Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001404.5
Sequence Length
1446 nt
GC Content
0.5450
ACUUUGCGGCAGCGCCGAGAACCCCACCCCCUUUCUUUGCGGAAUCACCAUGGCGGCUGGGACCCUGUACACGUAUCCUGAAAACUGGAGGGCCUUCAAGGCUCUCAUCGCUGCUCAGUACAGCGGGGCUCAGGUCCGCGUGCUCUCCGCACCACCCCACUUCCAUUUUGGCCAAACCAACCGCACCCCUGAAUUUCUCCGCAAAUUUCCUGCCGGCAAGGUCCCAGCAUUUGAGGGUGAUGAUGGAUUCUGUGUGUUUGAGAGCAACGCCAUUGCCUACUAUGUGAGCAAUGAGGAGCUGCGGGGAAGUACUCCAGAGGCAGCAGCCCAGGUGGUGCAGUGGGUGAGCUUUGCUGAUUCCGAUAUAGUGCCCCCAGCCAGUACCUGGGUGUUCCCCACCUUGGGCAUCAUGCACCACAACAAACAGGCCACUGAGAAUGCAAAGGAGGAAGUGAGGCGAAUUCUGGGGCUGCUGGAUGCUUACUUGAAGACGAGGACUUUUCUGGUGGGCGAACGAGUGACAUUGGCUGACAUCACAGUUGUCUGCACCCUGUUGUGGCUCUAUAAGCAGGUUCUAGAGCCUUCUUUCCGCCAGGCCUUUCCCAAUACCAACCGCUGGUUCCUCACCUGCAUUAACCAGCCCCAGUUCCGGGCUGUCUUGGGCGAAGUGAAACUGUGUGAGAAGAUGGCCCAGUUUGAUGCUAAAAAGUUUGCAGAGACCCAACCUAAAAAGGACACACCACGGAAAGAGAAGGGUUCACGGGAAGAGAAGCAGAAGCCCCAGGCUGAGCGGAAGGAGGAGAAAAAGGCGGCUGCCCCUGCUCCUGAGGAGGAGAUGGAUGAAUGUGAGCAGGCGCUGGCUGCUGAGCCCAAGGCCAAGGACCCCUUCGCUCACCUGCCCAAGAGUACCUUUGUGUUGGAUGAAUUUAAGCGCAAGUACUCCAAUGAGGACACACUCUCUGUGGCACUGCCAUAUUUCUGGGAGCACUUUGAUAAGGACGGCUGGUCCCUGUGGUACUCAGAGUAUCGCUUCCCUGAAGAACUCACUCAGACCUUCAUGAGCUGCAAUCUCAUCACUGGAAUGUUCCAGCGACUGGACAAGCUGAGGAAGAAUGCCUUCGCCAGUGUCAUCCUUUUUGGAACCAACAAUAGCAGCUCCAUUUCUGGAGUCUGGGUCUUCCGAGGCCAGGAGCUUGCCUUUCCGCUGAGUCCAGAUUGGCAGGUGGACUACGAGUCAUACACAUGGCGGAAACUGGAUCCUGGCAGCGAGGAGACCCAGACGCUGGUUCGAGAGUACUUUUCCUGGGAGGGGGCCUUCCAGCAUGUGGGCAAAGCCUUCAAUCAGGGCAAGAUCUUCAAGUGAACAUCUCUUGCCAUCACCUAGCUGCCUGCACCUGCCCUUCAGGGAGAUGGGGGUCAUUAAAGGAAACUGAACAUUGAACCCUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-518.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -545.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 370.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((.((.((((((((((..((((.(((((((...(((...(((((((((((.....((((..(((((((((......((((((((...))))))))........))))..((((((((((((.......((((.....))))...((((((......((((.....))))..(((((((((.(((((((((((...((((((((.....))).(((.((((.......)))).))).....(((((((....))).))))((((((.(((...))).))))))))))).)))))))))))........(((....))))))).))))))))))))))))))))))).....))))).)))).)))))))....((.(((((.....))))).))(((...)))..............)))).)))...)))))))))))..))).)).)..)))).)))))))))((((.(((((((((((..((((...))))((((((((((.(.((....((((((.......((((.(((.((..((((((..(((((((.((.....)).)))))))((((((((((..((((((((((...(((..(((.((((((((...(((((......(((..(((..(.((((((((((..(((.(((...))).)))...)))))))))).).)))..)))........)))))((.......))....))))...))))))).........)))....))))).....((....))...)))))..))))))))))........(((....)))((..(((((....)))))..)).........)))))).)).))).)))).......))))))..)).).))))))))))((((((.((((((..(((((((...........)))))))))))))....(((((...((((((((((((...)))))).....(((((((((((((((.((((.....)))).))......)))))))...)))))).(((((..((.....))..))))).(((((((.....((((.(((((....))))).)).))(((..((((..((((.....))))..))))))).(((.....)))..........))))))).....((((.((((((((((((((..(((((((.((....(((((((((.((...((((.(.((.....)).).))))....)).)))))))))..)).)))))))..)).)))))))))))).))))...))))))..)))))((((((((...))))))))....))))))..(((((.....)))))....))))))))))).)))).....(((((.....((.....)).((((.....))))..)))))((((((....((....))......)).))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((((((.((.(((((({(((..((((((((((((...(((...(((((((((((..,,,((({..({{{{((((......((((((((...))))))))...,.,..})))..((((((((((((,{{..(,({({....,))))}..((((((......{(((.....)))}..(((((((((.(((((((((((...((((({((.....))}.(((.((((.......)))).))).....{{(((({....,})}})))((((((.{((...))).))))))))))).)))))))))))........(((....))))))).))))))))))))))))))))))).....)}))),)})}.)))))))....,|.{((((,..|,}},,,{||(({...})).)),.........,)))).)))...)))))))))))..))).)).}..)))),)})))))))((((.(((((((((((,.{({,...}))}((((((((((.(.((..,.(((((({{{{...{{{,}|||.|{.,,,,|,|}}|((((((.{{.....}}.))))))|((((((((((..((((((((((...{({..,{({(((((,,,...,,{{{..,}}||||,,,,,.,{.((({((((((..(({.{((...|}}.})}...}))))))))).|||},.{||,......,.}))),,}}}....,{{....))),...,}},})),.......,)))....))))).....((....))...)))))..))))))))))}.......((({.{{|{|((,.(((((....)))))..))........,,))))}})),|||{,,,,}}}}...)))))),.)).).))))))))))((((({.((((((..(((((((.{{.....}}.)))))))))))))....(((,.....})),,{(((((...)))))}...{,(((((({((({{{,,.((((.....)))).,||{{{{{|}}}))),}}))}||||,(({(..,{,..,,,|,.|}}},.{(((({,..{{,,,((.(((((....))))).)).,)||,.,|||,,{((((,.,{{||||{{|||||||.(((.....)))..........,,,||||{{....}))}||{(((((((((((..(((((((.((.,..(((((((((.((...{{{(.(.{{.,,..)).).})))....)).))))))))),.)).)))))))..)).))))))))))))}))))}..))),))}.)))))||||||||.,.))))))))...,))))))..|||{{.....}))))..,.))))))))))).)))).....(((((.{{{.{{,{,..||....}}.,..})))}.)))))((((((....((....))......)),,)))..
Back