Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407397.1
Sequence Length
1255 nt
GC Content
0.4980
GGGAGCUGGGAAGCCCGGCGCGCGUCGUUUGCUGGGGCUGUUUGUGCGUUGCUGCUGUGCUACCGCGUUGCGUUUUCUAGGCAUUUACUUACACGCUUUGUGGUUUACGCUCUCAUAACCUUGUGGUUUUAUAGUCCUUAAAUUAUUGUAGCGCACGUUACUUAAAUCCAGAAGCAGAUGUGUACCCCAGCAAGAGAUAAAAUGACGCUCAGAGUCAGUAGAUCCAGACCGUGCCUGAGAUCCUGAAUCCUGUUUCCUACCCACUAUUCAGCCAUUGGGUCACAAGCGAUGAAAAGAGCACCUUGAAGGUCCUGACCAGCUCUAAAGAUGGGUCAGCUGCUGUAUUUCCAAGAACCCCAUGACUUCCAGGGCCCCUUGUUCCCAGGAAGGCCCCGCACCCCAGUCGUCCCGUGCAUAACCUCACGGGCCAGCACCUGGUAGCUGCUGGAAGGCUUCUGGGGGAUGCCUGGGCCCCUCCAGCCCUACCUCUAGUCCUGCCACUUUACAACUGAGCACCUCCCGCUGCUGCCUGCUGAACCCUUCAGAGUCCUUGCCACAGGCCCUAUUUACUUUUUCCUGAGAAGAUUUGUGGUCUGCAUUAUGUCUGGAGCCAGAAGUAAGCUUGCUCUUUUCCUCUGCGGCUGUUACGUGGUUGCCCUGGGAGCCCACACCGGGGAGGAGAGCGUGGCUGACCAUCACGAGGCUGAAUAUUAUGUGGCUGCCGUGUAUGAGCAUCCAUCCAUCCUGAGUCUGAACCCUCUGGCUCUCAUCAGCCGCCAAGAGGCCUUGGAGCUCAUGAACCAGAACCUUGACAUCUAUGAACAGCAAGUGAUGACUGCAGCCCAAAAGGAUGUACAGAUUAUAGUGUUUCCAGAAGAUGGCAUUCAUGGAUUCAACUUUACAAGAACAUCCAUUUAUCCAUUUUUGGACUUCAUGCCGUCUCCCCAGGUGGUCAGGUGGAACCCAUGCCUGGAGCCUCACCGCUUCAAUGACACAGAGGUGAUUCCUGCCUUUUUCCUCAGUAGGCUGAGGGUACACAGAGGUGAUCUAAGUCAGGGACCAGAAGCUGUGACAUGUUAACUAAGAUUGAUAGGAGACCUUAACAUCCCCAAAAUCCAACCCAAACUCCCAAAGAUCCAUGUGCCACAUGUUCAUUCCAUUAAAGAAUGUCUGACGUUACAAGGCAGUUAUUCAUCUAUGGAUCUUUCCAUUUAUUAAUUACACAAUAAAUACAGGAAUGUAUACUUAAACCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-379.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -402.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 358.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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