{,,{((.{{.{{{...,,,}})))}}.}}}..}}}..,,..,.,||,,,..}},.,,,,,,,,,}},)}}}},,.
Back