Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001400751.1
Sequence Length
2793 nt
GC Content
0.4264
GAGUCAUCUCUGUUCUGCUUUAGGAGUAAAGUUUACCCUGCAGUUCCUUCUGUGGUGAAGUUUUCUCUUUCUCUCGGAGACCAGAUUCUGCCUUUCUGCUGGAGGGAAGUGUUUUCACAGGUUCUCCUCCUUUUAUCUUUUGUGUUUUUUUUCAAGCCCUGCUGAAUUUGCUAGUCAACUCAACAGGAAGUGAGGCCAUGGAGGGAGGCAGAAGAGCCAGGGUGGUUAUUGAAAGUAAAAGAAACUUCUUCCUGGGAGCCUUUCCCACCCCCUUCCCUGCUGAGCACGUGGAGUUAGGCAGGUUAGGGGACUCGGAGACUGCGAUGGUGCCAGGAAAGGGUGGAGCGGAUGGACUUCAGCAGAAAUCUUUAUGAUAUUGGGGAACAACUGGACAGUGAAGAUCUGGCCUCCCUCAAGUUCCUGAGCCUGGACUACAUUCCGCAAAGGAAGCAAGAACCCAUCAAGGAUGCCUUGAUGUUAUUCCAGAGACUCCAGGAAAAGAGAAUGUUGGAGGAAAGCAAUCUGUCCUUCCUGAAGGAGCUGCUCUUCCGAAUUAAUAGACUGGAUUUGCUGAUUACCUACCUAAACACUAGAAAGGAGGAGAUGGAAAGGGAACUUCAGACACCAGGCAGGGCUCAAAUUUCUGCCUACAGGGUCAUGCUCUAUCAGAUUUCAGAAGAAGUGAGCAGAUCAGAAUUGAGGUCUUUUAAGUUUCUUUUGCAAGAGGAAAUCUCCAAAUGCAAACUGGAUGAUGACAUGAACCUGCUGGAUAUUUUCAUAGAGAUGGAGAAGAGGGUCAUCCUGGGAGAAGGAAAGUUGGACAUCCUGAAAAGAGUCUGUGCCCAAAUCAACAAGAGCCUGCUGAAGAUAAUCAACGACUAUGAAGAAUUCAGCAAAGACUUUGGACAAAGUUUACCAAAUGAAAAGCAAACCUCGGGGAUACUGUCUGAUCAUCAACAAUCACAAUUUUGCAAAAGCACGGGAGAAAGUGCCCAAACUUCACAGCAUUAGGGACAGGAAUGGAACACACUUGGAUGCAGGGGCUUUGACCACGACCUUUGAAGAGCUUCAUUUUGAGAUCAAGCCCCACGAUGACUGCACAGUAGAGCAAAUCUAUGAGAUUUUGAAAAUCUACCAACUCAUGGACCACAGUAACAUGGACUGCUUCAUCUGCUGUAUCCUCUCCCAUGGAGACAAGGGCAUCAUCUAUGGCACUGAUGGACAGGAGGCCCCCAUCUAUGAGCUGACAUCUCAGUUCACUGGUUUGAAGUGCCCUUCCCUUGCUGGAAAACCCAAAGUGUUUUUUAUUCAGGCUUGUCAGGGGGAUAACUACCAGAAAGGUAUACCUGUUGAGACUGAUUCAGAGGAGCAACCCUAUUUAGAAAUGGAUUUAUCAUCACCUCAAACGAGAUAUAUCCCGGAUGAGGCUGACUUUCUGCUGGGGAUGGCCACUGUGAAUAACUGUGUUUCCUACCGAAACCCUGCAGAGGGAACCUGGUACAUCCAGUCACUUUGCCAGAGCCUGAGAGAGCGAUGUCCUCGAGGCGAUGAUAUUCUCACCAUCCUGACUGAAGUGAACUAUGAAGUAAGCAACAAGGAUGACAAGAAAAACAUGGGGAAACAGAUGCCUCAGCCUACUUUCACACUAAGAAAAAAACUUGUCUUCCCUUCUGAUUGAUGGUGCUAUUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUUUUUUGAGACAGAAUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCCCGGGUUCAGGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGGGCCCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUUAAAAAUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGGUGGUCUUGAUCUCCUGACCUCGUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCUGGCCGAUGGUACUAUUUAGAUAUAACACUAUGUUUAUUUACUAAUUUUCUAGAUUUUCUACUUUAUUAAUUGUUUUGCACUUUUUUAUAAGAGCUAAAGUUAAAUAGGAUAUUAACAACAAUAACACUGUCUCCUUUCUCUUAUGCUUAAGGCUUUGGGAAUGUUUUUAGCUGGUGGCAAUAAAUACCAGACACGUACAAAAUCCAGCUAUGAAUAUAGAGGGCUUAUGAUUCAGAUUGUUAUCUAUCAACUAUAAGCCCACUGUUAAUAUUCUAUUAACUUUAAUUCUCUUUCAAAGCUAAAUUCCACACUACCACAUUAAAAAAAUUAGAAAGUAGCCACGUAUGGUGGCUCAUGUCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGUUGAGGUGGGAGGAUUGCUUGAACCCAAGAGGUCAAGGCUGCAGUGAGCCAUGUUCACACCGCUGCACUCAAGCUUGGGUGACAGAACAAGACCCCGUCUCAAAAAAAAUUUUUUUUUUAAUAAAACAAAAUUUGUUUGAAAUCUUUUAAAAAUUCAAAUGAUUUUUACAAGUUUUAAAUAAGCUCUCCCCAAACUUGCUUUAUGCCUUCUUAUUGCUUUUAUGAUAUAUAUAUGCUUGGCUAACUAUAUUUGCUUUUUGCUAACAAUGCUCUGGGGUCUUUUUAUGCAUUUGCAUUUGCUCUUUCAUCUCUGCUUGGAUUAUUUUAAAUCAUUAGGAAUUAAGUUAUCUUUAAAAUUUAAGUAUCUUUUUUCAAAAACAUUUUUUAAUAGAAUAAAAUAUAAUUUGAUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-893.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -946.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 664.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((....)))(((((.(((((.((((.(((.((((((..((((......)))))))))).))).))))((((((((((((((...((((.(((((((((((((((...(((((.((((((..((((((((((((..(((((.((((((((((((.(....(((..((((.((.((.......)))).))))..)))).)))))))))))).)))))...(((((((.(((...((((((....((((.(((((((..((((((((...(((((..((((((.(((.......))).))))))..)))))....))))).......))).))))))).))))(((((((.....((((((..(((.((((((......))))))......((((((.......((..((((((((...((((((((((((((((...((((.....))))...))....((((((((...))))))))....))))).).)).))))))..)))......)))))..))....)))))))))))))))...)))))))((((...........))))))))))))).))).))))........))))))))))))((.(((((((((((.((((..(((((((((.......))))))))....((((.(((((......(((((....))))))))))))))......)..))))...))))))))))).))...(((....))).........)))..))).)))))...))).)))).........)))))).))))))...)))).))).)))))))..))))).)))))...(((((((((...((((..........((((((.(((((((.....(((.......)))....)))))))(((((((((((((..(((..(.....((((((((((....(((((...........(((((.((((((......(((....))).(((........)))..((((((.((((((..((.(((((.(((...((((((((.....(((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((((((..((((((((((((...)))))).(((.....)))..........)))))).)))....))))))))..(((((((...)))))...))))))))))...(((((((((((...((....)))))))..((((((((....)))))))).........)))))).((((......))))...)).)))))).......((((((((.((((.(((.((..((((.....))))))))).)))).)...(((((.((..((..(((((..((((((.(.........((((((((..((.((....)).))..))))).)))))))))).)))))...))..)).)))))......(((((.....))))).((((((((.((..((((.....)))))).))))).))))))))))..(((.((((((.(((...))).))))))))).)))))))).))..))))..)).)))))).........(((.((((((.......(((((.........)))))......((((.......))))....)))))).)))....)))))).)))))...........(((((((((((((...((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).))))))))))))...........)))))))))))))((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))......(((....((.....(((..(......)..))).....))..)))........)))))))))))..)))..)).)))))))))))...((((....))))..)))))).....(((.....((((......))))....))).(((((((........))))))))))))))))))))...............(((.((((......)))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((....)))(((((.(((((.((((.{((.((((((..((((......)))))))))).))}.))||((((((((((((((...((((.({((((({,((,{{(,,{(((({,{({(((((((((((((((((.{(((((({{((({,{{{{{.((((((((...{(((((..{{..{{{..,,{{..,,..,,)}.,,)))})}))))})..)),,}}|}},,,..,,}}}|{||||}},.,{{,.(((((((..((((((((...(((((..((((((.{((.......))}.))))))..)))))....))))).......))).))))))),}|{{({{{,((..,{.{{(((({{({.,((((((,....{{|{{||......((((((.......((..((((({{(...(((((((((((((({{...((((.....))))...,}....((((((((...))))))))....))))).).))}})))))..}})......)))))..)),...))))))|||}},}})}}},)}})))|))|,......,,,.,})})))))))}...})..)),...}}},.)))))))))))}{(.(((((((((((.((((.,(((((((((.......})))))))....((((.(((((......(((((....))))))))))))))......}.,))))...))))))))))),)}...({,.,,{|||,..,,,...,)))},))},,),,,,})))).}))}}}}}))),)))))).)}))))...)))).))).)))))))},))))).))))},,,((((((((({,{{{{{..........{(((((.(((((((.....(((.......)))....))))))).(((((((,,,.|}}|||,.....,{(((((({{,(((((((((,{{.(((.((({........}}},.......({(((((((,(((......,.)}}..|{{((,,((((,,{{((,{(((..(({...{{{{{{((,,,,.((((((((((.{.(((....((((....})))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((({{{..((((((((,,,,,{....,},..,|.}}}})))},,,......,,))),.))),...))))))))..{{(((((...)))))..,}})))})}))...(((((((((((...((...,)})))))..((((((((....)))))))).........)))))).||||}}}},}))}}...}},..))))}}}|..,((((((((.((((.(((.({..((((.....))))}}))).)))).}...(((((.((..((,.(((((..((((((.{,......,.((((((((..((.((....)).))..))))).))),)))))).))))).}.))..)).)))))....,.(((((.....))))).{{((((((.({..((((.....)))))).)))))},)))))))))},{|{.|{||||,|||,,,}}}.}}}}}}}}}.,||||||,.,|,.,||}.,||.}}}))),{||{,.|||||,|.,{||||.....(((((({((((((,....(((({((..(((....{(((.,.....,}.))))......)))..).))),)))....,))))))|{{(((((((({{{((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))}....,||}},.,|}.}},,}.}}}}},....|,,{||...,.||..,))....}},,}})))))))))}.,}},.})})))))))))))},,|{((....)))}..)))))),,,....,||,||||||.,,|,,,,,,.,|||||,{{((({{{,.|{,,.,}}}}}}}}}.}}}}}}}},.,......,|},,..,}},}}},...,.,,}))},,...
Back