Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001408415.1
Sequence Length
4853 nt
GC Content
0.4511
GCUGAGACUUCCUGGACGGGGGACAGGCUGUGGGGUUUCUCAGAUAACUGGGCCCCUGCGCUCAGGAGGCCUUCACCCUCUGCUCUGGGUAAAGGUAGUAGAGUCCCGGGAAAGGGACAGGGGGCCCAAGUGAUGCUCUGGGGUACUGGCGUGGGAGAGUGGAUUUCCGAAGCUGACAGAUGGGUAUUCUUUGACGGGGGGUAGGGGCGGAACCUGAGAGGCGUAAGGCGUUGUGAACCCUGGGGAGGGGGGCAGUUUGUAGGUCGCGAGGGAAGCGCUGAGGAUCAGGAAGGGGGCACUGAGUGUCCGUGGGGGAAUCCUCGUGAUAGGAACUGGAAUAUGCCUUGAGGGGGACACUAUGUCUUUAAAAACGUCGGCUGGUCAUGAGGUCAGGAGUUCCAGACCAGCCUGACCAACGUGGUGAAACUCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGCGUGGUGCCGCUCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUAGAACCCGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCGCGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUGUCUCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAACACCGGCUGGUAUGUAUGAGAGGAUGGGACCUUGUGGAAGAAGAGGUGCCAGGAAUAUGUCUGGGAAGGGGAGGAGACAGGAUUUUGUGGGAGGGAGAACUUAAGAACUGGAUCCAUUUGCGCCAUUGAGAAAGCGCAAGAGGGAAGUAGAGGAGCGUCAGUAGUAACAGAUGCUGCCGGCAGGGAUGUGCUUGAGGAGGAUCCAGAGAUGAGAGCAGGUCACUGGGAAAGGUUAGGGGCGGGGAGGCCUUGAUUGGUGUUGGUUUGGUCGUUGUUGAUUUUGGUUUUAUGCAAGAAAAAGAAAACAACCAGAAACAUUGGAGAAAGCUAAGGCUACCACCACCUACCCGGUCAGUCACUCCUCUGUAGCUUUCUCUUUCUUGGAGAAAGGAAAAGACCCAAGGGGUUGGCAGCAAUAUGUGAAAAAAUUCAGAAUUUAUGUUGUCUAAUUACAAAAAGCAACUUCUAGAAUCUUUAAAAAUAAAGGACGUUGUCAUUAGUUCUUUGGUUUGUAUUAUUCUAAAACCUUCCAAAUCUUAAAUUUACUUUAUUUUAAAAUGAUAAAAUGAAGUUGUCAUUUUAUAAACCUUUUAAAAAGAUAUAUAUAUAUGUUUUUCUAAUGUGUUAAAGUUCAUUGGAACAGAAAGAAAUGGAUUUAUCUGCUCUUCGCGUUGAAGAAGUACAAAAUGUCAUUAAUGCUAUGCAGAAAAUCUUAGAGUGUCCCAUCUGUCUGGAGUUGAUCAAGGAACCUGUCUCCACAAAGUGUGACCACAUAUUUUGCAAGAGCCUACAAGAAAGUACGAGAUUUAGUCAACUUGUUGAAGAGCUAUUGAAAAUCAUUUGUGCUUUUCAGCUUGACACAGGUUUGGAGUAUGCAAACAGCUAUAAUUUUGCAAAAAAGGAAAAUAACUCUCCUGAACAUCUAAAAGAUGAAGUUUCUAUCAUCCAAAGUAUGGGCUACAGAAACCGUGCCAAAAGACUUCUACAGAGUGAACCCGAAAAUCCUUCCUUGCAGGAAACCAGUCUCAGUGUCCAACUCUCUAACCUUGGAACUGUGAGAACUCUGAGGACAAAGCAGCGGAUACAACCUCAAAAGACGUCUGUCUACAUUGAAUUGGGAUCUGAUUCUUCUGAAGAUACCGUUAAUAAGGCAACUUAUUGCAGUGUGGGAGAUCAAGAAUUGUUACAAAUCACCCCUCAAGGAACCAGGGAUGAAAUCAGUUUGGAUUCUGCAAAAAAGGCUGCUUGUGAAUUUUCUGAGACGGAUGUAACAAAUACUGAACAUCAUCAACCCAGUAAUAAUGAUUUGAACACCACUGAGAAGCGUGCAGCUGAGAGGCAUCCAGAAAAGUAUCAGGGUGAAGCAGCAUCUGGGUGUGAGAGUGAAACAAGCGUCUCUGAAGACUGCUCAGGGCUAUCCUCUCAGAGUGACAUUUUAACCACUCAGCAGAGGGAUACCAUGCAACAUAACCUGAUAAAGCUCCAGCAGGAAAUGGCUGAACUAGAAGCUGUGUUAGAACAGCAUGGGAGCCAGCCUUCUAACAGCUACCCUUCCAUCAUAAGUGACUCUUCUGCCCUUGAGGACCUGCGAAAUCCAGAACAAAGCACAUCAGAAAAAGUAUUAACUUCACAGAAAAGUAGUGAAUACCCUAUAAGCCAGAAUCCAGAAGGCCUUUCUGCUGACAAGUUUGAGGUGUCUGCAGAUAGUUCUACCAGUAAAAAUAAAGAACCAGGAGUGGAAAGGUCAUCCCCUUCUAAAUGCCCAUCAUUAGAUGAUAGGUGGUACAUGCACAGUUGCUCUGGGAGUCUUCAGAAUAGAAACUACCCAUCUCAAGAGGAGCUCAUUAAGGUUGUUGAUGUGGAGGAGCAACAGCUGGAAGAGUCUGGGCCACACGAUUUGACGGAAACAUCUUACUUGCCAAGGCAAGAUCUAGAGGGAACCCCUUACCUGGAAUCUGGAAUCAGCCUCUUCUCUGAUGACCCUGAAUCUGAUCCUUCUGAAGACAGAGCCCCAGAGUCAGCUCGUGUUGGCAACAUACCAUCUUCAACCUCUGCAUUGAAAGUUCCCCAAUUGAAAGUUGCAGAAUCUGCCCAGAGUCCAGCUGCUGCUCAUACUACUGAUACUGCUGGGUAUAAUGCAAUGGAAGAAAGUGUGAGCAGGGAGAAGCCAGAAUUGACAGCUUCAACAGAAAGGGUCAACAAAAGAAUGUCCAUGGUGGUGUCUGGCCUGACCCCAGAAGAAUUUAUGCUCGUGUACAAGUUUGCCAGAAAACACCACAUCACUUUAACUAAUCUAAUUACUGAAGAGACUACUCAUGUUGUUAUGAAAACAGAUGCUGAGUUUGUGUGUGAACGGACACUGAAAUAUUUUCUAGGAAUUGCGGGAGGAAAAUGGGUAGUUAGCUAUUUCUGGGUGACCCAGUCUAUUAAAGAAAGAAAAAUGCUGAAUGAGCAUGAUUUUGAAGUCAGAGGAGAUGUGGUCAAUGGAAGAAACCACCAAGGUCCAAAGCGAGCAAGAGAAUCCCAGGACAGAAAGAUCUUCAGGGGGCUAGAAAUCUGUUGCUAUGGGCCCUUCACCAACAUGCCCACAGAUCAACUGGAAUGGAUGGUACAGCUGUGUGGUGCUUCUGUGGUGAAGGAGCUUUCAUCAUUCACCCUUGGCACAGGUGUCCACCCAAUUGUGGUUGUGCAGCCAGAUGCCUGGACAGAGGACAAUGGCUUCCAUGCAAUUGGGCAGAUGUGUGAGGCACCUGUGGUGACCCGAGAGUGGGUGUUGGACAGUGUAGCACUCUACCAGUGCCAGGAGCUGGACACCUACCUGAUACCCCAGAUCCCCCACAGCCACUACUGACUGCAGCCAGCCACAGGUACAGAGCCACAGGACCCCAAGAAUGAGCUUACAAAGUGGCCUUUCCAGGCCCUGGGAGCUCCUCUCACUCUUCAGUCCUUCUACUGUCCUGGCUACUAAAUAUUUUAUGUACAUCAGCCUGAAAAGGACUUCUGGCUAUGCAAGGGUCCCUUAAAGAUUUUCUGCUUGAAGUCUCCCUUGGAAAUCUGCCAUGAGCACAAAAUUAUGGUAAUUUUUCACCUGAGAAGAUUUUAAAACCAUUUAAACGCCACCAAUUGAGCAAGAUGCUGAUUCAUUAUUUAUCAGCCCUAUUCUUUCUAUUCAGGCUGUUGUUGGCUUAGGGCUGGAAGCACAGAGUGGCUUGGCCUCAAGAGAAUAGCUGGUUUCCCUAAGUUUACUUCUCUAAAACCCUGUGUUCACAAAGGCAGAGAGUCAGACCCUUCAAUGGAAGGAGAGUGCUUGGGAUCGAUUAUGUGACUUAAAGUCAGAAUAGUCCUUGGGCAGUUCUCAAAUGUUGGAGUGGAACAUUGGGGAGGAAAUUCUGAGGCAGGUAUUAGAAAUGAAAAGGAAACUUGAAACCUGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCACUGGAGGUCAGGAGUUCGAAACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAGAAAUUAGCCGGUCAUGGUGGUGGACACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGUGGCUAAGGCAGGAGAAUCACUUCAGCCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCAUACCACGGCACUCCAGCCUGGGUGACAGUGAGACUGUGGCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAUGAAACUAGAAGAGAUUUCUAAAAGUCUGAGAUAUAUUUGCUAGAUUUCUAAAGAAUGUGUUCUAAAACAGCAGAAGAUUUUCAAGAACCGGUUUCCAAAGACAGUCUUCUAAUUCCUCAUUAGUAAUAAGUAAAAUGUUUAUUGUUGUAGCUCUGGUAUAUAAUCCAUUCCUCUUAAAAUAUAAGACCUCUGGCAUGAAUAUUUCAUAUCUAUAAAAUGACAGAUCCCACCAGGAAGGAAGCUGUUGCUUUCUUUGAGGUGAUUUUUUUCCUUUGCUCCCUGUUGCUGAAACCAUACAGCUUCAUAAAUAAUUUUGCUUGCUGAAGGAAGAAAAAGUGUUUUUCAUAAACCCAUUAUCCAGGACUGUUUAUAGCUGUUGGAAGGACUAGGUCUUCCCUAGCCCCCCCAGUGUGCAAGGGCAGUGAAGACUUGAUUGUACAAAAUACGUUUUGUAAAUGUUGUGCUGUUAACACUGCAAAUAAACUUGGUAGCAAACACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1495.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1584.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 1215.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((((((.((((((((..((.((.((((((((.......(((((((((...........(((((.((((........)))).)))))......(((((......))))).)))))))))(((...((((((((.....(((.(.(((((.....))))).).)))....((((((((((....((.((((((((((((((((........((((((((((((.(((..((((...((((.(..((((((....((((((((((...(.(((.(((((((..........))))...))).))).)...))))))))))..)))))).....).))))..))))..))).))))))).....)))))((((((((..(((........)))..))))))))(.((((...)))).)...))))))))))))....(((((...(((((((((...(((((...((((.((..(((((....))))))).))))...)))))...((((((....((((..(((((((.((((....)).)))))))))))))..)))))).(((((.......)))))...................................))))))))).))))).......(((.(((((.........))))).)))(((.....(((((.(((((.((((((....((((.(((((((((((..........(((..(((.(((((((..........)))))))..)))..))).((((((((.((((((.....)))))).))).((((((..((((((.((..(.((((((((......((.((((((((..((((....(((((((((..((((((((.((.(((.((((((.((((...(((((((.....(........).....))))))))))).)).....(((....)))))))..))).))))))))))....((((((((((((((((((.....))))))))..(((((..(.((((((((((((((...(.((((....)))).).....))))))..............)))))))).)..))))).....((((((((..........))))))))((((((((.((((((((.(((...(((((((.....((((((....(((((((((((.......))))))))))).............((((((((....))))))))(((((((..........)))))))(((((..((...((((((.(((((.....(((((((.((.((.....)).)).)))))))...))))))))))).......))...))))).(((((.................)))))(((((((((....)))))))))..............)))))).))))))).(((((...((((((((((...(((...))).....)))))))))))))))..))))))))))))))))))).((.........)).....((((.........))))...(((((...)))))..((((((....((((.....))))....)))))).((........))..)))))))).))...........)))))))))....))))..)))))))).)).((((((..((((.((..((((....(((((((..((.......(((((.(((..((((.((((....))))...)))).)))..)))))..((((((....((((.((.((((((....)))))))).)))))))))).................(((.((((.........)))).)))......((((((...(((......((((((.(((.....((((.((..((.(((..(((((((((.............))))).......)))).))))).)).))))))).)))))).....)))))))))...)).)))))))...))))..)).))))..))))))........)))))))).)..)).))))))..))))))....(((((..........))))).(((..((....)).)))................)))))((.(((...(((((...(((...(((((......))))).))).))))).))).)).....)).)))))))))...))))...)))))).)))))...((..(((...............)))..)).......(((((.(((.(........).))).)))))........))))).)))....((((((((((((.....((((...((..(((.(((....)))..))).....))...))))....))))))))))))..)))).))..))))))))))......(((.(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((......((((.((((.(...(((......)))).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.(((...(((((.(.((..........(((((....))))).....(((((...))))).))).))))))))..)))).)))))))))).))..)))...))))....)))))))))).....))))))).))))).))))..).....)))))))))))...((((((.....((((....))))......)))))).....))))))))...))).(((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..))))))))))).))))))))....(((((...(((....)))...)))))))..))..))))).(((((((.(((((((((....)))..((((((.(((....))).))))))))))))....((((((((.((((.(((..((........))...((((((((((............((((((.....))))))((((......)))).......((((((.(......).))))))..))))))))))........(((((...)))))(((.....))).((((..(((((.....)))))..))))..))).))))..))))))))...........)))))))...(((..(((((((((((.......((((........))))((((((((.((..((((((((.((((((((((((((((....(((((((...((.(((............))).))))))).)).....))))))))).)).((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((...((.(.(((((..(((((......))).)).))))).))).)))))))))........)).)))))))))).....))))).))))))).))))((.((((((.(((((((.(.(((((..(((((....((.(((((..(((((((((.((((((((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...((((..((((((....((.(((((....)))))))..)))))).......))))..))))).)).))))))))((((...............(((.(((((((((..((((((.((......)).))))))...........(((((((((..((((...((((((..((((((((........))))))))..))))))...))))....((((((....)))))).........)))))).))).((((((.........)))))).............))))))))).)))))))....))))))..)))))))))))))(((((((.((((((.((((((....))..))))...))))))...((.((.((((......)))).)).)).....(((((....)))))((((((((.(((((.((((((.(((((...)))))..))))))((((((...(((((.((((((.......))))))...)))))...)))))).(((((.((((...............)))).))))).(((.((((.....))))))).)))))))))))))..)))))))..)))))..))))..))).))))))))).......))))))))))).(((.((((..(((((((..((.((((...........))))..))..)))).)))...)))))))..((((((((((....))))))..(((.((((.....)))).))).))))))))))))))))).)).((((.((.........(((......)))(((((.(((((...))))).)))))..................(((..(((..((((((..((((((....))))))..(((((((((..(((....)))..)))))))))..........((((((((.((..(((.....)))....)).)))))))).....((((.((((((..(......)..)))))).)).)).)))))).)))..))).....(((((.....)))))..))))))(((((...)))))..)))))...))))))))..((((..(((((((((....)))))))))..)))).........))..))))))))..((((........))))...........)))))))))))...))).((((((...)))))).....)))....)))))))..)))).))))...((((((...(((((((((.((.((((.............)))))).)))))))))....(((((((....)))))))..((((.(((((((((..............)))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((((((.,{(({...((((((((((.....,.....{{(((((((((...,,,.....(((((.((((........)))).)))))....,,(((((......))))).))))))))}|}}..,,,((((((((({(((((((({{(({((.{{{{||..,{((({{.((((((((((....((.((((((((((((((((........((((((((((((.(((..((((...((((.(..((((((.{..((((((((((...(.(((.((({(({...,......))},.,}))).))).)...))))))))))}.)))))).....).))))..))))..))).))))))).....)))))((((((((.,(((........)))..)))))))){.((({...}))).}...))))))))))))....(((((...(((((((((,,,,,,{|,,.((((.{{..,,,,|,,,.)||||||{|,,,..{||||....((((({..,,((((..(((((((.((((....)).))))))))))))).,)))))).,,{,,}}}}}..)))))}},................................))))))))).)))))....,,,(((.(((((.,.......))))).))}{{......((({{.(((((.((((((....{(({{((((((((({{.......,,,(((..(((.(((((((..........))))))).,))}..)}}.((((((((.(({,,,,,.,,))))}),}}|{(({((({{((((((.((..(.((((((((......((.((((((((..((((....(((((((((..{(((((((.((.(((.((((,{((,{(,.((((((({.....|,,,,....}..,,,}))))))}.},.|||.,..{((....))),})}}}))).)))))))))},,.,{{{(((((((((((((((.....))))))))..,..(((((...)))}|(((((((,,,{.((({....}))).}...,.)))))))............{||||||||.|..|||||.....{(((((((..........)))))))}(((((((,,((((({((((((...(((((((..,,,{{((({.{{{((((({{((({,,,,,..}}})))))))).......,,}},|{(((((({....)))))))}(((((((..........)))))))|{{{{..{,...((((((.(((((.....(((((((.((.{{.....}).)).)))))))...))))))))))).......},...)))}}.||(((..,.,...,,,....,.|}}},(((((((((....)))))))))...,,,..,,,...,}}))}.))))))).(((((...((((((((((.,.(({...})).....)))))))))))))))..))))))))))))))))))).((.........)).....((((.........))))...(((({...})))),.{{|{||.,..||{{..,,,|}|}..,.}}},,)}}}})}.....},,.)))))))),))..........,)))))))))....))))..)))))))).)).((((((..((((.((,.((((....(((((((..{(...,{,,{((,,.,..,,{{{{.{(({....)))}.,,|||}..||{.|||||,,{({{{{....|{{(.{,{((((((....)))))))).))))))})))},.,||,||,.......(((.((((.........)))).))).....,|{{{|||,,|{{......{{{{((,{({....,((((.((..((.(((..(({{({(((.............)))),.......}))).}}}}}.)).})}})}}.)}}))).....)}})))))}...}}.)))))))...))))..)),))))..))))))........)))))))).)..)).)))))|{.||||||{{,.(((((..........))))).|{|,,||,,,,)).}))..,,,..}}}}.....}}}}},,,,||,..,(((({..{({...(((((......))))).}}}.,,}))))))))),...,)).)))))))),}}.})})...)))))).)))))..,{|.,(({.....,,.,......}}}..,}.......((((,.{{(.{,{......}.})).))))).,,.....}}},,,)))....((((((((((((..,..((((...,(,,({{.{||...,))}..}}}.....,,...))))..,.))))))))))))..)))).))..))))))))))....,.(((.(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((({......((((.((({.{,.{,((.....,),)).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.(((...(((((.(.((..........(((((....))))).....(((((...))))).))).))))))))..)))).)))))))))).))..)))...}))}....)))))))))).....))))))).))))).))))..}.....)))))))))))...((((((,{...((({....})))...,}.))))))..{((((((..,(((.,(({(((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..))))))))))|({{.{..|}....{((((..{(((....))}.,.))))}.....,..}||||.,{((((({(((((((((....)))..((((((.(((....))).)))))))))))}...))))}|,{{.((({..,{..,,..,,,,.|}}|},|{{,,{((({{{{{{{.....}||||||..,,,))}}|}{({{....,,)))}.{{,,..,||||,.|.....})}).,)))...)))))))))}}},....(((((...))))){((.....,}}.{{{{..(((((.....)))))..})}}..,))}}},)}})))|||||.....,.....})))),,.{(((((.((({({({{{(...((((..((.(((....)))))..)))).......)))}))))).)))))|((((((((.{{.(((((((...({.(((.........,,.))).))))))).))...}}))))))))}.|||{(((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((,..((.(.(((((..{{(((......))).}}.))))).))),))))))))).......,)).)))))))))).....))))).))))))).)))).}}},..,|}||}}.}}),)))}}}.,|||||.,..}}}|}},.})))))))}.,))))))))))....,,,{((((((((.(((((((((...(((((((.,,.{({,{(((..((((((.,..((.(((((....)))))))..)))))).}}}((((((...((.((((({..((((((((((...............(((.(((((((((.,(((({{,({{{....||{|||}}},,,..{{,...,,,.}||||}}{{{|,,.{(((((..((((((((........))))))))..)))))}...)})},},.|{{{{,....,}}}},.{{{{.....}),)).,{,.((((((.........)))))).....,,,},,,.))))))))).))))))),,))))))))))).))))))))|{(({(((((,,{(((({,,((,,..{{{{{{{|||{,,||||||...,{,((,({({.....,})))}}).)}.....(((((....)}}}|((((((((((((,,.((((((.(((((...))))).,})))))))}})))).}}))}...||||)))).}}))),)))))))))..,}))))))))|}}|.,,,........,((....}))....,})))),..,})))))).,))))))..||||||,,,,})}}))||||}|{|||{|..,,{{{(((,.{{||||{.|,|....,),,.))))))).,|{.||||,.,{||||||,({.((,,...........}}}},,|}..,}}}}))},..}}})}}}..{(((((((((....))))))..(((.((((.....)))).))).)))))))}}.))))))))}((((({,,.{((({((,.(((......)))}}))),,,,||}}.,))})))))),..................(((((.,{...{(.(((((..{(({{....{{.{,((((((((((..(((....)))..)))))))}}}}...,}...}))}|,}}))).}}...,,.})))},{{||{{,|}||||..,{{({..{(((({,.,(((((({{{{|{{|,|{{{{{,...(((,.......|||....(((((.....)))))..||}}}||{,,|}},,}}}..,,,.....,,},,}}}...((((..(((((((((....)))))))))..))))....,,,||,||,{{....,|..||,|,.,}},,,))))..,)}}}}},,))))))))))))))))))|||,,}.}}))))),.....)))....)))))))..)))).))))...{(((((...(((((((((.((.((((...{,...,}...)))))).))))))))).,.,((((({,..,.}}}))))..|{||||||{{{{|,..,{{|........}}}})))}}},},)))))}
Back