Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407976.1
Sequence Length
3760 nt
GC Content
0.4431
GCUGAGACUUCCUGGACGGGGGACAGGCUGUGGGGUUUCUCAGAUAACUGGGCCCCUGCGCUCAGGAGGCCUUCACCCUCUGCUCUGGAAAGAAAUGGAUUUAUCUGCUCUUCGCGUUGAAGAAGUACAAAAUGUCAUUAAUGCUAUGCAGAAAAUCUUAGAGUGUCCCAUCUGUCUGGAGUUGAUCAAGGAACCUGUCUCCACAAAGUGUGACCACAUAUUUUGCAAAUUUUGCAUGCUGAAACUUCUCAACCAGAAGAAAGGGCCUUCACAGUGUCCUUUAUGUAAGAAUGAUAUAACCAAAAGGAGCCUACAAGAAAGUACGAGAUUUAGUCAACUUGUUGAAGAGCUAUUGAAAAUCAUUUGUGCUUUUCAGCUUGACACAGGUUUGGAGUAUGCAAACAGCUAUAAUUUUGCAAAAAAGGAAAAUAACUCUCCUGAACAUCUAAAAGAUGAAGUUUCUAUCAUCCAAAGUAUGGGCUACAGAAACCGUGCCAAAAGACUUCUACAGAGUGAACCCGAAAAUCCUUCCUUGCAGGAAACCAGUCUCAGUGUCCAACUCUCUAACCUUGGAACUGUGAGAACUCUGAGGACAAAGCAGCGGAUACAACCUCAAAAGACGUCUGUCUACAUUGAAUUGGGAUCUGAUUCUUCUGAAGAUACCGUUAAUAAGGCAACUUAUUGCAGUGUGGGAGAUCAAGAAUUGUUACAAAUCACCCCUCAAGGAACCAGGGAUGAAAUCAGUUUGGAUUCUGCAAAAAAGGCUGCUUGUGAAUUUUCUGAGACGGAUGUAACAAAUACUGAACAUCAUCAACCCAGUAAUAAUGAUUUGAACACCACUGAGAAGCGUGCAGCUGAGAGGCAUCCAGAAAAGUAUCAGGGUGAAGCAGCAUCUGGGUGUGAGAGUGAAACAAGCGUCUCUGAAGACUGCUCAGGGCUAUCCUCUCAGAGUGACAUUUUAACCACUCAGCAGAGGGAUACCAUGCAACAUAACCUGAUAAAGCUCCAGCAGGAAAUGGCUGAACUAGAAGCUGUGUUAGAACAGCAUGGGAGCCAGCCUUCUAACAGCUACCCUUCCAUCAUAAGUGACUCUUCUGCCCUUGAGGACCUGCGAAAUCCAGAACAAAGCACAUCAGAAAAAGCAGUAUUAACUUCACAGAAAAGUAGUGAAUACCCUAUAAGCCAGAAUCCAGAAGGCCUUUCUGCUGACAAGUUUGAGGUGUCUGCAGAUAGUUCUACCAGUAAAAAUAAAGAACCAGGAGUGGAAAGGUCAUCCCCUUCUAAAUGCCCAUCAUUAGAUGAUAGGUGGUACAUGCACAGUUGCUCUGGGAGUCUUCAGAAUAGAAACUACCCAUCUCAAGAGGAGCUCAUUAAGGUUGUUGAUGUGGAGGAGCAACAGCUGGAAGAGUCUGGGCCACACGAUUUGACGGAAACAUCUUACUUGCCAAGGCAAGAUCUAGAGGGAACCCCUUACCUGGAAUCUGGAAUCAGCCUCUUCUCUGAUGACCCUGAAUCUGAUCCUUCUGAAGACAGAGCCCCAGAGUCAGCUCGUGUUGGCAACAUACCAUCUUCAACCUCUGCAUUGAAAGUUCCCCAAUUGAAAGUUGCAGAAUCUGCCCAGAGUCCAGCUGCUGCUCAUACUACUGAUACUGCUGGGUAUAAUGCAAUGGAAGAAAGUGUGAGCAGGGAGAAGCCAGAAUUGACAGCUUCAACAGAAAGGGUCAACAAAAGAAUGUCCAUGGUGGUGUCUGGCCUGACCCCAGAAGAAUUUAUGCUCGUGUACAAGUUUGCCAGAAAACACCACAUCACUUUAACUAAUCUAAUUACUGAAGAGACUACUCAUGUUGUUAUGAAAACAGAUGCUGAGUUUGUGUGUGAACGGACACUGAAAUAUUUUCUAGGAAUUGCGGGAGGAAAAUGGGUAGUUAGCUAUUUCUGGGUGACCCAGUCUAUUAAAGAAAGAAAAAUGCUGAAUGAGCAUGAUUUUGAAGUCAGAGGAGAUGUGGUCAAUGGAAGAAACCACCAAGGUCCAAAGCGAGCAAGAGAAUCCCAGGACAGAAAGAUCUUCAGGGGGCUAGAAAUCUGUUGCUAUGGGCCCUUCACCAACAUGCCCACAGAUCAACUGGAAUGGAUGGUACAGCUGUGUGGUGCUUCUGUGGUGAAGGAGCUUUCAUCAUUCACCCUUGGCACAGGUGUCCACCCAAUUGUGGUUGUGCAGCCAGAUGCCUGGACAGAGGACAAUGGCUUCCAUGCAAUUGGGCAGAUGUGUGAGGCACCUGUGGUGACCCGAGAGUGGGUGUUGGACAGUGUAGCACUCUACCAGUGCCAGGAGCUGGACACCUACCUGAUACCCCAGAUCCCCCACAGCCACUACUGACUGCAGCCAGCCACAGGUACAGAGCCACAGGACCCCAAGAAUGAGCUUACAAAGUGGCCUUUCCAGGCCCUGGGAGCUCCUCUCACUCUUCAGUCCUUCUACUGUCCUGGCUACUAAAUAUUUUAUGUACAUCAGCCUGAAAAGGACUUCUGGCUAUGCAAGGGUCCCUUAAAGAUUUUCUGCUUGAAGUCUCCCUUGGAAAUCUGCCAUGAGCACAAAAUUAUGGUAAUUUUUCACCUGAGAAGAUUUUAAAACCAUUUAAACGCCACCAAUUGAGCAAGAUGCUGAUUCAUUAUUUAUCAGCCCUAUUCUUUCUAUUCAGGCUGUUGUUGGCUUAGGGCUGGAAGCACAGAGUGGCUUGGCCUCAAGAGAAUAGCUGGUUUCCCUAAGUUUACUUCUCUAAAACCCUGUGUUCACAAAGGCAGAGAGUCAGACCCUUCAAUGGAAGGAGAGUGCUUGGGAUCGAUUAUGUGACUUAAAGUCAGAAUAGUCCUUGGGCAGUUCUCAAAUGUUGGAGUGGAACAUUGGGGAGGAAAUUCUGAGGCAGGUAUUAGAAAUGAAAAGGAAACUUGAAACCUGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCACUGGAGGUCAGGAGUUCGAAACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAGAAAUUAGCCGGUCAUGGUGGUGGACACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGUGGCUAAGGCAGGAGAAUCACUUCAGCCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCAUACCACGGCACUCCAGCCUGGGUGACAGUGAGACUGUGGCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAUGAAACUAGAAGAGAUUUCUAAAAGUCUGAGAUAUAUUUGCUAGAUUUCUAAAGAAUGUGUUCUAAAACAGCAGAAGAUUUUCAAGAACCGGUUUCCAAAGACAGUCUUCUAAUUCCUCAUUAGUAAUAAGUAAAAUGUUUAUUGUUGUAGCUCUGGUAUAUAAUCCAUUCCUCUUAAAAUAUAAGACCUCUGGCAUGAAUAUUUCAUAUCUAUAAAAUGACAGAUCCCACCAGGAAGGAAGCUGUUGCUUUCUUUGAGGUGAUUUUUUUCCUUUGCUCCCUGUUGCUGAAACCAUACAGCUUCAUAAAUAAUUUUGCUUGCUGAAGGAAGAAAAAGUGUUUUUCAUAAACCCAUUAUCCAGGACUGUUUAUAGCUGUUGGAAGGACUAGGUCUUCCCUAGCCCCCCCAGUGUGCAAGGGCAGUGAAGACUUGAUUGUACAAAAUACGUUUUGUAAAUGUUGUGCUGUUAACACUGCAAAUAAACUUGGUAGCAAACACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1104.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1178.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 1188.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((((((..(((.....(((((.......(((((((....(((((((((....)))).))))).....((((((((((((.......((((((.(((((.....(((((((.((.((.....)).)).)))))))...))))))))))).....((.(((.(((((.((((((((.((((........(((((.(((((((((....))))))))).....((((((((((....(((((.....)))))(((((((((....)).))))))).................((....))....(((......)))(.((((((.(((((...((((((((((...(((...))).....)))))))))))))))..)))))).)))))))))))(((((....((((((((..(((((.....(((((...(((..(((....(((((........)))))....((((((..........))))))....))).)))...)))))...........)))))..))))))))...((((((((..((((((..........)))).))..)))))...))).((((......((((((................(((((..((.((.(((((((.(((...((((((....((((.((.((((((....)))))))).))))))))))...)))...........(((.((((.........)))).)))......(((((((((((......((((((((((((((.((((.((((((..(((.............(((..(((((((((.....(((.......((((.((((...((......(((.((....)))))....)).))))))))......))))))))).)))..)))..)))..)))))).))))((((((...((.(((((((((.(((((..........))))).).))).)))))))............(((((...(((.((((........))))........(((((......)))))(((((((..(((.........)))...)))))))..........(((((.......))))).(((.(....)))).....)))..)))))....))))))......))))))....))))).......)))......))))))))))).(((...(((((.((((.........)))).)))))..(((((..............))))).(((((.(((.......))).)))))....)))((((....))))..(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((......((((.((((.(...(((......)))).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.(((...(((((.(.((..........(((((....))))).....(((((...))))).))).))))))))..)))).)))))))))).))..)))...))))....)))))))))).....))))))).))))).))))..).....))))))))((((........))))......))))))).)).)).))))))))))).....)))))))))(((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..))))))))))))))))........)))))))))))))))))..))).))(((......)))((.(((((((.(((((((((....)))..((((((.(((....))).))))))))))))....((((((((.((((.(((..((........))...((((((((((............((((((.....))))))((((......)))).......((((((.(......).))))))..))))))))))........(((((...)))))(((.....))).((((..(((((.....)))))..))))..))).))))..))))))))...........))))))).))))))....)))).))))..((((..((.(((....)))))..)))).(((((((((.((.(((..((((((((((((....(((((((...((.(((............))).))))))).)).....))))))))).)))((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((...((.(.(((((..(((((......))).)).))))).))).)))))))))........)).)))))))))).....))))).))))))).))))...((((((.(((((((.(.(((((..(((((....((.(((((..(((((((((.((((((((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...((((..((((((....((.(((((....)))))))..)))))).......))))..))))).)).))))))))((((...............(((.(((((((((..((((((.((......)).))))))...........(((((((((..((((...((((((..((((((((........))))))))..))))))...))))....((((((....)))))).........)))))).))).((((((.........)))))).............))))))))).)))))))....))))))..)))))))))))))(((((((.((((((.((((((....))..))))...))))))...((.((.((((......)))).)).)).....(((((....)))))((((((((.(((((.((((((.(((((...)))))..))))))((((((...(((((.((((((.......))))))...)))))...)))))).(((((.((((...............)))).))))).(((.((((.....))))))).)))))))))))))..)))))))..)))))..))))..))).))))))))).......))))))))))).(((.((((..(((((((..((.((((...........))))..))..)))).)))...)))))))..((((((((((....))))))..(((.((((.....)))).))).))))))))))))))))).(((((((((.(((((((..(((......)))..)))....))))..)).)))))))..............................))))).)))))))))...)))))))((((((((..(((....)))..))))))))......)))))((((((((.((..(((.....)))....)).))))))))..(((((..((((((...((((((((((((((.((((((....((((..............(((((.....)))))..((((.(((....................))).))))...((((..(((((((((....)))))))))..)))).............((........))....))))))))))...)))))).)))))))))))))))))))((((((...)))))).....)))....)))))))..)))).))))...((((((...(((((((((.((.((((.............)))))).)))))))))....(((((((....)))))))..((((.(((((((((..............)))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((((((..((((..,((((.(((((((((((((....}}|((((((((....)))).)))),..,,{{{{{,((((({..,{,,,{((((((.(((((.....(((((((.((.{{.....}).)).)))))))...))))))))))}{,,,|{(.{({.(((((.((((((((.((({.....,|,{((((.,,,,((((({{{{|}},|||||{{{{.{(((((((((....(((((.....))))){((((((((....)).))))))}.,,,.....,,,|||,.((....}|,,,,({(......}}|{.{{{{{,.(((((...((((((((((.,.(({...})}.....)))))))))))))))..}})))),})))))))))}..........})))))}},.((((.........))))...(((({...}))))..,,,,(({{{{((.,,.(,((((({...{{{{.|{{({{........{(({.{(((((...........,,,(((({.,.})}}}.....(((((,,((((({..........|}))|,}..}}}}}})))))}))}....}|||||}.......,(({{.((((....))))...}}}}..,((({({(({{{(((((....((((.(,,((((((....)))))))).))))))))))}},,},..,........{((.((({.........}))).))}......{(((((((((({.....,{((((((((({,.,((((.((((((,.(((..,,.....|,.,|,{|.{{,((((((.....,{{.,||,..((((.((((...{{.,,...(((.{{..,.)))))....}}.))))))))..,}},},})))))),})),|}}}..}))..)))))).})))|{((({{{{((,(((((((((.(((((..........))))).).)))))}}}}}}..|,........{{{{,...{{{...||,{{,,.{(((((...(({{{(((({{{{...,|}}}.||{.}}}))}},))))).)))))}..,}}}|.|,,...|||,.{{{{(,|,...,}}}}}.{{{|,....,}}}.....,}},.,}}}}....}))))|......|||||,.....}}})},},...,}}....},})))))))))}.{(((((((((((..,..{(((...,{,|{{{,{||...,))}..,,}..........))))..,.)))))))))))),)))).))))....}}}}|||.},.))))))})}||||,}}}|||{{(((((((((((,(({((({{{,.,|},,},.,|||{,{{{,,{|,{{({,....,}}}}.}}}}|}|}}{{{||{|.((({{((({{(,{(((({({((({((,(({({((.....,,,..(((((....))))).,,{{(((((...))))}..))})),|||||..||||.,||,}},}}),})..}}}},.|}|}.,..|||||,,,,)}}},.,))))})}))),)}))))|||......,))},,,.,....((((((|{...{(({....}}))...,},))))))..,,})))))),}}})))))(((((((((((.((..({.(((..........))).})..))..))))))))))))}}}}...,....}))))))))))}}))))..)}).)},.....,..,}}}}.,,(((((((((((((((....)))..((((((.(((....))).)))))))))))}...))))))..|,|{|||..,..{{...,,,.,}}}},|{{{{{((((,{{,{{.....}||||||,.,,,)}}}}}{{{{....,,))))..,....{|||||.|.....,),)}}))}..,}||}}}}}},,,,.,,,(((((...))))){((.....,},.,{{,..(((((.....)))))..))))...,})}})).))),},))},..,||.}}},})).}}}.}}||{,.(((((((((((...{{,,.,({.{{{....)))}|{{||||{,,,..,|||}||}||.}||({(((((((({.{{.(((((((...({.(((........,,..}}}.)}))))).))...,}))))))))).))}|{((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((,..((.(.(((((..{{(((......))).}}.))))).))),))))))))).......})).)))))))))).....))))).))))))).)))}{{.((((((.(((((((.{.(((((,.{((((.,,,{{.(((({,,({(({((((.((((({((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...{(((.,((((((.,..((.(((((....)))))))..))))))...,.,.)))}..))))).}}.)))))))){{{,.............,,(((.(((((((((.,(((({{,(({,....}|||||}}},,,..{{,...,,,.|||||}|{{{|,,.{(((((..((((((((........))))))))..)))))}...)})},},.|{{{{,....,}}}},.{{{{.....}),)).,{,.((((((.........)))))).....,,,},,,.))))))))).))),})).,..))))))..))))))))))))|(((((((.((((((.((((((....}}..})))...))))))...,{,((,({({.....,})))}}).}}.....(((((....)))))((((((({{(((({.((((((.(((((...))))).,})))))((({(|...{((((.{(((((.......)))))),)))))},...)))))),(((((.(({{........,,....,))}).))))).(((.((((.....))))))).}))))))))))))..)))))))},)))))..)))}.|})).}))))))}}...,...))))))))))}.{((.((((..{((((((,.({.(({,...........})}}..})..}})),))},,.)))))))..((((((((((....))))))..(((.((((.....)))).))).))))))))))))))))).}|{{|{|,,.||{{,{{..(((......)))|||||.{{{{|,..}))})}))))}................,{((({,,.,...,{{({{,{,,|||}},...||,{(((((((,{,({{((({..,||,..||}}||}||}|...,,,..||||{{{{,||..{{,.....}}}....)).}))))))}..,.,,,,,.{{{{{{,,{,,....},,))}))}})),}},,,|||,.,,....})),,,.{((((.....)))))..))))))),|.}}}})))}..,{,.......}},}}},..((((..(((((((((....)))))))))..)))).,|,}}}}}}}}}))}}}}}}..((((........))))..,........}))))}}}))}.,,}||||{|,,....}))))).....)))....)))))))..)))).))))...{(((((...(((((((((.((.((((...{,...,}...)))))).))))))))).,.,((((({,.,,.|}}})))..|{||||||{{{{|,..,{{|........}}}})))}}},},)))))}
Back