Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001406467.1
Sequence Length
1493 nt
GC Content
0.5459
CCUUUGGCUUGGCUUGUCAGGGCUUGUCCAGGAGUUCCGCUCCUCUCUCCAACCGGGGUCCCCCUCCAGCGACCCUAAAGCUUCCCAGACUUCCGCUUCAAUUCCUGUCCGCACCCCACGCCCACCUCAACGUGGAGCGCAGUGGUCUCCGAGGAGCGCCGGAGCUGCCCCGCCUGCCCAGCGGGGUCAGCACUUCGCAUCAAGGCCCAAGAAAAGCAAGUCCUCCAGCGUUCUGAGCACCCGGGCCUGAGGGAAGGUCCUAACAGCCCCCGGGAGCCAGUCUCCAACGCCUCCCGCAGCAGCCCGCCGCUCCCAGAAUCCUGUGAAGCAGCUCCAGCUAUGUGUGAAGAAGAGGACAGCACUGCCUUGGUGUGUGACAAUGGCUCUGGGCUCUGUAAGGCCGGCUUUGCUGGGGACGAUGCUCCCAGGGCUGUUUUCCCAUCCAUUGUGGGACGUCCCAGACAUCAGAUCUGGCACCACUCUUUCUACAAUGAGCUUCGUGUUGCCCCUGAAGAGCAUCCCACCCUGCUCACGGAGGCACCCCUGAACCCCAAGGCCAACCGGGAGAAAAUGACUCAAAUUAUGUUUGAGACUUUCAAUGUCCCAGCCAUGUAUGUGGCUAUCCAGGCGGUGCUGUCUCUCUAUGCCUCUGGACGCACAACUGGCAUCGUGCUGGACUCUGGAGAUGGUGUCACCCACAAUGUCCCCAUCUAUGAGGGCUAUGCCUUGCCCCAUGCCAUCAUGCGUCUGGAUCUGGCUGGCCGAGAUCUCACUGACUACCUCAUGAAGAUCCUGACUGAGCGUGGCUAUUCCUUCGUUACUACUGCUGAGCGUGAGAUUGUCCGGGACAUCAAGGAGAAACUGUGUUAUGUAGCUCUGGACUUUGAAAAUGAGAUGGCCACUGCCGCAUCCUCAUCCUCCCUUGAGAAGAGUUACGAGUUGCCUGAUGGGCAAGUGAUCACCAUCGGAAAUGAACGUUUCCGCUGCCCAGAGACCCUGUUCCAGCCAUCCUUCAUCGGGAUGGAGUCUGCUGGCAUCCAUGAAACCACCUACAACAGCAUCAUGAAGUGUGAUAUUGACAUCAGGAAGGACCUCUAUGCUAACAAUGUCCUAUCAGGGGGCACCACUAUGUACCCUGGCAUUGCCGACCGAAUGCAGAAGGAGAUCACGGCCCUAGCACCCAGCACCAUGAAGAUCAAGAUCAUUGCCCCUCCGGAGCGCAAAUACUCUGUCUGGAUCGGUGGCUCCAUCCUGGCCUCUCUGUCCACCUUCCAGCAGAUGUGGAUCAGCAAACAGGAAUACGAUGAAGCCGGGCCUUCCAUUGUCCACCGCAAAUGCUUCUAAAACACUUUCCUGCUCCUCUCUGUCUCUAGCACACAACUGUGAAUGUCCUGUGGAAUUAUGCCUUCAGUUCUUUUCCAAAUCAUUCCUAGCCAAAGCUCUGACUCGUUACCUAUGUGUUUUUUAAUAAAUCUGAAAUAGGCUACUGGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-487.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -513.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 463.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.((..((.((((((......((((((...))))))..........((((((.(......).))))))...(((....((((....((((((((((((((..((...((((((((((......)))).))(((((((((((((........))))((((((((((.......)))))).)))).....((((...((..((((....((((((((((..((((((((.((.((((((.(((.((((...))))..)))..)))))).))))).....))))).....((.((.....)).))..(((((.(((.....((((...((((...((((((.((((((((((((((((((((.((((.((.(((((((((...((((......))))((((((((.((((((((.(((....(((.......)))...((((((((((.((.((((((....).))))).))......))))))))))))).))))..((((.(((..(((((........))))).))).)))))))).).....)))))))....((((.(...((((((((((...)))))))....))).).))))))))))...))).)))))).))))))))))))).)))).....)))...)))))).)))).....))))))).)))))((((((.(.((.......)).).))))))..))))))).)))))))..))))))..(((((.((((((.(((((..(((((.((((((.(((((...((((((..........((.(((((((..((......))..)))).))).))))))))...))).(((((((((.((((...((((((((.((((((((.......((..(((((.((((....))))....)))))..))........)))))))).(.((((((...)))))).).((((((..(((((((....))))))).((((.((((((.(((...)))(((((((.....))))))).)))).))))))..(((((.................)))))..).)))))..))))).))).......)))).))......)))))))..(((((.(((......))).)))))(((((........)))))...)))))))).))))))))).).)))).))))))).......)))))))))((....))...........((((.(((((..((((((.................).))))).))))))))).))))....))..))))))))....)))))).((((........))))...((....))...........................))))..))).(((....)))...))))))(((((....((.....))....)))))...))..)).)))))))).....(((.((..(((((..((((......)))).....)))))..)).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(,,(((((,((,.,({(((((({{....((((((...))))))..........((((((.{......).))))))...(({....{({{....((((((((((((((..((...((((((((((......)))).))((((.((((((.{.((((((,,(({((((((((((.......)))))).)))).||{||{,{{,.{{{.,..,....{{{{|{,{{|{.{|{{{{{(.((.((((((.(((.((({...})))..)))..)))))).}}|||,,{{.,}|}},||,|({{{{{{||||,.||||(((({.{{|,,...{({{,,.((((.,.((((({.((((((((((((((((((({,((,,.({.(((((((((.,,((({......}|}}((((({({.(((,..(({((((.{{((({.....,|{|{{.{{{{||||||.((.((((({....}.))))).}}..,...}}}}}}}}})}},...},,.,|||}|}}..|||||}}...,}}}))}}.,}}.))},.,}},}...,,)))))))....((((.(...,(,(((((((...)))))))...,)},.}.))))|||||}...})),))},,)}))))))))))))).)))).....)))..|)))),}.}))),,...))))))).}))))((((((.(.((.......}}.}.)))))}{{{.((((........))))}))||,,,,,{|}{{{,{(|{{{||,{((,{,,({(({{..,|||,...|||,|.}}}))}.},|{.||{||||,,,.......},..}}}),))}}))))))}),}})},}))}}|,|...}}}}...}},,}},.,((((((((...,...((..((((({((((....)))}.,},}))))..))....,,,.))))))))},.||||{{,,||})}}}|}||,,,||},|((((((....))))))),}|}|},||||}}}}}}..,..(((((((.....))))))).{((((((((....(((((..............,..)))))..({(,((((..((..{(((({,((({............,|||}}},..(((((.(((......))).)))))|||||{{{.,(((||{.((({.{(((,||,.|{|,{|.|....,}),,}},}}}.{,,....,)),||||{{{...)).),}},....)))).}))).))))))))},}}.})))))..))..))))))),.,))))))))}))))....))..))))))))....)))))).((((........))))...{{....}}................,}|........)},,..))),{,,..,{|,|{{{|,,,,,(((((....((.....))....)))))...))}}),,))}}})))}},}}||,.||,,(({{{.,,,,({,....,,,...,,.)))))},),.))}..
Back