Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001406468.1
Sequence Length
1576 nt
GC Content
0.5571
CCUUUGGCUUGGCUUGUCAGGGCUUGUCCAGGAGUUCCGCUCCUCUCUCCAACCGGGGUCCCCCUCCAGCGACCCUAAAGCUUCCCAGACUUCCGCUUCAAUUCCUGUCCGCACCCCACGCCCACCUCAACGUGGAGCGCAGUGGUCUCCGAGGAGCGCCGGAGCUGCCCCGCCUGCCCAGCGGGGUCAGCACUUCGCAUCAAGGCCCAAGAAAAGCAAGUCCUCCAGCGUUCUGAGCACCCGGGCCUGAGGGAAGGUCCUAACAGCCCCCGGGAGCCAGUCUCCAACGCCUCCCGCAGCAGCCCGCCGCUCCCAGGUGCCCGCGUGCGCCGCUGCCGCCGCAAUCCCGCACGCGUCCCGCGCCCGCCCCACUUUGCCUAUCCCCGGGACUAAGACGGGAAUCCUGUGAAGCAGCUCCAGCUAUGUGUGAAGAAGAGGACAGCACUGCCUUGGUGUGUGACAAUGGCUCUGGGCUCUGUAAGGCCGGCUUUGCUGGGGACGAUGCUCCCAGGGCUGUUUUCCCAUCCAUUGUGGGACGUCCCAGACAUCAGAUCUGGCACCACUCUUUCUACAAUGAGCUUCGUGUUGCCCCUGAAGAGCAUCCCACCCUGCUCACGGAGGCACCCCUGAACCCCAAGGCCAACCGGGAGAAAAUGACUCAAAUUAUGUUUGAGACUUUCAAUGUCCCAGCCAUGUAUGUGGCUAUCCAGGCGGUGCUGUCUCUCUAUGCCUCUGGACGCACAACUGGCAUCGUGCUGGACUCUGGAGAUGGUGUCACCCACAAUGUCCCCAUCUAUGAGGGCUAUGCCUUGCCCCAUGCCAUCAUGCGUCUGGAUCUGGCUGGCCGAGAUCUCACUGACUACCUCAUGAAGAUCCUGACUGAGCGUGGCUAUUCCUUCGUUACUACUGCUGAGCGUGAGAUUGUCCGGGACAUCAAGGAGAAACUGUGUUAUGUAGCUCUGGACUUUGAAAAUGAGAUGGCCACUGCCGCAUCCUCAUCCUCCCUUGAGAAGAGUUACGAGUUGCCUGAUGGGCAAGUGAUCACCAUCGGAAAUGAACGUUUCCGCUGCCCAGAGACCCUGUUCCAGCCAUCCUUCAUCGGGAUGGAGUCUGCUGGCAUCCAUGAAACCACCUACAACAGCAUCAUGAAGUGUGAUAUUGACAUCAGGAAGGACCUCUAUGCUAACAAUGUCCUAUCAGGGGGCACCACUAUGUACCCUGGCAUUGCCGACCGAAUGCAGAAGGAGAUCACGGCCCUAGCACCCAGCACCAUGAAGAUCAAGAUCAUUGCCCCUCCGGAGCGCAAAUACUCUGUCUGGAUCGGUGGCUCCAUCCUGGCCUCUCUGUCCACCUUCCAGCAGAUGUGGAUCAGCAAACAGGAAUACGAUGAAGCCGGGCCUUCCAUUGUCCACCGCAAAUGCUUCUAAAACACUUUCCUGCUCCUCUCUGUCUCUAGCACACAACUGUGAAUGUCCUGUGGAAUUAUGCCUUCAGUUCUUUUCCAAAUCAUUCCUAGCCAAAGCUCUGACUCGUUACCUAUGUGUUUUUUAAUAAAUCUGAAAUAGGCUACUGGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-521.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -549.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 503.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.((..((.((((((......((((((...))))))..........((((((.(......).))))))...(((....((((....((((((((((((((..((...((((..((((......)))).(((((((((.(.((..((((((.(((.(((((...((((.....(((((((....)))))))....)))).....................((((((((.((.((((((.(((.((((...))))..)))..)))))).))))).....)))))........)))))))).))))))..)).).)))).))))).(((((...((((.(((((.....((((((.....((........)).......)))))).....)))))....))))..))))).((((...((((((.((((((((((((((((((((.((((.((.(((((((((...((((......))))((((((((.((((((((.(((....(((.......)))...((((((((((.((.((((((....).))))).))......))))))))))))).))))..((((.(((..(((((........))))).))).)))))))).).....)))))))....((((.(...((((((((((...)))))))....))).).))))))))))...))).)))))).))))))))))))).)))).....)))...)))))).)))).(((.(((((((...(((((((((.((((((..(((((((...(((((((.((((........)))))))....(((((.((((((.(((((..(((((.((((((.(((((...((((((..........((.(((((((..((......))..)))).))).))))))))...))).(((((((((.((((...((((((((.((((((((.......((..(((((.((((....))))....)))))..))........)))))))).(.((((((...)))))).).((((((..(((((((....))))))).((((.((((((.(((...)))(((((((.....))))))).)))).))))))..(((((.................)))))..).)))))..))))).))).......)))).))......)))))))..(((((.(((......))).)))))(((((........)))))...)))))))).))))))))).).)))).)))))))))))...)).)))))....((((((..(........)..))))))..)))))).)))))............))))...))))))))))))))....))..))))))))....)))))).((((........))))...((....))...........................))))..))).(((....)))...))))))(((((....((.....))....)))))...))..)).)))))))).....(((.((..(((((..((((......)))).....)))))..)).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(..(((({,(({..((((((((((,...((((((...))))))..........((((((.{......).))))))..,{{{...,{|,|.,..(((((((((((((((.(({{{((((((((((......)))).))},.||||.,.{,,.((((((.(((.((((({{(((,,.....||||||,,,}},||||}|.,,.||||,,..{,...{,..,.......{{{{{||{.{{.{{{|||,|||,|{||,,.}}}}..)}}..}}||||,|}}}}.....})))},,,,,}..))}))))).))))))..))})},,(((((((..,.(((....)))....)))))))((((((.{...((........)).....,.))))))...)))))))))....))))))|||,{{(({,.{(((({.(({(((((((((((((((({.((,,.((.(((((((((..,((({......}}}}((((({({.(((,..(({((((.{(((({.....,|{|{,.{{{{||||||.((.((((({....}.))))).}}..,...}}}}}}}}})}},...},,.,|||}|}}..|||||}}...,}}}))|}.,}}.))},.,}},}...,,)))))))....((((.(...,(,(((((((...)))))))...,)},.}.))))}))))}...})).))},,)}))))))))))))).))))..,,,|||{,{||||,,.,|||{{{.{{((((({{,{{((((((((.(.{{.,..,.,||,|.}}}}}|{{(.((((........)))))))},,,{{{||,||||||,.,{||},(((((.((((((.{((({...{|||{{..,,,,,,..{{.({{((((,,{,....,,}},,)}}}.))),)))}}}}}...}}},||{{{{{,..|||,...|||||||.,((((((((...,...({..((((({((((....)))}.,},}))))..)}....,,,.))))))))},,{{{((({{{|}}|||,|,{{{{{{,.(((((((....))))))).{{,{{((((({.(((.,,||,(((((((.....))))))).}|||,||||}}..(((((..............,..)))))..|,|}||||,}|,}}|||||,{{{{{,,...,,......}|))))}..(((((.(((......))).))))){{{{{,....,,,}}|}|,,.,||||}}}.}}|}}}}}}...}})).}))}))}.|||...,},},|||{,,|,,,)),),}},....}|||{,|||||,,||||||.}|,}},}}}..,,..}}})))),.}))))))))}))))}.,}),...|||||{.....,|{{||,(({{........}}}}.,,},....))}}}.........}}}}))....,..,,),,}}}))))},...{{{.(((((.....(((((....((.....))....)))))...))))).})),},))))))))))..|||,{{,,,.,,{,{{,....,,,...,,,)}))))})..)),..
Back