Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001406462.1
Sequence Length
1780 nt
GC Content
0.5337
CCUUUGGCUUGGCUUGUCAGGGCUUGUCCAGGAGUUCCGCUCCUCUCUCCAACCGGGGUCCCCCUCCAGCGACCCUAAAGCUUCCCAGACUUCCGCUUCAAUUCCUGUCCGCACCCCACGCCCACCUCAACGUGGAGCGCAGUGGUCUCCGAGGAGCGCCGGAGCUGCCCCGCCUGCCCAGCGGGGUCAGCACUUCGCAUCAAGGCCCAAGAAAAGCAAGUCCUCCAGCGUUCUGAGCACCCGGGCCUGAGGGAAGGUCCUAACAGCCCCCGGGAGCCAGUCUCCAACGCCUCCCGCAGCAGCCCGCCGCUCCCAGGCUAGAGAGCAUAAGCACUGCCUGCAGCCUAACAUCUUGGCUUCUCCAUGAAGAAUACCAUAUUUUUUAAACUUUCCAGAAAAUAACUGAAAAGGAAUCAUCAGAUCAGGCUCUCCCCUCCCAUGGUCUCCCAUUAUUGCCUCUGAUCAGGUCUGAAGAAUCCUGUGAAGCAGCUCCAGCUAUGUGUGAAGAAGAGGACAGCACUGCCUUGGUGUGUGACAAUGGCUCUGGGCUCUGUAAGGCCGGCUUUGCUGGGGACGAUGCUCCCAGGGCUGUUUUCCCAUCCAUUGUGGGACGUCCCAGACAUCAGGGGGUGAUGGUGGGAAUGGGACAAAAAGACAGCUACGUGGGUGACGAAGCACAGAGCAAAAGAGGAAUCCUGACCCUGAAGUACCCGAUAGAACAUGGCAUCAUCACCAACUGGGACGACAUGGAAAAGAUCUGGCACCACUCUUUCUACAAUGAGCUUCGUGUUGCCCCUGAAGAGCAUCCCACCCUGCUCACGGAGGCACCCCUGAACCCCAAGGCCAACCGGGAGAAAAUGACUCAAAUUAUGUUUGAGACUUUCAAUGUCCCAGCCAUGUAUGUGGCUAUCCAGGCGGUGCUGUCUCUCUAUGCCUCUGGACGCACAACUGGCAUCGUGCUGGACUCUGGAGAUGGUGUCACCCACAAUGUCCCCAUCUAUGAGGGCUAUGCCUUGCCCCAUGCCAUCAUGCGUCUGGAUCUGGCUGGCCGAGAUCUCACUGACUACCUCAUGAAGAUCCUGACUGAGCGUGGCUAUUCCUUCGUUACUACUGCUGAGCGUGAGAUUGUCCGGGACAUCAAGGAGAAACUGUGUUAUGUAGCUCUGGACUUUGAAAAUGAGAUGGCCACUGCCGCAUCCUCAUCCUCCCUUGAGAAGAGUUACGAGUUGCCUGAUGGGCAAGUGAUCACCAUCGGAAAUGAACGUUUCCGCUGCCCAGAGACCCUGUUCCAGCCAUCCUUCAUCGGGAUGGAGUCUGCUGGCAUCCAUGAAACCACCUACAACAGCAUCAUGAAGUGUGAUAUUGACAUCAGGAAGGACCUCUAUGCUAACAAUGUCCUAUCAGGGGGCACCACUAUGUACCCUGGCAUUGCCGACCGAAUGCAGAAGGAGAUCACGGCCCUAGCACCCAGCACCAUGAAGAUCAAGAUCAUUGCCCCUCCGGAGCGCAAAUACUCUGUCUGGAUCGGUGGCUCCAUCCUGGCCUCUCUGUCCACCUUCCAGCAGAUGUGGAUCAGCAAACAGGAAUACGAUGAAGCCGGGCCUUCCAUUGUCCACCGCAAAUGCUUCUAAAACACUUUCCUGCUCCUCUCUGUCUCUAGCACACAACUGUGAAUGUCCUGUGGAAUUAUGCCUUCAGUUCUUUUCCAAAUCAUUCCUAGCCAAAGCUCUGACUCGUUACCUAUGUGUUUUUUAAUAAAUCUGAAAUAGGCUACUGGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-572.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -603.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 397.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..(((((((.....(((((...(((((((((((...))))))..........((((((.(......).)))))).((((.............))))..(((((((.(((((((((.(((((((......)))).)))..(.((((((...(((((((.(((((((((((((.......)))))).))))((((.((.((.........))...))))))..))).)))))))))).))))((((((......)))))).((((((((..((((((..(((((((.((((..((((((.((((((((.......)))...(((((....((((.(((.((((.......((((..((((.((((((((((((...))))))))........(((.......)))...((((.((.(((((((((((...........((((....))))....)))).......))))))).)).))))....(((.......)))))).).))))..))))......))))...))))))).......))))))))))))))..))..)))...).)))))))...)))))).)))))))).((((((.....)))))).(((...))).....)))))).)))))))))).)))))(((((((....(((((((((((((....((((((.....(((.........)))..................(((........))).((((((.((..(((((((((...((((.(((...(((......)))....))).)))).((((((.((((.((((...((((((((.((((((((((........((....))((((.(...((((((((((...)))))))....))).).))))((((((....))))))...)))).))))))........(((((..((......))...))))).((((((((((((((((.(((......)))(((((((...(((((((.((((........)))))))....(((((.((((((.(((((..(((((.((((((.(((((...((((((..........((.(((((((..((......))..)))).))).))))))))...))).(((((((((.((((...((((((((.((((((((.......((..(((((.((((....))))....)))))..))........)))))))).(.((((((...)))))).).((((((..(((((((....))))))).((((.((((((.(((...)))(((((((.....))))))).)))).))))))..(((((.................)))))..).)))))..))))).))).......)))).))......)))))))..(((((.(((......))).)))))(((((........)))))...)))))))).))))))))).).)))).)))))))))))...)).)))))...)))))))).((...(((((((.(((((..((((((.................).))))).))))))))).))).....))...((((((......((((((((...............))).....))))).........))))))............))))))))....))))))..))...))))....)))))))))).)))))))))..))..)))))).....))))))..))))))))))))))))))))......)))))..)))))))..))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((..(((((((,,,..(((({..{(((((((((((...))))))..........((((((.{......).)))))).{(((.............)))},.(((((((.(((((((((.(((((((......)))).)))..{.((((((...(((((((.(((((((((((((.......)))))).)))){(((.((.,,.........},...)))))}..))).)))))))))).))),((((((......)))))).((((((((..((((((..(((((((.,(((..({((((.((((((((......,|||...(((((....{(((,(((.((((,,.....{(((.,((((.{{{(((((((((...)))))))),...,,,.(((.......))),,,((((.((.(((((((((({...........{(((....)))}....}}}}..,,.,.))))))).)).))))....|||,{{....))),}},}.))))..)))}..,...))))...))))})),....,,))))))))))))))..))..)))...}.)))))))...)))))).)))))))).((((((.....)))))).(((...))).....)))))).)))))))))),)))))|,{{{{||||.(((((((((((((.{..((((((.....{((.....,...}}|,..,...,,,........{{|...,.,..}},.((((((.((..(((((((((...((((.(((...(((......)))....))).)))).((((((.((((.((((...((((((((.((((((((((...,....||....}}((((.(...,(,(((((((...)))))))...,)},.}.))))((((((....))))))...)))).))))))..,.....(((((..((......},...))))}.(((((((({{({((((((((.(.{{.,,.,,,||,|.,}|||{(((.((((........)))))))}.,.(((((.((((((.,{{{(,.(((((.((((((.({(((...{(((((..,.......((.(((((((..({......}}..)))).))).))))))))...}|}.{{(((({{,,({{,...||,||||.,((((((((...,...{{..((((({((((....))),.,},}))))..}}....},,.)))))))),,,{{,((({{{{,,|||,|,{(({{{..(((((((....))))))).{({{{((((((.(((.,,|},{{(((({.....))))))).)))).)))))}..(((((..............,..)))))..},))))},})}.)}))))}.{{{{{,},,.}}......}})))))..(((((.(((......))).)))))(((((........)))))...,})))))).)))))}})).,.)))).))))))).|||...,},},}||{,,|,}}))}),||,...,|{{{{.|{{{{..|||((|.,{,...,},......,},))))}.})))))))),)))}|.}|},...((((((......((((({(({,........}},,.,}}.....))))).........)))))),,,,,..,}}..))))))))....))))))..))...))))....)))))))))).)))))))))..))..)))))).....)))))).}))))))))))))))}}}}},......,))))..)))))))..))...
Back